seq1 = pF1KSDA1823.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KSDA1823/gi568815575f_134277618.tfa (gi568815575f:134277618_134525327), 247710 bp

>pF1KSDA1823 1095
>gi568815575f:134277618_134525327 (ChrX)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-240  (100388-100489)   100% ->
241-374  (115884-116017)   100% ->
375-418  (116292-116335)   100% ->
419-585  (135874-136040)   100% ->
586-729  (136206-136349)   100% ->
730-834  (137399-137503)   100% ->
835-968  (139552-139685)   100% ->
969-1095  (147584-147710)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAGCTCAGTTGAACAGAAAAAAGGGCCTACAAGACAGCGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAGCTCAGTTGAACAGAAAAAAGGGCCTACAAGACAGCGCAAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCTTTTGTAAGTCAAATAGAGACAAGGAATGTGGACAGTTACTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGCTTTTGTAAGTCAAATAGAGACAAGGAATGTGGACAGTTACTAATAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAAAACCAGAAGGTGGCAGCGCACCATAAGTGCATG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CTGAAAACCAGAAGGTGGCAGCGCACCATAAGTGCATGGTA...TAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTCATCTGCTTTGGTATCATCACACTCTGATAATGAAAGTCTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100391 TTTTCATCTGCTTTGGTATCATCACACTCTGATAATGAAAGTCTTGGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTTTCTATTGAAGATGTCCAAAAGGAAATTAAAAGAGGCACGAAGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100441 ATTTTCTATTGAAGATGTCCAAAAGGAAATTAAAAGAGGCACGAAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         ATGTGTTCTTTGTGCCATTGTCCTGGAGCAACAATTGGTTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100491 TA...TAGATGTGTTCTTTGTGCCATTGTCCTGGAGCAACAATTGGTTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGTGAAAACATGTCACAGGACATACCACTACCACTGTGCATTGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115926 GATGTGAAAACATGTCACAGGACATACCACTACCACTGTGCATTGCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAAAGCTCAAATACGAGAGAAACCTTCACAAGGAATTTACAT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 115976 TAAAGCTCAAATACGAGAGAAACCTTCACAAGGAATTTACATGTA...TA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  GGTCTATTGCCGAAAACACAAGAAAACTGCACATAACTCCGAAG     
        >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116291 GGGTCTATTGCCGAAAACACAAGAAAACTGCACATAACTCCGAAGGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     CTGATTTAGAAGAAAGTTTTAATGAACATGAACTGGAGCCCTCATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116341 .CAGCTGATTTAGAAGAAAGTTTTAATGAACATGAACTGGAGCCCTCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACCTAAAAGTAAAAAGAAAAGTCGCAAAGGAAGGCCAAGAAAAACTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135920 ACCTAAAAGTAAAAAGAAAAGTCGCAAAGGAAGGCCAAGAAAAACTAATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTAAAGGGCTGTCAGAAGATACCAGGTCCACATCCTCCCATGGAACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135970 TTAAAGGGCTGTCAGAAGATACCAGGTCCACATCCTCCCATGGAACAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAATGGAAAGTAGTTCCTAT         AGAGATAGGTCTCCACACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 136020 GAAATGGAAAGTAGTTCCTATGTA...CAGAGAGATAGGTCTCCACACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAGCAGCCCTAGTGACACCAGGCCTAAATGTGGATTTTGCCATGTAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136226 AAGCAGCCCTAGTGACACCAGGCCTAAATGTGGATTTTGCCATGTAGGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGAAGAAAATGAAGCACGAGGAAAACTGCATATATTTAATGCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136276 AGGAAGAAAATGAAGCACGAGGAAAACTGCATATATTTAATGCCAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAGCTGCCCATTATAAGTGCATG         TTGTTTTCTTCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 136326 GCAGCTGCCCATTATAAGTGCATGGTA...TAGTTGTTTTCTTCTGGCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTCCAGCTCACAACAACATCAAGAGCAGAATTTGGAGACTTTGATATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137416 AGTCCAGCTCACAACAACATCAAGAGCAGAATTTGGAGACTTTGATATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACTGTACTTCAGGAGATTAAACGAGGAAAAAGAATG         AAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 137466 AAACTGTACTTCAGGAGATTAAACGAGGAAAAAGAATGGTC...CAGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTACACTTTGCAGTCAGCCTGGTGCTACTATTGGATGTGAAATAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139555 TGTACACTTTGCAGTCAGCCTGGTGCTACTATTGGATGTGAAATAAAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGTGTTAAGACTTACCATTACCACTGTGGAGTACAAGACAAAGCTAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139605 CTGTGTTAAGACTTACCATTACCACTGTGGAGTACAAGACAAAGCTAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATTGAAAATATGTCACGAGGAATTTACAA         ACTATACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 139655 ACATTGAAAATATGTCACGAGGAATTTACAAGTA...TAGACTATACTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAAATCATAGTGGAAATGATGAGAGAGATGAAGAAGATGAGGAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147594 AAAAATCATAGTGGAAATGATGAGAGAGATGAAGAAGATGAGGAACGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGTAAAAGCCGAGGAAAAGTAGAAATTGATCAGCAACAACTAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147644 GAGTAAAAGCCGAGGAAAAGTAGAAATTGATCAGCAACAACTAACTCAGC

   1150     .    :    .
   1079 AGCAACTTAATGGAAAC
        |||||||||||||||||
 147694 AGCAACTTAATGGAAAC