seq1 = pF1KSDA1959.tfa, 1947 bp
seq2 = pF1KSDA1959/gi568815587f_122556050.tfa (gi568815587f:122556050_122909883), 353834 bp

>pF1KSDA1959 1947
>gi568815587f:122556050_122909883 (Chr11)

1-161  (100001-100161)   100% ->
162-215  (220170-220223)   100% ->
216-402  (220975-221161)   100% ->
403-601  (223448-223646)   100% ->
602-771  (227004-227173)   100% ->
772-980  (233051-233259)   100% ->
981-1113  (238653-238785)   100% ->
1114-1234  (240107-240227)   100% ->
1235-1357  (240862-240984)   100% ->
1358-1450  (242893-242985)   100% ->
1451-1595  (245139-245283)   100% ->
1596-1702  (250361-250467)   100% ->
1703-1812  (252018-252127)   100% ->
1813-1947  (253700-253834)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCAGTACGGCCACCCCAGTCCGCTCGGCATGGCTGCGAGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCAGTACGGCCACCCCAGTCCGCTCGGCATGGCTGCGAGAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGTACAGCAAAGTCACCCCCCGGAGGAACCGCCAACAGCGCCCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGTACAGCAAAGTCACCCCCCGGAGGAACCGCCAACAGCGCCCCGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCATCAAGCATGGATCGGCGCTGGACGTGCTCCTCTCCATGGGGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCATCAAGCATGGATCGGCGCTGGACGTGCTCCTCTCCATGGGGTTCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGAGCCCGCGC         ACAAAAAGCCTTGGCATCCACGGGAGGAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGAGCCCGCGCGTA...CAGACAAAAAGCCTTGGCATCCACGGGAGGAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTGTTCAGGCAGCATGTGACTG         GTTATTCTCCCATGTCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 220200 AAGTGTTCAGGCAGCATGTGACTGGTT...CAGGTTATTCTCCCATGTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGACCCCTTCCTGGATGACCCCCTGCCCCGGGAGTACGTCCTCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220992 GTGACCCCTTCCTGGATGACCCCCTGCCCCGGGAGTACGTCCTCTACCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGTCCCACCGGCCCCTTAGCACAGAAGCTTTCCGACTTTTGGCAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221042 CGTCCCACCGGCCCCTTAGCACAGAAGCTTTCCGACTTTTGGCAGCAGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCAGATCTGCGGGAAGAACAAGGCACACAACATCTTCCCCCACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221092 GAAGCAGATCTGCGGGAAGAACAAGGCACACAACATCTTCCCCCACATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CACTCTGCCAGTTCTTTATG         TGCGAGGACAGCAAGGTGGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 221142 CACTCTGCCAGTTCTTTATGGTG...CAGTGCGAGGACAGCAAGGTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCCTGGGGGAAGCCCTGCAGACCACGGTCAGTCGCTGGAAATGTAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223469 GCCCTGGGGGAAGCCCTGCAGACCACGGTCAGTCGCTGGAAATGTAAGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCGGCCCCGCTGCCCCTGGAGCTCTATACGTCGTCCAACTTCATCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223519 CTCGGCCCCGCTGCCCCTGGAGCTCTATACGTCGTCCAACTTCATCGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTTGTAAAGGAAGACAGTGCGGAGGTCCTCAAGAAGTTTGCTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223569 TCTTTGTAAAGGAAGACAGTGCGGAGGTCCTCAAGAAGTTTGCTGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTGCTGCAGAGGCTGCATCCAAAACCG         AAGTGCATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 223619 TTTGCTGCAGAGGCTGCATCCAAAACCGGTG...CAGAAGTGCATGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACCTCATAAGAAGCAGCTACATGTGACCCTGGCTTACCACTTCCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227017 ACCTCATAAGAAGCAGCTACATGTGACCCTGGCTTACCACTTCCAAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCCACCTACCCACCCTAGAGAAACTGGCCCAGAACATTGACGTCAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227067 GCCACCTACCCACCCTAGAGAAACTGGCCCAGAACATTGACGTCAAGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGGTGTGACTGGGTGGCTACCATATTTTCTCGGGATATCCGATTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227117 GGGTGTGACTGGGTGGCTACCATATTTTCTCGGGATATCCGATTTGCTAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCATGAG         ACATTACAGGTCATCTACCCCTATACCCCACAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227167 CCATGAGGTA...CAGACATTACAGGTCATCTACCCCTATACCCCACAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGACGATGAGCTGGAGCTGGTCCCCGGGGACTTCATCTTCATGTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233085 ATGACGATGAGCTGGAGCTGGTCCCCGGGGACTTCATCTTCATGTCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGGAGCAGACCAGCACCAGCGAGGGTTGGATCTATGGCACGTCCTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233135 ATGGAGCAGACCAGCACCAGCGAGGGTTGGATCTATGGCACGTCCTTAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACCGGCTGCTCTGGACTCCTGCCTGAGAATTACATTACCAAGGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233185 