seq1 = pF1KSDA1857.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KSDA1857/gi568815589f_132066832.tfa (gi568815589f:132066832_132342032), 275201 bp

>pF1KSDA1857 1590
>gi568815589f:132066832_132342032 (Chr9)

1-213  (100001-100213)   100% ->
214-857  (131135-131778)   100% ->
858-1054  (160018-160214)   93% ->
1055-1222  (172273-172440)   100% ->
1223-1357  (174079-174213)   100% ->
1358-1590  (175045-175277)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCATCTGCTGGCGCTCTTCCTGCACTGCCTCCCTCTGGCCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCATCTGCTGGCGCTCTTCCTGCACTGCCTCCCTCTGGCCTCTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACTATGACATCTGCAAATCCTGGGTGACCACAGATGAGGGCCCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACTATGACATCTGCAAATCCTGGGTGACCACAGATGAGGGCCCCACCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGTTCTACGCCTGCCAGCCCAAGGTGATGCGCCTGAAGGACTACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGAGTTCTACGCCTGCCAGCCCAAGGTGATGCGCCTGAAGGACTACGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGTGAAGGTGGAGCCCTCAGGCATCACATGTGGAGACCCCCCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGTGAAGGTGGAGCCCTCAGGCATCACATGTGGAGACCCCCCTGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTTCTGCTCCCAT         GAGAATCCCTACCTATGCAGCAACGAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTTCTGCTCCCATGTA...CAGGAGAATCCCTACCTATGCAGCAACGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTGACGCCTCCAACCCGGACCTGGCCCACCCGCCCAGGCTCATGTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131163 GTGACGCCTCCAACCCGGACCTGGCCCACCCGCCCAGGCTCATGTTCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGAGGAGGAGGGCCTGGCCACCTACTGGCAGAGCATCACCTGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131213 AAGGAGGAGGAGGGCCTGGCCACCTACTGGCAGAGCATCACCTGGAGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTACCCCAGCCCGCTGGAAGCCAACATCACCCTTTCGTGGAACAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131263 CTACCCCAGCCCGCTGGAAGCCAACATCACCCTTTCGTGGAACAAGACCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGAGCTGACCGACGACGTGGTGATGACCTTCGAGTACGGCCGGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131313 TGGAGCTGACCGACGACGTGGTGATGACCTTCGAGTACGGCCGGCCCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTCATGGTCCTGGAGAAGTCCCTGGACAACGGGCGCACCTGGCAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131363 GTCATGGTCCTGGAGAAGTCCCTGGACAACGGGCGCACCTGGCAGCCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGTTCTACGCCGAGGACTGCATGGAGGCCTTCGGTATGTCCGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131413 CCAGTTCTACGCCGAGGACTGCATGGAGGCCTTCGGTATGTCCGCCCGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGCCCGCGACATGTCATCCTCCAGCGCGCACCGCGTGCTCTGCACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131463 GGGCCCGCGACATGTCATCCTCCAGCGCGCACCGCGTGCTCTGCACCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGTACTCGCGCTGGGCAGGCTCCAAGAAGGAGAAGCACGTGCGCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131513 GAGTACTCGCGCTGGGCAGGCTCCAAGAAGGAGAAGCACGTGCGCTTCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGCGGGACCGCTTCGCCATCTTTGCCGGCCCCGACCTGCGCAACATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131563 GGTGCGGGACCGCTTCGCCATCTTTGCCGGCCCCGACCTGCGCAACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACAACCTCTACACGCGGCTGGAGAGCGCCAAGGGCCTCAAGGAGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131613 ACAACCTCTACACGCGGCTGGAGAGCGCCAAGGGCCTCAAGGAGTTCTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCCTCACCGACCTGCGCATGCGGCTGCTGCGCCCGGCGCTGGGCGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131663 ACCCTCACCGACCTGCGCATGCGGCTGCTGCGCCCGGCGCTGGGCGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTATGTGCAGCGGGAGAACCTCTACAAGTACTTCTACGCCATCTCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131713 CTATGTGCAGCGGGAGAACCTCTACAAGTACTTCTACGCCATCTCCAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCGAGGTCATCGGCAG         GTGCAAGTGCAACCTGCATGCCAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||| ||||||
