seq1 = pF1KSDB0003.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KSDB0003/gi568815592f_135938291.tfa (gi568815592f:135938291_136291837), 353547 bp

>pF1KSDB0003 1506
>gi568815592f:135938291_136291837 (Chr6)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-322  (170441-170524)   100% ->
323-474  (209061-209212)   100% ->
475-538  (210797-210860)   100% ->
539-634  (212870-212965)   100% ->
635-735  (215785-215885)   100% ->
736-867  (217337-217468)   100% ->
868-959  (235507-235598)   100% ->
960-1104  (240707-240851)   100% ->
1105-1201  (242937-243033)   100% ->
1202-1282  (248746-248826)   100% ->
1283-1506  (253324-253547)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGTGCTAGAGCGATATTTCCACCCAGCAGAGCTAGGCAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGTGCTAGAGCGATATTTCCACCCAGCAGAGCTAGGCAGGAGGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAGGCCCAGAAGGTGTGCTGCCCTCCTCCCCGGGAAGCCGGCCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAGGCCCAGAAGGTGTGCTGCCCTCCTCCCCGGGAAGCCGGCCGGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGCAGGGGCCGCTGCCCTGGGACTTGCCAGAGATGATCAGGATGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGCAGGGGCCGCTGCCCTGGGACTTGCCAGAGATGATCAGGATGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGCTGGTTTGGAAATCCAAAAGTGAGCTGCAGGCGACCAAACAGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGCTGGTTTGGAAATCCAAAAGTGAGCTGCAGGCGACCAAACAGAGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTCTGGACAATGAAGATGCTCTCCGCAGCTTTCCAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 CATTCTGGACAATGAAGATGCTCTCCGCAGCTTTCCAGGTA...TAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATATACGACTAAGGGGTCAGACGGGGGTTCGTGCTGAACGCCGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170444 ATATACGACTAAGGGGTCAGACGGGGGTTCGTGCTGAACGCCGTGGCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TACCCATTCATTGACTTCCGCCTACTTAACA         GTACAACATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 170494 TACCCATTCATTGACTTCCGCCTACTTAACAGTG...CAGGTACAACATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTCAGGGGAGATTGGCACCAAGAAAAAGGTGAAAAGACTATTAAGCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209071 CTCAGGGGAGATTGGCACCAAGAAAAAGGTGAAAAGACTATTAAGCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAAGATACTTCCATGCATCAAGGCTGCTTCGTGGAATTATACCACAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209121 AAAGATACTTCCATGCATCAAGGCTGCTTCGTGGAATTATACCACAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCTCTGCACCTGCTGGATGAAGACTACCTTGGACAAGCAAGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 209171 CCTCTGCACCTGCTGGATGAAGACTACCTTGGACAAGCAAGGGTA...CA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    475  CATATGCTCTCCAAAGTGGGAATGTGGGATTTTGACATTTTCTTGTTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210796 GCATATGCTCTCCAAAGTGGGAATGTGGGATTTTGACATTTTCTTGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATCGCTTGACAAATG         GAAACAGCCTGGTAACACTGTTGTGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 210846 ATCGCTTGACAAATGGTA...CAGGAAACAGCCTGGTAACACTGTTGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACCTCTTCAATACCCATGGACTCATTCACCATTTCAAGTTAGATATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 212896 CACCTCTTCAATACCCATGGACTCATTCACCATTTCAAGTTAGATATGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GACCTTACACCGATTTTTAG         TCATGGTTCAAGAAGATTACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 212946 GACCTTACACCGATTTTTAGGTA...CAGTCATGGTTCAAGAAGATTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAGCCAAAACCCGTATCACAATGCTGTTCACGCAGCCGACGTCACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215806 ACAGCCAAAACCCGTATCACAATGCTGTTCACGCAGCCGACGTCACCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCCATGCACTGCTACCTGAAAGAGCCAAAG         CTTGCCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 215856 GCCATGCACTGCTACCTGAAAGAGCCAAAGGTA...CAGCTTGCCAGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CCTCACGCCTCTGGACATCATGCTTGGACTGCTGGCTGCAGCAGCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217348 CCTCACGCCTCTGGACATCATGCTTGGACTGCTGGCTGCAGCAGCACACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGTGGACCACCCAGGGGTGAACCAGCCATTTTTGATAAAAACTAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217398 ATGTGGACCACCCAGGGGTGAACCAGCCATTTTTGATAAAAACTAACCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATCTTGCAAACCTATATCAG         AATATGTCTGTGCTGGAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 217448 CATCTTGCAAACCTATATCAGGTA...TAGAATATGTCTGTGCTGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCATCACTGGCGATCTACAATTGGCATGCTTCGAGAATCAAGGCTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235527 TCATCACTGGCGATCTACAATTGGCATGCTTCGAGAATCAAGGCTTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTCATTTGCCAAAGGAAATGAC         ACAGGATATTGAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 235577 CTCATTTGCCAAAGGAAATGACGTA...CAGACAGGATATTGAACAGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGGGCTCCTTGATCTTGGCAACAGACATCAACAGGCAGAATGAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240726 CTGGGCTCCTTGATCTTGGCAACAGACATCAACAGGCAGAATGAATTTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GACCAGATTGAAAGCTCACCTCCACAATAAAGACTTAAGACTGGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240776 GACCAGATTGAAAGCTCACCTCCACAATAAAGACTTAAGACTGGAGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CACAGGACAGGCACTTTATGCTTCAG         ATCGCCTTGAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 240826 CACAGGACAGGCACTTTATGCTTCAGGTA...CAGATCGCCTTGAAGTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCTGACATTTGCAATCCTTGTAGAATCTGGGAGATGAGCAAGCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242952 GCTGACATTTGCAATCCTTGTAGAATCTGGGAGATGAGCAAGCAGTGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAAAGGGTCTGTGAAGAATTCTACAGGCAAG         GTGAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 243002 TGAAAGGGTCTGTGAAGAATTCTACAGGCAAGGTT...TAGGTGAACTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AACAGAAATTTGAACTGGAAATCAGTCCTCTTTGTAATCAACAGAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 248755 AACAGAAATTTGAACTGGAAATCAGTCCTCTTTGTAATCAACAGAAAGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCCATCCCTAGTATACAAATTG         GTTTCATGAGCTACATCGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 248805 TCCATCCCTAGTATACAAATTGGTG...TAGGTTTCATGAGCTACATCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGAGCCGCTCTTCCGGGAATGGGCCCATTTCACGGGTAACAGCACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253343 GGAGCCGCTCTTCCGGGAATGGGCCCATTTCACGGGTAACAGCACCCTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CGGAGAACATGCTGGGCCACCTCGCACACAACAAGGCCCAGTGGAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253393 CGGAGAACATGCTGGGCCACCTCGCACACAACAAGGCCCAGTGGAAGAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGTTGCCCAGGCAGCACAGAAGCAGGGGCAGCAGTGGCAGCGGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253443 CTGTTGCCCAGGCAGCACAGAAGCAGGGGCAGCAGTGGCAGCGGGCCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCACGACCACGCAGGCCAAGGGACTGAGAGCGAGGAGCAGGAAGGCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253493 CCACGACCACGCAGGCCAAGGGACTGAGAGCGAGGAGCAGGAAGGCGACA

   1600     .
   1502 GCCCC
        |||||
 253543 GCCCC