seq1 = pF1KSDB0027.tfa, 2937 bp
seq2 = pF1KSDB0027/gi568815579r_12601349.tfa (gi568815579r:12601349_12821177), 219829 bp

>pF1KSDB0027 2937
>gi568815579r:12601349_12821177 (Chr19)

(complement)

1-375  (99925-100299)   100% ->
376-451  (101842-101917)   100% ->
452-601  (102000-102149)   100% ->
602-708  (105439-105545)   100% ->
709-842  (105640-105773)   100% ->
843-924  (105854-105935)   100% ->
925-1047  (106009-106131)   100% ->
1048-1166  (106239-106357)   100% ->
1167-1227  (109565-109625)   100% ->
1228-1393  (109717-109882)   100% ->
1394-1546  (110405-110557)   100% ->
1547-1772  (114383-114608)   100% ->
1773-1944  (114811-114982)   100% ->
1945-2031  (115410-115496)   100% ->
2032-2139  (115579-115686)   100% ->
2140-2298  (115780-115938)   100% ->
2299-2386  (117377-117464)   100% ->
2387-2485  (117652-117750)   100% ->
2486-2581  (118260-118355)   100% ->
2582-2657  (119031-119106)   100% ->
2658-2757  (119327-119426)   100% ->
2758-2832  (119506-119580)   100% ->
2833-2937  (119725-119829)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGATCCGCCGGGCCCCGCCGCCGCCGCCTGTGGCCCGTTTCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99925 ATGAGGATCCGCCGGGCCCCGCCGCCGCCGCCTGTGGCCCGTTTCCACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCCCTCCCGCGCTCCCGAGCCCGCGACTGCGCGGCCGAGGATGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99975 CCCCCCTCCCGCGCTCCCGAGCCCGCGACTGCGCGGCCGAGGATGGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTGGCGGGGACCCCGCACTTGGGCGGGCGTGGATCGGAGGCCTCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 GCTGGCGGGGACCCCGCACTTGGGCGGGCGTGGATCGGAGGCCTCCGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCCGCCGAGGGCGTTCCCGTCGTCATGCGGCCACCGCGGCCTCAGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 GTCCGCCGAGGGCGTTCCCGTCGTCATGCGGCCACCGCGGCCTCAGGGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCCACCTGGGTCTCACACGGAGCCCCAGAGACCCAGCGCTGACCCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 TCCACCTGGGTCTCACACGGAGCCCCAGAGACCCAGCGCTGACCCCGGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTACCTCCGCAGCTTGCCTTGCGCCATGGACTGGCAGCCAGACGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 CCTACCTCCGCAGCTTGCCTTGCGCCATGGACTGGCAGCCAGACGAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCTGCAGCAGGTCCTGCAGCTGCTCAAAGACTCACAGTCGCCCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100225 GGCCTGCAGCAGGTCCTGCAGCTGCTCAAAGACTCACAGTCGCCCAACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCCACTCAGCGCATCGTGCAGGAT         AAACTCAAACAACTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100275 AGCCACTCAGCGCATCGTGCAGGATGTA...CAGAAACTCAAACAACTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATCAGTTTCCTGACTTCAACAACTACCTGATTTTCGTCCTGACCAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101858 ATCAGTTTCCTGACTTCAACAACTACCTGATTTTCGTCCTGACCAGACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGTCAGAAG         ATGAGCCAACGCGCTCTCTCAGTGGCCTCAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101908 AAGTCAGAAGGTA...CAGATGAGCCAACGCGCTCTCTCAGTGGCCTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCTCAAGAACAACGTGAAGGCACACTATCAGAGCTTCCCACCCCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 CCTCAAGAACAACGTGAAGGCACACTATCAGAGCTTCCCACCCCCTGTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGACTTCATCAAACAGGAGTGTCTCAACAACATTGGCGATGCCTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 CAGACTTCATCAAACAGGAGTGTCTCAACAACATTGGCGATGCCTCCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTCATCCGAGCCACCATTG         GCATTCTCATCACCACCATCGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 102131 CTCATCCGAGCCACCATTGGTG...CAGGCATTCTCATCACCACCATCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCCAAGGGTGAGCTGCAGATGTGGCCCGAGCTGCTGCCCCAGCTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105461 TTCCAAGGGTGAGCTGCAGATGTGGCCCGAGCTGCTGCCCCAGCTCTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCTGCTTAACTCGGAGGATTACAACACTTGTGAG         GGAGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105511 ACCTGCTTAACTCGGAGGATTACAACACTTGTGAGGTA...CAGGGAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGGAGCCCTGCAGAAGATCTGTGAAGACTCATCAGAGCTTCTGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105646 TTTGGAGCCCTGCAGAAGATCTGTGAAGACTCATCAGAGCTTCTGGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGACGCCCTCAACAGGCCCCTCAACATCATGATCCCCAAGTTCCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105696 TGACGCCCTCAACAGGCCCCTCAACATCATGATCCCCAAGTTCCTGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCTTCAAGCACTGCAGTCCCAAGATCCG         GTCCCACGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105746 TCTTCAAGCACTGCAGTCCCAAGATCCGGTG...CAGGTCCCACGCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTGCGTGAACCAGTTCATCATGGACCGGGCCCAGGCGCTGATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105867 GCCTGCGTGAACCAGTTCATCATGGACCGGGCCCAGGCGCTGATGGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TATTGACACCTTCATCGAG         CACCTATTTGCCCTGGCTGTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105917 TATTGACACCTTCATCGAGGTG...CAGCACCTATTTGCCCTGGCTGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGATGACCCCGAGGTGCGGAAGAATGTGTGCCGTGCCCTGGTGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106031 ATGATGACCCCGAGGTGCGGAAGAATGTGTGCCGTGCCCTGGTGATGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGGAAGTGCGGATTGACAGGCTCATCCCCCACATGCACAGCATCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106081 CTGGAAGTGCGGATTGACAGGCTCATCCCCCACATGCACAGCATCATCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 G         TACATGCTGCAGAGGACCCAGGACCATGATGAGAACGTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106131 GGTG...CAGTACATGCTGCAGAGGACCCAGGACCATGATGAGAACGTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCTTGAGGCCTGTGAGTTCTGGCTGACGCTGGCCGAGCAGCCCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106279 CCCTTGAGGCCTGTGAGTTCTGGCTGACGCTGGCCGAGCAGCCCATCTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AAGGAAGTCCTGGCCTCCCATCTGGTCCA         GTTGATCCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106329 AAGGAAGTCCTGGCCTCCCATCTGGTCCAGTG...CAGGTTGATCCCCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CTTGGTGAATGGGATGAAGTACTCGGAAATTGACATCATCCTGCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 