seq1 = pF1KSDA1934.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KSDA1934/gi568815575r_152890255.tfa (gi568815575r:152890255_153091598), 201344 bp

>pF1KSDA1934 1344
>gi568815575r:152890255_153091598 (ChrX)

(complement)

1-1344  (100001-101344)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACTGACACTGCTAGAGGATTGGTGCAAGGGGATGGACATGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACTGACACTGCTAGAGGATTGGTGCAAGGGGATGGACATGGACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGAAAGGCCCTGCTGATTGTAGGCATCCCCATGGAGTGTAGTGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGAAAGGCCCTGCTGATTGTAGGCATCCCCATGGAGTGTAGTGAGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAATTCAGGACACTGTGAAGGCAGGCTTACAGCCCCTGTGCGCATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAATTCAGGACACTGTGAAGGCAGGCTTACAGCCCCTGTGCGCATACAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTCCTAGGGAGAATGTTCAGGAGGGAAGACAATGCCAAGGCAGTCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCCTAGGGAGAATGTTCAGGAGGGAAGACAATGCCAAGGCAGTCTTCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAACTGGCTGACACTGTCAATTACACTACTCTGCCCAGTCACATACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAACTGGCTGACACTGTCAATTACACTACTCTGCCCAGTCACATACCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GAAAGGGTGGCTCCTGGGAAGTGGTGGTAAAACCCCGTAACCCAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GAAAGGGTGGCTCCTGGGAAGTGGTGGTAAAACCCCGTAACCCAGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GAGTTTCTCAGTAGACTGAACTACTTCCTGAAAGATGAGGGCCGAAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GAGTTTCTCAGTAGACTGAACTACTTCCTGAAAGATGAGGGCCGAAGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GACAGATGTGGCCAGAGCCCTGGGATGTTGCAGCCTCCCTGCCGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GACAGATGTGGCCAGAGCCCTGGGATGTTGCAGCCTCCCTGCCGAGAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATGCAGAGGTCATGCCCCAAGTTAGATCCCCACCTTTAGAGCCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGATGCAGAGGTCATGCCCCAAGTTAGATCCCCACCTTTAGAGCCTCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAGAAAGTATGTGGTACAGGAAACTGAAAGTGTTTTCGGGAACTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAGAAAGTATGTGGTACAGGAAACTGAAAGTGTTTTCGGGAACTGCTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCCTAGCCCAGGCGAAGAGACCTTTGAAGACTGGCTAGAGCAGGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCCTAGCCCAGGCGAAGAGACCTTTGAAGACTGGCTAGAGCAGGTCACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGATAATGCCCATATGGCAAGTGTCTGAGGTGGAGAAGAGGCGGCGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGATAATGCCCATATGGCAAGTGTCTGAGGTGGAGAAGAGGCGGCGTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTGGAGAGCTTACGTGGGCCTGCTCTGTCAATCATGCGGGTGCTCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CTGGAGAGCTTACGTGGGCCTGCTCTGTCAATCATGCGGGTGCTCCAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAACAATGACTCCATAACTGTGGAGCAGTGCCTTGACGCCCTAAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAACAATGACTCCATAACTGTGGAGCAGTGCCTTGACGCCCTAAAGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTTTGGGGATAAAGAGGACTTTAGAGCCTCTCAGTTTAGGTTTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCTTTGGGGATAAAGAGGACTTTAGAGCCTCTCAGTTTAGGTTTCTGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCTCTCCGAAGATTGGAGAGAAAGTCTCCACTTTCCTGCTGCGCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACCTCTCCGAAGATTGGAGAGAAAGTCTCCACTTTCCTGCTGCGCTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GCCCCTGCTGCAGAAAGCCGTGCACAAGAGCCCCTTGTCAGTGCGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GCCCCTGCTGCAGAAAGCCGTGCACAAGAGCCCCTTGTCAGTGCGCAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CAGACATGATTCGTCTGAAACATCTCTTAGCTCGGGTCGCCATGACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CAGACATGATTCGTCTGAAACATCTCTTAGCTCGGGTCGCCATGACCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GCCCTCAGGGGCAAGCTGGAGCTCTTGGATCAGCGAGGGTGTCCTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GCCCTCAGGGGCAAGCTGGAGCTCTTGGATCAGCGAGGGTGTCCTCCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TTTTCTGGAGTTAATGAAGCTCATTCGAGATGAAGAAGAGTGGGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TTTTCTGGAGTTAATGAAGCTCATTCGAGATGAAGAAGAGTGGGAGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGAGGCAGTGATGAAGAATAAGGAGAAGCCATCAGGGAGAGGCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTGAGGCAGTGATGAAGAATAAGGAGAAGCCATCAGGGAGAGGCCGGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCCTCCGGTAGACAGGCAAGAGCAGAAGCCAGTGTCTCTGCACCTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCCTCCGGTAGACAGGCAAGAGCAGAAGCCAGTGTCTCTGCACCTCAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CACCGTGCAGGCAAGGTCTTTTAGCGACAGCAGCCCCCAGACCATACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CACCGTGCAGGCAAGGTCTTTTAGCGACAGCAGCCCCCAGACCATACAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GAGGCTTACCCCCATTAGTGAAACGCAGGCGGCTGTTAGGCAGTGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GAGGCTTACCCCCATTAGTGAAACGCAGGCGGCTGTTAGGCAGTGAAAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACTAGGGGAGAAGACCATGGCCAGGCCACGTATCCCAAGGCTGAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACTAGGGGAGAAGACCATGGCCAGGCCACGTATCCCAAGGCTGAAAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GACTCCAGGCAGGGAGGGGCCACAGGCTGCAGGAGAGGAGTTGGGAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GACTCCAGGCAGGGAGGGGCCACAGGCTGCAGGAGAGGAGTTGGGAAACG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 AGGCAGGGGCTGGGGCCATGAGCCATCCCAAGCCCTGGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 AGGCAGGGGCTGGGGCCATGAGCCATCCCAAGCCCTGGGAAACA