seq1 = pF1KSDA1911.tfa, 2520 bp
seq2 = pF1KSDA1911/gi568815580r_21430346.tfa (gi568815580r:21430346_21674843), 244498 bp

>pF1KSDA1911 2520
>gi568815580r:21430346_21674843 (Chr18)

(complement)

1-1530  (100001-101530)   99% ->
1531-1645  (106750-106864)   100% ->
1646-1706  (108638-108698)   100% ->
1707-1821  (110527-110641)   100% ->
1822-1953  (113854-113985)   100% ->
1954-2043  (134835-134924)   100% ->
2044-2187  (138659-138802)   100% ->
2188-2375  (142184-142371)   100% ->
2376-2520  (144354-144498)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGTCCATTCAGGAGAAATCAAAAGAGAATTCCTCCAAAGTTACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGTCCATTCAGGAGAAATCAAAAGAGAATTCCTCCAAAGTTACTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAAGTGACGATAAGAATTCAGAAACAGAAATTCAGGATTCTCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAAGTGACGATAAGAATTCAGAAACAGAAATTCAGGATTCTCAAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTAGCAAAAAAATCAGGTCCAAAGGAGACTATAAAATCACAGGCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTAGCAAAAAAATCAGGTCCAAAGGAGACTATAAAATCACAGGCTAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCTTCCAGTGAAAGTAAAATAAATCAGCCAGAATTGGAAACACGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCTTCCAGTGAAAGTAAAATAAATCAGCCAGAATTGGAAACACGCATGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TACAAGGTCATCAAAGGCAGCATCTAATGATAAAGCTACTAAATCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TACAAGGTCATCAAAGGCAGCATCTAATGATAAAGCTACTAAATCCATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATAAAAATACGGTGACTGTGAGGGGATATTCACAAGAATCTACAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATAAAAATACGGTGACTGTGAGGGGATATTCACAAGAATCTACAAAAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAATTATCTCAGAAAAAATTAGTACATGAAAACCCTAAAGCAAATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAATTATCTCAGAAAAAATTAGTACATGAAAACCCTAAAGCAAATGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTTAACCGGAGATCACAAAGGCTACAACAATTAACAGAGGTTTCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTTAACCGGAGATCACAAAGGCTACAACAATTAACAGAGGTTTCAAGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGTCGTTACGCAGTAGAGAAATTCAGGGTCAAGTTCAAGCAGTTAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGTCGTTACGCAGTAGAGAAATTCAGGGTCAAGTTCAAGCAGTTAAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AGTTTGCCACCAACTAAAAAAGAGCAGTGTAGCAGTACTCAGAGTAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AGTTTGCCACCAACTAAAAAAGAGCAGTGTAGCAGTACTCAGAGTAAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TAATAAAACAAGTCAAAAACATGTGAAGAGAAAAGTACTGGAAGTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TAATAAAACAAGTCAAAAACATGTGAAGAGAAAAGTACTGGAAGTAAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGACTCTAAAGAAGATGAAAATCTAGTAATTAATGAAGTAATAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGACTCTAAAGAAGATGAAAATCTAGTAATTAATGAAGTAATAAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CCCAAAGGGAAAAAACGCAAGGTAGAACATCAGACAGCTTGTGCTTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CCCAAAGGGAAAAAACGCAAGGTAGAACATCAGACAGCTTGTGCTTGTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTCTCAATGCACGCAAGGATCTGAAAAGTGTCCTCAGAAGACTACTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TTCTCAATGCACGCAAGGATCTGAAAAGTGTCCTCAGAAGACTACTAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAGACGAAACGAAACCTGTGCCTGTAACTTCTGAGGTGAAAAGATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAGACGAAACGAAACCTGTGCCTGTAACTTCTGAGGTGAAAAGATCAAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATGGCTACTTCAGTGGTCCCGAAAAAGAATGAGATGAAGAAGTCGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ATGGCTACTTCAGTGGTCCCGAAAAAGAATGAGATGAAGAAGTCGGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TACACAAGTGAATACTAACACAACACTCCCAAAAAGTCCACAGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TACACAAGTGAATACTAACACAACACTCCCAAAAAGTCCACAGCCATCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGCCTGAACAAAGTGATAATGAGCTGGAGCAAGCAGGAAAGAGCAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TGCCTGAACAAAGTGATAATGAGCTGGAGCAAGCAGGAAAGAGCAAACGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTAGTATTCTCCAGCTCTGTGAAGAAATTGCTGGTGAAATTGAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGTAGTATTCTCCAGCTCTGTGAAGAAATTGCTGGTGAAATTGAGTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TAATGTAGAGGTAAAAAAGGAATCTTCACAAATGGAAAGTGTAAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TAATGTAGAGGTAAAAAAGGAATCTTCACAAATGGAAAGTGTAAAGGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AAAAGCCCACAGAAATAAAATTGGAAGAGACCAGTGTTGAAAGACAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AAAAGCCCACAGAAATAAAATTGGAAGAGACCAGTGTTGAAAGACAAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTTCATCAGAAGGAAACAAATCAGGATGTGCAATGTAATCGTTTTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTTCATCAGAAGGAAACAAATCAGGATGTGCAATGTAATCGTTTTTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAGTAGAAAAACAAAGCCTGTGAAATGTATACTAAATGGAATAAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAGTAGAAAAACAAAGCCTGTGAAATGTATACTAAATGGAATAAACAGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TAGCCAAGAAGAACTCCAACTGGACTAAAATTAAACTCTCAAAATTTAAC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CAGCCAAGAAGAACTCCAACTGGACTAAAATTAAACTCTCAAAATTTAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCTGTGCAGCACAATAAGTTGGACTCTCAAGTTTCCCCTAAATTAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCTGTGCAGCACAATAAGTTGGACTCTCAAGTTTCCCCTAAATTAGGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 ATTACGAACCAGTTTTTCACCACCAGCTTTAGAAATGCATCATCCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 ATTACGAACCAGTTTTTCACCACCAGCTTTAGAAATGCATCATCCAGTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTCAAAGTACATTTTTAGGGACAAAGCTACATGATAGAAATATAACTTGC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTCAAAGTACGTTTTTAGGGACAAAGCTACATGATAGAAATATAACTTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 CAGCAGGAAAAAATGAAAGAAATTAATTCTGAAGAAGTGAAAATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 CAGCAGGAAAAAATGAAAGAAATTAATTCTGAAGAAGTGAAAATTAATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TATTACAGTAGAAATTAATAAAACCACAGAAAGGGCTCCTGAAAATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TATTACAGTAGAAATTAATAAAACCACAGAAAGGGCTCCTGAAAATTGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATTTGGCCAATGAGATAAAACCTTCTGACCCACCATTGGATAATCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ATTTGGCCAATGAGATAAAACCTTCTGACCCACCATTGGATAATCAGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AAACATTCTTTTGATTCAGCATCAAATAAG         AATTTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101501 AAACATTCTTTTGATTCAGCATCAAATAAGGTA...CAGAATTTCAGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 ATGTTTGGAATCCAAGCTAGAAAACAGTCCAGTGGAAAATGTTACTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106761 ATGTTTGGAATCCAAGCTAGAAAACAGTCCAGTGGAAAATGTTACTGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CTTCGACTCTGCTCAGTCAAGCAAAAATTGATACAGGAGAGAATAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106811 CTTCGACTCTGCTCAGTCAAGCAAAAATTGATACAGGAGAGAATAAATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 CCAG         GTTCAGCTCCCCAACAGCATAGTATTCTCAGTAACCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106861 CCAGGTA...CAGGTTCAGCTCCCCAACAGCATAGTATTCTCAGTAACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 