seq1 = pF1KSDA1916.tfa, 1635 bp
seq2 = pF1KSDA1916/gi568815594r_24903454.tfa (gi568815594r:24903454_25130639), 227186 bp

>pF1KSDA1916 1635
>gi568815594r:24903454_25130639 (Chr4)

(complement)

1-197  (99947-100143)   100% ->
198-269  (102062-102133)   100% ->
270-341  (103701-103772)   100% ->
342-413  (105749-105820)   100% ->
414-485  (111402-111473)   100% ->
486-655  (112482-112651)   100% ->
656-820  (118141-118305)   100% ->
821-1635  (126372-127186)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGCGGAGAGGCGGCTGCGGAGCGCTCGGGCTGCTGCTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99947 ATGGCGCTGCGGAGAGGCGGCTGCGGAGCGCTCGGGCTGCTGCTGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGGCGCCGCGTGCCTGATACCGCGGAGCGCGCAGGTGAGGCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 GCTGGGCGCCGCGTGCCTGATACCGCGGAGCGCGCAGGTGAGGCGGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCGCTGCCCCGCCACTTGCAGCTGTACCAAGGAGTCTATCATCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100047 CGCGCTGCCCCGCCACTTGCAGCTGTACCAAGGAGTCTATCATCTGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTCTTCCTGGGTGCCCAGGATCGTGCCGGGCGACATCAGCTCCCT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100097 GGCTCTTCCTGGGTGCCCAGGATCGTGCCGGGCGACATCAGCTCCCTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198       GAGCCTGGTAAATGGGACGTTTTCAGAAATCAAGGACCGAATGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100147 ...TAGGAGCCTGGTAAATGGGACGTTTTCAGAAATCAAGGACCGAATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCCCATCTGCCTTCTCTGCAGCTGCT         ATTGCTGAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 102106 TTTCCCATCTGCCTTCTCTGCAGCTGCTGTG...CAGATTGCTGAATTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACTCATTCACGATCATCCGGGATGATGCTTTTGCTGGACTTTTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103714 AACTCATTCACGATCATCCGGGATGATGCTTTTGCTGGACTTTTTCATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAATACCT         GTTCATTGAAGGGAACAAAATAGAAACCATTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103764 TGAATACCTGTA...TAGGTTCATTGAAGGGAACAAAATAGAAACCATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAAGAAATGCCTTTCGTGGCCTCCGTGACCTGACTCACCT         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105781 CAAGAAATGCCTTTCGTGGCCTCCGTGACCTGACTCACCTGTA...TAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTTTGGCCAATAACCACATAAAAGCACTACCAAGGGATGTCTTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111403 TCTTTGGCCAATAACCACATAAAAGCACTACCAAGGGATGTCTTCAGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTAGACTCTCTGATTGAACT         AGATTTGAGGGGTAATAAAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111453 TTTAGACTCTCTGATTGAACTGTA...TAGAGATTTGAGGGGTAATAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGAATGTGACTGCAAAGCCAAGTGGCTATACCTGTGGTTGAAGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112502 TTGAATGTGACTGCAAAGCCAAGTGGCTATACCTGTGGTTGAAGATGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATTCCACCGTTTCTGATGTGCTGTGTATTGGTCCACCAGAGTATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112552 AATTCCACCGTTTCTGATGTGCTGTGTATTGGTCCACCAGAGTATCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAAGAAGCTAAATGACGTGACCAGCTTTGACTATGAATGCACAACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112602 AAAGAAGCTAAATGACGTGACCAGCTTTGACTATGAATGCACAACTACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          ATTTTGTTGTTCATCAGACTTTACCCTACCAGTCGGTTTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112652 GTA...CAGATTTTGTTGTTCATCAGACTTTACCCTACCAGTCGGTTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGGATACGTTCAACTCCAAGAACGATGTGTACGTGGCCATCGCGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118182 