seq1 = pF1KSDB0008.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KSDB0008/gi568815596r_117820346.tfa (gi568815596r:117820346_118113995), 293650 bp

>pF1KSDB0008 1893
>gi568815596r:117820346_118113995 (Chr2)

(complement)

1-42  (100001-100042)   97% ->
43-156  (105338-105451)   100% ->
157-251  (107180-107274)   100% ->
252-363  (113064-113175)   100% ->
364-462  (117634-117732)   100% ->
463-519  (118494-118550)   100% ->
520-620  (127927-128027)   99% ->
621-657  (135966-136002)   100% ->
658-750  (138716-138808)   100% ->
751-801  (139096-139146)   100% ->
802-888  (140002-140088)   100% ->
889-1005  (155515-155631)   100% ->
1006-1068  (161561-161623)   100% ->
1069-1142  (164601-164674)   100% ->
1143-1224  (165810-165891)   100% ->
1225-1296  (167114-167185)   100% ->
1297-1350  (168414-168467)   100% ->
1351-1413  (169910-169972)   100% ->
1414-1522  (172699-172807)   100% ->
1523-1605  (174885-174967)   100% ->
1606-1643  (177257-177294)   100% ->
1644-1728  (178417-178501)   100% ->
1729-1842  (182846-182959)   100% ->
1843-1893  (193600-193650)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTTTGCCCAGGGGGCCGGAGGGCCAGGGTCTCCCGGAG        
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100001 ATGGGGTTGCCCAGGGGGCCGGAGGGCCAGGGTCTCCCGGAGGTA...TA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     43  GTGGAAACAAGAGAAGATGAAGAACAAAATGTCAAGTTGACTGAAATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 GGTGGAAACAAGAGAAGATGAAGAACAAAATGTCAAGTTGACTGAAATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGAGCTCTTGGTTGCAGCTGGGTATTTCAGGGCAAGAATTAAAGGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105387 TGGAGCTCTTGGTTGCAGCTGGGTATTTCAGGGCAAGAATTAAAGGCTTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCACCCTTTGACAAG         GTAGTAGGAGGAATGACTTGGTGTAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105437 TCACCCTTTGACAAGGTA...CAGGTAGTAGGAGGAATGACTTGGTGTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CACCACTTGCAACTTTGATGTAGATGTTGATTTGCTCTTTCAAGAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107206 CACCACTTGCAACTTTGATGTAGATGTTGATTTGCTCTTTCAAGAAAACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTACGATAGGTCAAAAAAT         AGCTCTGTCAGAAAAAATTGTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107256 CTACGATAGGTCAAAAAATGTA...CAGAGCTCTGTCAGAAAAAATTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCGGTCCTGCCAAGGATGAAATGCCCACACCAGCTGGAGCCCCACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113086 TCGGTCCTGCCAAGGATGAAATGCCCACACCAGCTGGAGCCCCACCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGGGGATGGATTTTATTCACATATTTCCTGTTGTTCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113136 CCAGGGGATGGATTTTATTCACATATTTCCTGTTGTTCAGGTG...CAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGCTGGTGAAACGAGCTATAGAAACAAAAGAAGAGATGGGTGACTATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117635 GGCTGGTGAAACGAGCTATAGAAACAAAAGAAGAGATGGGTGACTATATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGCTCCTACTCTGTATCCCAGTTCCAGAAGACTTACAGTCTCCCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 117685 CGCTCCTACTCTGTATCCCAGTTCCAGAAGACTTACAGTCTCCCTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        GATGATGACTTCATAAAGAGAAAAGAAAAGGCCATCAAGACAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117735 C...TAGGATGATGACTTCATAAAGAGAAAAGAAAAGGCCATCAAGACAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGTGGACCTCTCA         GAAGTGTACAAGCCCTGTCGGAAATAC
        ||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||| |||||||||||
 118537 TTGTGGACCTCTCAGTA...TAGGAAGTGTACAAGCCCCGTCGGAAATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AAACGCCACCAGGGAGCAGAGGAGCTACTTGATGAAGAATCTCGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127954 AAACGCCACCAGGGAGCAGAGGAGCTACTTGATGAAGAATCTCGAATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCTACACTTTTGGAATATGGCAG         GAGATATGGATTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128004 TGCTACACTTTTGGAATATGGCAGGTA...CAGGAGATATGGATTTAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GCCAGAGCAAAATGGAGAAG         GCTGAGGACAAGAAAACGGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135983 GCCAGAGCAAAATGGAGAAGGTA...CAGGCTGAGGACAAGAAAACGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CTTCCAGCAGGGCTGTCAGCTACAGAAAAAGCTGATGCCCACGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138737 CTTCCAGCAGGGCTGTCAGCTACAGAAAAAGCTGATGCCCACGAGGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 TGAGCTTCGAGCAGCTGAAGAG         CAGCGTATTCAGTCGCTGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 138787 TGAGCTTCGAGCAGCTGAAGAGGTG...CAGCAGCGTATTCAGTCGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGACCAAGATGACCGCTATGGCAAATGAGGAG         AGCCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139115 TGACCAAGATGACCGCTATGGCAAATGAGGAGGTG...CAGAGCCGTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 ACCGCAAGCTCCGTGGGCCAGATTGTGGGACTCTGCTCTGCTGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140011 ACCGCAAGCTCCGTGGGCCAGATTGTGGGACTCTGCTCTGCTGAGATCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCAGATTGTGTCCGAGTATGCAGAGAAG         CAGTCTGAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 140061 GCAGATTGTGTCCGAGTATGCAGAGAAGGTA...CAGCAGTCTGAGCTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 CAGCTGAAGAAAGTCCAGAAAAATTAGGAACCTCCCAGCTACATCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155528 CAGCTGAAGAAAGTCCAGAAAAATTAGGAACCTCCCAGCTACATCGCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 AAAGTCATTTCCTTGAACAAACAGATTGCGCAAAAGACCAAACATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155578 AAAGTCATTTCCTTGAACAAACAGATTGCGCAAAAGACCAAACATCTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 AGAG         CTGCGAGCAAGTCACACCAGCCTACAAGCCAGATATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155628 AGAGGTC...CAGCTGCGAGCAAGTCACACCAGCCTACAAGCCAGATATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ATGAAGCCAAGAAAACGCTGACAGAG         CTGAAGACTTACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 161598 ATGAAGCCAAGAAAACGCTGACAGAGGTG...CAGCTGAAGACTTACAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GAGAAACTGGACAAAGAGCAAGCAGCCCTCGAGAAGATAGAATCCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164616 GAGAAACTGGACAAAGAGCAAGCAGCCCTCGAGAAGATAGAATCCAAAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 TGATCCAAG         TATCCTACAGAACCTGAGAGCACTTGTAGCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 164666 TGATCCAAGGTA...CAGTATCCTACAGAACCTGAGAGCACTTGTAGCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1175 TGAATGAAAATCTGAAAAGTCAAGAACAGGAATTTAAAGCACATTGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165842 TGAATGAAAATCTGAAAAGTCAAGAACAGGAATTTAAAGCACATTGTCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1225          GAGGAGATGACACGACTACAGCAAGAAATTGAAAACCTGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165892 GTA...AAGGAGGAGATGACACGACTACAGCAAGAAATTGAAAACCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 AGCTGAGAGAGCACCACGTGGAGATGAAAAG         ACCCTCTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 167155 AGCTGAGAGAGCACCACGTGGAGATGAAAAGGTA...CAGACCCTCTCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1307 GTGGAGAGCCGCCTGGTACCTTGACCTCTGCAATGACTCATGAC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 168424 GTGGAGAGCCGCCTGGTACCTTGACCTCTGCAATGACTCATGACGTA...