109577 CTTGGTGAATGGGATGAAGTACTCGGAAATTGACATCATCCTGCTCAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1228         GGGGATGTGGAGGAGGATGAGGCTGTCCCCGACAGTGAGCAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109627 TC...CAGGGGGATGTGGAGGAGGATGAGGCTGTCCCCGACAGTGAGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GACATCAAGCCACGCTTCCACAAGTCACGCACGGTCACACTGCCCCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109759 GACATCAAGCCACGCTTCCACAAGTCACGCACGGTCACACTGCCCCACGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCTGAGCGGCCTGATGGCTCCGAGGACGCGGAGGATGACGATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109809 GGCTGAGCGGCCTGATGGCTCCGAGGACGCGGAGGATGACGATGATGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGCTCTGTCCGACTGGAATTTGA         GGAAGTGCTCAGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 109859 ATGCTCTGTCCGACTGGAATTTGAGTG...CAGGGAAGTGCTCAGCGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCACTGGACGTCCTCGCCAATGTCTTCCGGGAGGAACTGCTGCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110422 GCACTGGACGTCCTCGCCAATGTCTTCCGGGAGGAACTGCTGCCCCACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 ACTCCCACTACTCAAAGGCCTCCTCTTCCACCCCGAGTGGGTGGTCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110472 ACTCCCACTACTCAAAGGCCTCCTCTTCCACCCCGAGTGGGTGGTCAAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AGTCGGGCATCCTGGTGCTGGGCGCCATTGCTGAGG         GCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110522 AGTCGGGCATCCTGGTGCTGGGCGCCATTGCTGAGGGTG...TAGGCTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 ATGCAGGGCATGGTGCCCTACCTGCCTGAGCTGATCCCGCACCTGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114388 ATGCAGGGCATGGTGCCCTACCTGCCTGAGCTGATCCCGCACCTGATCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GTGCCTGTCGGATAAGAAGGCCTTGGTCCGCTCCATCGCCTGCTGGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114438 GTGCCTGTCGGATAAGAAGGCCTTGGTCCGCTCCATCGCCTGCTGGACGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGAGCCGCTATGCCCACTGGGTGGTCAGCCAGCCACCCGACATGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114488 TGAGCCGCTATGCCCACTGGGTGGTCAGCCAGCCACCCGACATGCACCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AAGCCCCTGATGACAGAGCTGCTCAAACGCATCCTGGATGGCAACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114538 AAGCCCCTGATGACAGAGCTGCTCAAACGCATCCTGGATGGCAACAAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGTACAGGAGGCGGCCTGCAG         TGCTTTTGCCACCCTGGAGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114588 GGTACAGGAGGCGGCCTGCAGGTG...CAGTGCTTTTGCCACCCTGGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AAGAGGCCTGCACGGAGCTGGTGCCCTACCTCAGCTACATCCTGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114831 AAGAGGCCTGCACGGAGCTGGTGCCCTACCTCAGCTACATCCTGGACACC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 CTTGTCTTTGCCTTTGGGAAATACCAGCACAAGAACCTGCTCATCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114881 CTTGTCTTTGCCTTTGGGAAATACCAGCACAAGAACCTGCTCATCCTCTA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 TGACGCCATTGGCACCCTGGCCGACTCTGTAGGCCACCACCTCAACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114931 TGACGCCATTGGCACCCTGGCCGACTCTGTAGGCCACCACCTCAACCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 CG         GAATACATCCAGAAGCTGATGCCCCCACTGATCCAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114981 CGGTG...CAGGAATACATCCAGAAGCTGATGCCCCCACTGATCCAGAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TGGAATGAGCTCAAGGACGAAGACAAGGACCTCTTCCCCCTGCTGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115449 TGGAATGAGCTCAAGGACGAAGACAAGGACCTCTTCCCCCTGCTGGAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032        TGTCTGTCATCGGTGGCCACCGCCCTGCAGAGTGGCTTCCTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115499 G...CAGTGTCTGTCATCGGTGGCCACCGCCCTGCAGAGTGGCTTCCTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CTTACTGTGAGCCCGTCTACCAGCGCTGTGTCACCCTGGTGCAGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115622 CTTACTGTGAGCCCGTCTACCAGCGCTGTGTCACCCTGGTGCAGAAGACA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 CTGGCTCAGGCCATG         ATGTACACCCAGCACCCTGAGCAGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115672 CTGGCTCAGGCCATGGTG...TAGATGTACACCCAGCACCCTGAGCAGTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TGAGGCTCCCGACAAGGACTTCATGATCGTAGCACTGGATCTGCTCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115806 TGAGGCTCCCGACAAGGACTTCATGATCGTAGCACTGGATCTGCTCAGCG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 GCCTGGCCGAGGGCCTGGGTGGTCACGTGGAGCAGCTGGTGGCCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115856 GCCTGGCCGAGGGCCTGGGTGGTCACGTGGAGCAGCTGGTGGCCCGCAGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AACATCATGACATTGCTGTTCCAGTGCATGCAG         GACTCGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115906 AACATCATGACATTGCTGTTCCAGTGCATGCAGGTG...CAGGACTCGAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GCCTGAGGTCCGGCAGAGCTCCTTTGCCCTCCTGGGAGACCTCACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117385 GCCTGAGGTCCGGCAGAGCTCCTTTGCCCTCCTGGGAGACCTCACCAAAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 CCTGCTTCATCCATGTCAAGCCCTGTATCG         CCGAGTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117435 CCTGCTTCATCCATGTCAAGCCCTGTATCGGTA...CAGCCGAGTTCATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CCCATTCTGGGCACCAACCTGAACCCAGAGTTCATCTCCGTCTGCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117663 CCCATTCTGGGCACCAACCTGAACCCAGAGTTCATCTCCGTCTGCAACAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CGCCACCTGGGCCATTGGTGAAATCTGCATGCAGATGG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117713 CGCCACCTGGGCCATTGGTGAAATCTGCATGCAGATGGGTG...CAGGGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CAGAGATGCAGCCTTATGTGCAGATGGTCCTCAACAACCTGGTGGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118263 CAGAGATGCAGCCTTATGTGCAGATGGTCCTCAACAACCTGGTGGAAATC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ATTAACCGACCCAACACACCCAAGACACTGCTGGAAAACACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 118313 ATTAACCGACCCAACACACCCAAGACACTGCTGGAAAACACAGGTG...C

