seq1 = pF1KSDB0060.tfa, 2721 bp
seq2 = pF1KSDB0060/gi568815585r_112385996.tfa (gi568815585r:112385996_112687980), 301985 bp

>pF1KSDB0060 2721
>gi568815585r:112385996_112687980 (Chr13)

(complement)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-184  (118722-118829)   100% ->
185-252  (122803-122870)   100% ->
253-330  (128582-128659)   100% ->
331-548  (129568-129785)   100% ->
549-721  (131757-131929)   100% ->
722-840  (132976-133094)   100% ->
841-966  (133799-133924)   99% ->
967-1035  (139805-139873)   100% ->
1036-1168  (140229-140361)   100% ->
1169-1335  (142116-142282)   100% ->
1336-1446  (160497-160607)   100% ->
1447-1555  (160931-161039)   100% ->
1556-1745  (165472-165661)   100% ->
1746-1881  (167960-168095)   100% ->
1882-1950  (168938-169006)   100% ->
1951-2086  (171406-171541)   100% ->
2087-2175  (183267-183355)   100% ->
2176-2307  (183818-183949)   100% ->
2308-2448  (188796-188936)   100% ->
2449-2565  (198284-198400)   100% ->
2566-2721  (201830-201985)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCCCGGACCAGAAGTCGCCGAACGTTCTGCTGCAGAACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACCCCGGACCAGAAGTCGCCGAACGTTCTGCTGCAGAACCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGCAGGATCCTGGGCAGGAGCGAAG         CTGATGTAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 CTGCAGGATCCTGGGCAGGAGCGAAGGTA...CAGCTGATGTAGCCCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTTCCAGTATGCTGTGCGGGTGATTGGCAGCAACTTCGCCCCAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118737 AGTTCCAGTATGCTGTGCGGGTGATTGGCAGCAACTTCGCCCCAACTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAAGAGATGAATTTTTAGTAGCTGAAAAAATCAAGAAAGAGC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118787 GAAAGAGATGAATTTTTAGTAGCTGAAAAAATCAAGAAAGAGCGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    185   TTATTCGACAACGAAGAGAAGCAGATGCTGCATTATTTTCAGAACTCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122801 AGTTATTCGACAACGAAGAGAAGCAGATGCTGCATTATTTTCAGAACTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGAAAACTTCATTCACAG         GGAGTTTTGAAAAATAAATGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122851 ACAGAAAACTTCATTCACAGGTA...CAGGGAGTTTTGAAAAATAAATGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCAATACTCTACCTCTTGCTGAGCCTCAGTGAGGACCCACGCAGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128603 TCAATACTCTACCTCTTGCTGAGCCTCAGTGAGGACCCACGCAGGCAGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAGCAAG         GTTTCTAGCTATGCTACGTTATTTGCTCAGGCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128653 AAGCAAGGTA...CAGGTTTCTAGCTATGCTACGTTATTTGCTCAGGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TACCAAGAGATGCCCACTCAACCCCTTACTACTATGCCAGGCCTCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129602 TACCAAGAGATGCCCACTCAACCCCTTACTACTATGCCAGGCCTCAGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTCCCCTGAGCTACCAAGATCGGAGTGCCCAGTCAGCCCAGAGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129652 CTTCCCCTGAGCTACCAAGATCGGAGTGCCCAGTCAGCCCAGAGCTCCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGCGTGGGCAGCAGTGGCATCAGCAGCATTGGCCTGTGTGCCCTCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129702 CAGCGTGGGCAGCAGTGGCATCAGCAGCATTGGCCTGTGTGCCCTCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCCCGCGCCTGCGCCACAATCTCTCCTCCCAGG         ACAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129752 GCCCCGCGCCTGCGCCACAATCTCTCCTCCCAGGGTA...TAGACAGTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATCAAGCTCCAGGAGTAGGAGATTGCCTTCGACAGCAGTTGGGGTCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131764 AATCAAGCTCCAGGAGTAGGAGATTGCCTTCGACAGCAGTTGGGGTCACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ACTCGCATGGACTTTAACTGCAAATCAGCCTTCTTCACAAGCCACTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131814 ACTCGCATGGACTTTAACTGCAAATCAGCCTTCTTCACAAGCCACTACCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAAAGGTGTCCCCAGTGCTGTGTCTCGCAACATGACAAGGTCCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131864 CAAAAGGTGTCCCCAGTGCTGTGTCTCGCAACATGACAAGGTCCAGGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGGGGATACGGGTG         GTACTATGGAAATTACAGAAGCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 131914 GAAGGGGATACGGGTGGTG...CAGGTACTATGGAAATTACAGAAGCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCTGGTAAGGGACATTTTGTACGTCTTTCAGGGCATAGATGGCAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133001 TCTGGTAAGGGACATTTTGTACGTCTTTCAGGGCATAGATGGCAAAAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAAAATGAACAACACTGAAAATTGTTACAAAGTAGAAGGAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133051 TCAAAATGAACAACACTGAAAATTGTTACAAAGTAGAAGGAAAGGTA...

