seq1 = pF1KSDB1510.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KSDB1510/gi568815597f_20533549.tfa (gi568815597f:20533549_20750688), 217140 bp

>pF1KSDB1510 1743
>gi568815597f:20533549_20750688 (Chr1)

1-387  (100001-100387)   100% ->
388-675  (104294-104581)   100% ->
676-776  (106344-106444)   100% ->
777-959  (110942-111124)   100% ->
960-1123  (112012-112175)   100% ->
1124-1251  (114957-115084)   100% ->
1252-1488  (115447-115683)   100% ->
1489-1743  (116886-117140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTGCGACAGGCGCTGGGCCGCGGCCTGCAGCTGGGTCGAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTGCGACAGGCGCTGGGCCGCGGCCTGCAGCTGGGTCGAGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGCGCTTCACGGGCAAGCCCGGCCGGGCCTACGGCTTGGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGCTGCGCTTCACGGGCAAGCCCGGCCGGGCCTACGGCTTGGGGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGGCCCGGCGGCGGGCTGTGTCCGCGGGGAGCGTCCAGGCTGGGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGGCCCGGCGGCGGGCTGTGTCCGCGGGGAGCGTCCAGGCTGGGCCGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGACCGGGCGCGGAGCCTCGCAGGGTCGGGCTCGGGCTCCCTAACCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGACCGGGCGCGGAGCCTCGCAGGGTCGGGCTCGGGCTCCCTAACCGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCGCTTCTTCCGCCAGTCGGTGGCCGGGCTGGCGGCGCGGTTGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCGCTTCTTCCGCCAGTCGGTGGCCGGGCTGGCGGCGCGGTTGCAGCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTCGTGGTGCGGGCCTGGGGCTGCGCGGGCCCTTGCGGCCGGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTTCGTGGTGCGGGCCTGGGGCTGCGCGGGCCCTTGCGGCCGGGCAGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TTTCTGGCCTTCGGGCTAGGGCTGGGCCTCATCGAGGAAAAACAGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TTTCTGGCCTTCGGGCTAGGGCTGGGCCTCATCGAGGAAAAACAGGCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCCGGCGGGCGGTCTCGGCCTGTCAGGAGATCCAG         GCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100351 GAGCCGGCGGGCGGTCTCGGCCTGTCAGGAGATCCAGGTG...CAGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTTTTACCCAGAAAAGCAAGCCGGGGCCTGACCCGTTGGACACGAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104298 TTTTTACCCAGAAAAGCAAGCCGGGGCCTGACCCGTTGGACACGAGACGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTGCAGGGCTTTCGGCTGGAGGAGTATCTGATAGGGCAGTCCATTGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104348 TTGCAGGGCTTTCGGCTGGAGGAGTATCTGATAGGGCAGTCCATTGGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGCTGCAGTGCTGCTGTGTATGAAGCCACCATGCCTACATTGCCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104398 GGGCTGCAGTGCTGCTGTGTATGAAGCCACCATGCCTACATTGCCCCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCTGGAGGTGACAAAGAGCACCGGGTTGCTTCCAGGGAGAGGCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104448 ACCTGGAGGTGACAAAGAGCACCGGGTTGCTTCCAGGGAGAGGCCCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCAGTGCACCAGGAGAAGGGCAGGAGCGAGCTCCGGGGGCCCCTGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104498 ACCAGTGCACCAGGAGAAGGGCAGGAGCGAGCTCCGGGGGCCCCTGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCCCTTGGCCATCAAGATGATGTGGAACATCTCG         GCAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104548 CCCCTTGGCCATCAAGATGATGTGGAACATCTCGGTA...CAGGCAGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTCCAGCGAAGCCATCTTGAACACAATGAGCCAGGAGCTGGTCCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106351 CCTCCAGCGAAGCCATCTTGAACACAATGAGCCAGGAGCTGGTCCCAGCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGCCGAGTGGCCTTGGCTGGGGAGTATGGAGCAGTCACTTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 106401 AGCCGAGTGGCCTTGGCTGGGGAGTATGGAGCAGTCACTTACAGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777    AAAATCCAAGAGAGGTCCCAAGCAACTAGCCCCTCACCCCAACATCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110939 