seq1 = pF1KSDB0025.tfa, 1692 bp
seq2 = pF1KSDB0025/gi568815596f_26798500.tfa (gi568815596f:26798500_27046992), 248493 bp

>pF1KSDB0025 1692
>gi568815596f:26798500_27046992 (Chr2)

1-261  (100001-100261)   100% ->
262-420  (126388-126546)   100% ->
421-600  (128754-128933)   100% ->
601-669  (129756-129824)   100% ->
670-714  (133141-133185)   100% ->
715-790  (134759-134834)   100% ->
791-947  (136079-136235)   100% ->
948-1089  (141532-141673)   100% ->
1090-1232  (143451-143593)   100% ->
1233-1440  (144044-144251)   100% ->
1441-1609  (146157-146325)   100% ->
1610-1692  (148411-148493)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTGCCAACTCAGCCAGCGTGAGGATCCTCATCAAGGGAGGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTGCCAACTCAGCCAGCGTGAGGATCCTCATCAAGGGAGGCAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGAACGATGACTGCACCCACGAGGCTGACGTCTACATCGAGAATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGAACGATGACTGCACCCACGAGGCTGACGTCTACATCGAGAATGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCATCCAGCAGGTGGGCCGCGAGCTCATGATCCCTGGCGGGGCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCATCCAGCAGGTGGGCCGCGAGCTCATGATCCCTGGCGGGGCCAAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGATGCCACAGGAAAACTGGTGATCCCTGGTGGCATCGACACCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTGATGCCACAGGAAAACTGGTGATCCCTGGTGGCATCGACACCAGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACTTCCACCAGACCTTCATGAATGCCACGTGCGTGGACGACTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACTTCCACCAGACCTTCATGAATGCCACGTGCGTGGACGACTTCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGGGACCAAG         GCAGCACTCGTCGGAGGCACCACCATGATC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGGGACCAAGGTA...CAGGCAGCACTCGTCGGAGGCACCACCATGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCGGCCACGTCCTGCCCGACAAGGAGACCTCCCTTGTGGACGCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126418 ATCGGCCACGTCCTGCCCGACAAGGAGACCTCCCTTGTGGACGCTTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAGTGCCGAGGTCTGGCCGACCCCAAGGTCTGCTGTGATTACGCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126468 GAAGTGCCGAGGTCTGGCCGACCCCAAGGTCTGCTGTGATTACGCCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGTGGGGATCACCTGGTGGGCACCCAAG         GTGAAAGCAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126518 ACGTGGGGATCACCTGGTGGGCACCCAAGGTA...CAGGTGAAAGCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGAGACACTGGTGAGGGAGAAGGGTGTCAACTCGTTCCAGATGTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128766 ATGGAGACACTGGTGAGGGAGAAGGGTGTCAACTCGTTCCAGATGTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACCTACAAGGACCTGTACATGCTTCGAGACAGTGAGCTGTACCAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128816 GACCTACAAGGACCTGTACATGCTTCGAGACAGTGAGCTGTACCAAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCACGCTTGCAAGGACATTGGGGCAATCGCCCGCGTCCATGCTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128866 TGCACGCTTGCAAGGACATTGGGGCAATCGCCCGCGTCCATGCTGAAAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGGAGCTTGTGGCCGAG         GGTGCTAAGGAGGCACTGGATTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 128916 GGGGAGCTTGTGGCCGAGGCA...CAGGGTGCTAAGGAGGCACTGGATTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGGGATCACAGGCCCAGAAGGAATCGAGATCAGCCGTCCAGAGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 129779 GGGGATCACAGGCCCAGAAGGAATCGAGATCAGCCGTCCAGAGGAGGTG.