seq1 = pF1KSDA1942.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KSDA1942/gi568815579f_48346006.tfa (gi568815579f:48346006_48553022), 207017 bp

>pF1KSDA1942 1338
>gi568815579f:48346006_48553022 (Chr19)

1-187  (100001-100187)   99% ->
188-305  (100380-100497)   100% ->
306-468  (100676-100838)   100% ->
469-682  (104308-104521)   100% ->
683-825  (104661-104803)   100% ->
826-1023  (105029-105226)   99% ->
1024-1338  (106703-107017)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCGCAAGGGTCGGCGTCGCACGTGTGAAACCGGGGAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCGCAAGGGTCGGCGGCGCACGTGTGAAACCGGGGAACCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGCCGAGTCCGGCGACACAAGTTCCGAGGGCCCGGCCCAGGTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGCCGAGTCCGGCGACACAAGTTCCGAGGGCCCGGCCCAGGTCTACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCGGCCGGGGGCCGCCGCTACGCGAAGGGGAGGAGCTGGTCATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCCCGGCCGGGGGCCGCCGCTACGCGAAGGGGAGGAGCTGGTCATGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGAGGCCTATGTGCTCTACCACCGAGCGCAGACTG         GCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100151 GAGGAGGCCTATGTGCTCTACCACCGAGCGCAGACTGGTA...CAGGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCCCTGTCTCAGCTTTGACATAGTCCGGGATCACCTGGGAGACAACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100384 CCCCTGTCTCAGCTTTGACATAGTCCGGGATCACCTGGGAGACAACCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGAGCTTCCTCTTACACTTTACTTGTGTGCTGGGACCCAGGCTGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100434 CAGAGCTTCCTCTTACACTTTACTTGTGTGCTGGGACCCAGGCTGAGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCCAGAGCAACAG         ACTGATGATGCTTCGGATGCACAATCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100484 GCCCAGAGCAACAGGTA...CAGACTGATGATGCTTCGGATGCACAATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCATGGGACAAAGCCCCCACCCTCAGAGGGCAGTGATGAAGAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100703 GCATGGGACAAAGCCCCCACCCTCAGAGGGCAGTGATGAAGAAGAAGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAAGATGAAGAGGATGAAGAAGAGCGGAAACCTCAGCTGGAGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100753 AGGAAGATGAAGAGGATGAAGAAGAGCGGAAACCTCAGCTGGAGCTGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGGTGCCCCACTATGGTGGCATCAACCGAGTTCGG         GTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100803 ATGGTGCCCCACTATGGTGGCATCAACCGAGTTCGGGTA...CAGGTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATGGCTGGGTGAAGAGCCTGTGGCTGGGGTGTGGTCAGAGAAGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104313 ATGGCTGGGTGAAGAGCCTGTGGCTGGGGTGTGGTCAGAGAAGGGCCAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGGAGGTGTTTGCGCTGCGGCGGCTTCTGCAGGTGGTGGAGGAGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 TGGAGGTGTTTGCGCTGCGGCGGCTTCTGCAGGTGGTGGAGGAGCCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCTGGCAGCCTTCCTCCGGGATGAGCAGGCCCAAATGAAGCCCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104413 GCCCTGGCAGCCTTCCTCCGGGATGAGCAGGCCCAAATGAAGCCCATCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTCCTTCGCTGGACACATGGGCGAGGGCTTTGCCCTTGACTGGTCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104463 CTCCTTCGCTGGACACATGGGCGAGGGCTTTGCCCTTGACTGGTCCCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGGTGACCG         GTCGCCTGCTGACCGGTGACTGTCAAAAGAAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104513 GGGTGACCGGTG...CAGGTCGCCTGCTGACCGGTGACTGTCAAAAGAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATCCACCTCTGGACACCTACGGACGGCGGCTCCTGGCACGTGGACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104693 ATCCACCTCTGGACACCTACGGACGGCGGCTCCTGGCACGTGGACCAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCATTCGTGGGCCACACACGCTCTGTGGAGGACCTGCAGTGGTCACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104743 GCCATTCGTGGGCCACACACGCTCTGTGGAGGACCTGCAGTGGTCACCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTGAGAACACG         GTGTTTGCCTCCTGCTCAGCTGACGCCTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104793 CTGAGAACACGGTG...CAGGTGTTTGCCTCCTGCTCAGCTGACGCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCCGCATCTGGGACATCCGGGCAGCCCCCAGCAAGGCCTGCATGCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105059 ATCCGCATCTGGGACATCCGGGCAGCCCCCAGCAAGGCCTGCATGCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CACAGCCACCGCCCATGATGGGGACGTCAATGTCATCAGCTGGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105109 CACAGCCACCGCCCATGATGGGGACGTCAATGTCATCAGCTGGAGCCGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGGAGCCCTTCCTGCTCAGTGGCGGGGATGATGGGGCCCTCAAGATCTGG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 GGGAGCCCTTCCTGCTCAGTGGCGGGGATGATGGGGCCCTCAAGATCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GACCTTCGGCAGTTCAAG         TCTGGTTCCCCAGTGGCCACCTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105209 GACCTTCGGCAGTTCAAGGTA...TAGTCTGGTTCCCCAGTGGCCACCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CAAGCAGCACGTGGCCCCCGTGACCTCCGTCGAGTGGCACCCCCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106726 CAAGCAGCACGTGGCCCCCGTGACCTCCGTCGAGTGGCACCCCCAGGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCGGGGTCTTTGCAGCCTCGGGTGCAGACCACCAGATCACACAGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106776 GCGGGGTCTTTGCAGCCTCGGGTGCAGACCACCAGATCACACAGTGGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGGCAGTGGAGCGGGACCCTGAGGCGGGCGACGTGGAGGCCGACCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106826 CTGGCAGTGGAGCGGGACCCTGAGGCGGGCGACGTGGAGGCCGACCCCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 ACTGGCCGACCTCCCGCAGCAGCTGCTGTTCGTGCACCAGGGCGAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 ACTGGCCGACCTCCCGCAGCAGCTGCTGTTCGTGCACCAGGGCGAGACCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGCTGAAGGAGCTGCACTGGCACCCGCAGTGCCCAGGGCTCCTGGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106926 AGCTGAAGGAGCTGCACTGGCACCCGCAGTGCCCAGGGCTCCTGGTCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ACGGCGCTGTCAGGCTTCACCATCTTCCGCACCATCAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106976 ACGGCGCTGTCAGGCTTCACCATCTTCCGCACCATCAGCGTC