seq1 = pF1KSDB1426.tfa, 2043 bp
seq2 = pF1KSDB1426/gi568815583f_40164786.tfa (gi568815583f:40164786_40376091), 211306 bp

>pF1KSDB1426 2043
>gi568815583f:40164786_40376091 (Chr15)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-858  (101057-101710)   100% ->
859-1356  (107439-107936)   100% ->
1357-1490  (108081-108214)   100% ->
1491-1617  (108561-108687)   100% ->
1618-1743  (108766-108891)   99% ->
1744-1878  (109357-109491)   100% ->
1879-2043  (111142-111306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCGCAAGAAAAAGAAGAAACGCCCTGAGATCTCAGCGCCACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCGCAAGAAAAAGAAGAAACGCCCTGAGATCTCAGCGCCACAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCCAGCACCGTGTCCACACCTCCTTCGACCCCAAAGAAGGCAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCCAGCACCGTGTCCACACCTCCTTCGACCCCAAAGAAGGCAAGTTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCCTCCCCCCACAATGGCAGAACATCCTGGACACACTGCGGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCCTCCCCCCACAATGGCAGAACATCCTGGACACACTGCGGCGCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCCCGTGGTGGACCCTTCGCGAATCACACGGGTGCAGCTCCAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCCCGTGGTGGACCCTTCGCGAATCACACGGGTGCAGCTCCAGCCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GAAG         ACAGTGGTGCGGGGCAGCGCGATGCCTGTGGATGGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GAAGGTA...CAGACAGTGGTGCGGGGCAGCGCGATGCCTGTGGATGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATCTCGGGGCTGCTCAACGACATCCAGAAGTTGTCAGTCATCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101094 ACATCTCGGGGCTGCTCAACGACATCCAGAAGTTGTCAGTCATCAGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACACCCTGCGTGGCCGCAGCCCCACCAGCCGGCGGCGGGCACAGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101144 AACACCCTGCGTGGCCGCAGCCCCACCAGCCGGCGGCGGGCACAGTCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGCTGCTGGGGGATGAGCACTGGGCCACCGACCCAGACATGTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101194 GGGGCTGCTGGGGGATGAGCACTGGGCCACCGACCCAGACATGTACCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGCCCCCAGTCTGAGCGCACTGACCCCCACGGCCTCTACCTCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101244 AGAGCCCCCAGTCTGAGCGCACTGACCCCCACGGCCTCTACCTCAGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACGGGGGCACACCAGCAGGCCACAAGCAGATGCCGTGGCCCGAGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101294 AACGGGGGCACACCAGCAGGCCACAAGCAGATGCCGTGGCCCGAGCCACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAGCCCACGGGTCCTGCCCAATGGGCTGGCTGCAAAGGCACAGTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101344 GAGCCCACGGGTCCTGCCCAATGGGCTGGCTGCAAAGGCACAGTCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCCCGCCGAGTTTCAGGGTGCCTCGCAGCGCTGTCTGCAGCTGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101394 GCCCCGCCGAGTTTCAGGGTGCCTCGCAGCGCTGTCTGCAGCTGGGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGCCTGCAGAGCTCCCCACCAGGAGCCTCGCCCCCCACGGGCACCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101444 TGCCTGCAGAGCTCCCCACCAGGAGCCTCGCCCCCCACGGGCACCAATAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCATGGAATGAAGGCTGCCAAGCATGGCTCTGAGGAGGCCCGGCCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101494 GCATGGAATGAAGGCTGCCAAGCATGGCTCTGAGGAGGCCCGGCCACAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCTGCCTGGTGGGCTCAGCCACAGGCAGGCCAGGTGGGGAAGGCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101544 CCTGCCTGGTGGGCTCAGCCACAGGCAGGCCAGGTGGGGAAGGCAGCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGCCCTAAGACCCGGGAGAGCAGCCTGAAGCGCAGGCTATTCCGAAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101594 AGCCCTAAGACCCGGGAGAGCAGCCTGAAGCGCAGGCTATTCCGAAGCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTTCCTGTCCACTGCTGCCACAGCCCCTCCAAGCAGCAGCAAGCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 GTTCCTGTCCACTGCTGCCACAGCCCCTCCAAGCAGCAGCAAGCCAGGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCCACCACAGAGCAAG         CCCAACTCCTCTTTCCGACCGCCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101694 CTCCACCACAGAGCAAGGTA...CAGCCCAACTCCTCTTTCCGACCGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAGAAAGACAACCCCCCAAGCCTGGTGGCCAAGGCCCAGTCCTTGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107463 CAGAAAGACAACCCCCCAAGCCTGGTGGCCAAGGCCCAGTCCTTGCCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGACCAGCCGGTGGGGACCTTCAGCCCTCTGACCACTTCGGATACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107513 