seq1 = pF1KSDA1912.tfa, 1659 bp
seq2 = pF1KSDA1912/gi568815596f_56084671.tfa (gi568815596f:56084671_56484352), 399682 bp

>pF1KSDA1912 1659
>gi568815596f:56084671_56484352 (Chr2)

1-276  (99955-100230)   99% ->
277-1240  (107807-108770)   100% ->
1241-1317  (258209-258285)   100% ->
1318-1452  (287674-287808)   100% ->
1453-1572  (291146-291265)   100% ->
1573-1659  (299596-299682)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGAAGGCGGCCGGAGGCGCGGCGGCGGCTGCGGCGGCGGCGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99955 ATGTCGAAGGCGGCCGGAGGCGCGGCGGCGGCTGCGGCGGCGGCGGAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGTTCCTCAGCCCCGGCCGGCTCGTCCGCGGCCCCGCCCGCGCCGGTGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100005 TTGTTCCCCAGCCCCGGCCGGCTCGTCCGCGGCCCCGCCCGCGCCGGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGACCTGTCCAAAGTGTCGGACGAGGAGCTGCTGCAGTGGAGCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100055 AGGACCTGTCCAAAGTGTCGGACGAGGAGCTGCTGCAGTGGAGCAAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGCTGATCCGCAGCCTGCGGCGCGCCGAGGCGGAGAAGGTGAGCGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100105 GAGCTGATCCGCAGCCTGCGGCGCGCCGAGGCGGAGAAGGTGAGCGCGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGGACCACAGCAACCTCATCCGCGAGGTGAACCGCCGCCTGCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100155 GCTGGACCACAGCAACCTCATCCGCGAGGTGAACCGCCGCCTGCAGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCGGCGAGATCCGCGGCCTCAAG         GATATCAACCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100205 ACCTCGGCGAGATCCGCGGCCTCAAGGTG...CAGGATATCAACCAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTCCAGGAAGACAACCAGGAACTGAGGGACCTCTGCTGTTTCCTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107822 CTCCAGGAAGACAACCAGGAACTGAGGGACCTCTGCTGTTTCCTGGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGACCGGCAGAAAGGCAAGAGGGTGTCTCGGGAGTGGCAGAGACTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107872 TGACCGGCAGAAAGGCAAGAGGGTGTCTCGGGAGTGGCAGAGACTGGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTACACTGCCGGGGTGATGCACAAGGAAGTGGCCTTATACCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107922 GCTACACTGCCGGGGTGATGCACAAGGAAGTGGCCTTATACCTGCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTGAAAGACCTGGAGGTGAAGCAGGAGGAAGTGGTGAAGGAGAACATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107972 CTGAAAGACCTGGAGGTGAAGCAGGAGGAAGTGGTGAAGGAGAACATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GCTCAAGGAGCTCTGTGTGCTACTAGATGAGGAGAAGGGTGCAGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108022 GCTCAAGGAGCTCTGTGTGCTACTAGATGAGGAGAAGGGTGCAGGCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGGCAGCCGCTGCTCCATCGACAGCCAGGCCAGCCTGTGCCAACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108072 CAGGCAGCCGCTGCTCCATCGACAGCCAGGCCAGCCTGTGCCAACTCACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCTCCACCGCACCCTACGTGCGGGATGTGGGTGACGGCAGCAGCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108122 GCCTCCACCGCACCCTACGTGCGGGATGTGGGTGACGGCAGCAGCACCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAGCACTGGCAGCACTGACAGCCCGGACCACCACAAGCACCACGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108172 CAGCACTGGCAGCACTGACAGCCCGGACCACCACAAGCACCACGCGAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGGCAGCCCGGAGCACCTGCAGAAGCCCCGGAGCGAGGGCAGCCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108222 GTGGCAGCCCGGAGCACCTGCAGAAGCCCCGGAGCGAGGGCAGCCCGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CACTCCAAGCACAGGAGCGCCAGCCCCGAGCATCCACAGAAACCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108272 CACTCCAAGCACAGGAGCGCCAGCCCCGAGCATCCACAGAAACCCAGAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGTGGAACCCCAGATCGCCCCAAAGCACTCAAAGGACCTAGCCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108322 