seq1 = pF1KSDB0042.tfa, 2013 bp
seq2 = pF1KSDB0042/gi568815575r_100576031.tfa (gi568815575r:100576031_100802037), 226007 bp

>pF1KSDB0042 2013
>gi568815575r:100576031_100802037 (ChrX)

(complement)

1-110  (100001-100110)   100% ->
111-326  (100365-100580)   100% ->
327-436  (100709-100818)   100% ->
437-539  (101039-101141)   100% ->
540-641  (110829-110930)   100% ->
642-717  (111400-111475)   100% ->
718-808  (111873-111963)   100% ->
809-912  (112079-112182)   100% ->
913-1005  (113595-113687)   100% ->
1006-1184  (114793-114971)   100% ->
1185-1287  (115257-115359)   99% ->
1288-1449  (115887-116048)   100% ->
1450-1558  (120703-120811)   100% ->
1559-1658  (122626-122725)   100% ->
1659-1867  (123439-123647)   100% ->
1868-2013  (125862-126007)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGAGTTACTGGACCTTTCTTTTCTGTCTGAGGAGGAAAAGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGAGTTACTGGACCTTTCTTTTCTGTCTGAGGAGGAAAAGGATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTCTCAGTGTTCTACAGCGAGATGAAGAGGTCCGGAAAGCAGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTCTCAGTGTTCTACAGCGAGATGAAGAGGTCCGGAAAGCAGATGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAGGATTAG         GCGACTAAAGAATGAGTTACTGGAGATAAAA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAGGATTAGGTA...CAGGCGACTAAAGAATGAGTTACTGGAGATAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAAAGGGGCCAAGAGGGGCAGCCAACACTACAGTGATCGGACCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100396 AGGAAAGGGGCCAAGAGGGGCAGCCAACACTACAGTGATCGGACCTGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGGTGCCAGGAGAGCCTGGGCCGTTTGAGTCCCAAAACCAATACTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 CCGGTGCCAGGAGAGCCTGGGCCGTTTGAGTCCCAAAACCAATACTTGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGGTTGTAATCACCTGGTGTGTCGGGACTGCCGCATACAGGAAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 GGGGTTGTAATCACCTGGTGTGTCGGGACTGCCGCATACAGGAAAGCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGTACCTGGAGGTGCAAGGTGTGCGCCAAGGAAAT         AGAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100546 GGTACCTGGAGGTGCAAGGTGTGCGCCAAGGAAATGTG...CAGAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGAAAGCAACTGGGGACTGGTTTTATGACCAGAAAGTGAATCGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 GAAGAAAGCAACTGGGGACTGGTTTTATGACCAGAAAGTGAATCGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTACCGCACAGGTAGTGAGATAATCAGGATGTCCCTGCGCCACAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100765 CTTACCGCACAGGTAGTGAGATAATCAGGATGTCCCTGCGCCACAAACCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAG         TGAGTAAAAGAGAGACAGTGGGACAGTCCCTCCTTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100815 GCAGGTA...AAGTGAGTAAAAGAGAGACAGTGGGACAGTCCCTCCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGACACAGATGGGTGACATCTGGCCAGGAAGAAAGATCATTCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101076 TCAGACACAGATGGGTGACATCTGGCCAGGAAGAAAGATCATTCAGGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCAGAAGGAGCCCAG         TGTGCTATTTGAAGTGCCAAAGCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101126 GGCAGAAGGAGCCCAGGTA...TAGTGTGCTATTTGAAGTGCCAAAGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAAAGTGGAAAGAGTGCATTGGAAGCTGAGAGTGAGAGTCTGGATAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110854 AAAAGTGGAAAGAGTGCATTGGAAGCTGAGAGTGAGAGTCTGGATAGCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACAGCTGACTCGGATAGCACCTCCAG         GAGAGACTCTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 110904 CACAGCTGACTCGGATAGCACCTCCAGGTG...CAGGAGAGACTCTCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATAAATCTGGCCTCTTTCCAGAATGGAAGAAGATGTCTGCTCCCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111414 ATAAATCTGGCCTCTTTCCAGAATGGAAGAAGATGTCTGCTCCCAAATCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAAGTAGAAAAG         GAAACTCAGCCTGGAGGTCAAAATGTGGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111464 CAAGTAGAAAAGGTA...TAGGAAACTCAGCCTGGAGGTCAAAATGTGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATTTGTGGATGAGGGTGAGATGATATTTAAGAAGAACACCAGAAAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111902 ATTTGTGGATGAGGGTGAGATGATATTTAAGAAGAACACCAGAAAAATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCAGGCCTTCAG         AGTACACTAAATCTGTGATAGATCTTCGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 111952 TCAGGCCTTCAGGTA...CAGAGTACACTAAATCTGTGATAGATCTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCAGAAGATGTGGTACATGAAAGTGGCTCCTTGGGAGACAGAAGCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112108 CCAGAAGATGTGGTACATGAAAGTGGCTCCTTGGGAGACAGAAGCAAATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CGTCCCAGGCCTCAATGTGGATATG         GAAGAGGAAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 112158 