seq1 = pF1KSDB1316.tfa, 2586 bp
seq2 = pF1KSDB1316/gi568815589r_89278707.tfa (gi568815589r:89278707_89505456), 226750 bp

>pF1KSDB1316 2586
>gi568815589r:89278707_89505456 (Chr9)

(complement)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-252  (102441-102586)   100% ->
253-315  (106119-106181)   100% ->
316-414  (108622-108720)   100% ->
415-508  (111802-111895)   100% ->
509-622  (112921-113034)   100% ->
623-774  (114042-114193)   100% ->
775-950  (116410-116585)   100% ->
951-1107  (116665-116821)   99% ->
1108-1330  (117849-118071)   100% ->
1331-1446  (118975-119090)   100% ->
1447-1619  (124111-124283)   100% ->
1620-1663  (124359-124402)   100% ->
1664-2586  (125828-126750)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGATGTGCACCCCCATTAGGGGGCTGCTCATGGCCCTTGCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGATGTGCACCCCCATTAGGGGGCTGCTCATGGCCCTTGCAGTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTGGGACAGCGATGGCATTTGCACCCATACCCCGGATCACCTGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTTGGGACAGCGATGGCATTTGCACCCATACCCCGGATCACCTGGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACAGAG         AGGTGCACCTGGTGCAGTTTCATGAGCCAGACATC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACAGAGGTG...CAGAGGTGCACCTGGTGCAGTTTCATGAGCCAGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAACTACTCAGCCTTGCTGCTGAGCGAGGACAAGGACACCTTGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 TACAACTACTCAGCCTTGCTGCTGAGCGAGGACAAGGACACCTTGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGGTGCCCGGGAGGCGGTCTTCGCTGTGAACGCACTCAACATCTCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 AGGTGCCCGGGAGGCGGTCTTCGCTGTGAACGCACTCAACATCTCCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCAGCATGAG         GTGTATTGGAAGGTCTCAGAAGACAAAAAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102576 AGCAGCATGAGGTA...CAGGTGTATTGGAAGGTCTCAGAAGACAAAAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAAAATGTGCAGAAAAGGGGAAATCAAAACAG         ACAGAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106149 GCAAAATGTGCAGAAAAGGGGAAATCAAAACAGGTA...CAGACAGAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCAACTACATCCGGGTGCTGCAGCCACTCAGCGCCACTTCCCTTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108630 CCTCAACTACATCCGGGTGCTGCAGCCACTCAGCGCCACTTCCCTTTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTGTGGGACCAACGCATTCCAGCCGGCCTGTGACCACCTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 108680 TGTGTGGGACCAACGCATTCCAGCCGGCCTGTGACCACCTGGTA...TAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AACTTAACATCCTTTAAGTTTCTGGGGAAAAATGAAGATGGCAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111802 AACTTAACATCCTTTAAGTTTCTGGGGAAAAATGAAGATGGCAAAGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATGTCCCTTTGACCCAGCACACAGCTACACATCCGTCATGGTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111852 ATGTCCCTTTGACCCAGCACACAGCTACACATCCGTCATGGTTGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    509    ATGGAGAACTTTATTCGGGGACGTCGTATAATTTTTTGGGAAGTGAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112918 CAGATGGAGAACTTTATTCGGGGACGTCGTATAATTTTTTGGGAAGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCATCATCTCCCGAAATTCTTCCCACAGTCCTCTGAGGACAGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112968 CCCATCATCTCCCGAAATTCTTCCCACAGTCCTCTGAGGACAGAATATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATCCCTTGGCTGAACG         AGCCTAGTTTCGTGTTTGCTGACG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113018 AATCCCTTGGCTGAACGGTA...CAGAGCCTAGTTTCGTGTTTGCTGACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGATCCGAAAAAGCCCAGACAGCCCCGACGGCGAGGATGACAGGGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114066 TGATCCGAAAAAGCCCAGACAGCCCCGACGGCGAGGATGACAGGGTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCTTCTTCACGGAGGTGTCTGTGGAGTATGAGTTTGTGTTCAGGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114116 