seq1 = pF1KSDA1848.tfa, 1212 bp
seq2 = pF1KSDA1848/gi568815589r_128908687.tfa (gi568815589r:128908687_129128154), 219468 bp

>pF1KSDA1848 1212
>gi568815589r:128908687_129128154 (Chr9)

(complement)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-205  (105732-105873)   100% ->
206-334  (106936-107064)   100% ->
335-468  (113251-113384)   100% ->
469-573  (113652-113750)   94% ->
574-636  (115857-115919)   100% ->
637-660  (117462-117485)   100% ->
661-750  (117946-118035)   100% ->
751-864  (118284-118395)   94% ->
865-1107  (118809-119049)   99% ->
1108-1212  (119364-119468)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTTCAACATGAAGAAGCTGGCGTCGGACGCGGGCATCTTCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTTCAACATGAAGAAGCTGGCGTCGGACGCGGGCATCTTCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGCGGTGCAG         TTCACGGAGGAGAAATTTGGCCAGGCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGCGGTGCAGGTG...TAGTTCACGGAGGAGAAATTTGGCCAGGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGACTGAGCTTGATGCCCACTTTGAAAACCTTCTGGCCCGGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105760 AGAAGACTGAGCTTGATGCCCACTTTGAAAACCTTCTGGCCCGGGCAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCACCAAGAACTGGACAGAGAAGATCTTGAGGCAGACAGAGGTGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105810 AGCACCAAGAACTGGACAGAGAAGATCTTGAGGCAGACAGAGGTGCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGCCCAACCCCA         GTGCCCGAGTGGAGGAGTTCCTGTATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 105860 GCAGCCCAACCCCAGTG...CAGGTGCCCGAGTGGAGGAGTTCCTGTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAAGCTGGACAGGAAGGTCCCCTCAAGGGTCACCAACGGGGAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106963 AGAAGCTGGACAGGAAGGTCCCCTCAAGGGTCACCAACGGGGAGCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCAGTACATGGCAGACGCGGCCAGTGAGCTGGGGCCGACCACCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107013 GCTCAGTACATGGCAGACGCGGCCAGTGAGCTGGGGCCGACCACCCCCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TG         GGAAGACACTGATCAAGGTGGCAGAAGCTGAAAAGCAAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107063 TGGTG...CAGGGAAGACACTGATCAAGGTGGCAGAAGCTGAAAAGCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGAGCCGCGGAGAGGGATTTTATCCACACGGCCTCCATCAGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113290 TGGGAGCCGCGGAGAGGGATTTTATCCACACGGCCTCCATCAGCTTCCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACACCCTTGCGCAACTTCCTGGAGGGGGACTGGAAGACCATCTCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113340 ACACCCTTGCGCAACTTCCTGGAGGGGGACTGGAAGACCATCTCGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     AAGGAGAGGCGGCTCCTCCAAAACCGGCGTCTGGACTTGGATGCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113390 .TAGAAGGAGAGGCGGCTCCTCCAAAACCGGCGTCTGGACTTGGATGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCAAAGCGAGGCTGAAGAAGGCCAAGGCTGCAGAAGCCAAAGCCACGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||
 113698 GCAAAGCGAGGCTGAAGAAGGCCAAGGCTGCAGAAGCCAAAGCCACG GT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGGAGAT         ACGGTGCCTGACTTTCAGGAGACTAGACCTCG
        -|||----|>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113747  AGG    TGTC...CAGACGGTGCCTGACTTTCAGGAGACTAGACCTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAATTACATTCTCTCGGCCAGCGCCTCCGCG         CTCTGGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115889 TAATTACATTCTCTCGGCCAGCGCCTCCGCGGTA...CAGCTCTGGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATGAAGTGGACAAG         GCCGAGCAGGAGCTCCGCGTGGCCCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117472 ATGAAGTGGACAAGGTA...CAGGCCGAGCAGGAGCTCCGCGTGGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ACAGAGTTTGACCGGCAAGCAGAAGTGACCCGTCTCTTGCTGGAGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117973 ACAGAGTTTGACCGGCAAGCAGAAGTGACCCGTCTCTTGCTGGAGGGAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAGTAGCACTCAC         GTGAACCACCTGCGCTGCCTCCACGAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 118023 CAGTAGCACTCACGTG...CAGGTGAACCACCTGCGCTGCCTCCACGAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TCGTCAAGTCTCAGACAACCTACTACGCACAGTGCTACCGCCACATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118312 TCGTCAAGTCTCAGACAACCTACTACGCACAGTGCTACCGCCACATGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACTTGCAGAAGCAGCTGGGCAGCTCCCAGGGTGCC          ATAT
        ||||||||||||||||||||||| | |--|||-|||->>>...>>>--||
 118362 GACTTGCAGAAGCAGCTGGGCAGGTGC  GGG GCCAGCA...CAG  AT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 TTCCCGGCACCTTCGTGGGCACCACAGAGCCCGCCTCCCCACCCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118811 TTCCCGGCACCTTCGTGGGCACCACAGAGCCCGCCTCCCCACCCCTGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    919 AGCACCTCACCCACCACTGCTGCGGCCACTATGCCTGTGGTGCCCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118861 AGCACCTCACCCACCACTGCTGCGGCCACTATGCCTGTGGTGCCCTCTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    969 GGCCAGCCTGGCCCCTCCGGGGGAGGCCTCGCTCTGCCTGGAAGAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118911 GGCCAGCCTGGCCCCTCCGGGGGAGGCCTCGCTCTGCCTGGAAGAGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1019 CCCCCCCTGCCAGTGGGACCCGCAAAGCTCGGGTGCTCTATGACTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118961 CCCCCCCTGCCAGTGGGACCCGCAAAGCTCGGGTGCTCTATGACTACGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1069 GCAGCCGACAGCAGTGAGCTGGCCCTGCTGGCTGATGAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119011 GCAGCCGACAGCAGTGAGCTGGCCCTGCTGGCTGATGAGGTG...CAGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1110 CATCACTGTCTACAGCCTGCCTGGCATGGACCCTGACTGGCTCATTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119366 CATCACTGTCTACAGCCTGCCTGGCATGGACCCTGACTGGCTCATTGGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1160 AGAGAGGCAACAAGAAGGGCAAGGTCCCTGTCACCTACTTGGAACTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119416 AGAGAGGCAACAAGAAGGGCAAGGTCCCTGTCACCTACTTGGAACTGCTC

   1300 
   1210 AGC
        |||
 119466 AGC