seq1 = pF1KSDA1835.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KSDA1835/gi568815576r_41146606.tfa (gi568815576r:41146606_41381044), 234439 bp

>pF1KSDA1835 1761
>gi568815576r:41146606_41381044 (Chr22)

(complement)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-240  (106318-106445)   100% ->
241-300  (112889-112948)   100% ->
301-480  (116202-116381)   100% ->
481-615  (119465-119599)   100% ->
616-774  (122939-123097)   100% ->
775-888  (124221-124334)   99% ->
889-988  (124755-124854)   100% ->
989-1073  (124940-125024)   100% ->
1074-1260  (126551-126737)   100% ->
1261-1380  (128054-128173)   100% ->
1381-1483  (129936-130038)   100% ->
1484-1572  (131228-131316)   98% ->
1573-1694  (131594-131715)   100% ->
1695-1761  (134373-134439)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGGAAGACATTGCCAAGCTGGCAGAGACACTTGCCAAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGGAAGACATTGCCAAGCTGGCAGAGACACTTGCCAAGACTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGCCGGGGGACAGCTGAGTTTCAAAGGCAAGAGCCTCAAACTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGCCGGGGGACAGCTGAGTTTCAAAGGCAAGAGCCTCAAACTCAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCAGAAGATG         CTAAAGATGTGATTAAAGAGATTGAAGAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCAGAAGATGGTG...CAGCTAAAGATGTGATTAAAGAGATTGAAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGACAGCTTGGAGGCTCTGCGTCTGGAAGGCAACACAGTGGGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106347 TTTGACAGCTTGGAGGCTCTGCGTCTGGAAGGCAACACAGTGGGCGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCAGCCAGGGTCATCGCCAAGGCCTTAGAGAAGAAGTCGGAGTTGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106397 AGCAGCCAGGGTCATCGCCAAGGCCTTAGAGAAGAAGTCGGAGTTGAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         CGCTGCCACTGGAGTGACATGTTCACGGGAAGGCTGCGGACC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106447 TG...CAGCGCTGCCACTGGAGTGACATGTTCACGGGAAGGCTGCGGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGATCCCACCAGCCCTG         ATCTCACTAGGGGAAGGACTCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112931 GAGATCCCACCAGCCCTGGTA...CAGATCTCACTAGGGGAAGGACTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACAGCTGGGGCTCAGCTGGTGGAGCTGGACTTAAGCGACAACGCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116225 CACAGCTGGGGCTCAGCTGGTGGAGCTGGACTTAAGCGACAACGCATTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCCCGACGGTGTGCAAGGCTTCGAGGCCCTGCTCAAGAGCTCAGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116275 GGCCCGACGGTGTGCAAGGCTTCGAGGCCCTGCTCAAGAGCTCAGCCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCACCCTGCAGGAACTCAAGCTCAACAACTGTGGCATGGGCATTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116325 TTCACCCTGCAGGAACTCAAGCTCAACAACTGTGGCATGGGCATTGGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGGCAAG         ATCCTGGCTGCAGCTCTGACCGAATGTCACCGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116375 CGGCAAGGTG...CAGATCCTGGCTGCAGCTCTGACCGAATGTCACCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AATCCAGTGCCCAAGGCAAGCCTCTGGCCCTGAAGGTCTTTGTGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119499 AATCCAGTGCCCAAGGCAAGCCTCTGGCCCTGAAGGTCTTTGTGGCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAAACCGTCTGGAGAATGATGGCGCCACTGCCTTGGCAGAAGCTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119549 AGAAACCGTCTGGAGAATGATGGCGCCACTGCCTTGGCAGAAGCTTTTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         GTCATCGGGACCCTGGAGGAGGTCCACATGCCACAGAATG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119599 GGTG...CAGGTCATCGGGACCCTGGAGGAGGTCCACATGCCACAGAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGATCAACCACCCTGGCATCACTGCCCTGGCCCAGGCTTTCGCTGTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122979 GGATCAACCACCCTGGCATCACTGCCCTGGCCCAGGCTTTCGCTGTCAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCCTGCTGCGGGTCATCAACCTGAATGACAACACCTTCACTGAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123029 CCCCTGCTGCGGGTCATCAACCTGAATGACAACACCTTCACTGAGAAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGCCGTGGCCATGGCCGAG         ACCTTGAAGACCTTGCGGCAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123079 CGCCGTGGCCATGGCCGAGGTG...CAGACCTTGAAGACCTTGCGGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGAGGTGATTAATTTTGGGGACTGCCTGGTGCGCTCCAAGGGTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124243 TGGAGGTGATTAATTTTGGGGACTGCCTGGTGCGCTCCAAGGGTGCAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCCATTGCAGATGCCATCCGCGGTGGCCTGCCCAAGCTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||>>>...>>
 124293 GCCATTGCAGATGCCATCCGCGGCGGCCTGCCCAAGCTAAAGGTG...CA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    889  GAGCTGAACTTGTCATTCTGTGAAATCAAGAGGGATGCTGCCCTGGCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124754 GGAGCTGAACTTGTCATTCTGTGAAATCAAGAGGGATGCTGCCCTGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTGCTGAGGCCATGGCAGACAAAGCTGAGCTGGAGAAGCTGGACCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124804 TTGCTGAGGCCATGGCAGACAAAGCTGAGCTGGAGAAGCTGGACCTGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 G         GCAACACCCTGGGAGAAGAAGGCTGTGAACAGCTTCAGGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124854 GGTA...CAGGCAACACCCTGGGAGAAGAAGGCTGTGAACAGCTTCAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTGCTGGAGGGCTTCAACATGGCCAAGGTGCTGGCGTCCCTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 124980 GGTGCTGGAGGGCTTCAACATGGCCAAGGTGCTGGCGTCCCTCAGGTA..

