seq1 = pF1KSDA1895.tfa, 1833 bp
seq2 = pF1KSDA1895/gi568815587f_59048873.tfa (gi568815587f:59048873_59253501), 204629 bp

>pF1KSDA1895 1833
>gi568815587f:59048873_59253501 (Chr11)

1-81  (100001-100081)   100% ->
82-1833  (102878-104629)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGTAAGAAGCAGAGGTCACGGAAGCACTCAGTCAATGAAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTGTAAGAAGCAGAGGTCACGGAAGCACTCAGTCAATGAAAAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAATATGAAAATCGAGCACTATTTTTCTCCG         GTCTCTAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100051 TAATATGAAAATCGAGCACTATTTTTCTCCGGTA...TAGGTCTCTAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGCAACAGAATAATTGCAGTACTTCTCTAATGAGGATGGAGTCTAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102888 AGCAACAGAATAATTGCAGTACTTCTCTAATGAGGATGGAGTCTAGAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCAAGAGCCACAACTAATACCCAGGCTCAAAGATTCCATTCACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102938 GACCCAAGAGCCACAACTAATACCCAGGCTCAAAGATTCCATTCACCTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAAAAATCCAGAAGACCAGACCATGCCCCAAAATAGGACAATATATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102988 GAAAAATCCAGAAGACCAGACCATGCCCCAAAATAGGACAATATATGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCTTGAAGGTAAACCACAGGAGAAACCAAGATATGAAACTTAAGCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103038 CCTTGAAGGTAAACCACAGGAGAAACCAAGATATGAAACTTAAGCTCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATAGTGAGAATAGTAGCTTATATATGGCTCTCAACACTCTCCAGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103088 CATAGTGAGAATAGTAGCTTATATATGGCTCTCAACACTCTCCAGGCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGAAAAGAGATAGAAACTCACCAAGGCCAAGAAATGCTTGTGCGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103138 CAGAAAAGAGATAGAAACTCACCAAGGCCAAGAAATGCTTGTGCGTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAAGGAATCAAAGAGTACATAAACCTTGGAATGCCCCTCAGTTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103188 CAGAAGGAATCAAAGAGTACATAAACCTTGGAATGCCCCTCAGTTGTTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCTGAAGGTGGCCAGGTGGTCATTACATTTTCCCAAAGTAAAAGTAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103238 CCTGAAGGTGGCCAGGTGGTCATTACATTTTCCCAAAGTAAAAGTAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GAAGGAAGATAACCACATATTTGGCAGGCAGGACAAAGCATCGACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103288 GAAGGAAGATAACCACATATTTGGCAGGCAGGACAAAGCATCGACTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGTCAAATTTTACATTCATGCAATTGGAATTGGGAAGTGTAAAAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103338 GTGTCAAATTTTACATTCATGCAATTGGAATTGGGAAGTGTAAAAGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATTGTTAAATGTGGGAAGCTTCACAAAAAGGGGCGCAAACTCTGTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103388 ATTGTTAAATGTGGGAAGCTTCACAAAAAGGGGCGCAAACTCTGTGTTTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCTTTCAAAGGAGAAACCATCAAGGATGCACTGTGCAAGGATGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103438 TGCTTTCAAAGGAGAAACCATCAAGGATGCACTGTGCAAGGATGGCAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TTCTTTCCTTTCTGGAGAATGATGATTGGAAACTCATTGAAAACAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103488 TTCTTTCCTTTCTGGAGAATGATGATTGGAAACTCATTGAAAACAATGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCATTTTAGAAAGCACCCAGCCAGTTGATGAATTAGAAGGCAGATACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103538 ACCATTTTAGAAAGCACCCAGCCAGTTGATGAATTAGAAGGCAGATACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TCAGGTTGAGGTTGAGAAAAGAATGGTCCCCAGTGCAGCAGCTTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103588 TCAGGTTGAGGTTGAGAAAAGAATGGTCCCCAGTGCAGCAGCTTCTCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 ATCCTGAGTCAGAGAAAAGAAACACCTGTGTGTTGAGAGAACAAATCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103638 