seq1 = pF1KSDB2508.tfa, 714 bp
seq2 = pF1KSDB2508/gi568815596r_96153811.tfa (gi568815596r:96153811_96365381), 211571 bp

>pF1KSDB2508 714
>gi568815596r:96153811_96365381 (Chr2)

(complement)

1-244  (100001-100244)   100% ->
245-409  (110385-110549)   100% ->
410-714  (111267-111571)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACGCCCCCGGAGGCGCAGGGCTGCCCGGCGGGCGCCGGCGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACGCCCCCGGAGGCGCAGGGCTGCCCGGCGGGCGCCGGCGGAGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGGAGGCAGCGCTCTGCCCAAGCAGCCGGAGCGTAGCCTGGCCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGGAGGCAGCGCTCTGCCCAAGCAGCCGGAGCGTAGCCTGGCCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTGCCTGGCGCCCTGTCTATCACGGCGCTGTGCACTGCCCTCGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTGCCTGGCGCCCTGTCTATCACGGCGCTGTGCACTGCCCTCGCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCGCCTGGTTGCACATCCACGGAGGCACCTGTTCGCGCCAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCGCCTGGTTGCACATCCACGGAGGCACCTGTTCGCGCCAGGAGCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCTCCGACGTGTTGGGCTATGTGCACCCGGACCTGCTGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100201 GGTCTCCGACGTGTTGGGCTATGTGCACCCGGACCTGCTGAAAGGTG...

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245    ATTTCTGCATGAATCCCCAGACAGTGCTGCTCCTGCGGGTCATCGCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110382 CAGATTTCTGCATGAATCCCCAGACAGTGCTGCTCCTGCGGGTCATCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTTCTGTTTCCTGGGCATCCTGTGTAGTCTCTCCGCTTTCCTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110432 GCCTTCTGTTTCCTGGGCATCCTGTGTAGTCTCTCCGCTTTCCTTCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTCTTTGGGCCGAAGCATCCTGCTCTGAAGATCACTCGTCGCTATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110482 TGTCTTTGGGCCGAAGCATCCTGCTCTGAAGATCACTCGTCGCTATGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGCCCATATCCTAACGG         TTCTGCAGTGTGCCACCGTCATT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110532 TCGCCCATATCCTAACGGGTA...TAGTTCTGCAGTGTGCCACCGTCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCTTTTCTTATTGGGCTTCTGAACTCATCTTGGCCCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111290 GGCTTTTCTTATTGGGCTTCTGAACTCATCTTGGCCCAGCAGCAGCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAAGAAGTACCATGGATCCCAGGTCTATGTCACCTTCGCCGTTAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111340 TAAGAAGTACCATGGATCCCAGGTCTATGTCACCTTCGCCGTTAGCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCTGGTGGCAGGAGCTGGTGGAGCCTCAATCCTGGCCACGGCAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111390 ACCTGGTGGCAGGAGCTGGTGGAGCCTCAATCCTGGCCACGGCAGCCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCCTGCGCCACTACCCCACAGAGGAAGAGGAGCAGGCGCTGGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111440 CTCCTGCGCCACTACCCCACAGAGGAAGAGGAGCAGGCGCTGGAGCTGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CTCAGAGATGGAAGAGAACGAGCCCTACCCGGCGGAATATGAGGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111490 CTCAGAGATGGAAGAGAACGAGCCCTACCCGGCGGAATATGAGGTCATCA

    700     .    :    .    :    .    :
    683 ACCAGTTCCAGCCACCCCCTGCTTACACACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 111540 ACCAGTTCCAGCCACCCCCTGCTTACACACCC