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074     TGATGACGAGGACGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGAAGAGGAAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125030 .CAGTGATGACGAGGACGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGAAGAGGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAGGAAGCAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGATGAGGAAGAGGAGGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126597 GAGGAAGCAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGATGAGGAAGAGGAGGAAGAAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAGCCTCAGCAGCGAGGGCAGGGAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126647 GGAGGAGGAGGAGGAAGAAGAGCCTCAGCAGCGAGGGCAGGGAGAGAAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGCCACGCCCTCACGGAAGATTCTGGACCCTAACACTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126697 CAGCCACGCCCTCACGGAAGATTCTGGACCCTAACACTGGGGTG...CAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGCCAGCTCCCGTGCTGTCCTCCCCACCTCCTGCAGACGTCTCCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128054 GAGCCAGCTCCCGTGCTGTCCTCCCCACCTCCTGCAGACGTCTCCACCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTGGCTTTTCCCTCTCCAGAGAAGCTGCTGCGCCTAGGGCCCAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128104 CCTGGCTTTTCCCTCTCCAGAGAAGCTGCTGCGCCTAGGGCCCAAGAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CCGTGCTGATAGCCCAGCAG         ACTGACACGTCTGACCCCGAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128154 CCGTGCTGATAGCCCAGCAGGTA...CAGACTGACACGTCTGACCCCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 AAGGTGGTCTCTGCCTTCCTAAAGGTGTCATCTGTGTTCAAGGACGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129957 AAGGTGGTCTCTGCCTTCCTAAAGGTGTCATCTGTGTTCAAGGACGAAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TACTGTGAGGATGGCAGTGCAGGATGCAGTAG         ATGCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 130007 TACTGTGAGGATGGCAGTGCAGGATGCAGTAGGTA...CAGATGCCCTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGCAGAAGGCTTTCAACTCCTCGTCCTTCAACTCCAACACCTTCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131237 TGCAGAAGGCTTTCAACTCCTCGTCCTTCAACTCCAACACCTTCCTCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AGGCTCCTCGTGCACATGGGTCTGCTCAAG         AGTGAAGACAA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 131287 AGGCTGCTCGTGCACATGGGTCTGCTCAAGGTG...CAGAGTGAAGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGTCAAGGCCATTGCCAACCTGTACGGCCCCCTGATGGCGCTGAACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131605 GGTCAAGGCCATTGCCAACCTGTACGGCCCCCTGATGGCGCTGAACCACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGGTGCAGCAGGACTATTTCCCCAAGGCCCTTGCACCCCTGCTGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131655 TGGTGCAGCAGGACTATTTCCCCAAGGCCCTTGCACCCCTGCTGCTGGCG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TTCGTGACCAA         GCCCAACAGCGCCCTGGAATCCTGCTCCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 131705 TTCGTGACCAAGTG...CAGGCCCAACAGCGCCCTGGAATCCTGCTCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1725 CGCCCGCCACAGTCTGCTGCAGACGCTGTACAAGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134403 CGCCCGCCACAGTCTGCTGCAGACGCTGTACAAGGTC