seq1 = pF1KSDA1972.tfa, 1728 bp
seq2 = pF1KSDA1972/gi568815582f_57104659.tfa (gi568815582f:57104659_57338972), 234314 bp

>pF1KSDA1972 1728
>gi568815582f:57104659_57338972 (Chr16)

1-350  (100001-100350)   100% ->
351-403  (103400-103452)   100% ->
404-516  (104417-104529)   100% ->
517-643  (108314-108440)   100% ->
644-702  (109230-109288)   100% ->
703-769  (111449-111515)   100% ->
770-901  (112246-112377)   100% ->
902-1017  (116074-116189)   100% ->
1018-1161  (116614-116757)   100% ->
1162-1273  (122684-122795)   100% ->
1274-1376  (126053-126155)   100% ->
1377-1529  (126509-126661)   100% ->
1530-1634  (130466-130570)   100% ->
1635-1728  (134221-134314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCGTCTTTGGTTGGGCCGTGTTCTTAGCGAGCAGAAGCCTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCGTCTTTGGTTGGGCCGTGTTCTTAGCGAGCAGAAGCCTTGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTCTGTTGTTGACTCTCGAAGAGCACATAGCCCACTTCCTAGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTCTGTTGTTGACTCTCGAAGAGCACATAGCCCACTTCCTAGGGACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGTGCCGCTACTACCATGGGTAATTCCTGTATCTGCCGAGATGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGGTGCCGCTACTACCATGGGTAATTCCTGTATCTGCCGAGATGACAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAACAGATGACAGTGTTGACACCCAACAGCAACAGGCCGAGAACAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAACAGATGACAGTGTTGACACCCAACAGCAACAGGCCGAGAACAGTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTACCCACTGCTGACACAAGGAGCCAACCACGGGACCCTGTTCGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTACCCACTGCTGACACAAGGAGCCAACCACGGGACCCTGTTCGGCCAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAGGAGGGGCCGAGGACCTCATGAGCCAAGGAGAAAGAAACAAAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAAGGAGGGGCCGAGGACCTCATGAGCCAAGGAGAAAGAAACAAAATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATGGGCTAGTGTTGGACACACTGGCAGTAATACGGACTCTTGTAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATGGGCTAGTGTTGGACACACTGGCAGTAATACGGACTCTTGTAGATAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351          TGATCAGGAACCTCCCTATTCAATGATAACATTACACGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTA...CAGTGATCAGGAACCTCCCTATTCAATGATAACATTACACGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCAGAAACAG         ATGAAGGATGGTTGGATGTTGTCCAGTCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103441 TGGCAGAAACAGGTA...TAGATGAAGGATGGTTGGATGTTGTCCAGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTAATTAGAGTTATTCCACTGGAAGATCCACTGGGACCAGCTGTTATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104446 TTAATTAGAGTTATTCCACTGGAAGATCCACTGGGACCAGCTGTTATAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTGTTACTAGATGAATGTCCATTGCCCACTAAA         GATGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104496 ATTGTTACTAGATGAATGTCCATTGCCCACTAAAGTA...TAGGATGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCAGAAATTGACTGAAATTCTCAATTTAAATGGAGAAGTAGCTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108321 TCCAGAAATTGACTGAAATTCTCAATTTAAATGGAGAAGTAGCTTGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACTCAAGCCATCCTGCCAAACACAGGAACACATCTGCAGTCCTAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108371 GACTCAAGCCATCCTGCCAAACACAGGAACACATCTGCAGTCCTAGGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTGGCCGAGAAACTAGCAG         GTCCTGCAAGTATAGGTTTAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108421 CTTGGCCGAGAAACTAGCAGGTA...TAGGTCCTGCAAGTATAGGTTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAGCCCAGGAATACTGGAATACTTGCTACAGTGTCTG         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 109251 TTAGCCCAGGAATACTGGAATACTTGCTACAGTGTCTGGTA...CAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTACAGTCCCACCCCACAGTCATGCTTTTTGCACTTATCGCACTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111452 TTACAGTCCCACCCCACAGTCATGCTTTTTGCACTTATCGCACTGGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTTGCACAGACAA         GTGAAAATAAATTGACTATTTCTGAAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111502 