TAGAAAATCCAAGAGAGGTCCCAAGCAACTAGCCCCTCACCCCAACATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TCCGGGTTCTCCGCGCCTTCACCTCTTCCGTGCCGCTGCTGCCAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110989 TCCGGGTTCTCCGCGCCTTCACCTCTTCCGTGCCGCTGCTGCCAGGGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CTGGTCGACTACCCTGATGTGCTGCCCTCACGCCTCCACCCTGAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111039 CTGGTCGACTACCCTGATGTGCTGCCCTCACGCCTCCACCCTGAAGGCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GGGCCATGGCCGGACGCTGTTCCTCGTTATGAAGAA         CTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111089 GGGCCATGGCCGGACGCTGTTCCTCGTTATGAAGAAGTA...CAGCTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CCTGTACCCTGCGCCAGTACCTTTGTGTGAACACACCCAGCCCCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112017 CCTGTACCCTGCGCCAGTACCTTTGTGTGAACACACCCAGCCCCCGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCCGCCATGATGCTGCTGCAGCTGCTGGAAGGCGTGGACCATCTGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112067 GCCGCCATGATGCTGCTGCAGCTGCTGGAAGGCGTGGACCATCTGGTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACAGGGCATCGCGCACAGAGACCTGAAATCCGACAACATCCTTGTGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112117 ACAGGGCATCGCGCACAGAGACCTGAAATCCGACAACATCCTTGTGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TGGACCCAG         ACGGCTGCCCCTGGCTGGTGATCGCAGATTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112167 TGGACCCAGGTA...CAGACGGCTGCCCCTGGCTGGTGATCGCAGATTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GGCTGCTGCCTGGCTGATGAGAGCATCGGCCTGCAGTTGCCCTTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114989 GGCTGCTGCCTGGCTGATGAGAGCATCGGCCTGCAGTTGCCCTTCAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTGGTACGTGGATCGGGGCGGAAACGGCTGTCTGATGGCCCCAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115039 CTGGTACGTGGATCGGGGCGGAAACGGCTGTCTGATGGCCCCAGAGGTG.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252      GTGTCCACGGCCCGTCCTGGCCCCAGGGCAGTGATTGACTACAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115089 ..CAGGTGTCCACGGCCCGTCCTGGCCCCAGGGCAGTGATTGACTACAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 AAGGCTGATGCCTGGGCAGTGGGAGCCATCGCCTATGAAATCTTCGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115492 AAGGCTGATGCCTGGGCAGTGGGAGCCATCGCCTATGAAATCTTCGGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGTCAATCCCTTCTACGGCCAGGGCAAGGCCCACCTTGAAAGCCGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115542 TGTCAATCCCTTCTACGGCCAGGGCAAGGCCCACCTTGAAAGCCGCAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACCAAGAGGCTCAGCTACCTGCACTGCCCGAGTCAGTGCCTCCAGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115592 ACCAAGAGGCTCAGCTACCTGCACTGCCCGAGTCAGTGCCTCCAGACGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AGACAGTTGGTGAGGGCACTGCTCCAGCGAGAGGCCAGCAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115642 AGACAGTTGGTGAGGGCACTGCTCCAGCGAGAGGCCAGCAAGGTG...CA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489  AGACCATCTGCCCGAGTAGCCGCAAATGTGCTTCATCTAAGCCTCTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116885 GAGACCATCTGCCCGAGTAGCCGCAAATGTGCTTCATCTAAGCCTCTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GTGAACATATTCTAGCCCTGAAGAATCTGAAGTTAGACAAGATGGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116935 GTGAACATATTCTAGCCCTGAAGAATCTGAAGTTAGACAAGATGGTTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TGGCTCCTCCAACAATCGGCCGCCACTTTGTTGGCCAACAGGCTCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116985 TGGCTCCTCCAACAATCGGCCGCCACTTTGTTGGCCAACAGGCTCACAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GAAGTGTTGTGTGGAAACAAAAATGAAGATGCTCTTTCTGGCTAACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117035 GAAGTGTTGTGTGGAAACAAAAATGAAGATGCTCTTTCTGGCTAACCTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 AGTGTGAAACGCTCTGCCAGGCAGCCCTCCTCCTCTGCTCATGGAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117085 AGTGTGAAACGCTCTGCCAGGCAGCCCTCCTCCTCTGCTCATGGAGGGCA

   1800     .
   1738 GCCCTG
        ||||||
 117135 GCCCTG