seq1 = pF1KSDA1971.tfa, 2427 bp
seq2 = pF1KSDA1971/gi568815583f_82709727.tfa (gi568815583f:82709727_82933533), 223807 bp

>pF1KSDA1971 2427
>gi568815583f:82709727_82933533 (Chr15)

1-609  (100001-100609)   100% ->
610-783  (103377-103550)   100% ->
784-934  (106966-107116)   100% ->
935-1104  (108194-108363)   100% ->
1105-1270  (109597-109762)   100% ->
1271-1458  (113374-113561)   100% ->
1459-1545  (116684-116770)   100% ->
1546-1641  (117025-117120)   100% ->
1642-2122  (120873-121353)   100% ->
2123-2427  (123503-123807)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACGAGCAGCCTGACAGCCTGGAGGGCTGGGTGCCGGTCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACGAGCAGCCTGACAGCCTGGAGGGCTGGGTGCCGGTCCGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCTCTTCGCCGAGCCCGAGAGGCACCGGCTGCGCTTCCTGGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCTCTTCGCCGAGCCCGAGAGGCACCGGCTGCGCTTCCTGGTGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAACGGCGCGGAGGGCAAGTTCGCTGTGACTTGTCACGACCGTACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAACGGCGCGGAGGGCAAGTTCGCTGTGACTTGTCACGACCGTACCGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGCGGCGGCTGCGCGAGGGGGCCCGGTTGGGGCCCGAGCCCGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAGCGGCGGCTGCGCGAGGGGGCCCGGTTGGGGCCCGAGCCCGAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGCCTGAGGCCGCCGTCTCCCCGTCCAGCTGGGCCGGCCTGCTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGCCTGAGGCCGCCGTCTCCCCGTCCAGCTGGGCCGGCCTGCTCTCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGCGGGGCTCCGCGGCGCGCACCGGCAGTTGGCGGCGCTGTGGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGCGGGGCTCCGCGGCGCGCACCGGCAGTTGGCGGCGCTGTGGCCGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGAGCGCTGCTTCCCGCGGCTGCCGCCGGAGCTGGACGTGGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGAGCGCTGCTTCCCGCGGCTGCCGCCGGAGCTGGACGTGGGCGGCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGGGGCCTGGGGTCTGGGGCTCGGGCTGTGGGCGCTGCTGTGGCCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGGGGCCTGGGGTCTGGGGCTCGGGCTGTGGGCGCTGCTGTGGCCGACGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCGCGGGTCCCGGCGAGGCGGCGCTGCAGGAGCTGTGCGGGCAGCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCGCGGGTCCCGGCGAGGCGGCGCTGCAGGAGCTGTGCGGGCAGCTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCTATCTGGGCGCGGCGGCCGACGGCTGCGGCGGCGCCACAGTGCGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCTATCTGGGCGCGGCGGCCGACGGCTGCGGCGGCGCCACAGTGCGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CGCACTCTTCCCGGCTGAGGGCGGCGCGGCCGACTGCGAAAGCCCGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CGCACTCTTCCCGGCTGAGGGCGGCGCGGCCGACTGCGAAAGCCCGCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTTCCGGGAGCGGGCCTTGCGCGCGCGGTGGGTCGAGGCGGACGCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGTTCCGGGAGCGGGCCTTGCGCGCGCGGTGGGTCGAGGCGGACGCGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGCGCCAG         GTTATTCAAGGACACGGAAAAGCCAACACCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGCGCCAGGTA...TAGGTTATTCAAGGACACGGAAAAGCCAACACCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTAGCATTAATGAACGTTTACCAAGAGGAAGATGAAGCATACCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103409 GGTAGCATTAATGAACGTTTACCAAGAGGAAGATGAAGCATACCAGGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGTTACCGTGGCAACCATGTTCTTCCAGTACTTATTGCAGCCATTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103459 TGGTTACCGTGGCAACCATGTTCTTCCAGTACTTATTGCAGCCATTTAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCTATGCGAGAAGTTGCAACTTTATGTAAGCTTGATATTTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103509 