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2582   CCATCACCATCGGCCGCTTGGGCTACGTGTGCCCCCAGGAGGTGGCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119029 AGCCATCACCATCGGCCGCTTGGGCTACGTGTGCCCCCAGGAGGTGGCAC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 CCATGCTGCAGCAGTTCATCCGGCCTTG         GTGCACGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119079 CCATGCTGCAGCAGTTCATCCGGCCTTGGTG...CAGGTGCACGTCCCTC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2671 AGGAACATCAGGGACAACGAGGAGAAGGACTCAGCCTTCCGCGGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119340 AGGAACATCAGGGACAACGAGGAGAAGGACTCAGCCTTCCGCGGCATCTG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CATGATGATCGGTGTCAACCCGGGGGGCGTTGTGCAG         GACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119390 CATGATGATCGGTGTCAACCCGGGGGGCGTTGTGCAGGTT...CAGGACT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2762 TTATTTTCTTCTGCGATGCTGTAGCCTCCTGGGTGAGCCCGAAGGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119510 TTATTTTCTTCTGCGATGCTGTAGCCTCCTGGGTGAGCCCGAAGGATGAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2812 CTTCGGGACATGTTTTATAAG         ATTCTTCACGGCTTCAAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||| ||||||||||||||
 119560 CTTCGGGACATGTTTTATAAGGTG...CAGATTCTCCACGGCTTCAAAGA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2853 CCAAGTTGGGGAAGATAACTGGCAGCAGTTCTCTGAGCAATTCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119745 CCAAGTTGGGGAAGATAACTGGCAGCAGTTCTCTGAGCAATTCCCGCCGC

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2903 TGCTCAAGGAGAGGCTGGCGGCTTTCTATGGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119795 TGCTCAAGGAGAGGCTGGCGGCTTTCTATGGGGTC