seq1 = pF1KSDA1798.tfa, 2340 bp
seq2 = pF1KSDA1798/gi568815592f_129942700.tfa (gi568815592f:129942700_130239750), 297051 bp

>pF1KSDA1798 2340
>gi568815592f:129942700_130239750 (Chr6)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-214  (106583-106694)   100% ->
215-289  (107057-107131)   100% ->
290-449  (108550-108709)   100% ->
450-582  (110160-110292)   99% ->
583-667  (112472-112556)   100% ->
668-759  (114707-114798)   100% ->
760-864  (117337-117441)   99% ->
865-1000  (123654-123789)   100% ->
1001-1092  (125631-125722)   100% ->
1093-1244  (128277-128428)   100% ->
1245-1321  (135859-135935)   100% ->
1322-1407  (140921-141006)   100% ->
1408-1518  (143441-143551)   100% ->
1519-1633  (150046-150160)   100% ->
1634-1736  (151566-151668)   100% ->
1737-1886  (161727-161876)   100% ->
1887-1966  (178180-178259)   100% ->
1967-2136  (190753-190922)   100% ->
2137-2199  (191144-191206)   100% ->
2200-2340  (196911-197051)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGAATCTGCCTCTAGCACAAGTGGTCAAGAGTTTGATGTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGAATCTGCCTCTAGCACAAGTGGTCAAGAGTTTGATGTGTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTTATGGACTGGAAAGATGGAGTGGGCACGTTACCAGGAAGTGACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTTATGGACTGGAAAGATGGAGTGGGCACGTTACCAGGAAGTGACTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AG         TTTCGGGTAAATGAGTTTGGAGCCCTGGAAGTTATTACA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGTA...TAGTTTCGGGTAAATGAGTTTGGAGCCCTGGAAGTTATTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGAGAATGAGATGGAAAATGTTAAAAAAGCAACTGCTACCACCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106622 GATGAGAATGAGATGGAAAATGTTAAAAAAGCAACTGCTACCACCACTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGGTACCAACTGCTCAAGAAG         CCCCGACCTCTCCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106672 GATGGTACCAACTGCTCAAGAAGGTA...CAGCCCCGACCTCTCCCCCGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCCAGGCCCGTATTTCCACCTGCCTACTGGACATCTCCACCTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107075 GCTCCAGGCCCGTATTTCCACCTGCCTACTGGACATCTCCACCTGGATGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCACAG         TCTTTTCAGAGAAGACTGGGATGCCTTTCAGGTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107125 CCCACAGGTA...TAGTCTTTTCAGAGAAGACTGGGATGCCTTTCAGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGGATCCAGTGAAAGTAGAAGGGCTTCAGTTCTGTGAGAACTGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108584 GAAGGATCCAGTGAAAGTAGAAGGGCTTCAGTTCTGTGAGAACTGTTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGTATGGCAACGTAGATGAGTGTCTTTCTGGAGGAAACTATTGCAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108634 AGTATGGCAACGTAGATGAGTGTCTTTCTGGAGGAAACTATTGCAGCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATTGTGCTCGGCACATCAAAGATAA         AGATCAGAAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108684 AATTGTGCTCGGCACATCAAAGATAAGTA...CAGAGATCAGAAGGAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGGGACGTAGAAGAAGACAATGAGGAAGAAGATCCTAAGTGTAGTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110175 AAGGGACGTAGAAGAAGACAATGAGGAAGAAGATCCTAAGTGTAGTCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAAAAACCAAAATTATCTCTGAAAGCTGACAACAAGGAGGATGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 110225 AGAAAAAACCAAAATTATCTCTGAAAGCTGACACCAAGGAGGATGGAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGAGAGATGATGAAATG         GAGAACAAACAAGATGTAAGAAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110275 GAGAGAGATGATGAAATGGTG...TAGGAGAACAAACAAGATGTAAGAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CCTGAGGGGTTCGCAGAGAGCACGGAGGAAAAGACGAGGGGATTCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112495 CCTGAGGGGTTCGCAGAGAGCACGGAGGAAAAGACGAGGGGATTCGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACTAAAGCAGG         GTTTGCCTCCTAAAGGAAAGAAAGCGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112545 TACTAAAGCAGGGTG...CAGGTTTGCCTCCTAAAGGAAAGAAAGCGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGCTGGGCATCCTACCTGGAAGAGGAGAAAGCGGTGGCAGTGCCGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114736 TGCTGGGCATCCTACCTGGAAGAGGAGAAAGCGGTGGCAGTGCCGGCGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGTTCAAGGAG         CATCAATCCTTTCCATATAACAAAAATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114786 GCTGTTCAAGGAGGTA...TAGCATCAATCCTTTCCATATAACAAAAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GATTCAAAGTTGGCATGAAATTAGAAGGCGTGGATCCCGAGCATCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 117365 