ATCCTGAGTCAGAGAAAAGAAACACCTGTGTGTTGAGAGAACAAATCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCTCAGTACCCCAGTTTGAAAAGAGAAAGTGAAAAAATCATTGAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103688 GCTCAGTACCCCAGTTTGAAAAGAGAAAGTGAAAAAATCATTGAAAACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGAAAAAAATGAAAGTAAAAAATGGGGAAACATTATTTGAATTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103738 CAAGAAAAAAATGAAAGTAAAAAATGGGGAAACATTATTTGAATTGCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GAACAACGTTTGGGAAAGTAACAAAAAATTCTTCTTCGATTAAAGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103788 GAACAACGTTTGGGAAAGTAACAAAAAATTCTTCTTCGATTAAAGTAGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAACTTCTTGTACGTCTCAGTGACTCAGTTGGGTACTTATTCTGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103838 AAACTTCTTGTACGTCTCAGTGACTCAGTTGGGTACTTATTCTGGGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TGCAACTACGGGTTACGCCACCTGCTTTGTTTTTAAAGGATTGTTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103888 TGCAACTACGGGTTACGCCACCTGCTTTGTTTTTAAAGGATTGTTCATTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TAACTTGTCGGCATGTAATAGATAGCATTGTGGGAGACGGAATAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103938 TAACTTGTCGGCATGTAATAGATAGCATTGTGGGAGACGGAATAGAGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGTAAGTGGGCAACCATAATTGGTCAATGTGTAAGGGTGACATTTGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103988 AGTAAGTGGGCAACCATAATTGGTCAATGTGTAAGGGTGACATTTGGTTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGAAGAGCTAAAAGACAAGGAAACAAACTACTTTTTTGTTGAACCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104038 TGAAGAGCTAAAAGACAAGGAAACAAACTACTTTTTTGTTGAACCTTGGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TTGAGATACATAATGAAGAGCTTGACTATGCTGTCCTGAAACTGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104088 TTGAGATACATAATGAAGAGCTTGACTATGCTGTCCTGAAACTGAAGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AATGGACAACAAGTACCTATGGAACTATATAATGGAATTACTCCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104138 AATGGACAACAAGTACCTATGGAACTATATAATGGAATTACTCCTGTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 ACTTAGTGGGTTGATACATATTATTGGCCATCCATATGGAGAAAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104188 ACTTAGTGGGTTGATACATATTATTGGCCATCCATATGGAGAAAAAAAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGATTGATGCTTGTGCTGTGATCCCTCAGGGTCAGCGAGCAAAGAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104238 AGATTGATGCTTGTGCTGTGATCCCTCAGGGTCAGCGAGCAAAGAAATGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CAGGAACGTGTTCAGTCTAAAAAAGCAGAAAGTCCAGAGTATGTCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104288 CAGGAACGTGTTCAGTCTAAAAAAGCAGAAAGTCCAGAGTATGTCCATAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GTATACTCAAAGAAGTTTCCAGAAAATAGTTCACAACCCTGATGTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104338 GTATACTCAAAGAAGTTTCCAGAAAATAGTTCACAACCCTGATGTGATTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCTATGACACTGAATTTTTCTTTGGGGCTTCCGGCTCCCCTGTGTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104388 CCTATGACACTGAATTTTTCTTTGGGGCTTCCGGCTCCCCTGTGTTTGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TCAAAAGGTTCATTGGTGGCCATGCATGCTGCTGGCTTTGCTTATACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104438 TCAAAAGGTTCATTGGTGGCCATGCATGCTGCTGGCTTTGCTTATACTTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 CCAAAATGAGACTCGTAGTATCATTGAGTTTGGCTCTACCATGGAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104488 CCAAAATGAGACTCGTAGTATCATTGAGTTTGGCTCTACCATGGAATCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TCCTCCTTGATATTAAGCAAAGACATAAACCATGGTATGAAGAAGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104538 TCCTCCTTGATATTAAGCAAAGACATAAACCATGGTATGAAGAAGTATTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GTAAATCAGCAGGATGTAGAAATGATGAGTGATGAGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104588 GTAAATCAGCAGGATGTAGAAATGATGAGTGATGAGGACTTG