seq1 = pF1KSDA2013.tfa, 2001 bp
seq2 = pF1KSDA2013/gi568815597r_11822522.tfa (gi568815597r:11822522_12026237), 203716 bp

>pF1KSDA2013 2001
>gi568815597r:11822522_12026237 (Chr1)

(complement)

1-1033  (100001-101033)   100% ->
1034-2001  (102749-103716)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTGCAGCAGCGGCTCAAGGGGCTGCCGGGACTGCTGTCGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTGCAGCAGCGGCTCAAGGGGCTGCCGGGACTGCTGTCGAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGCCCGCCGCCTCCTCTGCCTGCTTGGCCTCCTGCTGCTGCTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGGCCCGCCGCCTCCTCTGCCTGCTTGGCCTCCTGCTGCTGCTTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTTTGGGGGGTCCGGCGCGCGGCGGGCGGCGGGCGGCCTGCACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTTTGGGGGGTCCGGCGCGCGGCGGGCGGCGGGCGGCCTGCACCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCTGGTCCCGCGGTGAGCCGGGCGCCGCCGAGCCGTCTGCCTGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCTGGTCCCGCGGTGAGCCGGGCGCCGCCGAGCCGTCTGCCTGCCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCGGCCACCCGCGCCTGGCGCGGCCTGCGGGAGCGCGGTGAGGTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCGGCCACCCGCGCCTGGCGCGGCCTGCGGGAGCGCGGTGAGGTGGTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGCTGGGTCCTGGAGTGCCGGCCCTGGTGGCCAACGGCTTCCTGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGCTGGGTCCTGGAGTGCCGGCCCTGGTGGCCAACGGCTTCCTGGCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACGTGGCTGCCAATCGGCTGTGGGTGACTCCCGGGGAGCGGGAGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACGTGGCTGCCAATCGGCTGTGGGTGACTCCCGGGGAGCGGGAGCCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGTGGCGCCGGACTTTGTGCCCTTCGTGCAGCTGCGCCCGCTGAGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGTGGCGCCGGACTTTGTGCCCTTCGTGCAGCTGCGCCCGCTGAGCGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCTGAAGCTGGAGAGGCGGTGCTGCTGCTGCGGGAGGGGCTTCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCTGAAGCTGGAGAGGCGGTGCTGCTGCTGCGGGAGGGGCTTCTGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCGTGCGTTGCCTGCAGCTGGGGTCCCCAGGTCCTGGCCCCGTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCGTGCGTTGCCTGCAGCTGGGGTCCCCAGGTCCTGGCCCCGTGGCCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGGCCCCGGGCCCGCCTCCGTCTCTGGCCTTGCCGCGGGGTCCGGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGGCCCCGGGCCCGCCTCCGTCTCTGGCCTTGCCGCGGGGTCCGGCCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACTGCGTGCTGCTGCAAGAGGACTTTCTGGCGCACAGGGGCCGACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACTGCGTGCTGCTGCAAGAGGACTTTCTGGCGCACAGGGGCCGACCCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCTACCTGCAGCGCATCCAGCTCAACAACCCCACGGAGCGCGTGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCTACCTGCAGCGCATCCAGCTCAACAACCCCACGGAGCGCGTGGCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GCTGCAGACTGTGGGGCCCACTGCCGGCCCAGCCCCCAAGGCCTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GCTGCAGACTGTGGGGCCCACTGCCGGCCCAGCCCCCAAGGCCTTCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GTACCCTGGAGAAGGTCGGAGACCATCAGTTCCTCCTCTACTCAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GTACCCTGGAGAAGGTCGGAGACCATCAGTTCCTCCTCTACTCAGGCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCCCGCCTACGCCCACTGGGTTGGTGCACCTGGTGGTGGTGGCCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCCCGCCTACGCCCACTGGGTTGGTGCACCTGGTGGTGGTGGCCGCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GAAGCTGGTGAACCGCCTCCAAGTGGCTCCCAAGACGCAGCTGGATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GAAGCTGGTGAACCGCCTCCAAGTGGCTCCCAAGACGCAGCTGGATGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CGGTGCTGTGGGTGGTGCACGTCTCTGGCCCCATTAACCCCCAGGTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CGGTGCTGTGGGTGGTGCACGTCTCTGGCCCCATTAACCCCCAGGTGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAAAGCAAAGCAGCCAAGGAGCTCAAGGCGCTGCAGGACTTGGCACGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAAAGCAAAGCAGCCAAGGAGCTCAAGGCGCTGCAGGACTTGGCACGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAAATGCTGGAGCTCTTGGACATGCCAGCGGCGGAGCTGCTTCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAAATGCTGGAGCTCTTGGACATGCCAGCGGCGGAGCTGCTTCAAGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCAGCTCCTCTGGGCTCAGCTCTTCAGCCCAG         GAGTGGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101001 ACCAGCTCCTCTGGGCTCAGCTCTTCAGCCCAGGTG...CAGGAGTGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGAAGAAGATCACTGACACCCACACGCCGTCTGGCCTCACCGTGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102757 ATGAAGAAGATCACTGACACCCACACGCCGTCTGGCCTCACCGTGAACCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GACGCTCTATTACATGCTCTCCTGCTCGCCAGCCCCACTGCTCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102807 GACGCTCTATTACATGCTCTCCTGCTCGCCAGCCCCACTGCTCAGCCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCTGAGCCACAGGGAGCGAGACCAGATGGAGTCGACGCTCAACTATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 CCCTGAGCCACAGGGAGCGAGACCAGATGGAGTCGACGCTCAACTATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GATCACTGCTTCAGCGGGCACGCCACCATGCACGCCGAGAACCTGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102907 GATCACTGCTTCAGCGGGCACGCCACCATGCACGCCGAGAACCTGTGGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 GGGGCGGCTGTCCTCCGTCCAGCAGATCCTGCAGCTCTCTGACCTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102957 GGGGCGGCTGTCCTCCGTCCAGCAGATCCTGCAGCTCTCTGACCTGTGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGCTGACCCTCCAGAAGCGTGGCTGCAAGGGGCTGGTGAAGGTGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 GGCTGACCCTCCAGAAGCGTGGCTGCAAGGGGCTGGTGAAGGTGGGTGCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCAGGCATCCTGCAGGGGATGGTGCTCAGCTTCGGGGGGCTGCAGTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 103057 CCAGGCATCCTGCAGGGGATGGTGCTCAGCTTTGGGGGGCTGCAGTTCAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 AGAGAACCACCTCCAGTTCCAGGCCGACCCCGACGTGCTGCACAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 AGAGAACCACCTCCAGTTCCAGGCCGACCCCGACGTGCTGCACAACAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATGCATTGCATGGCATCCGCTACAAGAACGACCATATCAACCTGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 ATGCATTGCATGGCATCCGCTACAAGAACGACCATATCAACCTGGCCGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CTGGCGGATGCCGAGGGCAAGCCCTACCTACACGTGTCCGTGGAGTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 CTGGCGGATGCCGAGGGCAAGCCCTACCTACACGTGTCCGTGGAGTCCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 TGGCCAGCCTGTCAAGATCTATGCCTGCAAGGCAGGCTGCCTGGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103257 TGGCCAGCCTGTCAAGATCTATGCCTGCAAGGCAGGCTGCCTGGACGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CAGTGGAGCTGACCTCGGCGCCCACGGGCCACACCTTCTCGGTCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103307 CAGTGGAGCTGACCTCGGCGCCCACGGGCCACACCTTCTCGGTCATGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 ACACAGCCCATCACGCCACTGCTCTACATCTCCACCGACCTCACACACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103357 ACACAGCCCATCACGCCACTGCTCTACATCTCCACCGACCTCACACACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GCAGGACCTGCGGCACACGCTGCACCTCAAGGCCATCCTGGCCCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103407 GCAGGACCTGCGGCACACGCTGCACCTCAAGGCCATCCTGGCCCATGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 AGCACATGGCCCAGCAGGACCCCGGGCTGCCCTTCCTCTTCTGGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103457 AGCACATGGCCCAGCAGGACCCCGGGCTGCCCTTCCTCTTCTGGTTCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GTGGCCTCCCTAATCACCCTCTTCCACCTCTTCCTCTTCAAGCTCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103507 GTGGCCTCCCTAATCACCCTCTTCCACCTCTTCCTCTTCAAGCTCATCTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CAACGAGTACTGTGGGCCTGGAGCCAAGCCCCTCTTCAGGAGTAAGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 CAACGAGTACTGTGGGCCTGGAGCCAAGCCCCTCTTCAGGAGTAAGGTAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1892 GAAGCCGCCATCTGGTCGAAACCCGAGGCCTTGGCCTTGCTCTCAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 GAAGCCGCCATCTGGTCGAAACCCGAGGCCTTGGCCTTGCTCTCAGCCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1942 GTGTCTCGGAAGGGGCTAGCCTGGCGAGGGGGGGTGAGGCCTGGGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 GTGTCTCGGAAGGGGCTAGCCTGGCGAGGGGGGGTGAGGCCTGGGCAGGA

   2000     .    :
   1992 ATGGGTGTCC
        ||||||||||
 103707 ATGGGTGTCC