CGTCCCAGGCCTCAATGTGGATATGGTA...CAGGAAGAGGAAGAAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGAAGACATTGACCACCTAGTGAAGTTACATCGCCAGAAGCTAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113611 AAGAAGACATTGACCACCTAGTGAAGTTACATCGCCAGAAGCTAGCCAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AGCAGCATGCAAAGTGGCTCCTCCATG         AGTACGATCGGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113661 AGCAGCATGCAAAGTGGCTCCTCCATGGTA...CAGAGTACGATCGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATGATGAGCATCTACAGTGAAGCTGGTGATTTCGGGAACATCTTTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114807 CATGATGAGCATCTACAGTGAAGCTGGTGATTTCGGGAACATCTTTGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTGGCAGGATTGCCTTTTCCCTGAAGTATGAGCAGCAAACCCAGAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114857 CTGGCAGGATTGCCTTTTCCCTGAAGTATGAGCAGCAAACCCAGAGTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTTGTCCATGTGAAGGAGTGCCATCAGCTGGCCTATGCTGATGAAGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114907 GTTGTCCATGTGAAGGAGTGCCATCAGCTGGCCTATGCTGATGAAGCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGCGCTCTAACCC         ATATGTGAAGACTTACCTTCTGCCTG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114957 GAAGCGCTCTAACCCGTG...TAGATATGTGAAGACTTACCTTCTGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAAGTCCCGCCAAGGAAAAAGAAAAACCAGCATCAAGCGGGACACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 115283 ACAAGTCCCGCCAAGGAAAAAGAAAAACCAGCATCAAGCGGGACACTATT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AATCCACTATATGATGAGACGCTGAGG         TATGAGATCCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 115333 AATCCACTATATGATGAGACGCTGAGGGTA...CAGTATGAGATCCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 ATCTCTCCTGGCCCAGAGGACCCTGCAGTTCTCAGTTTGGCATCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115901 ATCTCTCCTGGCCCAGAGGACCCTGCAGTTCTCAGTTTGGCATCATGGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GTTTTGGCAGAAACACTTTCCTTGGAGAGGCAGAGATCCAGATGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115951 GTTTTGGCAGAAACACTTTCCTTGGAGAGGCAGAGATCCAGATGGATTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TGGAAGCTTGATAAGAAACTGGATCATTGCCTCCCTTTACATGGAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116001 TGGAAGCTTGATAAGAAACTGGATCATTGCCTCCCTTTACATGGAAAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450        ATCAGTGCTGAGTCCCCGACTGGCTTGCCATCACACAAAGGCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116051 A...CAGATCAGTGCTGAGTCCCCGACTGGCTTGCCATCACACAAAGGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGTTGGTGGTTTCATTGAAATACATCCCAGCCTCCAAAACCCCTGTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120746 AGTTGGTGGTTTCATTGAAATACATCCCAGCCTCCAAAACCCCTGTTGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GGTGACCGGAAAAAGA         GTAAAGGTGGGGAAGGGGGAGAGCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120796 GGTGACCGGAAAAAGAGTG...CAGGTAAAGGTGGGGAAGGGGGAGAGCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCAGGTGTGGATCAAAGAAGCCAAGAACTTGACGGCTGCCAAAGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122651 CCAGGTGTGGATCAAAGAAGCCAAGAACTTGACGGCTGCCAAAGCAGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GGACTTCAGACAGCTTTGTCAAGGG         ATACCTCCTTCCCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122701 GGACTTCAGACAGCTTTGTCAAGGGGTG...CAGATACCTCCTTCCCATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AGGAACAAGGCCAGTAAACGTAAAACTCCTGTGATGAAGAAGACCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123455 AGGAACAAGGCCAGTAAACGTAAAACTCCTGTGATGAAGAAGACCCTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TCCTCACTACAACCATACATTTGTCTACAATGGTGTGAGGCTGGAAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123505 TCCTCACTACAACCATACATTTGTCTACAATGGTGTGAGGCTGGAAGATC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 TACAGCATATGTGCCTGGAACTGACTGTGTGGGACCGGGAGCCCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123555 TACAGCATATGTGCCTGGAACTGACTGTGTGGGACCGGGAGCCCCTGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 AGCAATGACTTCCTGGGAGGGGTCAGGCTGGGTGTTGGCACTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 123605 AGCAATGACTTCCTGGGAGGGGTCAGGCTGGGTGTTGGCACTGGTG...C

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1868   GGATCAGTAATGGGGAAGTGGTGGACTGGATGGACTCGACTGGGGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125860 AGGGATCAGTAATGGGGAAGTGGTGGACTGGATGGACTCGACTGGGGAAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AAGTGAGCCTGTGGCAGAAGATGCGACAGTACCCAGGGTCTTGGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125910 AAGTGAGCCTGTGGCAGAAGATGCGACAGTACCCAGGGTCTTGGGCAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1966 GGGACTCTGCAGCTCCGTTCCTCAATGGCCAAGCAGAAGCTGGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125960 GGGACTCTGCAGCTCCGTTCCTCAATGGCCAAGCAGAAGCTGGGTTTA