seq1 = pF1KSDA1993.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KSDA1993/gi568815589f_126779400.tfa (gi568815589f:126779400_126980911), 201512 bp

>pF1KSDA1993 1512
>gi568815589f:126779400_126980911 (Chr9)

1-1512  (100001-101512)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGTAGAAATGGACAGCAGCAGTTTTATTCAGTTTGATGTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAGTAGAAATGGACAGCAGCAGTTTTATTCAGTTTGATGTGCCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTACAGCAGCACCGTTCTGAGCCAGCTAAACGAACTCCGCCTGCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTACAGCAGCACCGTTCTGAGCCAGCTAAACGAACTCCGCCTGCAGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTATGTGACATCATTGTACACATTCAGGGTCAGCCATTCCGAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTATGTGACATCATTGTACACATTCAGGGTCAGCCATTCCGAGCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAGCAGTCCTTGCTGCCAGCTCCCCATATTTCCGGGACCATTCAGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGCAGTCCTTGCTGCCAGCTCCCCATATTTCCGGGACCATTCAGCGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGTACCATGAGTGGCTTGTCAATATCAGTGATTAAAAATCCCAATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGTACCATGAGTGGCTTGTCAATATCAGTGATTAAAAATCCCAATGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGAGCAGTTGCTTTCTTTTTGTTACACTGGAAGAATGTCCTTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGAGCAGTTGCTTTCTTTTTGTTACACTGGAAGAATGTCCTTGCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGATGTTGTCAGTTTTCTGACTGCAGCCAGCTTTCTTCAGATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGATGTTGTCAGTTTTCTGACTGCAGCCAGCTTTCTTCAGATGCAGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGTCATTGACAAGTGCACGCAGATCCTAGAGAGCATCCATTCCAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGTCATTGACAAGTGCACGCAGATCCTAGAGAGCATCCATTCCAAAATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGTTGGAGATGTTGACTCTGTTACCGTCGGTGCTGAAGAGAATCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGTTGGAGATGTTGACTCTGTTACCGTCGGTGCTGAAGAGAATCCCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTCGAAACGGAGTGAAAGACAGCAGCTTCTTTGCCAACCCAGTGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTCGAAACGGAGTGAAAGACAGCAGCTTCTTTGCCAACCCAGTGGAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCTCCTCCATATTGCTCTCAGGGACGGCAGCCCACCGCAAGCAGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTCTCCTCCATATTGCTCTCAGGGACGGCAGCCCACCGCAAGCAGTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCGGATGGAGACGACCCCCAGCAAAGCTTTGCGCAGCCGCTTACAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCGGATGGAGACGACCCCCAGCAAAGCTTTGCGCAGCCGCTTACAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGGGCACTCAGACCGCGGGAGCAGTGGGAGCGTTTCTGAATATGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGGGGCACTCAGACCGCGGGAGCAGTGGGAGCGTTTCTGAATATGAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCAGATAGAGGGAGACCATGAGCAAGGAGACCTATTGGTGAGGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCAGATAGAGGGAGACCATGAGCAAGGAGACCTATTGGTGAGGGAGAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGATCACCGAGGTGAAAGTGAAGATGGAGAAGTCCGACCGGCCCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGATCACCGAGGTGAAAGTGAAGATGGAGAAGTCCGACCGGCCCAGCTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCCGACAGCTCCTCCCTGGGTGACGATGGGTACCACACCGAGATGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCCGACAGCTCCTCCCTGGGTGACGATGGGTACCACACCGAGATGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGGGGAACAAGTTGTGGCAGTGAATGTGGGCTCCTATGGTTCTGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGGGGAACAAGTTGTGGCAGTGAATGTGGGCTCCTATGGTTCTGTGCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 AGCACGCATACTCCTATTCCCAAGCAGCCTCACAGCCAACCAATGTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AGCACGCATACTCCTATTCCCAAGCAGCCTCACAGCCAACCAATGTATCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAAGCTTTTGGAAGTTTGAGTAATTCCAGCCCATCCAGGTCCATGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAAGCTTTTGGAAGTTTGAGTAATTCCAGCCCATCCAGGTCCATGCTGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTGTTTCCGAGGAGGGCGTGCCCGCCAGAAGCGGGCTTTGTCTGTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTGTTTCCGAGGAGGGCGTGCCCGCCAGAAGCGGGCTTTGTCTGTCCACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCACAGTGACCTGCAGGGCCTGGTGCAGGGCTCTGACAGTGAAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCACAGTGACCTGCAGGGCCTGGTGCAGGGCTCTGACAGTGAAGCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGAACAACCCCGGGTATGAGAGCAGTCCCCGGGAGAGGAGTGCGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATGAACAACCCCGGGTATGAGAGCAGTCCCCGGGAGAGGAGTGCGAGAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCATTGGTACCCGTACAATGAGAGGTTGATCTGTATTTACTGTGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCATTGGTACCCGTACAATGAGAGGTTGATCTGTATTTACTGTGGAAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CCTTCAACCAGAAAGGAAGCCTTGATAGGCACATGCGACTCCATATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CCTTCAACCAGAAAGGAAGCCTTGATAGGCACATGCGACTCCATATGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATCACCCCCTTTGTGTGCAAGTTCTGTGGGAAGAAGTACACACGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ATCACCCCCTTTGTGTGCAAGTTCTGTGGGAAGAAGTACACACGGAAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCAACTGGAGTACCACATCCGGGGCCATACAGATGATAAACCATTCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCAACTGGAGTACCACATCCGGGGCCATACAGATGATAAACCATTCCGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GTGAGATCTGCGGGAAGTGCTTTCCATTCCAAGGTACCCTCAACCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GTGAGATCTGCGGGAAGTGCTTTCCATTCCAAGGTACCCTCAACCAGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TTGCGGAAAAACCACCCAGGCGTTGCTGAAGTCAGGAGTCGCATTGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TTGCGGAAAAACCACCCAGGCGTTGCTGAAGTCAGGAGTCGCATTGAGTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCCCGAGAGAACAGATGTGTACGTGGAACAGAAACTAGAAAATGACGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCCCGAGAGAACAGATGTGTACGTGGAACAGAAACTAGAAAATGACGCAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CGGCCTCAGAGATGGGCCTAGATTCCCGGATGGAAATTCACACAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CGGCCTCAGAGATGGGCCTAGATTCCCGGATGGAAATTCACACAGTGTCT

   1500     .    :
   1501 GATGCTCCCGAT
        ||||||||||||
 101501 GATGCTCCCGAT