seq1 = pF1KSDF0166.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KSDF0166/gi568815595f_180502262.tfa (gi568815595f:180502262_180707792), 205531 bp

>pF1KSDF0166 1317
>gi568815595f:180502262_180707792 (Chr3)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-286  (100630-100754)   100% ->
287-486  (100863-101062)   100% ->
487-571  (101964-102048)   100% ->
572-701  (102217-102346)   100% ->
702-857  (102591-102746)   100% ->
858-929  (103505-103576)   100% ->
930-1049  (103992-104111)   100% ->
1050-1172  (104220-104342)   100% ->
1173-1317  (105387-105531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGGGACCTTTTGCGGCAGTCGCTAAATTGCCACGGGTCGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGGGACCTTTTGCGGCAGTCGCTAAATTGCCACGGGTCGTCTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCTCTCTACTTCGGAGCGAACAGCAGGACAATCCACACTTCCGTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTCTCTCTACTTCGGAGCGAACAGCAGGACAATCCACACTTCCGTAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGGGGTCGGCCGCCGAGCCAGCCCGGGGCCCGCCGCCCCAGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGGGGTCGGCCGCCGAGCCAGCCCGGGGCCCGCCGCCCCAGCACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTGCAGGGCAG         AAAAGAGAAGAGAGTTGACAACATCGAGAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTGCAGGGCAGGTA...AAGAAAAGAGAAGAGAGTTGACAACATCGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGAAATTCATCTCCAAAAAAGCGGATCTGCTTTTTGCACTTTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 ACAGAAATTCATCTCCAAAAAAGCGGATCTGCTTTTTGCACTTTCCTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATCAGATGCACCTGCAACTTCTGAAATTAATGAAGACAGTGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100710 AATCAGATGCACCTGCAACTTCTGAAATTAATGAAGACAGTGAAGGTC..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     ATCATTATGCAATCATGCCACCTTTAGAGCAATTCATGGAGATACC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100760 .TAGATCATTATGCAATCATGCCACCTTTAGAGCAATTCATGGAGATACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGTATGGATCGGAGAGAGCTGTTTTTCCGAGATATTGAGCGTGGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100909 TAGTATGGATCGGAGAGAGCTGTTTTTCCGAGATATTGAGCGTGGTGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAGTGATTGGAAGAATTAGTTCTATTCGGGAATTCGGTTTTTTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100959 TAGTGATTGGAAGAATTAGTTCTATTCGGGAATTCGGTTTTTTCATGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGATCTGTTTAGGAAGTGGTATCATGAGAGATATAGCCCACTTAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101009 TTGATCTGTTTAGGAAGTGGTATCATGAGAGATATAGCCCACTTAGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACA         GCTCTTTGTCCCTTAAGAGATGTGCCTTCTCACAGTA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101059 CACAGTA...CAGGCTCTTTGTCCCTTAAGAGATGTGCCTTCTCACAGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCATGGGGATCCTTTATCATATTACCAAACTGGTGACATCATTCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102001 ACCATGGGGATCCTTTATCATATTACCAAACTGGTGACATCATTCGAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        CTGGAATCAAGGATATTGACAGATACCATGAAAAGCTAGCAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 G...AAGCTGGAATCAAGGATATTGACAGATACCATGAAAAGCTAGCAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ATCTCTGTATAGCTCTTCTCTTCCACCACACCTATCTGGTATTAAATTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102260 ATCTCTGTATAGCTCTTCTCTTCCACCACACCTATCTGGTATTAAATTAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGTAATTAGCTCTGAAGAGCTTCCTTTATACTACAG         GAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 102310 GTGTAATTAGCTCTGAAGAGCTTCCTTTATACTACAGGTA...AAGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGTTGAGCTAAATAGCAATTCTTTGGAGTCCTATGAAAATGTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102595 AGTGTTGAGCTAAATAGCAATTCTTTGGAGTCCTATGAAAATGTCATGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GAGTTCCTTGGGATTTGTTAATCCAGGAGTAGTTGAATTCCTTCTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102645 GAGTTCCTTGGGATTTGTTAATCCAGGAGTAGTTGAATTCCTTCTAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AACTAGGAATAGATGAATCTAATCCACCATCTTTAATGAGAGGCCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102695 AACTAGGAATAGATGAATCTAATCCACCATCTTTAATGAGAGGCCTACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AG         CAAAAATTTCTCTGAAGATGATTTTGCTTCTGCATTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102745 AGGTA...TAGCAAAAATTTCTCTGAAGATGATTTTGCTTCTGCATTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAAAAACAATCCGCATCTTGGGCTTTAAAATG         TGTGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103544 AAAAAAACAATCCGCATCTTGGGCTTTAAAATGGTA...TAGTGTGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCGGAGTTGACTATTTTAAAGTTGGACGCCATGTGGATGCTATGAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104000 TCGGAGTTGACTATTTTAAAGTTGGACGCCATGTGGATGCTATGAATGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACAATAAAGCTTTGGAAATAGACAAACAAAACGTGGAAGCTTTGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104050 TACAATAAAGCTTTGGAAATAGACAAACAAAACGTGGAAGCTTTGGTAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCGTGGAGCATT         ATATGCGACAAAAGGAAGTTTGAACAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104100 TCGTGGAGCATTGTA...TAGATATGCGACAAAAGGAAGTTTGAACAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CAATAGAAGATTTTGAGCTTGCATTAGAAAACTGTCCAACTCACAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104249 CAATAGAAGATTTTGAGCTTGCATTAGAAAACTGTCCAACTCACAGAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCAAGAAAATACCTCTGCCAGACACTTGTAGAGAGAGGAGGACA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104299 GCAAGAAAATACCTCTGCCAGACACTTGTAGAGAGAGGAGGACAGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173    GTTAGAAGAAGAAGAAAAGTTTTTAAATGCTGAAAGTTACTATAAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105384 TAGGTTAGAAGAAGAAGAAAAGTTTTTAAATGCTGAAAGTTACTATAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAGCTTTGGCTTTGGATGAGACTTTTAAAGATGCAGAGGATGCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105434 AAGCTTTGGCTTTGGATGAGACTTTTAAAGATGCAGAGGATGCTTTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1270 AAACTTCATAAATATATGCAGGTGATTCCTTATTTCCTCTTAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105484 AAACTTCATAAATATATGCAGGTGATTCCTTATTTCCTCTTAGAAATT