CTGTGGAACCCCAGATCGCCCCAAAGCACTCAAAGGACCTAGCCCGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ACCACAAACCCTTGTGCAAGGGCAGCCCCGAACAGCAAAGGCACCCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108372 ACCACAAACCCTTGTGCAAGGGCAGCCCCGAACAGCAAAGGCACCCGCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCAGGGAGCAGCCCCGAAACGCTGCCCAAGCACGTGCTGAGTGGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108422 CCAGGGAGCAGCCCCGAAACGCTGCCCAAGCACGTGCTGAGTGGGAGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGAACACTTCCAGAAGCACCGGTCAGGGAGCAGCCCTGAACACGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108472 GGAACACTTCCAGAAGCACCGGTCAGGGAGCAGCCCTGAACACGCCAGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACAGTGGAGGGAGCCCGGAGCATCTTCAGAAACACGCTCTTGGGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108522 ACAGTGGAGGGAGCCCGGAGCATCTTCAGAAACACGCTCTTGGGGGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTAGAGCATCTCCCCAGAGCCAGGGGCACCAGCCCGGAGCACCTCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108572 CTAGAGCATCTCCCCAGAGCCAGGGGCACCAGCCCGGAGCACCTCAAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACATTATGGAGGGAGCCCTGATCACAAACACGGAGGAGGCAGTGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108622 ACATTATGGAGGGAGCCCTGATCACAAACACGGAGGAGGCAGTGGAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GTGGAGGCAGCGGCGGAGGCAGCAGGGAGGGCACCCTCAGACGGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108672 GTGGAGGCAGCGGCGGAGGCAGCAGGGAGGGCACCCTCAGACGGCAGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CAGGAGGACGGGTCACCCCATCACCGGAATGTCTACAGTGGCATGAACG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108722 CAGGAGGACGGGTCACCCCATCACCGGAATGTCTACAGTGGCATGAACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1241         AATCAACCTTGTCCTATGTTAGGCAGCTGGAGGCAAGAGTAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108772 TG...TAGAATCAACCTTGTCCTATGTTAGGCAGCTGGAGGCAAGAGTAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GACAGCTGGAGGAAGAAAATCGCATGCTGCCCCAG         GCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 258251 GACAGCTGGAGGAAGAAAATCGCATGCTGCCCCAGGTG...AAGGCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CAGAATAGAAGGCAACCTCCAACTAGAAACAGCTCAAATATGGAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287680 CAGAATAGAAGGCAACCTCCAACTAGAAACAGCTCAAATATGGAGAAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTGGGGGTCCAGAGCCCGGCGGGTCTTGCAGTGGTGGCAAGGGTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 287730 CTGGGGGTCCAGAGCCCGGCGGGTCTTGCAGTGGTGGCAAGGGTGCCGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GAATAGGACGATGCCTGCCTACTCTCCCG         GGTTCTTTTAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 287780 GAATAGGACGATGCCTGCCTACTCTCCCGGTG...AAGGGTTCTTTTAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTGTCATCAGGGGCTGATGGGAGTAACAGTTCACCCAACTCTGCAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291158 TTGTCATCAGGGGCTGATGGGAGTAACAGTTCACCCAACTCTGCAGCTAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTTCAGTGGACATGCCACACCTTCCCAGCAGCCTGAACCTGTGGTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291208 CTTCAGTGGACATGCCACACCTTCCCAGCAGCCTGAACCTGTGGTACATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CTCTTAAG         GTTGTGTGGAGGAAACTTGGAGATGCTGCAGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 291258 CTCTTAAGGTA...AAGGTTGTGTGGAGGAAACTTGGAGATGCTGCAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TCGTGTCCTGGAATTAGGCAACATTTGTCAGGAAACCAGTACAAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299629 TCGTGTCCTGGAATTAGGCAACATTTGTCAGGAAACCAGTACAAAGGACC

   1700 
   1656 AATG
        ||||
 299679 AATG