GTGGATACGTTCAACTCCAAGAACGATGTGTACGTGGCCATCGCGCAGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAGCATGGAGAACTGCATGGTGCTGGAGTGGGACCACATTGAAATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118232 CAGCATGGAGAACTGCATGGTGCTGGAGTGGGACCACATTGAAATGAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCGGAGCTATGACAACATTACAG         GTCAGTCCATCGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 118282 TCCGGAGCTATGACAACATTACAGGTG...CAGGTCAGTCCATCGTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTAAGGCCATTCTCATCGATGATCAGGTCTTTGTGGTGGTAGCCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126389 TGTAAGGCCATTCTCATCGATGATCAGGTCTTTGTGGTGGTAGCCCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTTCGGTGGCTCTCACATTTACAAATACGACGAGAGTTGGACCAAATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126439 CTTCGGTGGCTCTCACATTTACAAATACGACGAGAGTTGGACCAAATTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAAATTCCAAGACATAGAGGTCTCTCGCATTTCCAAGCCCAATGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126489 TCAAATTCCAAGACATAGAGGTCTCTCGCATTTCCAAGCCCAATGACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGCTGTTTCAGATCGACGACGAGACGTTCTTTGTCATCGCAGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126539 GAGCTGTTTCAGATCGACGACGAGACGTTCTTTGTCATCGCAGACAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAAGGCTGGTCTGTCCACAGTTTATAAATGGAACAGCAAAGGATTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126589 AAAGGCTGGTCTGTCCACAGTTTATAAATGGAACAGCAAAGGATTCTATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTTACCAGTCACTGCACGAGTGGTTCAGGGACACGGATGCGGAGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126639 CTTACCAGTCACTGCACGAGTGGTTCAGGGACACGGATGCGGAGTTTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GATATCGATGGAAAATCGCATCTCATCCTGTCCAGCCGCTCCCAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126689 GATATCGATGGAAAATCGCATCTCATCCTGTCCAGCCGCTCCCAGGTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATCATCCTCCAGTGGAATAAAAGCTCTAAGAAGTTTGTCCCCCATGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126739 CATCATCCTCCAGTGGAATAAAAGCTCTAAGAAGTTTGTCCCCCATGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 ACATCCCCAACATGGAGGACGTACTGGCTGTGAAGAGCTTCCGAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126789 ACATCCCCAACATGGAGGACGTACTGGCTGTGAAGAGCTTCCGAATGCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AATACCCTCTACCTTTCCCTTACCCGCTTCATCGGGGACTCCCGGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126839 AATACCCTCTACCTTTCCCTTACCCGCTTCATCGGGGACTCCCGGGTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GAGGTGGAACAGTAAGCAGTTTGTGGAGATCCAAGCTCTTCCATCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126889 GAGGTGGAACAGTAAGCAGTTTGTGGAGATCCAAGCTCTTCCATCCCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 GGGCCATGACCCTGCAGCCCTTTTCTTTTAAAGATAATCACTACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126939 GGGCCATGACCCTGCAGCCCTTTTCTTTTAAAGATAATCACTACCTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTGGGGAGTGACTATACATTCTCTCAGATATACCAGTGGGATAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126989 CTGGGGAGTGACTATACATTCTCTCAGATATACCAGTGGGATAAAGAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GCAGCTATTCAAAAAGTTTAAGGAGATTTATGTGCAGGCGCCTCGTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 127039 GCAGCTATTCAAAAAGTTTAAGGAGATTTACGTGCAGGCGCCTCGTTCAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 TCACAGCTGTCTCCACCGACAGGAGAGATTTCCTTTTTGCATCCAGTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 127089 TCACAGCTGTCTCCACCGACAGGAGAGATTTCTTTTTTGCATCCAGTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1588 AAAGGGAAAACAAAGATTTTTGAACATATAATTGTTGACTTAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127139 AAAGGGAAAACAAAGATTTTTGAACATATAATTGTTGACTTAAGTTTG