seq1 = pF1KSDA1874.tfa, 1563 bp
seq2 = pF1KSDA1874/gi568815581f_15601150.tfa (gi568815581f:15601150_15817287), 216138 bp

>pF1KSDA1874 1563
>gi568815581f:15601150_15817287 (Chr17)

1-37  (99181-99217)   100% ->
38-126  (100003-100091)   100% ->
127-241  (105238-105352)   100% ->
242-334  (107006-107098)   98% ->
335-1563  (114910-116138)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACAGATTTGGCTGAAATGCCTGAGAAAGGAG         CTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
  99181 ATGGAGACAGATTTGGCTGAAATGCCTGAGAAAGGAGGTG...TAGCTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTCTTCCCAGGATTCTCCCCATTTCCAAGAGAAGAGCACAGAAGAGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100007 GTCTTCCCAGGATTCTCCCCATTTCCAAGAGAAGAGCACAGAAGAGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGTGGCTGCTCTGCGCCTCACGGCCAGATCCCAG         GAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100057 AAGTGGCTGCTCTGCGCCTCACGGCCAGATCCCAGGTG...TAGGAAACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGACATTCAAGGATGTGGCCATGGACTTTACACCAGAGGAGTGGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105244 GTGACATTCAAGGATGTGGCCATGGACTTTACACCAGAGGAGTGGGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGGATCCTGCACAAAGGGATGTGATGCTGGAGAACTATAGGAACCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105294 GCTGGATCCTGCACAAAGGGATGTGATGCTGGAGAACTATAGGAACCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCACTTT         GGCTTCCAGTTTCCAAACCTGAGAGCCACAAC
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |||||
 105344 TCTCACTTTGTA...TAGGGCTTCCAGTTTCCAAACCTGAGAGCTACAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTGGAGAATGGAAAAGAACCATTGAAGCTTGAGAGAAAAGCCCCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107038 TTGGAGAATGGAAAAGAACCATTGAAGCTTGAGAGAAAAGCCCCCAAAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGCTATTCAG         ACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 107088 CAGCTATTCAGGTG...CAGACATGGAGACTAGACCACAGAGCAAGGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAACTTCAGTGCAAGATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114940 CAACTTCAGTGCAAGATTTTTCCAAAGCAGAATCATGCAAAGTTGCAATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATAGACAGACTGACACGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114990 ATAGACAGACTGACACGGAATAGTGTCTATGACTCTAACTTGGAAGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTTGAATGTGAAAATTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115040 CCTTGAATGTGAAAATTGGTTAGAGAATCAGCAAGGAAATCAGGAGAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTTGAGAGAAATGTTCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115090 ATTTGAGAGAAATGTTCACTCACATGAATTCACTCTCTGAGGAAACAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATAAGCATGATGTATACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115140 CATAAGCATGATGTATACTGGAAAAGCTTCAATCAGAAATCTGTCCTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTGAAGACAGAGTTCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115190 CACTGAAGACAGAGTTCCCAAAGGATCTTATGCCTTCCATACACTTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAGCTTGAAACAAAAATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115240 AAAGCTTGAAACAAAAATCAAACTTAATGAAAAAGCAGAGAACTTATAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAAAAAACCTCATAAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115290 GAGAAAAAACCTCATAAATGTAATGATTGTGGTGAACTCTTCACCTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTCAGTGCTTATTCGACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115340 TTCAGTGCTTATTCGACACCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCCTATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115390 CCTGCAATGAATGTGGGAAATCTTTTAGCCACAGAGCTAATTTAACTAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CACCAGAGAACTCATACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115440 CACCAGAGAACTCATACTAGAATTCTCTTTGAATGCAGTGAATGCAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AACCTTCACAGAAAGCTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115490 AACCTTCACAGAAAGCTCATCCCTTGCAACACATCAGAGAATTCACGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GAGAGAGACCTTATGAATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115540 GAGAGAGACCTTATGAATGCAATGAATGTGGGAAAGGTTTTAATCGAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACACATCTTGTGCAGCATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115590 ACACATCTTGTGCAGCATCAGTTGATTCATACTGGAGTGAAGCCTTATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ATGTAATGAATGTGATAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115640 ATGTAATGAATGTGATAAAGCTTTTATTCATTCATCAGCACTCATTAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115690 ATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTATAAATGTCAAGAATGTGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AAAGCCTTTAGCCATTGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115740 AAAGCCTTTAGCCATTGCTCATCCCTAACTAAGCATCAGAGAGTTCATAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGGAGAAAAGCCATATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115790 TGGAGAAAAGCCATATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACTTTTAGTCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCACACATCTTGTTCAACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115840 GCACACATCTTGTTCAACATCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCAATTTTGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115890 GAGTGTAATGAATGTGGGAAAACCTTCAGCCGGAGCTCCAATTTTGCTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 ACATCAAAGAATTCATATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115940 ACATCAAAGAATTCATATTGGAAAGAAACCGTACAAATGTAGCGAGTGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GAAAAGCCTTCATTCATTCATCAGCTCTTATTCAACATCAGAGAACTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 115990 GAAAAGCCTTCATTCATTCATCAGCTCTCATTCAACATCAGAGAACTCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 ACCGGAGAGAAACCCTTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116040 ACCGGAGAGAAACCCTTTAGATGTAATGAGTGTGGGAAAAGCTTTAAGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1515 CAGTTCATCTCTCATCAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116090 CAGTTCATCTCTCATCAGACATCAAAGAGTTCACACTGAAGAGCAACCC