seq1 = pF1KSDB1453.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KSDB1453/gi568815592r_36395787.tfa (gi568815592r:36395787_36640202), 244416 bp

>pF1KSDB1453 1395
>gi568815592r:36395787_36640202 (Chr6)

(complement)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-183  (114561-114612)   100% ->
184-306  (115740-115862)   100% ->
307-390  (118386-118469)   100% ->
391-514  (122363-122486)   100% ->
515-669  (124711-124865)   100% ->
670-772  (132601-132703)   100% ->
773-834  (133559-133620)   100% ->
835-952  (140213-140330)   100% ->
953-1076  (141717-141840)   100% ->
1077-1172  (142328-142423)   100% ->
1173-1267  (143398-143492)   100% ->
1268-1395  (144289-144416)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAATGACAGGCTCAACACCTTGCTCATCCATGAGTAACCACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAATGACAGGCTCAACACCTTGCTCATCCATGAGTAACCACACAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAAGGGTGACAATGACCAAAGTGACACTGGAGAATTTTTATAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAAGGGTGACAATGACCAAAGTGACACTGGAGAATTTTTATAGCAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTATCGCTCAACATGAAGAACGAGAAATGAG         ACAAAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 TTATCGCTCAACATGAAGAACGAGAAATGAGGTA...TAGACAAAAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTAGAAAAGGTGATGGAAGAAGAAGGCCTAAAAGATGAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114571 TTAGAAAAGGTGATGGAAGAAGAAGGCCTAAAAGATGAGGAGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  AAACGACTCCGGAGATCAGCACATGCTCGGAAGGAAACAGAGTTTCTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115739 GAAACGACTCCGGAGATCAGCACATGCTCGGAAGGAAACAGAGTTTCTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTTGAAGAGAACAAGACTTGGATTGGAAGATTTTGAGTCCTTAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115789 GTTTGAAGAGAACAAGACTTGGATTGGAAGATTTTGAGTCCTTAAAAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATAGGCAGAGGAGCATTTGGTGAG         GTACGGCTTGTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115839 ATAGGCAGAGGAGCATTTGGTGAGGTA...TAGGTACGGCTTGTTCAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAGATACGGGACATGTGTATGCAATGAAAATACTCCGTAAAGCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118403 GAAAGATACGGGACATGTGTATGCAATGAAAATACTCCGTAAAGCAGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCTTGAAAAAGAGCAG         GTTGGCCACATTCGTGCGGAGCGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 118453 TGCTTGAAAAAGAGCAGGTA...CAGGTTGGCCACATTCGTGCGGAGCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACATTCTAGTGGAGGCAGACAGTTTGTGGGTTGTGAAAATGTTCTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122387 GACATTCTAGTGGAGGCAGACAGTTTGTGGGTTGTGAAAATGTTCTATAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTTCAGGATAAGCTAAACCTCTACCTAATCATGGAGTTCCTGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122437 TTTTCAGGATAAGCTAAACCTCTACCTAATCATGGAGTTCCTGCCTGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515          GGGACATGATGACCTTGTTGATGAAAAAAGACACTCTGACA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122487 GTA...CAGGGGACATGATGACCTTGTTGATGAAAAAAGACACTCTGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAGAGGAGACTCAGTTTTATATAGCAGAAACAGTATTAGCCATAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124752 GAAGAGGAGACTCAGTTTTATATAGCAGAAACAGTATTAGCCATAGACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATTCACCAACTTGGATTCATCCACAGAGACATCAAACCAGACAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124802 TATTCACCAACTTGGATTCATCCACAGAGACATCAAACCAGACAACCTTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTTGGACAGCAAG         GGCCATGTGAAACTTTCTGACTTTGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 124852 TTTTGGACAGCAAGGTA...TAGGGCCATGTGAAACTTTCTGACTTTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTTTGCACAGGACTGAAAAAAGCACATAGGACAGAATTTTATAGGAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132628 CTTTGCACAGGACTGAAAAAAGCACATAGGACAGAATTTTATAGGAATCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAACCACAGCCTCCCCAGTGATTTCA         CTTTCCAGAACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 132678 GAACCACAGCCTCCCCAGTGATTTCAGTA...CAGCTTTCCAGAACATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTCCAAAAGGAAAGCAGAAACCTGGAAAAGAAATAGACGTCAGCTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 133574 ATTCCAAAAGGAAAGCAGAAACCTGGAAAAGAAATAGACGTCAGCTAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835       GCCTTCTCCACAGTAGGCACTCCTGACTACATTGCTCCTGAGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133624 ...CAGGCCTTCTCCACAGTAGGCACTCCTGACTACATTGCTCCTGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTTCATGCAGACCGGGTACAACAAGCTCTGTGATTGGTGGTCGCTTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140257 GTTCATGCAGACCGGGTACAACAAGCTCTGTGATTGGTGGTCGCTTGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGATCATGTATGAGATGCTCATCG         GCTACCCACCTTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 140307 TGATCATGTATGAGATGCTCATCGGTA...CAGGCTACCCACCTTTCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCTGAGACCCCTCAAGAGACATATAAGAAGGTGATGAACTGGAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141734 TCTGAGACCCCTCAAGAGACATATAAGAAGGTGATGAACTGGAAAGAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TTTGACTTTTCCTCCAGAAGTTCCCATCTCTGAGAAAGCCAAGGATCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141784 TTTGACTTTTCCTCCAGAAGTTCCCATCTCTGAGAAAGCCAAGGATCTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTTTGAG         GTTCTGCTGTGAATGGGAACATAGAATTGGAGCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141834 TTTTGAGGTA...CAGGTTCTGCTGTGAATGGGAACATAGAATTGGAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCTGGAGTTGAGGAAATAAAAAGTAACTCTTTTTTTGAAGGCGTTGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142362 CCTGGAGTTGAGGAAATAAAAAGTAACTCTTTTTTTGAAGGCGTTGACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGAACATATCAG         AGAGAGACCTGCTGCAATATCTATTGAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 142412 GGAACATATCAGGTA...CAGAGAGAGACCTGCTGCAATATCTATTGAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCAAAAGCATTGATGATACCTCAAACTTCGATGAGTTTCCAGAATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143427 TCAAAAGCATTGATGATACCTCAAACTTCGATGAGTTTCCAGAATCTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATTCTTAAGCCAACAG         TGGCCACAAGTAATCATCCTGAGAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 143477 ATTCTTAAGCCAACAGGTA...CAGTGGCCACAAGTAATCATCCTGAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGACTACAAGAACAAAGACTGGGTCTTCATCAATTACACGTACAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144314 TGACTACAAGAACAAAGACTGGGTCTTCATCAATTACACGTACAAGCGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTGAGGGCCTGACTGCAAGGGGGGCAATACCTTCCTACATGAAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144364 TTGAGGGCCTGACTGCAAGGGGGGCAATACCTTCCTACATGAAAGCAGCA

   1500 
   1393 AAA
        |||
 144414 AAA