 131763 TCGAGGTCATCGGCAGGTA...CAGGTGCAAGTGCAACCTGCACGCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGTGCTCCATGCGCGAGGGCAGCCTGCAGTGCGAGTGCGAGCACAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160043 CTGTGCTCCATGCGCGAGGGCAGCCTGCAGTGCGAGTGCGAGCACAACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CACCGGCCCCGACTGCGGCAAGTGCAAGAAGAATTTCCGCACCCGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160093 CACCGGCCCCGACTGCGGCAAGTGCAAGAAGAATTTCCGCACCCGGTCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGCGGGCCGGCTCCTACCTGCCGCTGCCCCATGGCTCTCCCAACGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160143 GGCGGGCCGGCTCCTACCTGCCGCTGCCCCATGGCTCTCCCAACGCCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCCGCTGC AGGTTCCTTTGGCA          ACTGCGAATGCTACGGT
         |-|-|||-| |  ||   | ||->>>...>>>|||||||||||||||||
 160193 AC G TGCCATGCCCCGGGGCCACGAG...CAGACTGCGAATGCTACGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1072 CACTCCAACCGCTGCAGCTACATTGACTTCCTGAATGTGGTGACCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172290 CACTCCAACCGCTGCAGCTACATTGACTTCCTGAATGTGGTGACCTGCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1122 CAGCTGCAAGCACAACACGCGAGGTCAGCACTGCCAGCACTGCCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172340 CAGCTGCAAGCACAACACGCGAGGTCAGCACTGCCAGCACTGCCGGCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1172 GCTACTACCGCAACGGCTCGGCAGAGCTGGATGATGAGAACGTCTGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172390 GCTACTACCGCAACGGCTCGGCAGAGCTGGATGATGAGAACGTCTGCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1222 G         AGTGTAACTGCAACCAGATAGGCTCCGTGCACGACCGGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172440 GGTG...CAGAGTGTAACTGCAACCAGATAGGCTCCGTGCACGACCGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1263 CAACGAGACCGGCTTCTGCGAGTGCCGCGAGGGCGCGGCGGGCCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174119 CAACGAGACCGGCTTCTGCGAGTGCCGCGAGGGCGCGGCGGGCCCCAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313 GCGACGACTGCCTCCCCACGCACTACTGGCGCCAGGGCTGCTACC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 174169 GCGACGACTGCCTCCCCACGCACTACTGGCGCCAGGGCTGCTACCGTG..

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1358     CCAACGTGTGCGACGACGACCAGCTGCTGTGCCAGAACGGAGGCAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174219 .CAGCCAACGTGTGCGACGACGACCAGCTGCTGTGCCAGAACGGAGGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1404 CTGCCTGCAGAACCAGCGCTGCGCCTGCCCGCGCGGCTACACCGGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175091 CTGCCTGCAGAACCAGCGCTGCGCCTGCCCGCGCGGCTACACCGGCGTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1454 GCTGCGAGCAGCCCCGCTGCGACCCCGCCGACGATGACGGCGGTCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175141 GCTGCGAGCAGCCCCGCTGCGACCCCGCCGACGATGACGGCGGTCTGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1504 TGCGACCGCGCGCCCGGGGCCGCCCCGCGCCCCGCCACCCTGCTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175191 TGCGACCGCGCGCCCGGGGCCGCCCCGCGCCCCGCCACCCTGCTCGGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1554 CCTGCTGCTGCTGGGGCTGGCCGCCCGCCTGGGCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175241 CCTGCTGCTGCTGGGGCTGGCCGCCCGCCTGGGCCGC