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841    GCAAATCTAAGTAGGTCTTTGAGAGACACAGCAGTCAGGCTTTCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133796 TAGGCAAATCTAAGTAGGTCTTTGAGAGACACAGCAGTCAGGCTTTCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GTTGGGATGGTTGCATAATAAAATCAGAAGATACACGGACCAGAGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133846 GTTGGGATGGTTGCATAATAAAATCAGAAGATACACGGACCAGAGGAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGACCGCTCATTCGGACTTGTCGGGCAG         AGCTTTTGTGCT
        ||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133896 TGGACCGCTCATTCGGACTCGTCGGGCAGGTG...CAGAGCTTTTGTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GCCTTGCACCAGGAACTCAGAGAATACTATCGATTGCTCTCTGTTTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139817 GCCTTGCACCAGGAACTCAGAGAATACTATCGATTGCTCTCTGTTTTACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TTCTCAG         CTACAACTAGAGGATGACCAGGGTGTGAATTTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139867 TTCTCAGGTA...TAGCTACAACTAGAGGATGACCAGGGTGTGAATTTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GACTTGAGAGTAGTTTAACACTTCGGCGCCTCCTGGTTTGGACCTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140263 GACTTGAGAGTAGTTTAACACTTCGGCGCCTCCTGGTTTGGACCTATGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CCCAAAATACGACTGAAGACCCTTGCGGCCCTAGTGGACCACTGCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 140313 CCCAAAATACGACTGAAGACCCTTGCGGCCCTAGTGGACCACTGCCAAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169         GAAGGAAAGGAGGTGAGCTGGCCTCAGCTGTCCACGCCTACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140363 TC...CAGGAAGGAAAGGAGGTGAGCTGGCCTCAGCTGTCCACGCCTACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAAAAACAGGAGACCCGTACATGCGGTCTCTGGTGCAGCACATCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142158 CAAAAACAGGAGACCCGTACATGCGGTCTCTGGTGCAGCACATCCTCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTCGTGTCTCATCCTGTTTTGAGCTTCCTGTACCGCTGGATATATGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142208 CTCGTGTCTCATCCTGTTTTGAGCTTCCTGTACCGCTGGATATATGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGAGCTTGAGGACACTTACCACGAA         TTTTTTGTAGCATCAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 142258 GGAGCTTGAGGACACTTACCACGAAGTA...CAGTTTTTTGTAGCATCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 ATCCAACAGTTAAAACAGATCGACTGTGGCACGACAAGTATACTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160513 ATCCAACAGTTAAAACAGATCGACTGTGGCACGACAAGTATACTTTGAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAATCGATGATTCCTTCGTTTATGACGATGGATCAGTCTAGGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 160563 AAATCGATGATTCCTTCGTTTATGACGATGGATCAGTCTAGGAAGGTA..