GCTATGCGAGAAGTTGCAACTTTATGTAAGCTTGATATTTTGGTA...TA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784  AAGTCTTTGGATGAGGATGACCTAGGTCCTAGAAGGGTAGTTGCCCTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106965 GAAGTCTTTGGATGAGGATGACCTAGGTCCTAGAAGGGTAGTTGCCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGAAAGAAGCTGAAGAATGGACCAGACGGGCTGAAGAAGCTGTCGTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107015 AGAAAGAAGCTGAAGAATGGACCAGACGGGCTGAAGAAGCTGTCGTCTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATTCAGGATATCACAGTGAATTATTTTAAGGAGACAGTAAAAGCATTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107065 ATTCAGGATATCACAGTGAATTATTTTAAGGAGACAGTAAAAGCATTAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AG         GAATGCAGAAAGAAATGGAACAGGATGCGAAGAGATTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107115 AGGTG...CAGGAATGCAGAAAGAAATGGAACAGGATGCGAAGAGATTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GTCAGGCTGCCTGGGCCACAGCAATTCCCAGGTTGGAAAAACTTCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108233 GTCAGGCTGCCTGGGCCACAGCAATTCCCAGGTTGGAAAAACTTCAGCTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 ATGCTAGCTCGAGAGACTCTGCAACTCATGAGAGCGAAAGAGTTGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108283 ATGCTAGCTCGAGAGACTCTGCAACTCATGAGAGCGAAAGAGTTGTGTTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AAATCACAAAAGAGCTGAAATTCAGGGAAAG         ATGGAAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108333 AAATCACAAAAGAGCTGAAATTCAGGGAAAGGTA...AAGATGGAAGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTCCAGAACAAGAAAAAAATACAAATGTTGTAGATGAATTAGAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109607 TTCCAGAACAAGAAAAAAATACAAATGTTGTAGATGAATTAGAAATACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TTTTATGAAATTCAATTAGAACTATATGAAGTTAAATTTGAGATATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109657 TTTTATGAAATTCAATTAGAACTATATGAAGTTAAATTTGAGATATTAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AAACGAAGAAATACTGCTTACTACACAGTTGGACTCTCTTAAAAGACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109707 AAACGAAGAAATACTGCTTACTACACAGTTGGACTCTCTTAAAAGACTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TAAAAG         AAAAACAAGATGAAGTTGTCTATTACGATCCATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109757 TAAAAGGTA...TAGAAAAACAAGATGAAGTTGTCTATTACGATCCATGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAAAATCCAGAGGAACTTAAAGTCATTGACTGTGTGGTGGGGCTGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113409 GAAAATCCAGAGGAACTTAAAGTCATTGACTGTGTGGTGGGGCTGCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGATAAGAATTTGGAAGTGAAAGAACTCAGAAGGCAGTGCCAGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113459 TGATAAGAATTTGGAAGTGAAAGAACTCAGAAGGCAGTGCCAGCAGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AGTCTAAACGGGGCAGGATCTGTGCCAAAAGAGCCTCTCTCCGGAGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113509 AGTCTAAACGGGGCAGGATCTGTGCCAAAAGAGCCTCTCTCCGGAGTAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AAG         GATCAGTGCAAAGAAAATCATCGGTTCAGATTGCAACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113559 AAGGTA...CAGGATCAGTGCAAAGAAAATCATCGGTTCAGATTGCAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGCTGAAGAAAGCATAAGATACTCTCGTCAGCATCACAGTATTCAGATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116722 GGCTGAAGAAAGCATAAGATACTCTCGTCAGCATCACAGTATTCAGATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1546         AAAAGAGACAAGATAAAAGAAGAGGAGCAAAAGAAAAAAGAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116772 TG...TAGAAAAGAGACAAGATAAAAGAAGAGGAGCAAAAGAAAAAAGAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 