seq1 = pF1KSDA1990.tfa, 2637 bp
seq2 = pF1KSDA1990/gi568815582f_70020493.tfa (gi568815582f:70020493_70256876), 236384 bp

>pF1KSDA1990 2637
>gi568815582f:70020493_70256876 (Chr16)

1-227  (100001-100227)   100% ->
228-361  (106768-106901)   100% ->
362-443  (108292-108373)   100% ->
444-607  (108467-108630)   100% ->
608-729  (109931-110052)   100% ->
730-847  (110810-110927)   100% ->
848-997  (111659-111808)   100% ->
998-1190  (115702-115894)   100% ->
1191-1315  (118407-118531)   100% ->
1316-1471  (121742-121897)   100% ->
1472-1605  (122061-122194)   100% ->
1606-1754  (123018-123166)   100% ->
1755-1867  (123929-124041)   100% ->
1868-1962  (125642-125736)   100% ->
1963-2052  (127972-128061)   100% ->
2053-2235  (132899-133081)   100% ->
2236-2637  (135983-136384)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTTCTACCGGTTGCTGTCGATTGTTGGAAGACAAAGAGCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTTCTACCGGTTGCTGTCGATTGTTGGAAGACAAAGAGCCAGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGATGGCAGAACTGGTCCTCTGCAAGAAACAGCACGTCAGCTGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGATGGCAGAACTGGTCCTCTGCAAGAAACAGCACGTCAGCTGCCGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGTTCCATGGCCCTGCCCACCCAGGCACAGGTGGTCATCTGTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGCGTTCCATGGCCCTGCCCACCCAGGCACAGGTGGTCATCTGTGGAGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAATCACGGGCACTTCTGTGGCCTATCACCTCTCCAAAATGGGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAATCACGGGCACTTCTGTGGCCTATCACCTCTCCAAAATGGGGTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGATATTGTCCTTTTGGAGCAGGGCAG         GCTGGCTGCTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100201 GGATATTGTCCTTTTGGAGCAGGGCAGGTA...CAGGCTGGCTGCTGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTACCAGGTTCTGTGCTGGCATCCTGAGCACTGCCAGGCACTTGACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106782 CTACCAGGTTCTGTGCTGGCATCCTGAGCACTGCCAGGCACTTGACCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGCAGAAGATGGCAGACTACTCAAACAAACTCTACTATCAGTTAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106832 GAGCAGAAGATGGCAGACTACTCAAACAAACTCTACTATCAGTTAGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGAAACAGGGATCCAAACAG         GTTACACAAGGACAGGCTCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106882 AGAAACAGGGATCCAAACAGGTA...CAGGTTACACAAGGACAGGCTCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCTTTCTGGCCCAAACTCAGGACCGACTGATCTCCCTGAAGCGCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108313 TCTTTCTGGCCCAAACTCAGGACCGACTGATCTCCCTGAAGCGCATCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGGGCTGAA         TGTTATAGGTATCCCTTCTGAGATCATCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108363 GCAGGGCTGAAGTA...CAGTGTTATAGGTATCCCTTCTGAGATCATCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCCAAGAAAGTGGCCGAGCTTCACCATCTCCTCAACGTGCACGACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108497 CCCCAAGAAAGTGGCCGAGCTTCACCATCTCCTCAACGTGCACGACCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGGGGCCATGCATGTTCCCGAGGATGCAGTGGTGTCTTCCGCTGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108547 TGGGGGCCATGCATGTTCCCGAGGATGCAGTGGTGTCTTCCGCTGACGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTCTTGCCCTGGCAAGTGCTGCCTCCCAAAATG         GTGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108597 GCTCTTGCCCTGGCAAGTGCTGCCTCCCAAAATGGTG...CAGGTGTTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GATCTATGACCGGACATCTGTTCTTCATGTAATGGTCAAAAAAGGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109938 GATCTATGACCGGACATCTGTTCTTCATGTAATGGTCAAAAAAGGTCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTACTGGAGTGGAGACCGATAAAGGACAGATTGAATGCCAGTATTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109988 TTACTGGAGTGGAGACCGATAAAGGACAGATTGAATGCCAGTATTTTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACTGTGCTGGCCAG         TGGGCATACGAGCTGGGTCTGTCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110038 AACTGTGCTGGCCAGGTA...TAGTGGGCATACGAGCTGGGTCTGTCCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAGGAGCCGGTTAGTATCCCGCTACATGCCTGCGAACACTTCTACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110836 CGAGGAGCCGGTTAGTATCCCGCTACATGCCTGCGAACACTTCTACCTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGACTCGCCCCTTGGAGACCCCTCTGCAGAGCAGCACACCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110886 TGACTCGCCCCTTGGAGACCCCTCTGCAGAGCAGCACACCAAGTG...