seq1 = pF1KSDB0062.tfa, 2010 bp
seq2 = pF1KSDB0062/gi568815593f_69273826.tfa (gi568815593f:69273826_69514289), 240464 bp

>pF1KSDB0062 2010
>gi568815593f:69273826_69514289 (Chr5)

1-267  (99996-100262)   98% ->
268-351  (100803-100886)   100% ->
352-508  (108076-108232)   100% ->
509-645  (110972-111108)   100% ->
646-698  (112218-112270)   100% ->
699-824  (112355-112480)   100% ->
825-894  (112571-112640)   100% ->
895-1006  (115209-115320)   100% ->
1007-1189  (118006-118188)   100% ->
1190-1275  (119330-119415)   100% ->
1276-1422  (119529-119675)   100% ->
1423-1572  (122572-122721)   100% ->
1573-1693  (126224-126344)   100% ->
1694-1751  (136668-136725)   100% ->
1752-2010  (140206-140464)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATCAGGTAACAGACTGGGTTGACCCATCATTTGATGATTTTCTAGA
         |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 TTTTTTCAGGTAACAGACTGGGTTGACCCATCATTTGATGATTTTCTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTAGTGGCGTCTCTACTATTACTGCCACATCATTAGGTGTGAATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GTGTAGTGGCGTCTCTACTATTACTGCCACATCATTAGGTGTGAATAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGTCATAGAAGAAAAAATGGGCCTTCTACATTAGAAAGCAGCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CAAGTCATAGAAGAAAAAATGGGCCTTCTACATTAGAAAGCAGCAGATTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAGCGAGAAAAAGAGGAAATCTATCTTCCTTAGAACAGATTTATGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 CCAGCGAGAAAAAGAGGAAATCTATCTTCCTTAGAACAGATTTATGGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAAATTCAAAAGAATATCTGTCTGAAAATGAACCATGGGTGGATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 AGAAAATTCAAAAGAATATCTGTCTGAAAATGAACCATGGGTGGATAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATAAACCAGAAACTCAG         CATGAACTTGCTGTGCATAAAAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100246 ATAAACCAGAAACTCAGGTA...TAGCATGAACTTGCTGTGCATAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAATTGAAGAAGTCGAAACCTGGTTAAAAGCTCAAGTTTTAGAAAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100827 AAAATTGAAGAAGTCGAAACCTGGTTAAAAGCTCAAGTTTTAGAAAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACCAAAACAG         GGTGGATCTATTTTATTAATAACAGGTCCTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100877 ACCAAAACAGGTA...TAGGGTGGATCTATTTTATTAATAACAGGTCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTGGATGTGGAAAGACAACGACCTTAAAAATACTATCAAAGGAGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 CTGGATGTGGAAAGACAACGACCTTAAAAATACTATCAAAGGAGCATGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATTCAAGTACAAGAGTGGATTAATCCAGTTTTACCAGACTTCCAAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108157 ATTCAAGTACAAGAGTGGATTAATCCAGTTTTACCAGACTTCCAAAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGATTTCAAGGGGATGTTTAATACTG         AATCAAGCTTCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108207 TGATTTCAAGGGGATGTTTAATACTGGTA...CAGAATCAAGCTTCCATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGTTTCCCTATCAGTCTCAGATAGCAGTTTTCAAAGAGTTTCTACTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110987 TGTTTCCCTATCAGTCTCAGATAGCAGTTTTCAAAGAGTTTCTACTAAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCGACAAAGTATAACAAGTTACAAATGCTTGGAGATGATCTGAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111037 GCGACAAAGTATAACAAGTTACAAATGCTTGGAGATGATCTGAGAACTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAAGAAGATAATTCTGGTTGAA         GATTTACCTAACCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111087 TAAGAAGATAATTCTGGTTGAAGTA...TAGGATTTACCTAACCAGTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATCGGGATTCTCATACTTTACATGAAGTTCTAAG         GAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112237 ATCGGGATTCTCATACTTTACATGAAGTTCTAAGGTA...TAGGAAGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGAGGATTGGTCGATGTCCTCTTATATTTATAATCTCGGACAGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112362 GTGAGGATTGGTCGATGTCCTCTTATATTTATAATCTCGGACAGTCTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGAGATAATAATCAAAGGTTATTGTTTCCCAAAGAAATTCAGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112412 TGGAGATAATAATCAAAGGTTATTGTTTCCCAAAGAAATTCAGGAAGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTCTATCTCAAATATTAG         TTTCAACCCTGTGGCACCAACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112462 GTTCTATCTCAAATATTAGGTA...TAGTTTCAACCCTGTGGCACCAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATTATGATGAAATTTCTTAATCGAATAGTGACTATAGAAGCTAACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112593 ATTATGATGAAATTTCTTAATCGAATAGTGACTATAGAAGCTAACAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895        AATGGAGGAAAAATTACTGTCCCTGACAAAACTTCTCTAGAGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112643 