seq1 = pF1KSDA1949.tfa, 1839 bp
seq2 = pF1KSDA1949/gi568815592r_30579179.tfa (gi568815592r:30579179_30786018), 206840 bp

>pF1KSDA1949 1839
>gi568815592r:30579179_30786018 (Chr6)

(complement)

1-1611  (100001-101611)   100% ->
1612-1822  (106630-106840)   100% ->
1823-1839  (108731-108747)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCATCCCAGACTGGAAGCTACAGCTGCTAGCCCGGCGCCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCATCCCAGACTGGAAGCTACAGCTGCTAGCCCGGCGCCGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGGAGGCGTCCGTTCGAGGCCGAGAGAAAGCAGAACGGGAGCGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGGAGGCGTCCGTTCGAGGCCGAGAGAAAGCAGAACGGGAGCGCCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCAGATGCCAGCCTGGAAACGAGGGCTCCTGGAGCGCCGCCGGGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCAGATGCCAGCCTGGAAACGAGGGCTCCTGGAGCGCCGCCGGGCCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTGGGCTGTCCCCTGGGGAGCCTAGCCCTGTGCTAGGGACTGTAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTGGGCTGTCCCCTGGGGAGCCTAGCCCTGTGCTAGGGACTGTAGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGGACCTCCAGACCCGGATGAGTCTGCGGTCCTTCTGGAGGCCATCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGGACCTCCAGACCCGGATGAGTCTGCGGTCCTTCTGGAGGCCATCGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGTGCACCAGAACCGATTCATCCGGCAGGAGCGGCAGCAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGTGCACCAGAACCGATTCATCCGGCAGGAGCGGCAGCAGCAGCAGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAACAACAACGGAGTGAAGAGCTGCTAGCAGAGAGAAAGCCTGGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAACAACAACGGAGTGAAGAGCTGCTAGCAGAGAGAAAGCCTGGGCCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGGCCCGGGAGCGGAGACCCAGCCCTGGGGAGATGCGGGATCAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGGCCCGGGAGCGGAGACCCAGCCCTGGGGAGATGCGGGATCAGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCAAGGGAAGAGAGTCAAGAGAAGAGAGACTAAGTCCGAGGGAGACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCAAGGGAAGAGAGTCAAGAGAAGAGAGACTAAGTCCGAGGGAGACCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAGGAGGCTGGGGATAGGGGGAGCCCAAGAGTTGAGCCTGAGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAGGAGGCTGGGGATAGGGGGAGCCCAAGAGTTGAGCCTGAGGCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAGGCTCGGGACTGGAGGCAAAGCCCAGGAGAGGTGGGAGACAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAGGCTCGGGACTGGAGGCAAAGCCCAGGAGAGGTGGGAGACAGGAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCGACTGTCAGAGGCATGGAAATGGAGGCTGAGTCCTGGAGAAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCGACTGTCAGAGGCATGGAAATGGAGGCTGAGTCCTGGAGAAACTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCGGAGTCTGAGACTAGCAGAGTCTCGAGAGCAAAGCCCCAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCGGAGTCTGAGACTAGCAGAGTCTCGAGAGCAAAGCCCCAGGAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAGGTGGAAAGTAGACTGAGCCCAGGGGAATCTGCCTACCAGAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAGGTGGAAAGTAGACTGAGCCCAGGGGAATCTGCCTACCAGAAGTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GCCTGACAGAGGCCCATAAATGGAGACCTGACTCCAGAGAGTCTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GCCTGACAGAGGCCCATAAATGGAGACCTGACTCCAGAGAGTCTCAGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGAGTTTGGTACAACTGGAGGCAACAGAGTGGAGGCTGAGGTCAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGAGTTTGGTACAACTGGAGGCAACAGAGTGGAGGCTGAGGTCAGGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 