GGACCAGCCGGTGGGGACCTTCAGCCCTCTGACCACTTCGGATACCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCCCCCAGAAGTCCCTCCGCACAGCCCCGGCCACAGGCCAGCTTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107563 GCCCCCAGAAGTCCCTCCGCACAGCCCCGGCCACAGGCCAGCTTCCAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CGGTCTTCCCCAGCGGGATCCCCCCGCACCTGGCACGCCCAGATCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107613 CGGTCTTCCCCAGCGGGATCCCCCCGCACCTGGCACGCCCAGATCAGCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGCAACCTGTACCTGCCCCAGGACCCCACGGTTGCCAAGGGTGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107663 CAGCAACCTGTACCTGCCCCAGGACCCCACGGTTGCCAAGGGTGCCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CTGGTGAGGACACAGGTGTTGTGACACATGAGCAGTTCAAGGCTGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107713 CTGGTGAGGACACAGGTGTTGTGACACATGAGCAGTTCAAGGCTGCGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGGATGGTGGTGGACCAGGGTGACCCCCGGCTGCTGCTGGACAGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107763 AGGATGGTGGTGGACCAGGGTGACCCCCGGCTGCTGCTGGACAGCTACGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAAGATTGGCGAGGGCTCCACCGGCATCGTCTGCTTGGCCCGGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107813 GAAGATTGGCGAGGGCTCCACCGGCATCGTCTGCTTGGCCCGGGAGAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 ACTCGGGCCGCCAGGTGGCCGTCAAGATGATGGACCTCAGGAAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107863 ACTCGGGCCGCCAGGTGGCCGTCAAGATGATGGACCTCAGGAAGCAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CGCAGGGAGCTGCTCTTCAACGAG         GTGGTGATCATGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107913 CGCAGGGAGCTGCTCTTCAACGAGGTG...CAGGTGGTGATCATGCGGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTACCAGCACTTCAACGTGGTGGAGATGTACAAGAGCTACCTGGTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108098 CTACCAGCACTTCAACGTGGTGGAGATGTACAAGAGCTACCTGGTGGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGGAGCTGTGGGTGCTCATGGAGTTCCTGCAGGGAGGAGCCCTCACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108148 AGGAGCTGTGGGTGCTCATGGAGTTCCTGCAGGGAGGAGCCCTCACAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATCGTCTCCCAAGTCAG         GCTGAATGAGGAGCAGATTGCCAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108198 ATCGTCTCCCAAGTCAGGTG...CAGGCTGAATGAGGAGCAGATTGCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TGTGTGTGAGGCTGTGCTGCAGGCCCTGGCCTACCTGCATGCTCAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108585 TGTGTGTGAGGCTGTGCTGCAGGCCCTGGCCTACCTGCATGCTCAGGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 TCATCCACCGGGACATCAAGAGTGACTCCATCCTGCTGACCCTCGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108635 TCATCCACCGGGACATCAAGAGTGACTCCATCCTGCTGACCCTCGATGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AGG         GTGAAGCTCTCGGACTTCGGATTCTGTGCTCAGATCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108685 AGGGTA...CAGGTGAAGCTCTCGGACTTCGGATTCTGTGCTCAGATCAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CAAAGACGTCCCTAAGAGGAAGTCCCTTGTGGGAACCCCCTACTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 108804 CAAAGACGTCCCTAAGAGGAAGTCCCTGGTGGGAACCCCCTACTGGATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CTCCTGAAGTGATCTCCAGGTCTTTGTATGCCACTGAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 108854 CTCCTGAAGTGATCTCCAGGTCTTTGTATGCCACTGAGGTA...CAGGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 GATATCTGGTCTCTGGGCATCATGGTGATTGAGATGGTAGATGGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109360 GATATCTGGTCTCTGGGCATCATGGTGATTGAGATGGTAGATGGGGAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 ACCGTACTTCAGTGACTCCCCAGTGCAAGCCATGAAGAGGCTCCGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109410 ACCGTACTTCAGTGACTCCCCAGTGCAAGCCATGAAGAGGCTCCGGGACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 GCCCCCCACCCAAGCTGAAAAACTCTCACAAG         GTCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109460 GCCCCCCACCCAAGCTGAAAAACTCTCACAAGGTC...CAGGTCTCCCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 GTGCTGCGAGACTTCCTGGAGCGGATGCTGGTGCGGGACCCCCAAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111151 GTGCTGCGAGACTTCCTGGAGCGGATGCTGGTGCGGGACCCCCAAGAGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 AGCCACAGCCCAGGAGCTCCTAGACCACCCCTTCCTGCTGCAGACAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111201 AGCCACAGCCCAGGAGCTCCTAGACCACCCCTTCCTGCTGCAGACAGGGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TACCTGAGTGCCTGGTGCCCCTGATCCAGCTCTACCGAAAGCAGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111251 TACCTGAGTGCCTGGTGCCCCTGATCCAGCTCTACCGAAAGCAGACCTCC

   2100     .
   2038 ACCTGC
        ||||||
 111301 ACCTGC