seq1 = pF1KSDB0036.tfa, 1935 bp
seq2 = pF1KSDB0036/gi568815587r_85874708.tfa (gi568815587r:85874708_86168780), 294073 bp

>pF1KSDB0036 1935
>gi568815587r:85874708_86168780 (Chr11)

(complement)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-273  (137170-137312)   100% ->
274-349  (142414-142489)   100% ->
350-452  (146312-146414)   100% ->
453-546  (153818-153911)   98% ->
547-658  (156389-156500)   100% ->
659-765  (157645-157751)   100% ->
766-807  (161198-161239)   100% ->
808-893  (165330-165415)   100% ->
894-1017  (167623-167746)   100% ->
1018-1154  (168002-168138)   100% ->
1155-1258  (171852-171955)   100% ->
1259-1387  (178403-178531)   100% ->
1388-1495  (184808-184915)   100% ->
1496-1627  (186778-186909)   100% ->
1628-1658  (187006-187036)   100% ->
1659-1758  (187553-187652)   99% ->
1759-1818  (192099-192158)   100% ->
1819-1931  (193969-194078)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGCCAGAGCCTGACGGACCGAATCACTGCCGCCCAGCACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGGCCAGAGCCTGACGGACCGAATCACTGCCGCCCAGCACAGTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGGCTCTGCCGTATCCAAGACAGTATGCAAGGCCACGACCCACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGGCTCTGCCGTATCCAAGACAGTATGCAAGGCCACGACCCACGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATGGGGCCCAAGAAAAAGCACCTGGACT         ACTTAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TCATGGGGCCCAAGAAAAAGCACCTGGACTGTG...CAGACTTAATTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCACAAATGAGATGAATGTGAACATCCCACAGTTGGCAGACAGTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137181 TGCACAAATGAGATGAATGTGAACATCCCACAGTTGGCAGACAGTTTATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAAGAACTACTAATAGTAGTTGGGTGGTGGTCTTCAAATCTCTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137231 TGAAAGAACTACTAATAGTAGTTGGGTGGTGGTCTTCAAATCTCTCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAACTCATCATTTGATGGTGTATGGAAATGAG         CGTTTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 137281 CAACTCATCATTTGATGGTGTATGGAAATGAGGTA...CAGCGTTTTATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTATTTGGCTTCAAGAAACACGTTGTTTAACTTAAGCAATTTTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142423 CAGTATTTGGCTTCAAGAAACACGTTGTTTAACTTAAGCAATTTTTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAAGTGGATTGCAAG         GATATGACATGTCTACATTTATTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 142473 TAAAAGTGGATTGCAAGGTA...CAGGATATGACATGTCTACATTTATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCGGTATAGTAGATATTTAAATGAGAAAGCAGTTTCATACAGACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146336 GGCGGTATAGTAGATATTTAAATGAGAAAGCAGTTTCATACAGACAAGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCATTTGATTTCACAAAAGTGAAGAGAGG         GGCTGATGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 146386 GCATTTGATTTCACAAAAGTGAAGAGAGGGTG...CAGGGCTGATGGAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATGAGAACAATGAACACAGAAAAACTCCTAAAAACTGTACCAATTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153830 TATGAGAACAATGAACACAGAAAAACTCCTAAAAACTGTACCAATTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAATCAAATGGATGCACTTCTTGATTTTAAT         GTTAATAGC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 153880 AGAATCAGATGGATGCACTTCTTGATTTTAATGTG...TAGGTTAATAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATGAACTTACAAATGGGGTAATAAATGCTGCCTTCATGCTCCTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156398 AATGAACTTACAAATGGGGTAATAAATGCTGCCTTCATGCTCCTGTTCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGATGCCATTAGACTGTTTGCAGCATACAATGAAGGAATTATTAATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156448 AGATGCCATTAGACTGTTTGCAGCATACAATGAAGGAATTATTAATTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGG         AAAAATATTTTGATATGAAAAAGAACCAATGCAAAGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156498 TGGGTA...CAGAAAAATATTTTGATATGAAAAAGAACCAATGCAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGTCTTGACATCTATAAGAAGTTCCTAACTAGGATGACAAGAATCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157683 GGTCTTGACATCTATAAGAAGTTCCTAACTAGGATGACAAGAATCTCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTCCTCAAAGTTGCAGAG         CAAGTTGGAATTGACAGAGGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 157733 GTTCCTCAAAGTTGCAGAGGTA...CAGCAAGTTGGAATTGACAGAGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATATACCAGACCTTTCACAG         GCCCCTAGCAGTCTTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 161220 ATATACCAGACCTTTCACAGGTA...CAGGCCCCTAGCAGTCTTCTTGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GCTTTGGAACAACATTTAGCTTCCTTGGAAGGAAAGAAAATCAAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165351 GCTTTGGAACAACATTTAGCTTCCTTGGAAGGAAAGAAAATCAAAGATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TACAGCTGCAAGCAG         GGCAACTACACTTTCCAATGCAGTGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 165401 TACAGCTGCAAGCAGGTA...TAGGGCAACTACACTTTCCAATGCAGTGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTTCCCTGGCAAGCACTGGTCTATCTCTGACCAAAGTGGATGAAAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167649 CTTCCCTGGCAAGCACTGGTCTATCTCTGACCAAAGTGGATGAAAGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAGCAGGCAGCATTAGAGGAAGAACAGGCACGTTTGAAAGCTTTAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 167699 AAGCAGGCAGCATTAGAGGAAGAACAGGCACGTTTGAAAGCTTTAAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1018        GAACAGCGCCTAAAAGAACTTGCAAAGAAACCTCATACCTCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167749 A...CAGGAACAGCGCCTAAAAGAACTTGCAAAGAAACCTCATACCTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TAACAACTGCAGCCTCTCCTGTATCCACCTCAGCAGGAGGGATAATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168045 TAACAACTGCAGCCTCTCCTGTATCCACCTCAGCAGGAGGGATAATGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCACCAGCCATTGACATATTTTCTACCCCTAGTTCTTCTAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 168095 GCACCAGCCATTGACATATTTTCTACCCCTAGTTCTTCTAACAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1155    CACATCAAAGCTGCCCAATGATCTGCTTGATTTGCAGCAGCCAACTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171849 TAGCACATCAAAGCTGCCCAATGATCTGCTTGATTTGCAGCAGCCAACTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TTCACCCATCTGTACATCCTATGTCAACTGCTTCTCAGGTAGCAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171899 TTCACCCATCTGTACATCCTATGTCAACTGCTTCTCAGGTAGCAAGTACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGGGGAG         ATGCTGTTGATGATGCCATTCCAAGCTTAAATCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171949 TGGGGAGGTA...TAGATGCTGTTGATGATGCCATTCCAAGCTTAAATCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TTTCCTCACAAAAAGTAGTGGTGATGTTCACCTTTCCATTTCTTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178437 TTTCCTCACAAAAAGTAGTGGTGATGTTCACCTTTCCATTTCTTCAGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TATCTACTTTTACTACTAGGACACCTACTCATGAAATGTTTGTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 178487 TATCTACTTTTACTACTAGGACACCTACTCATGAAATGTTTGTTGGTA..