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670      CTGGAAGCTGAAGCCACTCATCGTGTTATCACCATTGCAAACAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129829 ..CAGCTGGAAGCTGAAGCCACTCATCGTGTTATCACCATTGCAAACAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715          ACTCACTGTCCAATCTACCTGGTCAACGTGTCCAGTATCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133186 GTA...TAGACTCACTGTCCAATCTACCTGGTCAACGTGTCCAGTATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGCTGGTGACGTTATCGCAGCTGCTAAGATGCAAG         GGAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 134800 GGCTGGTGACGTTATCGCAGCTGCTAAGATGCAAGGTG...CAGGGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGTGCTGGCGGAGACCACCACTGCACATGCCACGCTGACAGGCTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136085 TTGTGCTGGCGGAGACCACCACTGCACATGCCACGCTGACAGGCTTACAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TACTACCACCAGGACTGGTCCCACGCGGCTGCCTATGTCACGGTGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136135 TACTACCACCAGGACTGGTCCCACGCGGCTGCCTATGTCACGGTGCCTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGAGACTGGACACCAACACCTCAACCTACCTCATGAGCCTGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136185 CCTGAGACTGGACACCAACACCTCAACCTACCTCATGAGCCTGCTGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 A         TGACACTCTGAACATCGTGGCATCAGATCACCGGCCTTTC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136235 AGTA...CAGTGACACTCTGAACATCGTGGCATCAGATCACCGGCCTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCACAAAGCAGAAAGCTATGGGCAAGGAAGACTTCACCAAGATCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141572 ACCACAAAGCAGAAAGCTATGGGCAAGGAAGACTTCACCAAGATCCCACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGGAGTGAGTGGCGTGCAGGACCGCATGAGCGTCATCTGGGAGAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141622 TGGAGTGAGTGGCGTGCAGGACCGCATGAGCGTCATCTGGGAGAGAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TG         GTTGGAGGAAAGATGGATGAGAACCGTTTTGTGGCCGTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141672 TGGTA...CAGGTTGGAGGAAAGATGGATGAGAACCGTTTTGTGGCCGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCAGTTCCAACGCAGCTAAGCTTCTGAACCTGTATCCCCGCAAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143490 ACCAGTTCCAACGCAGCTAAGCTTCTGAACCTGTATCCCCGCAAGGGCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATTATTCCCGGAGCCGATGCTGATGTGGTGGTGTGGGACCCAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143540 CATTATTCCCGGAGCCGATGCTGATGTGGTGGTGTGGGACCCAGAAGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAAA         GACCATCTCAGCCAGCACGCAGGTCCAGGGAGGAGAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143590 CAAAGTA...CAGGACCATCTCAGCCAGCACGCAGGTCCAGGGAGGAGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTCAACCTGTATGAGAACATGCGCTGCCACGGCGTGCCACTGGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144081 TTCAACCTGTATGAGAACATGCGCTGCCACGGCGTGCCACTGGTCACCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAGCCGGGGGCGCGTCGTGTATGAGAACGGCGTCTTCATGTGCGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144131 CAGCCGGGGGCGCGTCGTGTATGAGAACGGCGTCTTCATGTGCGCCGAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCACCGGCAAGTTCTGTCCCCTGAGGTCCTTCCCAGACACTGTCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144181 GCACCGGCAAGTTCTGTCCCCTGAGGTCCTTCCCAGACACTGTCTACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AAGCTGGTCCAGAGAGAGAAG         ACTTTAAAGGTTAGAGGAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 144231 AAGCTGGTCCAGAGAGAGAAGGTG...TAGACTTTAAAGGTTAGAGGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGACCGCACTCCCTACCTGGGGGATGTCGCTGTTGTCGTGCACCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146177 GGACCGCACTCCCTACCTGGGGGATGTCGCTGTTGTCGTGCACCCTGGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AAAAAGAGATGGGAACCCCACTCGCAGACACTCCTACCCGGCCCGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146227 AAAAAGAGATGGGAACCCCACTCGCAGACACTCCTACCCGGCCCGTCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CGGCATGGGGGCATGAGGGACCTTCACGAATCCAGCTTCAGCCTCTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 146277 CGGCATGGGGGCATGAGGGACCTTCACGAATCCAGCTTCAGCCTCTCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610         GCTCTCAGATCGATGACCATGTTCCAAAGCGAGCTTCAGCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146327 TA...CAGGCTCTCAGATCGATGACCATGTTCCAAAGCGAGCTTCAGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GGATCCTCGCTCCTCCCGGAGGAAGGTCGAGTGGCATTTGG
        |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 148453 GGATCCTCGCTCCTCCCGGAGGCAGGTCGAGTGGCATTTGG