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848  CTATTGTGGATGCTGATGGAAGAATTTATATTCGGAACTGGCAGGGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111658 GCTATTGTGGATGCTGATGGAAGAATTTATATTCGGAACTGGCAGGGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCCTGTCTGGGGGCTTTGAGAAGAACCCGAAACCAATTTTCACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111708 CATCCTGTCTGGGGGCTTTGAGAAGAACCCGAAACCAATTTTCACTGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCAAGAACCAGCTGGAGATTCAGAATCTACAGGAAGACTGGGATCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111758 GCAAGAACCAGCTGGAGATTCAGAATCTACAGGAAGACTGGGATCACTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 G         AGCCTCTGTTGAGTTCCCTTCTGAGGAGGATGCCAGAATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111808 GGTA...CAGAGCCTCTGTTGAGTTCCCTTCTGAGGAGGATGCCAGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGAGACTCTGGAGATCATGAAGTTGGTGAACTGCCCAGAGACCTTCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115742 AGAGACTCTGGAGATCATGAAGTTGGTGAACTGCCCAGAGACCTTCACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAGACATGAGGTGCATCATGGGCGAGTCTCCTGCAGTGCAGGGCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115792 CAGACATGAGGTGCATCATGGGCGAGTCTCCTGCAGTGCAGGGCTACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTCCTGGCAGGAATGAACTCTGCTGGCCTTTCATTTGGTGGAGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115842 GTCCTGGCAGGAATGAACTCTGCTGGCCTTTCATTTGGTGGAGGAGCCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AAA         GTACCTTGCCGAATGGATGGTACATGGTTATCCCTCAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115892 AAAGTA...TAGGTACCTTGCCGAATGGATGGTACATGGTTATCCCTCAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AAAACGTTTGGGAATTGGACCTGAAACGTTTTGGAGCCCTCCAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118445 AAAACGTTTGGGAATTGGACCTGAAACGTTTTGGAGCCCTCCAGAGCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CGCACCTTTCTGCGCCACCGGGTCATGGAAGTCATGC         CTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118495 CGCACCTTTCTGCGCCACCGGGTCATGGAAGTCATGCGTA...TAGCTTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GATGTATGATCTGAAGGTTCCCCGCTGGGACTTCCAGACCGGTAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121746 GATGTATGATCTGAAGGTTCCCCGCTGGGACTTCCAGACCGGTAGGCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TACGCACCTCTCCTCTCTACGACCGGCTGGATGCACAGGGAGCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121796 TACGCACCTCTCCTCTCTACGACCGGCTGGATGCACAGGGAGCCAGGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGGAGAAACATGGATTTGAGAGGCCAAAGTACTTTGTTCCCCCCGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121846 ATGGAGAAACATGGATTTGAGAGGCCAAAGTACTTTGTTCCCCCCGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GG         ACCTCCTGGCATTGGAGCAGAGCAAGACTTTCTATAAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121896 GGGTA...TAGACCTCCTGGCATTGGAGCAGAGCAAGACTTTCTATAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 CAGATTGGTTTGACATCGTGGAGTCTGAAGTCAAGTGCTGTAAGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122100 CAGATTGGTTTGACATCGTGGAGTCTGAAGTCAAGTGCTGTAAGGAAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTGTGTGTCATTGACATGTCCTCTTTCACAAAGTTTGAGATAACA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 122150 GTGTGTGTCATTGACATGTCCTCTTTCACAAAGTTTGAGATAACAGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606     TCCACTGGGGATCAGGCATTAGAAGTTCTACAGTACCTCTTCTCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122200 .CAGTCCACTGGGGATCAGGCATTAGAAGTTCTACAGTACCTCTTCTCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 ATGACCTGGATGTGCCTGTGGGCCACATTGTGCATACTGGCATGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123064 