TTCTTCTTCACGGAGGTGTCTGTGGAGTATGAGTTTGTGTTCAGGGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATCCCACGGATAGCAAGAGTGTGCAAG         GGGGACCAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 114166 GATCCCACGGATAGCAAGAGTGTGCAAGGTG...TAGGGGGACCAGGGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCCTGAGGACCTTGCAGAAGAAATGGACCTCCTTCCTGAAAGCCCGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116423 GCCTGAGGACCTTGCAGAAGAAATGGACCTCCTTCCTGAAAGCCCGACTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATCTGCTCCCGGCCAGACAGCGGCTTGGTCTTCAATGTGCTGCGGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116473 ATCTGCTCCCGGCCAGACAGCGGCTTGGTCTTCAATGTGCTGCGGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTCGTGCTCAGGTCCCCGGGCCTGAAGGTGCCTGTGTTCTATGCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116523 CTTCGTGCTCAGGTCCCCGGGCCTGAAGGTGCCTGTGTTCTATGCACTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCACCCCACAGCT         GAACAACGTGGGGCTGTCGGCAGTGTGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116573 TCACCCCACAGCTGTA...CAGGAACAACGTGGGGCTGTCGGCAGTGTGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCTACAACCTGTCCACAGCCGAGGAGGTCTTCTCCCACGGGAAGTACAT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116693 GCCTACAACCTGTCCACAGCCGAGGAGGTCTTCTCCCACGGGAAGTACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCAGAGCACCACAGTGGAGCAGTCCCACACCAAGTGGGTGCGCTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116743 GCAGAGCACCACAGTGGAGCAGTCCCACACCAAGTGGGTGCGCTATAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCCCGGTACCCAAGCCGCGGCCTGGAGCG         TGCATCGACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116793 GCCCGGTACCCAAGCCGCGGCCTGGAGCGGTG...CAGTGCATCGACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGGCACGGGCCGCCAACTACACCAGCTCCTTGAATTTGCCAGACAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117861 GAGGCACGGGCCGCCAACTACACCAGCTCCTTGAATTTGCCAGACAAGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCTGCAGTTCGTTAAAGACCACCCTTTGATGGATGACTCGGTAACCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117911 GCTGCAGTTCGTTAAAGACCACCCTTTGATGGATGACTCGGTAACCCCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TAGACAACAGGCCCAGGTTAATCAAGAAAGATGTGAACTACACCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117961 TAGACAACAGGCCCAGGTTAATCAAGAAAGATGTGAACTACACCCAGATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGTGGACCGGACCCAGGCCCTGGATGGGACTGTCTATGATGTCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118011 GTGGTGGACCGGACCCAGGCCCTGGATGGGACTGTCTATGATGTCATGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGTCAGCACAG         ACCGGGGAGCTCTGCACAAAGCCATCAGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118061 TGTCAGCACAGGTG...CAGACCGGGGAGCTCTGCACAAAGCCATCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCGAGCACGCTGTTCACATCATCGAGGAGACCCAGCTCTTCCAGGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119005 TCGAGCACGCTGTTCACATCATCGAGGAGACCCAGCTCTTCCAGGACTTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GAGCCAGTCCAGACCCTGCTGCTGTCTTCAAAGAAG         GGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 119055 GAGCCAGTCCAGACCCTGCTGCTGTCTTCAAAGAAGGTA...CAGGGCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CAGGTTTGTCTATGCTGGCTCTAACTCGGGCGTGGTCCAGGCCCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124116 CAGGTTTGTCTATGCTGGCTCTAACTCGGGCGTGGTCCAGGCCCCGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCTTCTGTGGGAAGCACGGCACCTGCGAGGACTGTGTGCTGGCGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124166 CCTTCTGTGGGAAGCACGGCACCTGCGAGGACTGTGTGCTGGCGCGGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CCCTACTGCGCCTGGAGCCCGCCCACAGCGACCTGCGTGGCTCTGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124216 CCCTACTGCGCCTGGAGCCCGCCCACAGCGACCTGCGTGGCTCTGCACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GACCGAGAGCCCCAGCAG         GGGTTTGATTCAGGAGATGAGCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 124266 GACCGAGAGCCCCAGCAGGTA...CAGGGGTTTGATTCAGGAGATGAGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCGATGCTTCTGTGTGCCCGG         ATAAAAGTAAAGGAAGTTAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 124382 GCGATGCTTCTGTGTGCCCGGGTG...CAGATAAAAGTAAAGGAAGTTAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGGCAGCATTTTTTCAAGCACGGTGGCACAGCGGAACTGAAATGCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125848 CGGCAGCATTTTTTCAAGCACGGTGGCACAGCGGAACTGAAATGCTCCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AAAATCCAACCTGGCCCGGGTCTTTTGGAAGTTCCAGAATGGCGTGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125898 AAAATCCAACCTGGCCCGGGTCTTTTGGAAGTTCCAGAATGGCGTGTTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 AGGCCGAGAGCCCCAAGTACGGTCTTATGGGCAGAAAAAACTTGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125948 AGGCCGAGAGCCCCAAGTACGGTCTTATGGGCAGAAAAAACTTGCTCATC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TTCAACTTGTCAGAAGGAGACAGTGGGGTGTACCAGTGCCTGTCAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125998 TTCAACTTGTCAGAAGGAGACAGTGGGGTGTACCAGTGCCTGTCAGAGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GAGGGTTAAGAACAAAACGGTCTTCCAAGTGGTCGCCAAGCACGTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126048 GAGGGTTAAGAACAAAACGGTCTTCCAAGTGGTCGCCAAGCACGTCCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 AAGTGAAGGTGGTTCCAAAGCCCGTAGTGGCCCCCACCTTGTCAGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126098 AAGTGAAGGTGGTTCCAAAGCCCGTAGTGGCCCCCACCTTGTCAGTTGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 CAGACAGAAGGTAGTAGGATTGCCACCAAAGTGTTGGTGGCATCCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126148 CAGACAGAAGGTAGTAGGATTGCCACCAAAGTGTTGGTGGCATCCACCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGGGTCTTCTCCCCCAACCCCAGCCGTGCAGGCCACCTCCTCCGGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126198 AGGGTCTTCTCCCCCAACCCCAGCCGTGCAGGCCACCTCCTCCGGGGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TCACCCTTCCTCCCAAGCCTGCGCCCACCGGCACATCCTGCGAACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126248 TCACCCTTCCTCCCAAGCCTGCGCCCACCGGCACATCCTGCGAACCAAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 ATCGTCATCAACACGGTCCCCCAGCTCCACTCGGAGAAAACCATGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126298 ATCGTCATCAACACGGTCCCCCAGCTCCACTCGGAGAAAACCATGTATCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 TAAGTCCAGCGACAACCGCCTCCTCATGTCCCTCTTCCTCTTCTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126348 TAAGTCCAGCGACAACCGCCTCCTCATGTCCCTCTTCCTCTTCTTCTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TTCTCTTCCTCTGCCTCTTTTTCTACAACTGCTATAAGGGATACCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126398 TTCTCTTCCTCTGCCTCTTTTTCTACAACTGCTATAAGGGATACCTGCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 AGACAGTGCTTGAAATTCCGCTCGGCCCTACTAATTGGGAAGAAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126448 AGACAGTGCTTGAAATTCCGCTCGGCCCTACTAATTGGGAAGAAGAAGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CAAGTCAGATTTCTGTGACCGTGAGCAGAGCCTGAAGGAGACGTTAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126498 CAAGTCAGATTTCTGTGACCGTGAGCAGAGCCTGAAGGAGACGTTAGTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 AGCCAGGGAGCTTCTCCCAGCAGAATGGGGAGCACCCCAAGCCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126548 AGCCAGGGAGCTTCTCCCAGCAGAATGGGGAGCACCCCAAGCCAGCCCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 GACACCGGCTATGAGACCGAGCAAGACACCATCACCAGCAAAGTCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126598 GACACCGGCTATGAGACCGAGCAAGACACCATCACCAGCAAAGTCCCCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GGATAGGGAGGACTCACAGAGGATCGACGACCTTTCTGCCAGGGACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126648 GGATAGGGAGGACTCACAGAGGATCGACGACCTTTCTGCCAGGGACAAGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 CCTTTGACGTCAAGTGTGAGCTGAAGTTCGCTGACTCAGACGCAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126698 CCTTTGACGTCAAGTGTGAGCTGAAGTTCGCTGACTCAGACGCAGATGGA

   2700 
   2584 GAC
        |||
 126748 GAC