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351    GAAGACCTAGACAGACGGTATAATATGGAGAAAGAGAAACTTTACAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169907 TAGGAAGACCTAGACAGACGGTATAATATGGAGAAAGAGAAACTTTACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1398 GATACGTTTACTACAG         GCTCGAAGAAATCGAGAAATAGCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 169957 GATACGTTTACTACAGGTG...TAGGCTCGAAGAAATCGAGAAATAGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1439 TTTTGCACCGCAAGATTGATGAAGTCCCTAGCCGTGCCGAGCTAATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172724 TTTTGCACCGCAAGATTGATGAAGTCCCTAGCCGTGCCGAGCTAATACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1489 TATCAGAAGAGATTTATTGAACTCTACCGCCAGA         TTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 172774 TATCAGAAGAGATTTATTGAACTCTACCGCCAGAGTA...CAGTTTCAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530 AGTGCACAAAGAAACCAAGCAGTTCTTCACTTTATATAATACCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174892 AGTGCACAAAGAAACCAAGCAGTTCTTCACTTTATATAATACCCTGGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1580 ATAAAAAGGTTTATTTGGAAAAAGAG         ATTAGTCTGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 174942 ATAAAAAGGTTTATTTGGAAAAAGAGGTA...CAGATTAGTCTGCTGAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1621 TCAATTCATGAGAACTTCTCACA         GGCCATGGCCTCCCCTGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 177272 TCAATTCATGAGAACTTCTCACAGTA...CAGGGCCATGGCCTCCCCTGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1662 TGCCCGGGACCAGTTTTTACGTCAGATGGAACAGATTGTGGAAGGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178435 TGCCCGGGACCAGTTTTTACGTCAGATGGAACAGATTGTGGAAGGAATTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1712 AGCAAAGTAGAATGAAG         ATGGAAAAGAAAAAGCAAGAGAAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 178485 AGCAAAGTAGAATGAAGGTC...CAGATGGAAAAGAAAAAGCAAGAGAAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1753 AAAATGAGAAGAGACCAGTTGAACGACCAGTACTTGGAGCTGTTAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182870 AAAATGAGAAGAGACCAGTTGAACGACCAGTACTTGGAGCTGTTAGAAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1803 GCAGAGGCTATACTTTAAGACTGTGAAAGAGTTCAAGGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 182920 GCAGAGGCTATACTTTAAGACTGTGAAAGAGTTCAAGGAGGTA...CAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1844 AGGGCCGCAAGAACGAGATGCTGCTGTCCAAGGTGAAAGCGAAGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193601 AGGGCCGCAAGAACGAGATGCTGCTGTCCAAGGTGAAAGCGAAGGCCTCC