seq1 = pF1KSDA1957.tfa, 1263 bp
seq2 = pF1KSDA1957/gi568815579r_307099.tfa (gi568815579r:307099_508361), 201263 bp

>pF1KSDA1957 1263
>gi568815579r:307099_508361 (Chr19)

(complement)

1-1263  (100001-101263)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAAAAACCAACATGTGGTTCTTGGAGCGGCTTCGGGGGTCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAAAAACCAACATGTGGTTCTTGGAGCGGCTTCGGGGGTCTGGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAACGGTGCTGCCCGGGGCGTGGGGAGTGAGGCGGGGGACAAGGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAACGGTGCTGCCCGGGGCGTGGGGAGTGAGGCGGGGGACAAGGCCTCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGCCCCTGTACAGCAATGTGTTGACGCCCGACAAGATCCCCGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGCCCCTGTACAGCAATGTGTTGACGCCCGACAAGATCCCCGACTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCATCCCCCCCAAGCTGCCCTCGGGCCCCGCGGAGGGCGAGGGACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCATCCCCCCCAAGCTGCCCTCGGGCCCCGCGGAGGGCGAGGGACAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCGCTGGGCCCCTCCACGTCGGAACAGAACCTGGCCTCTGCGGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCGCTGGGCCCCTCCACGTCGGAACAGAACCTGGCCTCTGCGGCCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCAGACCCCACGGAGCCCCCGGCTGCCTGCCAAGCTGGCAGCCGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCAGACCCCACGGAGCCCCCGGCTGCCTGCCAAGCTGGCAGCCGAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGAGCCTGCTGAAGGCAGCCACCCGGCACGTGATCCAGATCGAGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGAGCCTGCTGAAGGCAGCCACCCGGCACGTGATCCAGATCGAGAGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CGAGGACTGGCTGTCCGAGGAGGCCACTGACGCCGACCCCCAGGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CGAGGACTGGCTGTCCGAGGAGGCCACTGACGCCGACCCCCAGGCCCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GTGCCATGTCCCTGCCCTCGGTGCCCAAGGCCCAGACGTCCTACGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTGCCATGTCCCTGCCCTCGGTGCCCAAGGCCCAGACGTCCTACGGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCATGCTGGCCGAGAGCCCCCACACGAGGCGCAAGGAGTCTCTGTTCCA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCCATGCTGGCTGAGAGCCCCCACACGAGGCGCAAGGAGTCTCTGTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGTGAGCACGGGGCTCTGGCCCAGGTGGGCTCCCCAGGGGCCGGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAGTGAGCACGGGGCTCTGGCCCAGGTGGGCTCCCCAGGGGCCGGGCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCGGGCAGCTGCCAAGGCCAACGGGGGTGATGGGGGCCCCAGGGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCCGGGCAGCTGCCAAGGCCAACGGGGGTGATGGGGGCCCCAGGGAGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGCGGGGCCCTCATGAGCCCCGGCCGCTACTTCAGTGGCGGGGAGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GGCGGGGCCCTCATGAGCCCCGGCCGCTACTTCAGTGGCGGGGAGAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACAGGGTCCTCGGCCGAGTCCTCCCCCTTCGGGTCCCCTCTGCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACAGGGTCCTCGGCCGAGTCCTCCCCCTTCGGGTCCCCTCTGCTGTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCTCCGTGTCTCTGCTCAAAGGTTTCGCCCAGGACAGCCAGGCCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCTCCGTGTCTCTGCTCAAAGGTTTCGCCCAGGACAGCCAGGCCAAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCAGCTCCGGCACTCCGTGGGCCGCCACGGCTCCCTGTCTGCGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCCAGCTCCGGCACTCCGTGGGCCGCCACGGCTCCCTGTCTGCGGACGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCACCCCGGACGCCAGCCCCGGGAGCCGGCGCCGCCTGACCCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCACCCCGGACGCCAGCCCCGGGAGCCGGCGCCGCCTGACCCGCCGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CACCCCCGGAACCTGGCCCCGAGTCGGGCCAGGCGCGTGGGGAGCACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CACCCCCGGAACCTGGCCCCGAGTCGGGCCAGGCGCGTGGGGAGCACACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GTCCACGTGGGCCCTCGGGGCAGCGTGCGGCTGCTGGCCGAGTACGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GTCCACGTGGGCCCTCGGGGCAGCGTGCGGCTGCTGGCCGAGTACGAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CGGCCAGGCCCGCCTGCGGGTGCACCTGCTGGCCGCCGAGGGCCTCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CGGCCAGGCCCGCCTGCGGGTGCACCTGCTGGCCGCCGAGGGCCTCTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCGCCTGTGCGACGCCCGCAGCATCAACTGCTGCGTGGGCCTGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCGCCTGTGCGACGCCCGCAGCATCAACTGCTGCGTGGGCCTGTGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GTGCCGGGCAAGCTGCAGAAGCAGCGCAGCACCATCGTGAAGAACAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GTGCCGGGCAAGCTGCAGAAGCAGCGCAGCACCATCGTGAAGAACAGCCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCGCCCCGTCTTCAACGAGGATTTCTTCTTCGACGGCCTGGGGCCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCGCCCCGTCTTCAACGAGGATTTCTTCTTCGACGGCCTGGGGCCCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GCGTCCGGAAACTGGCCCTCAGGATCAAGGTGGTGAACAAGGGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GCGTCCGGAAACTGGCCCTCAGGATCAAGGTGGTGAACAAGGGCAGCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTCAAGCGGGACACGCTGCTCGGGGAGAAGGAGCTGCCCCTGACCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTCAAGCGGGACACGCTGCTCGGGGAGAAGGAGCTGCCCCTGACCTCCCT

   1250     .    :
   1251 GCTCCCCTTCCTG
        |||||||||||||
 101251 GCTCCCCTTCCTG