seq1 = pF1KSDB0010.tfa, 1857 bp
seq2 = pF1KSDB0010/gi568815586f_57510217.tfa (gi568815586f:57510217_57716891), 206675 bp

>pF1KSDB0010 1857
>gi568815586f:57510217_57716891 (Chr12)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-214  (100354-100468)   100% ->
215-429  (102714-102928)   100% ->
430-525  (103048-103143)   100% ->
526-602  (103224-103300)   100% ->
603-669  (103478-103544)   100% ->
670-773  (103800-103903)   100% ->
774-843  (104115-104184)   100% ->
844-933  (104300-104389)   100% ->
934-1026  (104473-104565)   100% ->
1027-1077  (104751-104801)   100% ->
1078-1155  (105021-105098)   100% ->
1156-1356  (105296-105496)   99% ->
1357-1537  (105621-105801)   100% ->
1538-1749  (106068-106279)   99% ->
1750-1857  (106568-106675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCCCCCGGACCGCCCCGCCCCTGGCCGCACTGACCGGATACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCCCCCGGACCGCCCCGCCCCTGGCCGCACTGACCGGATACTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCATGGGGGGCATGCTGCGCGCATGCGCCCTCCCTGGGCAGGAGGGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GGTCATGGGGGGCATGCTGCGCGCATGCGCCCTCCCTGGGCAGGAGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         CCCCCAAGGAGAAGCCCTCTAGGGTTGGTGGGTACCGAGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TA...CAGCCCCCAAGGAGAAGCCCTCTAGGGTTGGTGGGTACCGAGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTCTGAACGTACGGAGGGAGATCACAGAAGGGATCGCGAACATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100396 GAGTCTGAACGTACGGAGGGAGATCACAGAAGGGATCGCGAACATGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTCGCCGGGGCTCTGCAGCCCG         AATCCTATTCCATTGCGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100446 CCTCGCCGGGGCTCTGCAGCCCGGTA...TAGAATCCTATTCCATTGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAGTGAGGGGAGTATATCGGCTTCTGCTGCCTCCGGTCTGGCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102732 GCAGTGAGGGGAGTATATCGGCTTCTGCTGCCTCCGGTCTGGCTGCCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTGGCCCCAGCTCTGGCCTCAGCTCTGGCCCCTGTTCCCCAGGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 TCTGGCCCCAGCTCTGGCCTCAGCTCTGGCCCCTGTTCCCCAGGCCCCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGGCCCGTCAGTGGCCTGAGGAGATGGTTGGATCATTCCAAACATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102832 AGGGCCCGTCAGTGGCCTGAGGAGATGGTTGGATCATTCCAAACATTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAGTGTGGAAACTGAGGCAGACAGTGGTCAGGCAGGACCATATGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102882 TCAGTGTGGAAACTGAGGCAGACAGTGGTCAGGCAGGACCATATGAGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430       AACTGGATGTTGGAGCCAGCTCTAGCCACAGGAGAGGAGCTGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102932 ...CAGAACTGGATGTTGGAGCCAGCTCTAGCCACAGGAGAGGAGCTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAACTGACCTTGCTGACCACACTGTTGGAGGGCCCTGGAGATAAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103092 GGAACTGACCTTGCTGACCACACTGTTGGAGGGCCCTGGAGATAAGACGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         CCACCTGAAGAGGAGACTTTGTCCCAAGCCCCTGAGAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103142 AGGTG...CAGCCACCTGAAGAGGAGACTTTGTCCCAAGCCCCTGAGAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAGGAACAGAAGAAGAAGGCTCTGGAAAGGAGTAT         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103263 GAGGAGGAACAGAAGAAGAAGGCTCTGGAAAGGAGTATGTA...TAGGTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTCCTGAGTGAACTGGTAGAAACAGAGAAAATGTACGTGGACGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103481 TGTCCTGAGTGAACTGGTAGAAACAGAGAAAATGTACGTGGACGACTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCAGATTGTGGAG         GGTTATATGGCCACCATGGCTGCTCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103531 GGCAGATTGTGGAGGTA...CAGGGTTATATGGCCACCATGGCTGCTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGGGTCCCCGAGAGTCTTCGAGGCCGTGACAGGATTGTGTTTGGGAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103827 GGGGTCCCCGAGAGTCTTCGAGGCCGTGACAGGATTGTGTTTGGGAATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCAGCAAATCTATGAGTGGCACCGAGA         CTATTTCTTGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103877 CCAGCAAATCTATGAGTGGCACCGAGAGTG...CAGCTATTTCTTGCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTACAACGGTGTCTGAAAGATCCTGATTGGCTGGCTCAGCTATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104129 AGCTACAACGGTGTCTGAAAGATCCTGATTGGCTGGCTCAGCTATTCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAACAC         GAGCGCCGGCTGCATATGTATGTGGTGTACTGTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104179 AAACACGTG...TAGGAGCGCCGGCTGCATATGTATGTGGTGTACTGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GAATAAGCCCAAGTCAGAGCATGTGGTGTCAGAGTTTGGGGACAGCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104335 GAATAAGCCCAAGTCAGAGCATGTGGTGTCAGAGTTTGGGGACAGCTACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGAG         GAGCTCCGGCAGCAGCTGGGGCACCGCCTGCAGCTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104385 TTGAGGTC...CAGGAGCTCCGGCAGCAGCTGGGGCACCGCCTGCAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AACGACCTCCTCATCAAACCTGTGCAGCGGATCATGAAATACCAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 AACGACCTCCTCATCAAACCTGTGCAGCGGATCATGAAATACCAGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTCAAG         GATTTTCTCAAGTATTACAATAGAGCTGGGATGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104559 GCTCAAGGTC...TAGGATTTTCTCAAGTATTACAATAGAGCTGGGATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ATACTGCAGACCTAGAG         CAAGCTGTGGAGGTCATGTGCTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 104785 ATACTGCAGACCTAGAGGTG...CAGCAAGCTGTGGAGGTCATGTGCTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 GTGCCCAAGCGCTGCAACGATATGATGACGCTGGGGAGATTGCGGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105045 GTGCCCAAGCGCTGCAACGATATGATGACGCTGGGGAGATTGCGGGGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TGAG         GGCAAACTGACTGCTCAGGGGAAGCTCTTGGGCCAGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105095 TGAGGTA...CAGGGCAAACTGACTGCTCAGGGGAAGCTCTTGGGCCAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ACACTTTCTGGGTCACCGAGCCTGAGGCTGGAGGGCTGCTATCTTCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 105333 ACACTTTCTGGGTCACCGAGCCTGAGGCTGGAGGGCTGCTGTCTTCCCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GGTCGAGAGAGGCGCGTCTTCCTCTTTGAGCAAATCATCATCTTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105383 GGTCGAGAGAGGCGCGTCTTCCTCTTTGAGCAAATCATCATCTTCAGTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGCCCTGGGAGGAGGAGTGAGAGGTGGAACACAGCCTGGATATGTATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105433 AGCCCTGGGAGGAGGAGTGAGAGGTGGAACACAGCCTGGATATGTATACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGAACAGCATTAAG         GTGAGCTGCCTGGGACTGGAGGGGAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105483 AGAACAGCATTAAGGTG...CAGGTGAGCTGCCTGGGACTGGAGGGGAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CTCCAAGGTGACCCTTGCCGCTTTGCACTGACCTCCAGAGGGCCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105648 CTCCAAGGTGACCCTTGCCGCTTTGCACTGACCTCCAGAGGGCCAGAGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TGGGATCCAGCGCTATGTCCTGCAGGCTGCAGACCCTGCTATCAGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105698 TGGGATCCAGCGCTATGTCCTGCAGGCTGCAGACCCTGCTATCAGTCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CCTGGATCAAGCATGTGGCTCAGATCTTGGAGAGCCAACGGGACTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105748 CCTGGATCAAGCATGTGGCTCAGATCTTGGAGAGCCAACGGGACTTCCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AACG         CATTGCAGTCACCCATTGAGTACCAGAGACGGGAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105798 AACGGTG...CAGCATTGCAGTCACCCATTGAGTACCAGAGACGGGAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CCAGACCAACAGCCTGGGGCGGCCAAGAGGGCCTGGAGTGGGGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106105 CCAGACCAACAGCCTGGGGCGGCCAAGAGGGCCTGGAGTGGGGAGCCCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GAAGAATTCGGCTTGGAGATCAGGCCCAGGGCAGCACACACACACCCATC
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106155 GAAGAATTCAGCTTGGAGATCAGGCCCAGGGCAGCACACACACACCCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 AATGGCTCTCTCCCCTCTCTGCTGCTGTCACCCAAAGGGGAGGTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106205 AATGGCTCTCTCCCCTCTCTGCTGCTGTCACCCAAAGGGGAGGTGGCCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AGCCCTCTTGCCACTGGATAAACAG         GCCCTTGGTGACATCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 106255 AGCCCTCTTGCCACTGGATAAACAGGTA...CAGGCCCTTGGTGACATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CCCAGGCTCCCCATGACTCTCCTCCAGTCTCTCCAACTCCAAAAACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106584 CCCAGGCTCCCCATGACTCTCCTCCAGTCTCTCCAACTCCAAAAACCCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CCCTGCCAAGCCAGACTTGCCAAGCTGGATGAAGATGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106634 CCCTGCCAAGCCAGACTTGCCAAGCTGGATGAAGATGAGCTG