AGAAAGACAAGACTACTCGGAAGAATGTGGGAGAAAAGAAGAGTGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAAAGACAAGACTACTCGGAAGAATGTGGGAGAAAAGAAGAGTGGCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTCCAGGGGTAGCTCCAAAAGAGACTGCAGAGCTGTCCGAGACCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTCCAGGGGTAGCTCCAAAAGAGACTGCAGAGCTGTCCGAGACCCTGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGGGAGGCCCAAGGCAACAGTTCCGCAGGAGTGGAGGCAGCAGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AGGGAGGCCCAAGGCAACAGTTCCGCAGGAGTGGAGGCAGCAGAGCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCCTGTGGAAGATGGCGAGAGGGGCATGAAGCCAACAGAAGGGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCCTGTGGAAGATGGCGAGAGGGGCATGAAGCCAACAGAAGGGTGGAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 GGACCCTGAACTCCGGGAAGGCTCGAGAATGGACACCCAGGGACATAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGACCCTGAACTCCGGGAAGGCTCGAGAATGGACACCCAGGGACATAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCTCAAACTCAGAAACCAGAACCTCCAGAGTCAGCAGAGAAGCTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCTCAAACTCAGAAACCAGAACCTCCAGAGTCAGCAGAGAAGCTTCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ATCTCCCGGTGTGGAGGCTGGAGAAGGGGAGGCTGAGAAGGAGGAGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ATCTCCCGGTGTGGAGGCTGGAGAAGGGGAGGCTGAGAAGGAGGAGGCGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GGGCTCAGGGCAGGCCTCTGAGAGCCCTGCAGAACTGCTGCTCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GGGCTCAGGGCAGGCCTCTGAGAGCCCTGCAGAACTGCTGCTCTGTGCCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCCCCCCTCCCACCAGAGGACGCTGGGACTGGAGGCCTGAGACAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCCCCCCTCCCACCAGAGGACGCTGGGACTGGAGGCCTGAGACAGCAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 AGAGGAAGCAGTGGAGCTCCAGCCCCCACCACCAGCCCCTCTGTCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 AGAGGAAGCAGTGGAGCTCCAGCCCCCACCACCAGCCCCTCTGTCTCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CACCCCCAGCCCCAACTGCCCCCCAACCTCCTGGGGATCCCCTCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CACCCCCAGCCCCAACTGCCCCCCAACCTCCTGGGGATCCCCTCATGAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CGCCTGTTCTATGGGGTGAAGGCAGGGCCAGGGGTGGGGGCCCCCCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CGCCTGTTCTATGGGGTGAAGGCAGGGCCAGGGGTGGGGGCCCCCCGCCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAGTGGACACACCTTCACCGTCAACCCCCGGCGGTCTGTGCCCCCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAGTGGACACACCTTCACCGTCAACCCCCGGCGGTCTGTGCCCCCTGCGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CCCCAGCCACCCCAACCTCTCCAGCCACAGTTGATGCTGCAGTCCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CCCCAGCCACCCCAACCTCTCCAGCCACAGTTGATGCTGCAGTCCCGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GCTGGGAAGAAGCGGTACCCAACTGCCGAGGAGATCTTGGTTCTGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GCTGGGAAGAAGCGGTACCCAACTGCCGAGGAGATCTTGGTTCTGGGGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CTACCTCCGTCTCAGCCGCAGCTGCCTTGCCAAGGGGTCCCCCGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CTACCTCCGTCTCAGCCGCAGCTGCCTTGCCAAGGGGTCCCCCGAAAGAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ACCACAAACAG         CTTAAGATCTCCTTCAGCGAGACAGCCCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 ACCACAAACAGGTA...CAGCTTAAGATCTCCTTCAGCGAGACAGCCCTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GAGACCACGTACCAATACCCCTCCGAGAGTTCGGTACTGGAGGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106660 GAGACCACGTACCAATACCCCTCCGAGAGTTCGGTACTGGAGGAGCTGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CCCGGAGCCTGAGGTCCCCAGTGCCCCCAACCCTCCAGCAGCCCAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106710 CCCGGAGCCTGAGGTCCCCAGTGCCCCCAACCCTCCAGCAGCCCAACCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 ACGACGAAGAGGATGAGGAAGAGCTGCTGCTGCTGCAGCCAGAGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106760 ACGACGAAGAGGATGAGGAAGAGCTGCTGCTGCTGCAGCCAGAGCTCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GGCGGGCTGCGCACCAAGGCCCTGATTGTGG         ATGAGTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106810 GGCGGGCTGCGCACCAAGGCCCTGATTGTGGGTA...CAGATGAGTCCTG

   1850     .
   1833 CCGGCGG
        |||||||
 108741 CCGGCGG