seq1 = pF1KSDA1817.tfa, 2598 bp
seq2 = pF1KSDA1817/gi568815575f_107500773.tfa (gi568815575f:107500773_107703370), 202598 bp

>pF1KSDA1817 2598
>gi568815575f:107500773_107703370 (ChrX)

1-2598  (100001-102598)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACTGAGGGCAGCCACATCATCCCTCAGTGAAGAGCAGGTCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCACTGAGGGCAGCCACATCATCCCTCAGTGAAGAGCAGGTCTCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGAGGGACAACCTGCCCAAGGAGGTCAGGTTGAGCCCCAAGCTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGAGGGACAACCTGCCCAAGGAGGTCAGGTTGAGCCCCAAGCTTATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGACCCAAAGAGCAGTGTGACCCCTGCCATCATCTCGGCCGCCCTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGACCCAAAGAGCAGTGTGACCCCTGCCATCATCTCGGCCGCCCTACAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGTGGTTCACAATAAGAGTCTAGTCACTGCTGGTGGGGCTTTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGTGGTTCACAATAAGAGTCTAGTCACTGCTGGTGGGGCTTTGGGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCCCCCAGCAGGGGTGAGAGAAGGCTGGAGGCCAGCATGGGGAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCCCCCAGCAGGGGTGAGAGAAGGCTGGAGGCCAGCATGGGGAGGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGTTAGCATGATGAGCAGCAGTGCCAGTAAGAATCTGAAGTTCAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGTTAGCATGATGAGCAGCAGTGCCAGTAAGAATCTGAAGTTCAAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCCCAGTGCTCCAGAGACCTCATGGAATTCTCAACATCAGCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCCCAGTGCTCCAGAGACCTCATGGAATTCTCAACATCAGCTGGGTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAGGTCTCTTCCAGCCCCAGAGCACCCACAGGCAGCCGGGCTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGAGGTCTCTTCCAGCCCCAGAGCACCCACAGGCAGCCGGGCTGACAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCACCTCTCCCAACAAGAGGACAGTCTGCCTGTTCAAAATTTCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCACCTCTCCCAACAAGAGGACAGTCTGCCTGTTCAAAATTTCCCTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AAAAGCTATCTTTTGCGAACAAGCCGAGAGTCAGTGGGCAAGCAAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AAAAGCTATCTTTTGCGAACAAGCCGAGAGTCAGTGGGCAAGCAAGCTAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGGGAGGTGGCAGGCAAAGGCGGGCCAGTGGGTGGTAAGCCCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGGGAGGTGGCAGGCAAAGGCGGGCCAGTGGGTGGTAAGCCCACCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAAGCAGGGCACCATCTCCAGCCAAGGGGAGAAGGCGCAGCTGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAAGCAGGGCACCATCTCCAGCCAAGGGGAGAAGGCGCAGCTGGAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACACCCAAAAGAAGCAAGCTCGAAGAGACCAGCCTGGTTCCCCGAGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACACCCAAAAGAAGCAAGCTCGAAGAGACCAGCCTGGTTCCCCGAGCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACCCCATGGCTCTGCAGAGCCCCAGCTGCCAGTCAAGAAGCCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACCCCATGGCTCTGCAGAGCCCCAGCTGCCAGTCAAGAAGCCACAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAGCTGCCAGCCTCATGGCCACAGCCCCAGCAGCCAGTCTCGAGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAGCTGCCAGCCTCATGGCCACAGCCCCAGCAGCCAGTCTCGAGGTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGCCCCAGCTGCCAACCTCGAGGCCAGAGCCCACTGAGGTCTCAGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGCCCCAGCTGCCAACCTCGAGGCCAGAGCCCACTGAGGTCTCAGGCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAGCCGGCAGGTGAGCACCATGCCCTCTAGGAAGCTTGAAACAACTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAGCCGGCAGGTGAGCACCATGCCCTCTAGGAAGCTTGAAACAACTCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGGAGCCCACTCGACCTCTGAAGGCCCTGCCAAACCCAAGTCATCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ATGGAGCCCACTCGACCTCTGAAGGCCCTGCCAAACCCAAGTCATCCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGTCCTTTCCGGCTACGCAATTTATTCTCTGCCACCTTCCCAACCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGTCCTTTCCGGCTACGCAATTTATTCTCTGCCACCTTCCCAACCCGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GAAGAAGGAGACAGATGAGCGGCAGGCCCAACTGCAGAAGGTAAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GAAGAAGGAGACAGATGAGCGGCAGGCCCAACTGCAGAAGGTAAAGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ATGAACTGGAGTTCCTTGAGGAACTTCTAAAGCCACCAAGCCAGGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ATGAACTGGAGTTCCTTGAGGAACTTCTAAAGCCACCAAGCCAGGGGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGCCAGGCACCGAGTACCTGCAACCTCCAGCACCTGGCCGCTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGCCAGGCACCGAGTACCTGCAACCTCCAGCACCTGGCCGCTGCAGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCAGCTCCGCAGCAGCCCTGTGCAGCAGGGGCCTGGCATGTCCCGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCAGCTCCGCAGCAGCCCTGTGCAGCAGGGGCCTGGCATGTCCCGTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGAGGCGCAGCTGTGACTGCAAGCGCATCTGCCGGGGGGGCCGGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGAGGCGCAGCTGTGACTGCAAGCGCATCTGCCGGGGGGGCCGGCCACAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCCACCCAGACACCAGTGCCCAGCCTCCGGGGGAGGGAAAGGGACAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCCACCCAGACACCAGTGCCCAGCCTCCGGGGGAGGGAAAGGGACAGAGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCTCCCTAGCCAGAGGCAGCCAGAGGCTGGCCCAGGCGTGAGCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCTCCCTAGCCAGAGGCAGCCAGAGGCTGGCCCAGGCGTGAGCCTCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GCCCCATCAATGTCCAGCGCATTCGTTCTACCAGCCTGGAGTCCCGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GCCCCATCAATGTCCAGCGCATTCGTTCTACCAGCCTGGAGTCCCGAGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TGCCGATCGGACCCTGAGAGTGGTGTTTCGTGCCTGACCACGTGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TGCCGATCGGACCCTGAGAGTGGTGTTTCGTGCCTGACCACGTGTGCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GGGGGGCGAGTGTCTGGGAGCTCCCAATTACAGGAAACTGATGCGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GGGGGGCGAGTGTCTGGGAGCTCCCAATTACAGGAAACTGATGCGCCGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACAGTATCAGTGAGCTGGACCAGGGTGACAGGGCCTCGCTGACCTCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACAGTATCAGTGAGCTGGACCAGGGTGACAGGGCCTCGCTGACCTCGGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GTCTACCCACATCCTCCCCTGGGCATGCTGCCCAGGGAGGCCAAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GTCTACCCACATCCTCCCCTGGGCATGCTGCCCAGGGAGGCCAAGGAGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AGAGGCAAGCCTCCCCATAGCCTTGGGTCCCAAAAGCAGGTCTCTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AGAGGCAAGCCTCCCCATAGCCTTGGGTCCCAAAAGCAGGTCTCTGGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 CACCGACGCTGGGAGACCCCTCCTACGTCCAGGTTGCCCCAGAGACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 CACCGACGCTGGGAGACCCCTCCTACGTCCAGGTTGCCCCAGAGACCAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GGCCCCAGACAGATGGCCGTGTTCTCACTGCCCGAGGAGGTGTACCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GGCCCCAGACAGATGGCCGTGTTCTCACTGCCCGAGGAGGTGTACCGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GCCTGCCGAGCTAGACGAGGACAGTGAGAGCAGCAAGTGCTGCTCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GCCTGCCGAGCTAGACGAGGACAGTGAGAGCAGCAAGTGCTGCTCCATCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GCTACTGCTTCTACTACCGCAAGTGTGACATGGCAGATGATGCCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 GCTACTGCTTCTACTACCGCAAGTGTGACATGGCAGATGATGCCAGTGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GGCAAGGATGAGCTCTCCTACTCTATCCCCATGAAGATCCTGCCTGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GGCAAGGATGAGCTCTCCTACTCTATCCCCATGAAGATCCTGCCTGGCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GAAGCTGGACGAGCAGGTGGTGCCTGTGGTGAGCAGGACCCTGCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GAAGCTGGACGAGCAGGTGGTGCCTGTGGTGAGCAGGACCCTGCAGGTGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TGGATGCTGCTACCTGCAGCAGCAGCAGCCCTGAGGCCTCCCGCACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 TGGATGCTGCTACCTGCAGCAGCAGCAGCCCTGAGGCCTCCCGCACTCAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GAGATTGACCTCCGTGTGTCCACCTTCGAGGGGAGCCTGGCCAAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GAGATTGACCTCCGTGTGTCCACCTTCGAGGGGAGCCTGGCCAAGATCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TGCCCTGCGGGCCCATGCCTATGGCCTCCCTGATGGCTTCCTGGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 TGCCCTGCGGGCCCATGCCTATGGCCTCCCTGATGGCTTCCTGGCTGCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GGCTGGACACCAACGAGCTGCTGACAGTCCTGCGGCAGTGTGTGGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GGCTGGACACCAACGAGCTGCTGACAGTCCTGCGGCAGTGTGTGGCCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CCCGAGGCCCGTGCCCCCAAGCCCTATGTGTCTCAGATCTCCGAGTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CCCGAGGCCCGTGCCCCCAAGCCCTATGTGTCTCAGATCTCCGAGTATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GCTTGAGCTAGCTCTCAAGTTCAAGGAGCTCCGGGCCTCCTGCCGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GCTTGAGCTAGCTCTCAAGTTCAAGGAGCTCCGGGCCTCCTGCCGCCGTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 TGGCCAATGTGGACAAGAGCCCAACTCACATGCTGGCAGCCATCACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TGGCCAATGTGGACAAGAGCCCAACTCACATGCTGGCAGCCATCACGGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AGCTTCCAGGTGCTGAGCAGCCTCATTGAGACCTTCGTGCGGCTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AGCTTCCAGGTGCTGAGCAGCCTCATTGAGACCTTCGTGCGGCTGGTGTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CATTGTGCGCTCCGAGGCCCAGCGCCAAGAGCTGCTGGCCAAGGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CATTGTGCGCTCCGAGGCCCAGCGCCAAGAGCTGCTGGCCAAGGTAGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 AGGTGGTGAGGAACTACACCTTCCTGCTGCGTGCAGCTGAGGAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 AGGTGGTGAGGAACTACACCTTCCTGCTGCGTGCAGCTGAGGAGTCCACA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 GCCCGTAACCTTAACCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 GCCCGTAACCTTAACCAGCAGCAGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 ACAACAACAGCAGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 ACAACAACAGCAGCAGCAACAACAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGTGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 CAGCAGCTGCAGGGGCAGCCACAGAGCATCCACCAGGCTCCCCAACTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 CAGCAGCTGCAGGGGCAGCCACAGAGCATCCACCAGGCTCCCCAACTTCG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2551 GCGACTGTTATGAGCACATTCACCCACTCCTTAAAAACCCTTATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 GCGACTGTTATGAGCACATTCACCCACTCCTTAAAAACCCTTATTAAG