TGGATCAACCAAGAACGTCAAAAAACACTCCAACGATTGAGATCATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117067 TGGATCAACCAAGAACGTCAAAAAACACTCCAACGATTGAGATCATTTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 AGAT         AAACGCCTAGCTCAATCTGTCCGAAACACCTCTGGCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117117 AGATGTA...CAGAAACGCCTAGCTCAATCTGTCCGAAACACCTCTGGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1679 CAGAACCTGTGGCTCCAAACCTGCCAAGTGATCTTTCCCAGCAGATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120910 CAGAACCTGTGGCTCCAAACCTGCCAAGTGATCTTTCCCAGCAGATGTGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 TTGCCAGCTTCCCACGCGGTGTCAGTAATTCACCCGTCCTCTAGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120960 TTGCCAGCTTCCCACGCGGTGTCAGTAATTCACCCGTCCTCTAGGAAAAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1779 TAGAGGTGTTCCCCTATCGGAAGCTGGTAATGTGAAAAGCCCCAAGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121010 TAGAGGTGTTCCCCTATCGGAAGCTGGTAATGTGAAAAGCCCCAAGTGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AAAACTGTCATGGAAATATCCCTGTCCAGGTTTTTGTTCCAGTTGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121060 AAAACTGTCATGGAAATATCCCTGTCCAGGTTTTTGTTCCAGTTGGTGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CAAACACATTCCAAATCCAGTGAGGAATTGTCACTGCCACCACCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121110 CAAACACATTCCAAATCCAGTGAGGAATTGTCACTGCCACCACCTCCTCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 TCCTCCACCACCACCACCGCCGCCACCGCCGCCCCCACCCCCTCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121160 TCCTCCACCACCACCACCGCCGCCACCGCCGCCCCCACCCCCTCCTCTCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 GTGCTCTGTCCTCATCCTCTCAAGCTGCAACTCATCAGAACTTAGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121210 GTGCTCTGTCCTCATCCTCTCAAGCTGCAACTCATCAGAACTTAGGCTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 CGGGCTCCAGTGAAAGATGACCAGCCACGTCCTCTAGTGTGCGAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121260 CGGGCTCCAGTGAAAGATGACCAGCCACGTCCTCTAGTGTGCGAATCACC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 TGCTGAGCGACCACGTGACTCCTTGGAAAGTTTTTCATGTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121310 TGCTGAGCGACCACGTGACTCCTTGGAAAGTTTTTCATGTCCAGGTA...

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2123    GATCTATGGATGAAGTGTTGGCCTCCTTAAGGCATGGCAGAGCTCCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123500 CAGGATCTATGGATGAAGTGTTGGCCTCCTTAAGGCATGGCAGAGCTCCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 CTCCGGAAGGTGGAAGTGCCGGCGGTGCGCCCTCCCCACGCCTCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123550 CTCCGGAAGGTGGAAGTGCCGGCGGTGCGCCCTCCCCACGCCTCAATCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TGAGCACATTCTGGCTGCCATAAGGCAAGGGGTCAAACTGAAGAAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123600 TGAGCACATTCTGGCTGCCATAAGGCAAGGGGTCAAACTGAAGAAAGTTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 ACCCTGATCTTGGCCCAAACCCCAGCAGCAAACCAACCAGCAACAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123650 ACCCTGATCTTGGCCCAAACCCCAGCAGCAAACCAACCAGCAACAGACGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 ACCAGTGACCTTGAGAGGAGCATCAAGGCTGCGCTCCAGAGAATCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123700 ACCAGTGACCTTGAGAGGAGCATCAAGGCTGCGCTCCAGAGAATCAAGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 GGTGTCTGCTGACTCTGAGGAGGACAGTGATGAGCAGGACCCTGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123750 GGTGTCTGCTGACTCTGAGGAGGACAGTGATGAGCAGGACCCTGGCCAGT

   2500     .
   2420 GGGATGGT
        ||||||||
 123800 GGGATGGT