seq1 = pF1KSDB0022.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KSDB0022/gi568815597r_156367987.tfa (gi568815597r:156367987_156583292), 215306 bp

>pF1KSDB0022 1560
>gi568815597r:156367987_156583292 (Chr1)

(complement)

1-54  (100001-100054)   100% ->
55-258  (100653-100856)   100% ->
259-396  (102322-102459)   99% ->
397-607  (103497-103707)   100% ->
608-664  (103947-104003)   100% ->
665-855  (106091-106281)   99% ->
856-876  (106779-106799)   100% ->
877-1006  (108056-108185)   100% ->
1007-1247  (114273-114513)   100% ->
1248-1560  (114994-115306)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGGAAAAAGATTCAGATCCAGCGAATCACCGACGAGCGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGGAAAAAGATTCAGATCCAGCGAATCACCGACGAGCGGAACCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACAG         GTGACTTTCACCAAGCGGAAGTTTGGCCTGATGAAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGGTA...CAGGTGACTTTCACCAAGCGGAAGTTTGGCCTGATGAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCGTATGAGCTGAGCGTGCTATGTGACTGCGAGATCGCACTCATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 AGGCGTATGAGCTGAGCGTGCTATGTGACTGCGAGATCGCACTCATCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAACCACTCCAACAAGCTGTTCCAGTACGCCAGCACCGACATGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100740 TTCAACCACTCCAACAAGCTGTTCCAGTACGCCAGCACCGACATGGACAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGCTGCTCAAGTACACGGAGTACAATGAGCCACACGAGAGCCGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100790 GGTGCTGCTCAAGTACACGGAGTACAATGAGCCACACGAGAGCCGCACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGCCGACATCATCGAG         ACCCTGAGGAAGAAGGGCTTCAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| 
 100840 ACGCCGACATCATCGAGGTG...CAGACCCTGAGGAAGAAGGGCTTCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTGCGACAGCCCCGAGCCCGACGGGGAGGACTCGCTGGAACAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102346 GGCTGCGACAGCCCCGAGCCCGACGGGGAGGACTCGCTGGAACAGAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGCTGGAGGACAAGTACCGACGCGCCAGCGAGGAGCTCGACGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 CCTGCTGGAGGACAAGTACCGACGCGCCAGCGAGGAGCTCGACGGGCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCCGGCGCTATGGG         TCAACTGTCCCGGCCCCCAACTTTGCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102446 TCCGGCGCTATGGGGTG...TAGTCAACTGTCCCGGCCCCCAACTTTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGCCTGTCACGGTGCCCGTGTCCAATCAGAGCTCACTGCAGTTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103524 ATGCCTGTCACGGTGCCCGTGTCCAATCAGAGCTCACTGCAGTTCAGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCCAGCGGCTCCCTGGTCACCCCTTCCCTGGTGACATCATCCCTCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103574 TCCCAGCGGCTCCCTGGTCACCCCTTCCCTGGTGACATCATCCCTCACGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCGCGGCTCCTGTCCCCCCAGCAGCCAGCACTACAGAGGAACAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103624 ACCCGCGGCTCCTGTCCCCCCAGCAGCCAGCACTACAGAGGAACAGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTCCTGGCCTGCCCCAGCGGCCAGCTAGTGCGG         GGGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103674 TCTCCTGGCCTGCCCCAGCGGCCAGCTAGTGCGGGTG...CAGGGGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCTGGGGGGTGACCTGAACAGTGCTAACGGAGCCTGCCCCAGCCCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103954 GCTGGGGGGTGACCTGAACAGTGCTAACGGAGCCTGCCCCAGCCCTGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665          GGAATGGCTACGTCAGTGCTCGGGCTTCCCCTGGCCTCCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104004 GTG...CAGGGAATGGCTACGTCAGTGCTCGGGCTTCCCCTGGCCTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTGTGGCCAATGGCAACAGCCTAAACAAGGTCATCCCTGCCAAGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106132 CCTGTGGCCAATGGCAACAGCCTAAACAAGGTCATCCCTGCCAAGTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCCCCACCTACCCACAGCACCCAGCTTGGAGCCCCCAGCCGCAAGCCCG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106182 ACCCCCACCTACCCACAGCACCCAGCTTGGAGCCCCCAGCCGCAAGCCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCTGCGAGTCATCACTTCCCAGGCAGGAAAGGGGTTAATGCATCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106232 ACCTGCGAGTCATCACTTCCCAGGCAGGAAAGGGGTTAATGCATCACTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856          ACTGAGGACCATTTAGATCTG         AACAATGCCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106282 GTA...CAGACTGAGGACCATTTAGATCTGGTA...CAGAACAATGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GCGCCTTGGGGTCTCCCAGTCTACTCATTCGCTCACCACCCCAGTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108067 GCGCCTTGGGGTCTCCCAGTCTACTCATTCGCTCACCACCCCAGTGGTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGTGGCAACGCCGAGTTTACTCAGCCAGGGCCTCCCCTTCTCTTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108117 CTGTGGCAACGCCGAGTTTACTCAGCCAGGGCCTCCCCTTCTCTTCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCACTGCCTACAACACAG         ATTACCAGTTGACCAGTGCAGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108167 CCCACTGCCTACAACACAGGTG...CAGATTACCAGTTGACCAGTGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTCTCCTCCTTACCAGCCTTTAGTTCACCTGGGGGGCTGTCGCTAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114295 GCTCTCCTCCTTACCAGCCTTTAGTTCACCTGGGGGGCTGTCGCTAGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ATGTCACTGCCTGGCAACAGCCACAGCAGCCCCAGCAGCCGCAGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114345 ATGTCACTGCCTGGCAACAGCCACAGCAGCCCCAGCAGCCGCAGCAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCCTCCACAGCAGCAGCCACCGCAGCCACAGCAGCCACAGCCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114395 CAGCCTCCACAGCAGCAGCCACCGCAGCCACAGCAGCCACAGCCACAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCCTCAGCAGCCGCAACAGCCACCTCAGCAACAGTCCCACCTGGTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114445 GCCTCAGCAGCCGCAACAGCCACCTCAGCAACAGTCCCACCTGGTCCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TATCTCTCAGCAACCTCAT         CCCGGGCAGCCCCCTGCCCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114495 TATCTCTCAGCAACCTCATGTG...CAGCCCGGGCAGCCCCCTGCCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGGGTGCTGCCCTCACAGTCACCACCCACCCCCACATCAGCATCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115016 GTGGGTGCTGCCCTCACAGTCACCACCCACCCCCACATCAGCATCAAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AGAACCGGTGTCCCCAAGCCGTGAGCGCAGCCCTGCGCCTCCCCCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115066 AGAACCGGTGTCCCCAAGCCGTGAGCGCAGCCCTGCGCCTCCCCCTCCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTGTGTTCCCAGCTGCCCGCCCTGAGCCTGGCGATGGTCTCAGCAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115116 CTGTGTTCCCAGCTGCCCGCCCTGAGCCTGGCGATGGTCTCAGCAGCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCCGGGGGATCCTATGAGACGGGAGACCGGGATGACGGACGGGGGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115166 GCCGGGGGATCCTATGAGACGGGAGACCGGGATGACGGACGGGGGGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGGGCCCACACTGGGCCTGCTGCGCCCAGCCCCAGAGCCTGAGGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115216 CGGGCCCACACTGGGCCTGCTGCGCCCAGCCCCAGAGCCTGAGGCTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCTCAGCTGTGAAGAGGATGCGGCTTGATACCTGGGTACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115266 GCTCAGCTGTGAAGAGGATGCGGCTTGATACCTGGGTACTG