A...TAGAATGGAGGAAAAATTACTGTCCCTGACAAAACTTCTCTAGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGCTCTGTCAGGGATGTTCTGGTGATATCAGAAGTGCAATAAACAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115252 TGCTCTGTCAGGGATGTTCTGGTGATATCAGAAGTGCAATAAACAGCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGTTTTCTTCTTCAAAAG         GAGAAAACAACTTACGGCCAAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115302 CAGTTTTCTTCTTCAAAAGGTA...CAGGAGAAAACAACTTACGGCCAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAAAAAGGAATGTCTTTAAAATCAGATGCTGTGCTGTCAAAATCAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118028 GAAAAAAGGAATGTCTTTAAAATCAGATGCTGTGCTGTCAAAATCAAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAAGAAAAAAACCTGATAGGGTTTTTGAAAATCAAGAGGTCCAAGCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118078 GAAGAAAAAAACCTGATAGGGTTTTTGAAAATCAAGAGGTCCAAGCTATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGTGGCAAAGATGTTTCTCTGTTTCTCTTCAGAGCTTTGGGGAAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118128 GGTGGCAAAGATGTTTCTCTGTTTCTCTTCAGAGCTTTGGGGAAAATTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATATTGTAAAA         GAGCATCTTTAACAGAATTAGACTCACCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118178 ATATTGTAAAAGTA...TAGGAGCATCTTTAACAGAATTAGACTCACCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGTTGCCCTCTCATTTATCAGAATATGAACGGGATACATTACTTGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119360 GGTTGCCCTCTCATTTATCAGAATATGAACGGGATACATTACTTGTTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTGAG         GAGGTAGTAGAAATGTCACACATGCCTGGAGACTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119410 CCTGAGGTA...TAGGAGGTAGTAGAAATGTCACACATGCCTGGAGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 ATTTAATTTATATCTTCACCAAAACTACATAGATTTCTTCATGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119564 ATTTAATTTATATCTTCACCAAAACTACATAGATTTCTTCATGGAAATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ATGATATTGTGAGAGCCAGTGAATTTCTGAGTTTTGCAGATATCCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119614 ATGATATTGTGAGAGCCAGTGAATTTCTGAGTTTTGCAGATATCCTCAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGTGACTGGAAT         ACACGCTCTTTACTCAGGGAATATAGCAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119664 GGTGACTGGAATGTA...TAGACACGCTCTTTACTCAGGGAATATAGCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATCTATAGCTACGAGAGGTGTGATGCATTCCAACAAAGCCCGAGGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122601 ATCTATAGCTACGAGAGGTGTGATGCATTCCAACAAAGCCCGAGGATATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTCATTGCCAAGGAGGAGGATCAAGTTTTCGACCCTTGCACAAACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122651 CTCATTGCCAAGGAGGAGGATCAAGTTTTCGACCCTTGCACAAACCTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TGGTTTCTAATAAATAAAAAG         TATCGGGAAAATTGCCTGGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 122701 TGGTTTCTAATAAATAAAAAGGTA...CAGTATCGGGAAAATTGCCTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGCAAAAGCACTTTTTCCTGACTTCTGCCTACCAGCTTTATGCCTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126244 AGCAAAAGCACTTTTTCCTGACTTCTGCCTACCAGCTTTATGCCTCCAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTCAGCTATTGCCATACCTTGCTCTACTAACCATTCCAATGAGAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126294 CTCAGCTATTGCCATACCTTGCTCTACTAACCATTCCAATGAGAAATCAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 G         CTCAGATTTCTTTTATCCAAGATATTGGAAGGCTCCCTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126344 GGTA...CAGCTCAGATTTCTTTTATCCAAGATATTGGAAGGCTCCCTCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GAAGCGACACTTTGGAAG         ATTGAAAATGGAAGCCCTGACTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 136708 GAAGCGACACTTTGGAAGGTA...CAGATTGAAAATGGAAGCCCTGACTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ACAGGGAACATGGAATGATAGACCCTGACAGCGGAGATGAAGCCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140229 ACAGGGAACATGGAATGATAGACCCTGACAGCGGAGATGAAGCCCAGCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AATGGAGGACATTCTGCAGAGGAATCTCTGGGTGAACCCACTCAAGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140279 AATGGAGGACATTCTGCAGAGGAATCTCTGGGTGAACCCACTCAAGCCAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGTGCCGGAAACCTGGTCTCTTCCTTTGAGTCAGAATAGTGCCAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140329 TGTGCCGGAAACCTGGTCTCTTCCTTTGAGTCAGAATAGTGCCAGTGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGCCTGCTAGCCAGCCCCAGCCCTTTTCAGCCCAAGGAGACATGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140379 TGCCTGCTAGCCAGCCCCAGCCCTTTTCAGCCCAAGGAGACATGGAAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   1975 AACATAATAATAGAAGACTACGAGAGTGATGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140429 AACATAATAATAGAAGACTACGAGAGTGATGGGACA