seq1 = pF1KSDA1956.tfa, 2028 bp
seq2 = pF1KSDA1956/gi568815579r_57826153.tfa (gi568815579r:57826153_58030558), 204406 bp

>pF1KSDA1956 2028
>gi568815579r:57826153_58030558 (Chr19)

(complement)

1-133  (99998-100131)   99% ->
134-2028  (102512-104406)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 AT GCAGGGCACTGTGGCATTTGAAGATGTGGCTGTGAACTTTTCCCAGG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 ATAGCAGGGCACTGTGGCATTTGAAGATGTGGCTGTGAACTTTTCCCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 AGGAGTGGAGTCTCCTTAGTGAGGTTCAGAGATGCCTTTACCATGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 AGGAGTGGAGTCTCCTTAGTGAGGTTCAGAGATGCCTTTACCATGACGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 ATGCTGGAGAACTGGGTACTTATATCCTCCCTGG         GTTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100098 ATGCTGGAGAACTGGGTACTTATATCCTCCCTGGGTA...CAGGTTGTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141 GTGTGGATCAGAAGATGAGGAGGCACCTTCTAAGAAGAGCATTTCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 GTGTGGATCAGAAGATGAGGAGGCACCTTCTAAGAAGAGCATTTCTATAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AAAGAGTGTCTCAGGTCAGCACTCCTGGGGCAGGTGTGTCTCCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102569 AAAGAGTGTCTCAGGTCAGCACTCCTGGGGCAGGTGTGTCTCCCAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 GCTCACTCTTGTGAAATGTGTGGCGCGATCTTGGGAGACATTTTGCACTT
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102619 GCCCACTCTTGTGAAATGTGTGGCGCGATCTTGGGAGACATTTTGCACTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GGCAGATCATCAGGGGACACATCACAAGCAGAAACTGCACAGGTGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102669 GGCAGATCATCAGGGGACACATCACAAGCAGAAACTGCACAGGTGTGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 CATGGGGGAATAAATTGTATGATAGTTCAAACCGTCCGCACCAGAATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102719 CATGGGGGAATAAATTGTATGATAGTTCAAACCGTCCGCACCAGAATCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 TACCTTGGAGAGAAACCCTATAGAAGCAGTGTTGAGGAAGCATTGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102769 TACCTTGGAGAGAAACCCTATAGAAGCAGTGTTGAGGAAGCATTGTTTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 GAAGAGGTGTAAGTTCCATGTGTCAGAGGAGTCATCTATCTTCATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102819 GAAGAGGTGTAAGTTCCATGTGTCAGAGGAGTCATCTATCTTCATTCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 GTGGAAAGGACTTTTTGCCCAGCTCAGGATTACTGCTGCAGGAGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102869 GTGGAAAGGACTTTTTGCCCAGCTCAGGATTACTGCTGCAGGAGGCCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    541 CACACTGGGGAGAAGTCAAACAGCAAACCTGAGTGTGAGTCTCCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102919 CACACTGGGGAGAAGTCAAACAGCAAACCTGAGTGTGAGTCTCCCTTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    591 GTGGGGAGATACTCATTACAGCTGTGGAGAATGCATGAAACATTCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102969 GTGGGGAGATACTCATTACAGCTGTGGAGAATGCATGAAACATTCTAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 CCAAACACGTATTTGTTCAACAGCAGAGACTTCCCTCTAGAGAGGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103019 CCAAACACGTATTTGTTCAACAGCAGAGACTTCCCTCTAGAGAGGAATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 TATTGCTGGGAATGTGGGAAATCCTTTAGCAAATATGATAGCGTCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103069 TATTGCTGGGAATGTGGGAAATCCTTTAGCAAATATGATAGCGTCAGTAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 TCATCAGAGAGTTCACACTGGGAAAAGACCTTATGAATGTGGAGAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103119 TCATCAGAGAGTTCACACTGGGAAAAGACCTTATGAATGTGGAGAATGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 GGAAATCTTTTAGTCATAAGGGCAGCCTTGTTCAGCATCAGCGAGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103169 GGAAATCTTTTAGTCATAAGGGCAGCCTTGTTCAGCATCAGCGAGTTCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 ACTGGGAAAAGACCTTATGAATGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103219 ACTGGGAAAAGACCTTATGAATGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 TAAGGGCAGCCTTGTTCAGCATCAGCGAGTTCATACTGGAGAAAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103269 TAAGGGCAGCCTTGTTCAGCATCAGCGAGTTCATACTGGAGAAAGACCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 ATGAGTGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCAAAATGGTACTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 ATGAGTGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCAAAATGGTACTCTCATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    991 