seq1 = pF1KSDA1892.tfa, 1359 bp
seq2 = pF1KSDA1892/gi568815589r_33988353.tfa (gi568815589r:33988353_34226431), 238079 bp

>pF1KSDA1892 1359
>gi568815589r:33988353_34226431 (Chr9)

(complement)

1-78  (100001-100078)   100% ->
79-333  (101155-101409)   100% ->
334-540  (118867-119073)   100% ->
541-601  (119938-119998)   100% ->
602-795  (127915-128108)   100% ->
796-861  (129651-129716)   100% ->
862-1024  (132984-133146)   100% ->
1025-1203  (136842-137020)   100% ->
1204-1359  (137924-138079)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCGGAAAGTAGTTAGCAGGAAGCGGAAAGCGCCCGCCTCGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCGGAAAGTAGTTAGCAGGAAGCGGAAAGCGCCCGCCTCGCCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCTGGGAGCGACGCTCAGGGCCCGCAG         TTTGGCTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100051 AGCTGGGAGCGACGCTCAGGGCCCGCAGGTG...CAGTTTGGCTGGGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTCGCTTCACAAAAGGAAAAGACTTCCTCCTGTGAAGAGATCCTTAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101168 ACTCGCTTCACAAAAGGAAAAGACTTCCTCCTGTGAAGAGATCCTTAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTACTTGAAGAACCGGGAAGTCAGGCTACAGAATGAAACCAGCTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101218 TACTACTTGAAGAACCGGGAAGTCAGGCTACAGAATGAAACCAGCTACTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGAGTGTTGCATGGTTATGCAGCACAGCAACTTCCCAGTCTCCTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101268 TCGAGTGTTGCATGGTTATGCAGCACAGCAACTTCCCAGTCTCCTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAGAGAGTTTCACCTTGGGACCCTTAATAAAGTGTTTGCATCTCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101318 AGAGAGAGTTTCACCTTGGGACCCTTAATAAAGTGTTTGCATCTCAGTGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGAATCATAGGCAAGTGGTGTGTGGCACAAAATGCAACACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101368 TTGAATCATAGGCAAGTGGTGTGTGGCACAAAATGCAACACGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  CTATTTGTCGTAGATGTCCAGACAAGCCAGATCACCAAGATCCCCATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118866 GCTATTTGTCGTAGATGTCCAGACAAGCCAGATCACCAAGATCCCCATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAAAGACCGGGAGCCTGGAGGTGTGACCCAGCAGGGCTGTGGTATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118916 TGAAAGACCGGGAGCCTGGAGGTGTGACCCAGCAGGGCTGTGGTATCCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCGAGCTGAATCCTTCTAGAACACTGCTAGCCACTGGAGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118966 GCCATCGAGCTGAATCCTTCTAGAACACTGCTAGCCACTGGAGGAGACAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CCCCAACAGTCTTGCCATCTATCGACTACCTACGCTGGATCCTGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119016 CCCCAACAGTCTTGCCATCTATCGACTACCTACGCTGGATCCTGTGTGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAGGAGAT         GATGGACACAAGGACTGGATCTTTTCCATCGCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119066 TAGGAGATGTA...AAGGATGGACACAAGGACTGGATCTTTTCCATCGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGGATCAGCGACACTATGGCAGTGTCTG         GCTCACGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 119971 TGGATCAGCGACACTATGGCAGTGTCTGGTA...CAGGCTCACGTGATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTATGGGACTCTGGGAGGTGACAGATGATGTTTTGACCAAAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127928 TTCTATGGGACTCTGGGAGGTGACAGATGATGTTTTGACCAAAAGTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGAGACACAATGTGTCACGGGTCCCTGTGTATGCACACATCACTCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127978 CGAGACACAATGTGTCACGGGTCCCTGTGTATGCACACATCACTCACAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GCCTTAAAGGACATCCCCAAAGAAGACACAAACCCTGACAACTGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128028 GCCTTAAAGGACATCCCCAAAGAAGACACAAACCCTGACAACTGCAAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TCGGGCTCTGGCCTTCAACAACAAGAACAAG         GAACTGGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128078 TCGGGCTCTGGCCTTCAACAACAAGAACAAGGTA...TAGGAACTGGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGTGTCTCTGGATGGCTACTTTCATCTCTGGAAGGCTGAAAATACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129661 CAGTGTCTCTGGATGGCTACTTTCATCTCTGGAAGGCTGAAAATACACTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTAAG         CTCCTCTCCACCAAACTGCCATATTGCCGTGAGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129711 TCTAAGGTG...CAGCTCCTCTCCACCAAACTGCCATATTGCCGTGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGTGTGTCTGGCTTATGGTAGTGAATGGTCAGTTTATGCAGTGGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133019 TGTGTGTCTGGCTTATGGTAGTGAATGGTCAGTTTATGCAGTGGGCTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGCTCATGTCTCCTTCTTGGATCCACGGCAGCCATCATACAACGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133069 AAGCTCATGTCTCCTTCTTGGATCCACGGCAGCCATCATACAACGTCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCTGTCTGTTCCAGGGAGCGAGGCAGTG         GAATCCGGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 133119 TCTGTCTGTTCCAGGGAGCGAGGCAGTGGTA...CAGGAATCCGGTCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GAGTTTCTACGAGCACATCATCACTGTGGGAACAGGGCAGGGCTCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136855 GAGTTTCTACGAGCACATCATCACTGTGGGAACAGGGCAGGGCTCCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGTTCTATGACATCCGAGCTCAGAGATTTCTGGAAGAGAGGCTCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136905 TGTTCTATGACATCCGAGCTCAGAGATTTCTGGAAGAGAGGCTCTCAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTTATGGGTCCAAGCCCAGACTAGCAGGGGAGAATCTGAAACTAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136955 TGTTATGGGTCCAAGCCCAGACTAGCAGGGGAGAATCTGAAACTAACCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGCAAAGGCTGGCTG         AATCATGATGAAACCTGGAGGAATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137005 TGGCAAAGGCTGGCTGGTG...TAGAATCATGATGAAACCTGGAGGAATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACTTTTCAGACATTGACTTCTTCCCCAATGCTGTTTACACCCACTGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137949 ACTTTTCAGACATTGACTTCTTCCCCAATGCTGTTTACACCCACTGCTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GACTCGTCTGGAACGAAACTCTTTGTGGCAGGAGGTCCCCTCCCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137999 GACTCGTCTGGAACGAAACTCTTTGTGGCAGGAGGTCCCCTCCCTTCAGG

   1400     .    :    .    :    .    :
   1329 GCTCCATGGAAACTATGCTGGGCTCTGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 138049 GCTCCATGGAAACTATGCTGGGCTCTGGAGT