seq1 = pF1KSDB0034.tfa, 2109 bp
seq2 = pF1KSDB0034/gi568815589r_127406848.tfa (gi568815589r:127406848_127631704), 224857 bp

>pF1KSDB0034 2109
>gi568815589r:127406848_127631704 (Chr9)

(complement)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-186  (104383-104511)   100% ->
187-292  (106542-106647)   100% ->
293-460  (107859-108026)   100% ->
461-576  (113764-113879)   100% ->
577-681  (114489-114593)   100% ->
682-844  (114686-114848)   100% ->
845-1032  (121372-121559)   100% ->
1033-1188  (122574-122729)   100% ->
1189-1305  (123167-123283)   100% ->
1306-1413  (123505-123612)   100% ->
1414-1525  (123727-123838)   100% ->
1526-2109  (124274-124857)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCCATGAGATTGAGGGCACGGGGCTGCCGCAGGCCCAGCTGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCCATGAGATTGAGGGCACGGGGCTGCCGCAGGCCCAGCTGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCAAG         GTGCCACTGGACGAGCGCATCGTCTTCTCGGGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCAAGGTG...CAGGTGCCACTGGACGAGCGCATCGTCTTCTCGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTCTTCCAGCACCAGGAGGACAGCAAGAAGTGGAGAAACCGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104417 ACCTCTTCCAGCACCAGGAGGACAGCAAGAAGTGGAGAAACCGCTTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGTGCCCCACAACTACGGGCTGGTGCTCTACGAAAACAAAGCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104467 CTCGTGCCCCACAACTACGGGCTGGTGCTCTACGAAAACAAAGCGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GCCTATGAGCGGCAGGTCCCACCACGAGCCGTCATCAACAGTGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104517 .CAGGCCTATGAGCGGCAGGTCCCACCACGAGCCGTCATCAACAGTGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTACAAAATCCTCACGTCCGTGGACCAATACCTGGAGCTCATTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106588 GCTACAAAATCCTCACGTCCGTGGACCAATACCTGGAGCTCATTGGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCTTACCAG         GGACCACGGCAAAGTCGGGCAGTGCCCCCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106638 TCCTTACCAGGTA...CAGGGACCACGGCAAAGTCGGGCAGTGCCCCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTCAAGTGCCCCACACAGTTCCCGCTCATCCTCTGGCATCCTTATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107890 CCTCAAGTGCCCCACACAGTTCCCGCTCATCCTCTGGCATCCTTATGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTCACTACTACTTCTGCATGATGACAGAAGCCGAGCAGGACAAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107940 GTCACTACTACTTCTGCATGATGACAGAAGCCGAGCAGGACAAGTGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGTGCTGCAGGACTGCATCCGGCACTGCAACAATG         GAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 107990 GCTGTGCTGCAGGACTGCATCCGGCACTGCAACAATGGTG...CAGGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCCTGAGGACTCCAAGGTAGAGGGCCCTGCGTTCACAGATGCCATCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113768 CCCTGAGGACTCCAAGGTAGAGGGCCCTGCGTTCACAGATGCCATCCGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGTACCGACAGTCCAAGGAGCTGTACGGCACCTGGGAGATGCTGTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113818 TGTACCGACAGTCCAAGGAGCTGTACGGCACCTGGGAGATGCTGTGTGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACGAGGTGCAG         ATCCTGAGCAACCTGGTGATGGAGGAGCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 113868 AACGAGGTGCAGGTG...TAGATCCTGAGCAACCTGGTGATGGAGGAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCCCTGAGCTGAAGGCAGAGCTCGGCCCGCGGCTGAAGGGGAAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114518 GGGCCCTGAGCTGAAGGCAGAGCTCGGCCCGCGGCTGAAGGGGAAACCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGAGCGGCAGCGGCAGTGGATCCAG         ATCTCGGACGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114568 AGGAGCGGCAGCGGCAGTGGATCCAGGTG...CAGATCTCGGACGCCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACCACATGGTGTACGAGCAGGCCAAGGCGCGCTTCGAGGAGGTGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114701 TACCACATGGTGTACGAGCAGGCCAAGGCGCGCTTCGAGGAGGTGCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAAGGTGCAGCAGGTGCAGCCGGCCATGCAGGCCGTCATCCGAACTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114751 CAAGGTGCAGCAGGTGCAGCCGGCCATGCAGGCCGTCATCCGAACTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGACCAAATTATCACCTCCAAGGAGCACCTTGCCAGCAAGATCCGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114801 TGGACCAAATTATCACCTCCAAGGAGCACCTTGCCAGCAAGATCCGAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        CCTTCATCCTCCCCAAGGCAGAGGTGTGCGTGCGGAACCATGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114851 A...CAGCCTTCATCCTCCCCAAGGCAGAGGTGTGCGTGCGGAACCATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGCCCTACATCCCATCCATCCTGGAGGCCCTGATGGTCCCCACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121415 CCAGCCCTACATCCCATCCATCCTGGAGGCCCTGATGGTCCCCACCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGGCTTCACTGAGGTGCGAGATGTCTTCTTCAAGGAGGTCACGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121465 AGGGCTTCACTGAGGTGCGAGATGTCTTCTTCAAGGAGGTCACGGACATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACCTGAACGTCATCAACGAGGGCGGCATTGACAAGCTGGGCGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 121515 AACCTGAACGTCATCAACGAGGGCGGCATTGACAAGCTGGGCGAGGTG..

