seq1 = pF1KSDA1896.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KSDA1896/gi568815589f_127991871.tfa (gi568815589f:127991871_128207441), 215571 bp

>pF1KSDA1896 1503
>gi568815589f:127991871_128207441 (Chr9)

1-219  (100001-100219)   100% ->
220-346  (109226-109352)   100% ->
347-434  (109439-109526)   100% ->
435-470  (110210-110245)   100% ->
471-582  (110500-110611)   99% ->
583-741  (111811-111969)   100% ->
742-894  (113859-114011)   100% ->
895-1002  (114280-114387)   100% ->
1003-1170  (114483-114650)   100% ->
1171-1321  (115159-115309)   100% ->
1322-1503  (115390-115571)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGCAGATGCTGTGGCATTTCCTAGCTAGCTTTTTCCCCAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGCAGATGCTGTGGCATTTCCTAGCTAGCTTTTTCCCCAGGGCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGCCACGGCTCCAGAGAGGGGGACGATCGTGAAGTCAGAGGCACCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGCCACGGCTCCAGAGAGGGGGACGATCGTGAAGTCAGAGGCACCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCTGCCTGGAGAGACCAGATGGCAAGCTTTTTGGGGAAACAGGACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCTGCCTGGAGAGACCAGATGGCAAGCTTTTTGGGGAAACAGGACGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGCTGAGGCCACGGAAAAAAGACCCACCATTTTGCTGGTGGTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGGCTGAGGCCACGGAAAAAAGACCCACCATTTTGCTGGTGGTTGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCAGAGCAGTTTCCTAAG         AAAATTGTACAAGCTGGAGATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100201 TGCAGAGCAGTTTCCTAAGGTA...TAGAAAATTGTACAAGCTGGAGATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGACCTTGATGGGCAGCTAGACTTTGAAGAATTTGTCCATTATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109248 AGGACCTTGATGGGCAGCTAGACTTTGAAGAATTTGTCCATTATCTCCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATCATGAGAAGAAGCTGAGGCTGGTGTTTAAGAGTTTGGACAAAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109298 GATCATGAGAAGAAGCTGAGGCTGGTGTTTAAGAGTTTGGACAAAAAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGATG         GACGCATTGACGCGCAGGAGATCATGCAGTCCCTGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109348 TGATGGTA...CAGGACGCATTGACGCGCAGGAGATCATGCAGTCCCTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGACTTGGGAGTCAAGATATCTGAACAGCAGGCAGAAAAAATTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109475 GGGACTTGGGAGTCAAGATATCTGAACAGCAGGCAGAAAAAATTCTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AG         AATACGAACGGGCCATTTCTGGGGCCCTGTCACCTA   
        ||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109525 AGGTG...CAGAATACGAACGGGCCATTTCTGGGGCCCTGTCACCTAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    471       CATGGATAAAAACGGCACGATGACCATCGACTGGAACGAGTGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 110249 ...CAGCATGGATAAAAACGGCACGATGACCATTGACTGGAACGAGTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAGACTACCACCTCCTCCACCCCGTGGAAAACATCCCCGAGATCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110544 GAGACTACCACCTCCTCCACCCCGTGGAAAACATCCCCGAGATCATCCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTGGAAGCATTCCACG         ATCTTTGATGTGGGTGAGAATCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110594 TACTGGAAGCATTCCACGGTG...CAGATCTTTGATGTGGGTGAGAATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACGGTCCCGGATGAGTTCACAGTGGAGGAGAGGCAGACGGGGATGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111834 AACGGTCCCGGATGAGTTCACAGTGGAGGAGAGGCAGACGGGGATGTGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAGACACCTGGTGGCAGGAGGTGGGGCAGGGGCCGTATCCAGAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111884 GGAGACACCTGGTGGCAGGAGGTGGGGCAGGGGCCGTATCCAGAACCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACGGCCCCCCTGGACAGGCTCAAGGTGCTCATGCAG         GTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 111934 ACGGCCCCCCTGGACAGGCTCAAGGTGCTCATGCAGGTA...CAGGTCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCCTCCCGCAGCAACAACATGGGCATCGTTGGTGGCTTCACTCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113864 TGCCTCCCGCAGCAACAACATGGGCATCGTTGGTGGCTTCACTCAGATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCGAGAAGGAGGGGCCAGGTCACTCTGGCGGGGCAATGGCATCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113914 TTCGAGAAGGAGGGGCCAGGTCACTCTGGCGGGGCAATGGCATCAACGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTCAAAATTGCCCCCGAATCAGCCATCAAATTCATGGCCTATGAGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 113964 CTCAAAATTGCCCCCGAATCAGCCATCAAATTCATGGCCTATGAGCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895        ATCAAGCGCCTTGTTGGTAGTGACCAGGAGACTCTGAGGATTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114014 G...TAGATCAAGCGCCTTGTTGGTAGTGACCAGGAGACTCTGAGGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGAGAGGCTTGTGGCAGGGTCCTTGGCAGGGGCCATCGCCCAGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114323 ACGAGAGGCTTGTGGCAGGGTCCTTGGCAGGGGCCATCGCCCAGAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTACCCAATGGAG         GTCCTGAAGACCCGGATGGCGCTGCG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114373 ATCTACCCAATGGAGGTG...CAGGTCCTGAAGACCCGGATGGCGCTGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAGACAGGCCAGTACTCAGGAATGCTGGACTGCGCCAGGAGGATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114509 GAAGACAGGCCAGTACTCAGGAATGCTGGACTGCGCCAGGAGGATCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CCAGAGAGGGGGTGGCCGCCTTCTACAAAGGCTATGTCCCCAACATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114559 CCAGAGAGGGGGTGGCCGCCTTCTACAAAGGCTATGTCCCCAACATGCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGCATCATCCCCTATGCCGGCATCGACCTTGCAGTCTACGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114609 GGCATCATCCCCTATGCCGGCATCGACCTTGCAGTCTACGAGGTG...TA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1171  ACGCTCAAGAATGCCTGGCTGCAGCACTATGCAGTGAACAGCGCGGACC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115158 GACGCTCAAGAATGCCTGGCTGCAGCACTATGCAGTGAACAGCGCGGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CCGGCGTGTTTGTGCTCCTGGCCTGTGGCACCATGTCCAGTACCTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115208 CCGGCGTGTTTGTGCTCCTGGCCTGTGGCACCATGTCCAGTACCTGTGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGCTGGCCAGCTACCCCCTGGCCCTAGTCAGGACCCGGATGCAGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115258 CAGCTGGCCAGCTACCCCCTGGCCCTAGTCAGGACCCGGATGCAGGCGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 AG         CCTCTATTGAGGGCGCTCCGGAGGTGACCATGAGCAGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115308 AGGTA...CAGCCTCTATTGAGGGCGCTCCGGAGGTGACCATGAGCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTTCAAACATATCCTGCGGACCGAGGGGGCCTTCGGGCTGTACAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115429 TCTTCAAACATATCCTGCGGACCGAGGGGGCCTTCGGGCTGTACAGGGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CTGGCCCCCAACTTCATGAAGGTCATCCCAGCTGTGAGCATCAGCTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115479 CTGGCCCCCAACTTCATGAAGGTCATCCCAGCTGTGAGCATCAGCTACGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGTCTACGAGAACCTGAAGATCACCCTGGGCGTGCAGTCGCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115529 GGTCTACGAGAACCTGAAGATCACCCTGGGCGTGCAGTCGCGG