ATGACCTGGATGTGCCTGTGGGCCACATTGTGCATACTGGCATGCTCAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAGGGTGGAGGGTATGAAAATGACTGCAGCATAGCACGACTGAACAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123114 GAGGGTGGAGGGTATGAAAATGACTGCAGCATAGCACGACTGAACAAGCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CAG         TTTCTTCATGATCTCTCCAACCGACCAGCAGGTCCACT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123164 CAGGTG...CAGTTTCTTCATGATCTCTCCAACCGACCAGCAGGTCCACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTTGGGCCTGGCTTAAGAAACACATGCCGAAAGACAGCAACCTGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123967 GTTGGGCCTGGCTTAAGAAACACATGCCGAAAGACAGCAACCTGCTCCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 GAGGACGTCACCTGGAAGTACACAG         CCCTCAATCTGATTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124017 GAGGACGTCACCTGGAAGTACACAGGTA...TAGCCCTCAATCTGATTGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCCTCGAGCTGTGGATGTGCTGTCTGAGTTGTCCTATGCCCCTATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125658 CCCTCGAGCTGTGGATGTGCTGTCTGAGTTGTCCTATGCCCCTATGACTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 CAGACCACTTCCCAAGCCTCTTTTGCAAG         GAGATGAGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 125708 CAGACCACTTCCCAAGCCTCTTTTGCAAGGTA...CAGGAGATGAGTGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GGCTATGCAAATGGGATCCGGGTGATGAGCATGACGCACACAGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127984 GGCTATGCAAATGGGATCCGGGTGATGAGCATGACGCACACAGGAGAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 AGGATTCATGCTCTACATCCCCATAGAG         TACGCCCTGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 128034 AGGATTCATGCTCTACATCCCCATAGAGGTG...TAGTACGCCCTGCATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 TATACAATGAAGTGATGAGTGTTGGCCAGAAATACGGAATCCGGAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132912 TATACAATGAAGTGATGAGTGTTGGCCAGAAATACGGAATCCGGAATGCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GGGTATTACGCTCTTCGCAGTCTCCGAATTGAGAAGTTTTTTGCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132962 GGGTATTACGCTCTTCGCAGTCTCCGAATTGAGAAGTTTTTTGCCTTCTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGGTCAGGATATAAATAACCTCACCACGCCCCTGGAATGTGGACGAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133012 GGGTCAGGATATAAATAACCTCACCACGCCCCTGGAATGTGGACGAGAGT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 CTCGGGTGAAATTAGAGAAG         GGCATGGATTTCATTGGTCGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 133062 CTCGGGTGAAATTAGAGAAGGTA...TAGGGCATGGATTTCATTGGTCGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GACGCCCTCCTGCAGCAGAAGCAGAATGGAGTGTATAAACGCCTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136004 GACGCCCTCCTGCAGCAGAAGCAGAATGGAGTGTATAAACGCCTCACCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GTTCATCCTGGACGACCATGATTCAGACCTAGACCTTTGGCCTTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136054 GTTCATCCTGGACGACCATGATTCAGACCTAGACCTTTGGCCTTGGTGGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GAGAGCCCATTTACCGGAATGGGCAGTATGTTGGCAAGACCACCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136104 GAGAGCCCATTTACCGGAATGGGCAGTATGTTGGCAAGACCACCAGCAGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 GCCTACAGCTACAGCCTGGAGCGCCACGTTTGCCTGGGCTTTGTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136154 GCCTACAGCTACAGCCTGGAGCGCCACGTTTGCCTGGGCTTTGTGCACAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 TTTTTCTGAGGACACGGGGGAAGAGCAAGTGGTGACAGCAGATTTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136204 TTTTTCTGAGGACACGGGGGAAGAGCAAGTGGTGACAGCAGATTTCATCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 ACCGGGGAGAGTATGAGATTGACATCGCGGGATACCGCTTCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136254 ACCGGGGAGAGTATGAGATTGACATCGCGGGATACCGCTTCCAGGCCAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 GCCAAGCTCTACCCTGTCGCCTCCCTCTTCACCCAGAAGCGCCGAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136304 GCCAAGCTCTACCCTGTCGCCTCCCTCTTCACCCAGAAGCGCCGAAAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :
   2607 TGACATGGAGCTGAGTGACTTACATGGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 136354 TGACATGGAGCTGAGTGACTTACATGGGAAG