GTTTGCACAGACAAGTA...CAGGTGAAAATAAATTGACTATTTCTGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAGTATTAGTGACCGGCTTGTCACATTGGAGTCCTGGGCTAATGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112273 CCAGTATTAGTGACCGGCTTGTCACATTGGAGTCCTGGGCTAATGATCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATTATCTGAAACGTCAAGTTGGTTTCTGTGCCCAGTGGAGCTTAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112323 GATTATCTGAAACGTCAAGTTGGTTTCTGTGCCCAGTGGAGCTTAGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCTCT         TTTTAAAAGAAGGTAGACAGCTGACCTATGAGAAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112373 TCTCTGTA...CAGTTTTAAAAGAAGGTAGACAGCTGACCTATGAGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAACTTGAGTAGCATTAGGGCCATGCTGAATAGCAATGATGTCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116110 TGAACTTGAGTAGCATTAGGGCCATGCTGAATAGCAATGATGTCAGCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACCTGAAGATCTCACCTCATGGCTTAGAG         GCTCGCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116160 TACCTGAAGATCTCACCTCATGGCTTAGAGGTA...CAGGCTCGCTGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGCCTCCTCTTTTGAAAGTGTGCGTTGCACCTTTTGTGTGGATGCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116625 TGCCTCCTCTTTTGAAAGTGTGCGTTGCACCTTTTGTGTGGATGCCGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TATGGTACTATGAAGTAACAGTGGTCACTTCTGGCGTCATGCAGATTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116675 TATGGTACTATGAAGTAACAGTGGTCACTTCTGGCGTCATGCAGATTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGGGCCACTCGAGACAGCAAATTCCTCAATCAT         GAAGGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 116725 TGGGCCACTCGAGACAGCAAATTCCTCAATCATGTG...CAGGAAGGCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGGCATTGGGGATGATGAATACTCCTGTGCGTATGATGGCTGCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122692 CGGCATTGGGGATGATGAATACTCCTGTGCGTATGATGGCTGCCGGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGATTTGGTACAATGCCAGAAGTAAGCCTCACATACACCCATGCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122742 TGATTTGGTACAATGCCAGAAGTAAGCCTCACATACACCCATGCTGGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAAG         GAGATACAGTAGGATTTCTGTTAGACTTGAATGAAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122792 GAAGGTA...TAGGAGATACAGTAGGATTTCTGTTAGACTTGAATGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GCAAATGATCTTCTTTTTAAATGGCAACCAGCTGCCTCCTGAAAAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126090 GCAAATGATCTTCTTTTTAAATGGCAACCAGCTGCCTCCTGAAAAGCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTTTTCATCTACTGT         ATCTGGATTTTTTGCTGCAGCTAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126140 TCTTTTCATCTACTGTGTA...TAGATCTGGATTTTTTGCTGCAGCTAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 TTCATGTCATATCAACAATGTGAGTTCAATTTTGGAGCAAAACCATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126534 TTCATGTCATATCAACAATGTGAGTTCAATTTTGGAGCAAAACCATTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 ATACCCACCATCTATGAAATTTAGCACTTTTAATGACTACGCCTTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126584 ATACCCACCATCTATGAAATTTAGCACTTTTAATGACTACGCCTTCCTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAGCTGAAGAAAAAATCATTTTGCCAAG         GCACAGGCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126634 CAGCTGAAGAAAAAATCATTTTGCCAAGGTA...CAGGCACAGGCGTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GCTCTGTTGAAGCAAGTCAGTATCCGAGAAAACTGCTGTTCCCTTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130479 GCTCTGTTGAAGCAAGTCAGTATCCGAGAAAACTGCTGTTCCCTTTGTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGATGAGGTAGCAGACACACAATTGAAGCCATGTGGACACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 130529 TGATGAGGTAGCAGACACACAATTGAAGCCATGTGGACACAGGTA...CA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1635  TGACCTGTGCATGGATTGTGCCTTGCAGCTGGAGACCTGCCCATTGTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134220 GTGACCTGTGCATGGATTGTGCCTTGCAGCTGGAGACCTGCCCATTGTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1684 CGTAAAGAAATAGTATCTAGAATCAGACAGATTTCTCATATTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134270 CGTAAAGAAATAGTATCTAGAATCAGACAGATTTCTCATATTTCA