GACATCTAAAAGCAGTGATAACAG         GGAGACACCACGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108675 GACATCTAAAAGCAGTGATAACAGGTA...AAGGGAGACACCACGAAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 ATTCTTTGCCTAAGTGTAATTCCCATTTGGAGATAACAATTCCAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110544 ATTCTTTGCCTAAGTGTAATTCCCATTTGGAGATAACAATTCCAAAGGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TTGAAACTAAAAGAAGCAGAGAAAACTGATGAAAAACAGTTGATTATA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110594 TTGAAACTAAAAGAAGCAGAGAAAACTGATGAAAAACAGTTGATTATAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1822        GATGCAGGACAAAAAAGATTTGGAGCAGTTTCTTGTAATGTTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110644 A...TAGGATGCAGGACAAAAAAGATTTGGAGCAGTTTCTTGTAATGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 GTGGAATGCTGTATACAGCTTCAAATCCAGAAGATGAAACACAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113897 GTGGAATGCTGTATACAGCTTCAAATCCAGAAGATGAAACACAGCATCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 CTTTTCCACAACCAGTTTATAAGTGCTGTTAAATATGTG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 113947 CTTTTCCACAACCAGTTTATAAGTGCTGTTAAATATGTGGTA...TAGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 CTGGAAGAAAGAAAGAATTCTGGCTGAATACCCTGATGGCAGGATAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134837 CTGGAAGAAAGAAAGAATTCTGGCTGAATACCCTGATGGCAGGATAATAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 TGGTTCTTCCTGAAGACCCAAAGTATGCCCTGAAAAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 134887 TGGTTCTTCCTGAAGACCCAAAGTATGCCCTGAAAAAGGTA...CAGGTT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 GACGAGATTAGAGAGATGGTTGACAATGATTTAGGTTTTCAACAGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138662 GACGAGATTAGAGAGATGGTTGACAATGATTTAGGTTTTCAACAGGCTCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 ACTAATGTGCTATTCCAGAACTAAAACACTTCTCTTCATTTCCAATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138712 ACTAATGTGCTATTCCAGAACTAAAACACTTCTCTTCATTTCCAATGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 AAAAAGTAGTTGGCTGCCTAATTGCGGAACATATCCAATGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 138762 AAAAAGTAGTTGGCTGCCTAATTGCGGAACATATCCAATGGGTA...TAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 GGCTACAGAGTTATAGAAGAGAAACTTCCAGTTATCAGGTCAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142184 GGCTACAGAGTTATAGAAGAGAAACTTCCAGTTATCAGGTCAGAAGAAGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2238 AAAAGTCAGATTTGAAAGGCAAAAAGCCTGGTGCTGCTCAACATTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142234 AAAAGTCAGATTTGAAAGGCAAAAAGCCTGGTGCTGCTCAACATTACCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2288 AGCCTGCAATCTGCGGGATCAGTCGAATATGGGTATTCAGCATGATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142284 AGCCTGCAATCTGCGGGATCAGTCGAATATGGGTATTCAGCATGATGCGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2338 CGGAAGAAAATTGCTTCTCGCATGATTGAATGCCTAAG         GAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 142334 CGGAAGAAAATTGCTTCTCGCATGATTGAATGCCTAAGGTA...TAGGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 TAACTTTATATATGGCTCATATTTGAGCAAAGAAGAAATTGCTTTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144357 TAACTTTATATATGGCTCATATTTGAGCAAAGAAGAAATTGCTTTCTCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 ATCCCACTCCTGATGGAAAGCTGTTTGCAACACAGTACTGTGGCACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144407 ATCCCACTCCTGATGGAAAGCTGTTTGCAACACAGTACTGTGGCACTGGT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 CAATTTCTGGTATATAATTTTATTAATGGACAGAATAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144457 CAATTTCTGGTATATAATTTTATTAATGGACAGAATAGCACG