CACCGGCTGCTCTGGACTCCTGCCTGAGAATTACATTACCAAGGCTGATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AATGCAGCACCTGGATATTTCATGG         TTCTTATTCAATCTTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 233235 AATGCAGCACCTGGATATTTCATGGGTA...CAGTTCTTATTCAATCTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATACATCGTCATCCAACTCTCTCACGTTTGGGGATGGAGTATTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238669 AATACATCGTCATCCAACTCTCTCACGTTTGGGGATGGAGTATTGGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCGGCCTTATGAGGACCAGGGGCTCGGGGAGACGACTCCTCTTACTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238719 GCGGCCTTATGAGGACCAGGGGCTCGGGGAGACGACTCCTCTTACTATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCTGCCAGCCCATGCAG         CCGCTGAGGGTCAACAGCCAGCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 238769 TCTGCCAGCCCATGCAGGTA...CAGCCGCTGAGGGTCAACAGCCAGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCCCCCAGAAGCGATGCCTTTTTGTGTGTCGGCATGGTGAGAGGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240131 GGCCCCCAGAAGCGATGCCTTTTTGTGTGTCGGCATGGTGAGAGGATGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGTTGTGTTTGGGAAGTACTGGCTGTCCCAGTGCTTCGATGCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 240181 TGTTGTGTTTGGGAAGTACTGGCTGTCCCAGTGCTTCGATGCCAAAGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235       GCCGCTACATACGCACCAACCTGAACATGCCTCATAGTTTACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240231 ...CAGGCCGCTACATACGCACCAACCTGAACATGCCTCATAGTTTACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGCGGAGTGGTGGTTTCCGAGATTACGAGAAAGATGCTCCCATCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240906 CAGCGGAGTGGTGGTTTCCGAGATTACGAGAAAGATGCTCCCATCACTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GTTTGGATGCATGCAAGCAAGACTAGTGG         GTGAAGCCTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 240956 GTTTGGATGCATGCAAGCAAGACTAGTGGGTA...CAGGTGAAGCCTTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TAGAGAGCAATACCATTATCGATCATGTCTATTGCTCCCCGTCCCTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242905 TAGAGAGCAATACCATTATCGATCATGTCTATTGCTCCCCGTCCCTTCGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TGCGTTCAGACTGCACACAATATCTTGAAAG         GTTTACAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 242955 TGCGTTCAGACTGCACACAATATCTTGAAAGGTA...AAGGTTTACAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGAAAATCACTTGAAGATCCGTGTAGAGCCCGGCTTATTTGAGTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245149 AGAAAATCACTTGAAGATCCGTGTAGAGCCCGGCTTATTTGAGTGGACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 AATGGGTTGCTGGGAGCACATTACCTGCATGGATACCTCCATCAGAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245199 AATGGGTTGCTGGGAGCACATTACCTGCATGGATACCTCCATCAGAGTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCTGCAGCCAACCTGAGTGTTGATACAACCTACAG         ACCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 245249 GCTGCAGCCAACCTGAGTGTTGATACAACCTACAGGTA...CAGACCTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CATTCCAATCAGCAAATTAGTTGTTTCAGAATCCTATGATACTTATATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250367 CATTCCAATCAGCAAATTAGTTGTTTCAGAATCCTATGATACTTATATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GTAGAAGTTTCCAAGTAACAAAAGAAATAATAAGTGAATGTAAAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250417 GTAGAAGTTTCCAAGTAACAAAAGAAATAATAAGTGAATGTAAAAGTAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 G         GAAATAACATCCTGATTGTGGCCCACGCATCTTCCCTTGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250467 GGTA...CAGGAAATAACATCCTGATTGTGGCCCACGCATCTTCCCTTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AGCGTGTACCTGCCAACTTCAGGGCCTGTCACCTCAGAACTCCAAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 252058 AGCGTGTACCTGCCAACTTCAGGGCCTGTCACCTCAGAACTCCAAGGACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCGTACAAATGGTCCGAAAG         ATCCCATATCTGGGATTTTGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 252108 TCGTACAAATGGTCCGAAAGGTA...CAGATCCCATATCTGGGATTTTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 TCCTGTGAAGAATTAGGAGAAACTGGAATATGGCAGCTGACAGATCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253721 TCCTGTGAAGAATTAGGAGAAACTGGAATATGGCAGCTGACAGATCCACC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AATCCTTCCTCTTACCCATGGACCAACTGGGGGCTTCAACTGGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 253771 AATCCTTCCTCTTACCCATGGACCAACTGGGGGCTTCAACTGGAGAGAGA

   2050     .    :
   1934 CCTTGCTTCAAGAA
        ||||||||||||||
 253821 CCTTGCTTCAAGAA