AAACATCAACGAGTTCACACTGGAGAAAGACCTTATGAGTGTGAAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103369 AAACATCAACGAGTTCACACTGGAGAAAGACCTTATGAGTGTGAAGAATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1041 TGGGAAATGTTTTACTCAGAAGGGCAATCTCATTCAACATCAACGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103419 TGGGAAATGTTTTACTCAGAAGGGCAATCTCATTCAACATCAACGAGGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1091 ACACTAGTGAAAGACCTTATGAGTGTGAAGAATGTGGAAAATGTTTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103469 ACACTAGTGAAAGACCTTATGAGTGTGAAGAATGTGGAAAATGTTTTAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1141 CAAAAGGGCACCCTAACTGAACATCATCGAGTTCACACTAGAGAACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103519 CAAAAGGGCACCCTAACTGAACATCATCGAGTTCACACTAGAGAACGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1191 TTATGAGTGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCGAAAGGGACACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103569 TTATGAGTGTGGAGAATGTGGGAAATCTTTTAGTCGAAAGGGACACCTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241 GGAACCATCAGCGAGGTCACACTGGAGAAAGACCTTACGAGTGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103619 GGAACCATCAGCGAGGTCACACTGGAGAAAGACCTTACGAGTGTGGAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1291 TGTGGGAAATCTTTTAGTCGAAAGGGCAACCTCATTCAGCATCAGCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103669 TGTGGGAAATCTTTTAGTCGAAAGGGCAACCTCATTCAGCATCAGCGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1341 CCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAGTGTAGAGAGTGTAGGAAATTATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103719 CCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAGTGTAGAGAGTGTAGGAAATTATTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1391 GGGGCAAGTCCCACCTCATTGAACACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103769 GGGGCAAGTCCCACCTCATTGAACACCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1441 CCATATGAATGTAATGAATGTGGGAAATCATTTCAAGACAGCTCTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103819 CCATATGAATGTAATGAATGTGGGAAATCATTTCAAGACAGCTCTGGGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1491 TCGTGTTCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAACCGTTTGAGTGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103869 TCGTGTTCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAACCGTTTGAGTGTAGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541 AATGTGGGAAGTCATTTCCTCAAAGCTGTTCCCTCCTTCGACATCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103919 AATGTGGGAAGTCATTTCCTCAAAGCTGTTCCCTCCTTCGACATCGGAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1591 GTTCATACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGTGGAGAATGTGGAAAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103969 GTTCATACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGTGGAGAATGTGGAAAGTCATT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 TCATCAGAGCTCTTCCCTCCTTCGACATCAGAAAACTCACACTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104019 TCATCAGAGCTCTTCCCTCCTTCGACATCAGAAAACTCACACTGCAGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1691 GACCTTATGAGTGCAGAGAATGTGGGAAATTCTTCTCCAGTCTCCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104069 GACCTTATGAGTGCAGAGAATGTGGGAAATTCTTCTCCAGTCTCCTTGAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1741 CACAGGAGAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGCAGGGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104119 CACAGGAGAGTTCACACTGGAGAAAGGCCTTATGAATGCAGGGAATGTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1791 AAAAACATTTACTCGAAGGTCTGCGCATTTTAAACATCAGAGACTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104169 AAAAACATTTACTCGAAGGTCTGCGCATTTTAAACATCAGAGACTTCATA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1841 CTCGAGGAAAGCCTTACGAGTGCAGCGAATGTGGGAAATCCTTTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104219 CTCGAGGAAAGCCTTACGAGTGCAGCGAATGTGGGAAATCCTTTGCTGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1891 ACCTTCAGTCTTACTGAACACAGGAGAGTACACACTGGAGAAAGGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104269 ACCTTCAGTCTTACTGAACACAGGAGAGTACACACTGGAGAAAGGCCTTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1941 TGAGTGCAGTGAATGTGGAAAATCATTTCATCGAAGCTCTTCTCTCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104319 TGAGTGCAGTGAATGTGGAAAATCATTTCATCGAAGCTCTTCTCTCCTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1991 GACATCAGAGAGTTCACACAGAAAGAAGTCCTTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104369 GACATCAGAGAGTTCACACAGAAAGAAGTCCTTACAAG