seq1 = pF1KSDA1830.tfa, 1362 bp
seq2 = pF1KSDA1830/gi568815580r_68576936.tfa (gi568815580r:68576936_68814981), 238046 bp

>pF1KSDA1830 1362
>gi568815580r:68576936_68814981 (Chr18)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-101  (101082-101136)   100% ->
102-141  (103579-103618)   100% ->
142-265  (104838-104961)   100% ->
266-311  (113192-113237)   100% ->
312-392  (114497-114577)   100% ->
393-492  (116951-117050)   100% ->
493-570  (117679-117756)   100% ->
571-637  (123621-123687)   100% ->
638-736  (127217-127315)   100% ->
737-794  (130497-130554)   100% ->
795-848  (130739-130792)   100% ->
849-905  (132001-132057)   100% ->
906-1035  (133872-134001)   100% ->
1036-1104  (135451-135519)   100% ->
1105-1362  (137789-138046)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCGTGGAAGAGTTGGACGGCCCTGCGGCTCTGCGCCACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGGCAGCGTGGAAGAGTTGGACGGCCCTGCGGCTCTGCGCCACAGGTA.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      TTGTTGTACTTGATATGGTCGTCTGTAAAGGATTTGTAGAAGATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..CAGTTGTTGTACTTGATATGGTCGTCTGTAAAGGATTTGTAGAAGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGATGAATC         GTTTAAAGAAAATCGAAATGATGACATTTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101127 TAGATGAATCGTG...TAGGTTTAAAGAAAATCGAAATGATGACATTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTTGTAGAT         TTTTATGCGCCATGGTGTGGCCATTGTAAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103610 CTTGTAGATGTA...AAGTTTTATGCGCCATGGTGTGGCCATTGTAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 GCTGGAACCAATTTGGAATGAAGTTGGTCTTGAGATGAAAAGCATTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104870 GCTGGAACCAATTTGGAATGAAGTTGGTCTTGAGATGAAAAGCATTGGTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTCCAGTTAAGGTTGGAAAGATGGATGCTACTTCCTATTCTA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104920 CTCCAGTTAAGGTTGGAAAGATGGATGCTACTTCCTATTCTAGTA...AA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    266  GCATTGCTTCAGAGTTTGGAGTTCGAGGTTATCCAACAATTAAGCT   
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113191 GGCATTGCTTCAGAGTTTGGAGTTCGAGGTTATCCAACAATTAAGCTGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    312       ATTAAAAGGGGACTTGGCATATAATTATAGAGGACCACGAACAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113241 ...AAGATTAAAAGGGGACTTGGCATATAATTATAGAGGACCACGAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AAGATGATATTATTGAGTTTGCTCACAGAGTATCTGG         GGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114541 AAGATGATATTATTGAGTTTGCTCACAGAGTATCTGGGTA...CAGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 CTAATTCGGCCACTTCCAAGTCAACAAATGTTTGAACATATGCAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116955 CTAATTCGGCCACTTCCAAGTCAACAAATGTTTGAACATATGCAGAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 ACACCGTGTATTTTTCGTTTATGTAGGTGGAGAATCACCTTTGAAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 117005 ACACCGTGTATTTTTCGTTTATGTAGGTGGAGAATCACCTTTGAAAGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    493      GAGAAATACATAGATGCTGCTTCAGAATTGATTGTATATACATAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117055 ..TAGGAGAAATACATAGATGCTGCTTCAGAATTGATTGTATATACATAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 TTCTTTTCTGCCTCAGAAGAAGTGGTTCCTGAG         TATGTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117724 TTCTTTTCTGCCTCAGAAGAAGTGGTTCCTGAGGTA...CAGTATGTGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579 ACTAAAAGAGATGCCAGCTGTGCTTGTTTTCAAAGATGAAACTTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123629 ACTAAAAGAGATGCCAGCTGTGCTTGTTTTCAAAGATGAAACTTACTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 TTTATGATG         AGTATGAAGATGGTGATCTGTCATCATGGATC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 123679 TTTATGATGGTA...AAGAGTATGAAGATGGTGATCTGTCATCATGGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    670 AACAGGGAAAGGTTTCAGAATTACCTTGCTATGGATGGCTTCCTCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127249 AACAGGGAAAGGTTTCAGAATTACCTTGCTATGGATGGCTTCCTCTTGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TGAACTTGGAGACACAG         GAAAGCTTGTGGCTCTTGCAGTTA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 127299 TGAACTTGGAGACACAGGTA...CAGGAAAGCTTGTGGCTCTTGCAGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    761 TTGATGAGAAAAATACATCAGTTGAACATACCAG         ATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 130521 TTGATGAGAAAAATACATCAGTTGAACATACCAGGTA...CAGATTGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802 TCAATTATTCAGGAAGTTGCAAGAGATTACAGAGACCTCTTCCATAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 130746 TCAATTATTCAGGAAGTTGCAAGAGATTACAGAGACCTCTTCCATAGGTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849       GGATTTTCAGTTTGGCCACATGGATGGAAATGACTACATAAATA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130796 ...TAGGGATTTTCAGTTTGGCCACATGGATGGAAATGACTACATAAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    893 CCTTGCTGATGGA         TGAATTGACAGTCCCAACTGTAGTTGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132045 CCTTGCTGATGGAGTA...CAGTGAATTGACAGTCCCAACTGTAGTTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    934 CTGAATACTTCAAACCAGCAATATTTCTTGCTAGATAGACAGATTAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133900 CTGAATACTTCAAACCAGCAATATTTCTTGCTAGATAGACAGATTAAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    984 TGTTGAAGACATGGTCCAGTTTATTAATAACATTTTGGATGGCACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133950 TGTTGAAGACATGGTCCAGTTTATTAATAACATTTTGGATGGCACAGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1034 AA         GCCCAAGGAGGTGATAGCATTTTGCAGAGATTGAAAAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134000 AAGTA...AAGGCCCAAGGAGGTGATAGCATTTTGCAGAGATTGAAAAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1075 ATAGTATTTGATGCCAAATCTACTATTGTG         TCTATATTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 135490 ATAGTATTTGATGCCAAATCTACTATTGTGGTA...CAGTCTATATTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 GAGCTCACCACTGATGGGCTGCTTTCTCTTTGGCCTGCCACTGGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137800 GAGCTCACCACTGATGGGCTGCTTTCTCTTTGGCCTGCCACTGGGTGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 TCAGTATCATGTGCTATGGAATCTACACAGCCGACACAGATGGAGGTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137850 TCAGTATCATGTGCTATGGAATCTACACAGCCGACACAGATGGAGGTTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1216 ATAGAAGAACGATATGAAGTGTCTAAAAGTGAAAATGAAAACCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137900 ATAGAAGAACGATATGAAGTGTCTAAAAGTGAAAATGAAAACCAAGAACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1266 GATAGAAGAGAGCAAAGAACAGCAGGAGCCCAGCAGTGGAGGATCTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137950 GATAGAAGAGAGCAAAGAACAGCAGGAGCCCAGCAGTGGAGGATCTGTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1316 TGCCTACAGTGCAGGAGCCCAAGGATGTATTAGAAAAGAAGAAAGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138000 TGCCTACAGTGCAGGAGCCCAAGGATGTATTAGAAAAGAAGAAAGAT