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388     GATTCACTCCTTCTCCAGTTGCACAGCCACACCCTTCAGCTGGCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178537 .CAGGATTCACTCCTTCTCCAGTTGCACAGCCACACCCTTCAGCTGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TAATGTTGACTTTGAATCTGTGTTTGGAAATAAATCTACAAATGTTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184854 TAATGTTGACTTTGAATCTGTGTTTGGAAATAAATCTACAAATGTTATTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TAGATTCTGGGG         GCTTTGATGAACTAGGTGGACTTCTCAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 184904 TAGATTCTGGGGGTA...AAGGCTTTGATGAACTAGGTGGACTTCTCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CCAACAGTGGCCTCTCAGAACCAGAACCTTCCTGTTGCCAAACTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186807 CCAACAGTGGCCTCTCAGAACCAGAACCTTCCTGTTGCCAAACTCCCACC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAGCAAGTTAGTATCTGATGACTTGGATTCATCTTTAGCCAACCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186857 TAGCAAGTTAGTATCTGATGACTTGGATTCATCTTTAGCCAACCTTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GCA         ATCTTGGCATCGGAAATGGAACCACTAAGAA       
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 186907 GCAGTA...TAGATCTTGGCATCGGAAATGGAACCACTAAGAAGTG...A

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1659   TGATGTAAATTGGAGTCAACCAGGTGAAAAGAAGTTAACTGGGGGATC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187551 AGTGATGTAAATTGGAGTCAACCAGGTGAAAAGAAGTTAACTGGGGGATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TAACTGGCAACCAAAGGTTGCACCAACAACCGCTTGGAATGCGGCAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 187601 TAACTGGCAACCAAAGGTTGCACCAACAACCGCTTGGAATGCTGCAACAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TG         GCACCCCCTGTAATGGCCTATCCTGCTACTACACCAACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187651 TGGTG...TAGGCACCCCCTGTAATGGCCTATCCTGCTACTACACCAACA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GGCATGATAGGATATGGAATT         CCTCCACAAATGGGAAGTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 192138 GGCATGATAGGATATGGAATTGTA...TAGCCTCCACAAATGGGAAGTGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 TCCTGTAATGACGCAACCAACCTTAATATACAGCCAGCCTGTCATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193989 TCCTGTAATGACGCAACCAACCTTAATATACAGCCAGCCTGTCATGAGAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 CTCCAAACCCCTTTGGCCCTGTATCAGGAGCACAGATACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||---||
 194039 CTCCAAACCCCTTTGGCCCTGTATCAGGAGCACAGGTA   TT