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447     GTCCTTTTGATAGGAAAATCAATAAATTTCTTGCACCAAGTTTGTC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160613 .TAGGTCCTTTTGATAGGAAAATCAATAAATTTCTTGCACCAAGTTTGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ATGATCAGACTCCCACTACAAAGATGATAGCTGTGACCAAGTCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160977 ATGATCAGACTCCCACTACAAAGATGATAGCTGTGACCAAGTCTGCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCACCCCAGGACG         CTGCAGACCTATTCACAGACTTGGAAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 161027 TCACCCCAGGACGGTA...CAGCTGCAGACCTATTCACAGACTTGGAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGCATTTCAGGGGAAGATTGATGCTGCTTATTTTGAGACCAGCAAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165500 TGCATTTCAGGGGAAGATTGATGCTGCTTATTTTGAGACCAGCAAATACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGTTGGATGTTCTCAATAAAAAGTACAGCTTGCTGGACCACATGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165550 TGTTGGATGTTCTCAATAAAAAGTACAGCTTGCTGGACCACATGCAGGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATGAGGCGGTACCTGCTTCTTGGTCAAGGAGACTTTATAAGGCACTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165600 ATGAGGCGGTACCTGCTTCTTGGTCAAGGAGACTTTATAAGGCACTTAAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GGACTTGCTAAA         ACCAGAACTTGTCCGTCCAGCTACGACTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 165650 GGACTTGCTAAAGTA...AAGACCAGAACTTGTCCGTCCAGCTACGACTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TGTATCAGCATAACTTGACTGGAATTCTAGAAACCGCTGTCAGAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167989 TGTATCAGCATAACTTGACTGGAATTCTAGAAACCGCTGTCAGAGCCACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AACGCACAGTTTGACAGTCCTGAGATCCTGCGAAGGCTGGACGTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168039 AACGCACAGTTTGACAGTCCTGAGATCCTGCGAAGGCTGGACGTGCGGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GCTGGAG         GTCTCTCCAGGTGACACTGGATGGGATGTCTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168089 GCTGGAGGTA...TAGGTCTCTCCAGGTGACACTGGATGGGATGTCTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GCCTCGATTATCATGTTGACGGACCAATTGCAACT         GTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 168972 GCCTCGATTATCATGTTGACGGACCAATTGCAACTGTA...CAGGTGTTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 ACTCGAGAATGTATGAGCCACTACCTAAGAGTATTTAACTTCCTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171412 ACTCGAGAATGTATGAGCCACTACCTAAGAGTATTTAACTTCCTCTGGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GGCGAAGCGGATGGAATACATCCTCACTGACATACGGAAGGGACACATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171462 GGCGAAGCGGATGGAATACATCCTCACTGACATACGGAAGGGACACATGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GCAATGCAAAGCTCCTGAGAAACATGCCAG         AGTTCTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 171512 GCAATGCAAAGCTCCTGAGAAACATGCCAGGTG...CAGAGTTCTCCGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 GTGCTGCACCAGTGTCACATTTTGGCCTCTGAGATGGTCCATTTCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183278 GTGCTGCACCAGTGTCACATTTTGGCCTCTGAGATGGTCCATTTCATTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TCAGATGCAGTATTACATCACATTTGAG         GTGCTTGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 183328 TCAGATGCAGTATTACATCACATTTGAGGTA...CAGGTGCTTGAATGTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CTTGGGATGAGCTTTGGAACAAAGTCCAGCAGGCCCAGGATTTGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183831 CTTGGGATGAGCTTTGGAACAAAGTCCAGCAGGCCCAGGATTTGGATCAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 ATCATTGCTGCACACGAGGTGTTCTTAGACACCATCATCTCCCGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183881 ATCATTGCTGCACACGAGGTGTTCTTAGACACCATCATCTCCCGCTGCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 GCTGGACAGTGACTCCAGG         GCACTTTTAAATCAACTTAGAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 183931 GCTGGACAGTGACTCCAGGGTA...CAGGCACTTTTAAATCAACTTAGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 CTGTGTTTGATCAAATTATTGAACTTCAGAATGCTCAAGATGCAATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188818 CTGTGTTTGATCAAATTATTGAACTTCAGAATGCTCAAGATGCAATATAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 AGAGCTGCTCTGGAAGAATTGCAGAGACGATTACAGTTTGAAGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188868 AGAGCTGCTCTGGAAGAATTGCAGAGACGATTACAGTTTGAAGAGAAAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 GAAACAGCGTGAAATTGAG         GGCCAGTGGGGAGTGACGGCAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 188918 GAAACAGCGTGAAATTGAGGTA...CAGGGCCAGTGGGGAGTGACGGCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2471 CAGAGGAAGAGGAGGAAAATAAGAGGATTGGAGAATTTAAAGAATCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198306 CAGAGGAAGAGGAGGAAAATAAGAGGATTGGAGAATTTAAAGAATCTATA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2521 CCAAAAATGTGCTCACAGTTGCGAATATTGACCCATTTCTACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 198356 CCAAAAATGTGCTCACAGTTGCGAATATTGACCCATTTCTACCAGGTG..

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566     GGTATCGTGCAGCAGTTTTTGGTGTTACTGACGACCAGCTCTGACG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198406 .TAGGGTATCGTGCAGCAGTTTTTGGTGTTACTGACGACCAGCTCTGACG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2612 AGAGTCTTCGGTTTCTTAGCTTCAGGCTGGACTTCAACGAGCATTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201876 AGAGTCTTCGGTTTCTTAGCTTCAGGCTGGACTTCAACGAGCATTACAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2662 GCCAGGGAGCCCAGGCTCCGCGTGTCTCTGGGTACCAGGGGGCGGCGCAG
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 201926 GCCAGGGAGCCCAGGCTCCGTGTGTCTCTGGGTACCAGGGGGCGGCGCAG

   2900     .    :
   2712 CTCCCACACG
        ||||||||||
 201976 CTCCCACACG