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033     TACATGGAGAAGCTGTCCCGGCTGGCGTACCACCCCCTGAAGATGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121565 .CAGTACATGGAGAAGCTGTCCCGGCTGGCGTACCACCCCCTGAAGATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAGCTGCTATGAGAAGATGGAGTCGCTGCGACTGGACGGGCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122620 AGAGCTGCTATGAGAAGATGGAGTCGCTGCGACTGGACGGGCTGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGATTTGATGTGTCCAGCACGTCCGTGTTCAAGCAGCGAGCCCAGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122670 CGATTTGATGTGTCCAGCACGTCCGTGTTCAAGCAGCGAGCCCAGATCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGCGGGAG         CAAATGGACAATGCCGTGTATACGTTCGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 122720 CATGCGGGAGGTA...CAGCAAATGGACAATGCCGTGTATACGTTCGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCCTCCTGCACCAGGAGCTGGGGAAGGGGCCCACCAAGGAGGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123198 CCCTCCTGCACCAGGAGCTGGGGAAGGGGCCCACCAAGGAGGAGCTGTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGTCCATCCAGCGGGTCCTGGAGCGGGTGCTGAAG         AAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 123248 AAGTCCATCCAGCGGGTCCTGGAGCGGGTGCTGAAGGTG...CAGAAATA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGACTACGACAGCAGCTCTGTGCGGAAGAGGTTCTTCCGGGAGGCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123510 CGACTACGACAGCAGCTCTGTGCGGAAGAGGTTCTTCCGGGAGGCGCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCAGATCAGCATCCCGTTCCTGCTCAAGAAGCTGGCCCCTACCTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123560 TGCAGATCAGCATCCCGTTCCTGCTCAAGAAGCTGGCCCCTACCTGCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TCG         GAGCTGCCCCGGTTCCAGGAGCTGATCTTCGAGGACTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123610 TCGGTG...CAGGAGCTGCCCCGGTTCCAGGAGCTGATCTTCGAGGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGCCAGGTTCATCCTGGTGGAAAACACGTACGAGGAGGTGGTGCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123765 TGCCAGGTTCATCCTGGTGGAAAACACGTACGAGGAGGTGGTGCTGCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCGTCATGAAGGACATCCTGCAGG         CTGTGAAGGAGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 123815 CCGTCATGAAGGACATCCTGCAGGGTG...TAGCTGTGAAGGAGGCCGCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTGCAGAGGAAGCACAACCTCTACCGGGACAGCATGGTCATGCACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124291 GTGCAGAGGAAGCACAACCTCTACCGGGACAGCATGGTCATGCACAACAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CGACCCCAACCTGCACCTGCTGGCCGAGGGCGCCCCCATCGACTGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124341 CGACCCCAACCTGCACCTGCTGGCCGAGGGCGCCCCCATCGACTGGGGCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 AGGAGTACAGCAACAGCGGCGGGGGCGGCAGCCCCAGCCCCAGCACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124391 AGGAGTACAGCAACAGCGGCGGGGGCGGCAGCCCCAGCCCCAGCACCCCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GAGTCAGCCACCCTCTCGGAAAAGCGACGGCGCGCCAAGCAGGTGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124441 GAGTCAGCCACCCTCTCGGAAAAGCGACGGCGCGCCAAGCAGGTGGTCTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TGTGGTCCAGGATGAGGAGGTGGGGCTGCCCTTTGAGGCTAGCCCTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124491 TGTGGTCCAGGATGAGGAGGTGGGGCTGCCCTTTGAGGCTAGCCCTGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 CACCACCACCTGCGTCCCCGGACGGTGTCACTGAGATCCGAGGCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124541 CACCACCACCTGCGTCCCCGGACGGTGTCACTGAGATCCGAGGCCTGCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GCCCAAGGTCTGCGGCCTGAGAGCCCCCCACCAGCCGGCCCCCTGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124591 GCCCAAGGTCTGCGGCCTGAGAGCCCCCCACCAGCCGGCCCCCTGCTCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CGGGGCCCCCGCTGGGGAGAGTCCCCAGCCTAAGGCCGCCCCCGAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124641 CGGGGCCCCCGCTGGGGAGAGTCCCCAGCCTAAGGCCGCCCCCGAGGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CCTCGCCGCCTGCCTCACCCCTCCAGCATCTCCTGCCTGGAAAGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124691 CCTCGCCGCCTGCCTCACCCCTCCAGCATCTCCTGCCTGGAAAGGCTGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GACCTTGGGCCCCCCAAGCCCAGCGACCAGGAGACTGGAGAGCAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124741 GACCTTGGGCCCCCCAAGCCCAGCGACCAGGAGACTGGAGAGCAGGTGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CAGCCCCAGCAGCCACCCCGCCCTCCACACCACCACCGAGGACAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124791 CAGCCCCAGCAGCCACCCCGCCCTCCACACCACCACCGAGGACAGTGCAG

   2200     .    :    .
   2093 GGGTGCAGACTGAGTTC
        |||||||||||||||||
 124841 GGGTGCAGACTGAGTTC