seq1 = pF1KSDB0035.tfa, 1407 bp
seq2 = pF1KSDB0035/gi568815586r_122373500.tfa (gi568815586r:122373500_122582088), 208589 bp

>pF1KSDB0035 1407
>gi568815586r:122373500_122582088 (Chr12)

(complement)

1-18  (99437-99454)   100% ->
19-161  (100002-100144)   100% ->
162-304  (100425-100567)   100% ->
305-426  (101778-101899)   100% ->
427-513  (103797-103883)   100% ->
514-631  (104131-104248)   100% ->
632-1407  (107814-108589)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGATTGCCCAATG         CCTCGGAATGCTGCTCGAATAAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  99437 ATGAAAGATTGCCCAATGGTA...TAGCCTCGGAATGCTGCTCGAATAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGAAAAGAGAAAAGAGTATATGGATGCCTGTGGAGAAGCAAACAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TGAAAAGAGAAAAGAGTATATGGATGCCTGTGGAGAAGCAAACAATCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTCCAGCAGCGATACCACGCAGAAGAAGTAGAAGAAAGATTTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 ATTTCCAGCAGCGATACCACGCAGAAGAAGTAGAAGAAAGATTTGGAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAAGCCAGGAGTTATTAG         TGAGGAACTTCAAGATGCACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100125 TTCAAGCCAGGAGTTATTAGGTA...TAGTGAGGAACTTCAAGATGCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGGTGTGACAGACAAGAGTCTTCCACCTTTTATCTATCGGATGCGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100446 AGGTGTGACAGACAAGAGTCTTCCACCTTTTATCTATCGGATGCGCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAGGGTACCCACCAGGGTGGCTCAAAGAGGCTGAATTGGAGAATTCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100496 TAGGGTACCCACCAGGGTGGCTCAAAGAGGCTGAATTGGAGAATTCGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGCACTCTATGATGGAAAAG         ATGGCACTGATGGGGAAAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100546 CTTGCACTCTATGATGGAAAAGGTA...TAGATGGCACTGATGGGGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGAAGTTGGAGAAATACAACAGAATAAAAGTGTCACTTACGATCTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101797 AGAAGTTGGAGAAATACAACAGAATAAAAGTGTCACTTACGATCTCTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AATTGGTCAACTATCCTGGTTTTAATATATCTACTCCCAGAGGAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101847 AATTGGTCAACTATCCTGGTTTTAATATATCTACTCCCAGAGGAATTCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAC         GAATGGAGGATCTTTGGTTCCATACCAATGCAGGCATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101897 GACGTA...TAGGAATGGAGGATCTTTGGTTCCATACCAATGCAGGCATG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCAGCAGAAGGATGTGTTTGCCAATTACCTTACTTCTAACTTCCAAGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 103835 TCAGCAGAAGGATGTGTTTGCCAATTACCTTACTTCTAACTTCCAAGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    514         CCAGGTGTGAAGTCTGGCAACAAGAGGTCTTCATCTCACTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103885 TA...TAGCCAGGTGTGAAGTCTGGCAACAAGAGGTCTTCATCTCACTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCCAGGTAGTCCAAAGAAGCAGAAGAATGAAAGCAACTCAGCGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104173 AGCCCAGGTAGTCCAAAGAAGCAGAAGAATGAAAGCAACTCAGCGGGATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCCCGCCGACATGGAGCTCGATTCAG         ATATGGAGGTACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104223 TCCCGCCGACATGGAGCTCGATTCAGGTA...CAGATATGGAGGTACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGGTTCTCAGAGCAGCGAAAGTTTTCAGTTTCAACCACCATTACCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107829 ATGGTTCTCAGAGCAGCGAAAGTTTTCAGTTTCAACCACCATTACCTCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACACTCCTCCACTCCCCCGGGGAACTCCTCCACCCGTCTTCACCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 GACACTCCTCCACTCCCCCGGGGAACTCCTCCACCCGTCTTCACCCCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACTCCCAAAGGGCACCCCGCCGCTGACTCCCAGTGACTCACCCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 ACTCCCAAAGGGCACCCCGCCGCTGACTCCCAGTGACTCACCCCAGACCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAACAGCATCTGGAGCTGTGGATGAGGACGCACTGACTCTAGAAGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 GAACAGCATCTGGAGCTGTGGATGAGGACGCACTGACTCTAGAAGAACTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAGAACAGCAGAGGCGGATCTGGGCAGCTCTTGAGCAGGCCGAGAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108029 GAAGAACAGCAGAGGCGGATCTGGGCAGCTCTTGAGCAGGCCGAGAGCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAACAGCGACTCCGACGTTCCTGTGGACACACCTTTAACTGGCAATTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 AAACAGCGACTCCGACGTTCCTGTGGACACACCTTTAACTGGCAATTCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGCCTCATCACCTTGTCCAAATGAGCTAGACCTCCCTGTCCCGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108129 TTGCCTCATCACCTTGTCCAAATGAGCTAGACCTCCCTGTCCCGGAGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAAACATCTGAAAAGCAGACGCTGGATGAGCCTGAGGTACCAGAGATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108179 AAAACATCTGAAAAGCAGACGCTGGATGAGCCTGAGGTACCAGAGATTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TACAAAGAAATCAGAAGCTGGACATGCCTCCAGTCCAGACTCTGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 TACAAAGAAATCAGAAGCTGGACATGCCTCCAGTCCAGACTCTGAGGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CATCACTTTGTCAGAAGGAAAAAGCAGAGTTGGCTCCGGTAAACACTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108279 CATCACTTTGTCAGAAGGAAAAAGCAGAGTTGGCTCCGGTAAACACTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GGTGCCCTTCTTGATAATGGCAGTGTCGTACCAAACTGTGACATCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108329 GGTGCCCTTCTTGATAATGGCAGTGTCGTACCAAACTGTGACATCAGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGGGGGCAGCCAGAAGCTCTTTCCTGCAGACACCAGTCCTTCAACGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108379 TGGGGGCAGCCAGAAGCTCTTTCCTGCAGACACCAGTCCTTCAACGGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTAAAATTCATAGCCCTATACCTGACATGAGCAAATTTGCAACTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108429 CTAAAATTCATAGCCCTATACCTGACATGAGCAAATTTGCAACTGGAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACGCCATTTGAATTTGAGAATATGGCAGAATCTACTGGAATGTACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108479 ACGCCATTTGAATTTGAGAATATGGCAGAATCTACTGGAATGTACCTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GATAAGAAGCTTGTTAAAGAACTCACCCCGAAACCAGCAGAAAAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108529 GATAAGAAGCTTGTTAAAGAACTCACCCCGAAACCAGCAGAAAAACAAAA

   1450     .    :
   1397 AGGCCTCTGAA
        |||||||||||
 108579 AGGCCTCTGAA