GATTCAAAGTTGGCATGAAATTAGAAGGCGTGGATCCTGAGCATCAGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGTACTGTGTCCTCACCGTCGCGGAG         GTTTGTGGATACCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117415 GTGTACTGTGTCCTCACCGTCGCGGAGGTA...CAGGTTTGTGGATACCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATAAAGCTTCACTTTGATGGGTATTCTGATTGCTATGACTTCTGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123668 GATAAAGCTTCACTTTGATGGGTATTCTGATTGCTATGACTTCTGGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGCAGACGCTCTGGATATCCACCCAGTTGGGTGGTGTGAGAAAACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123718 ATGCAGACGCTCTGGATATCCACCCAGTTGGGTGGTGTGAGAAAACCGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CACAAACTCCATCCTCCAAAAG         GGTATAAAGAAGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123768 CACAAACTCCATCCTCCAAAAGGTT...TAGGGTATAAAGAAGAAGAATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CAATTGGCAGACCTATCTTAAGACATGTAAAGCTCAAGCTGCTCCTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125650 CAATTGGCAGACCTATCTTAAGACATGTAAAGCTCAAGCTGCTCCTAAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CATTATTTGAAAATCAGAATATA         ACAGTGATCCCATCGGGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125700 CATTATTTGAAAATCAGAATATAGTA...TAGACAGTGATCCCATCGGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTTCGAGTTGGTATGAAGCTTGAGGCAGTAGACAAAAAGAATCCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128295 TTTCGAGTTGGTATGAAGCTTGAGGCAGTAGACAAAAAGAATCCCTCATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATCTGTGTTGCTACGGTAACAGATATGGTGGACAATCGTTTCCTGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128345 CATCTGTGTTGCTACGGTAACAGATATGGTGGACAATCGTTTCCTGGTAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATTTTGACAACTGGGATGAGAGCTATGACTATTG         GTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 128395 ATTTTGACAACTGGGATGAGAGCTATGACTATTGGTG...CAGGTGTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCATCAAGTCCACATATTCATCCAGTTGGTTGGTGTAAGGAACATAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135866 GCATCAAGTCCACATATTCATCCAGTTGGTTGGTGTAAGGAACATAGAAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AACCCTTATTACTCCACCAG         GTTATCCAAATGTGAAACATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 135916 AACCCTTATTACTCCACCAGGTG...TAGGTTATCCAAATGTGAAACATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTTCTTGGGATAAATACTTAGAAGAAACCAATTCTTTACCTGCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140942 TTTCTTGGGATAAATACTTAGAAGAAACCAATTCTTTACCTGCTCCTGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AGAGCTTTCAAAGTG         AAACCTCCTCATGGATTCCAGAAAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 140992 AGAGCTTTCAAAGTGGTA...CAGAAACCTCCTCATGGATTCCAGAAAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AATGAAGCTTGAGGTTGTAGACAAAAGGAACCCTATGTTTATTAGAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143467 AATGAAGCTTGAGGTTGTAGACAAAAGGAACCCTATGTTTATTAGAGTAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CAACTGTGGCAGACACAGATGATCACCGGGTAAAA         GTTCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 143517 CAACTGTGGCAGACACAGATGATCACCGGGTAAAAGTA...CAGGTTCAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TTTGATGGCTGGAACAATTGCTATGATTACTGGATAGATGCAGATTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150052 TTTGATGGCTGGAACAATTGCTATGATTACTGGATAGATGCAGATTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TGATATTCACCCTGTAGGCTGGTGTTCAAAAACAGGACATCCCCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150102 TGATATTCACCCTGTAGGCTGGTGTTCAAAAACAGGACATCCCCTTCAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTCCTTTGA         GCCCCTTAGAATTAATGGAAGCTTCAGAACAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 150152 CTCCTTTGAGTA...TAGGCCCCTTAGAATTAATGGAAGCTTCAGAACAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GGTGGATGCTCAACCCCGGGATGTAAAGGGATTGGCCATTTCAAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151598 GGTGGATGCTCAACCCCGGGATGTAAAGGGATTGGCCATTTCAAGAGAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GAGACATCTGGGCCCTCACAG         TGCTGCCAACTGTCCCTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 151648 GAGACATCTGGGCCCTCACAGGTA...TAGTGCTGCCAACTGTCCCTATT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CAGAAATCAATTTGAATAAAGACCGTATTTTTCCAGACCGCTTAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161747 CAGAAATCAATTTGAATAAAGACCGTATTTTTCCAGACCGCTTAAGTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GAGATGCCTCCGGCTAGTCCGTCATTTCCAAGAAATAAAAGGACAGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161797 GAGATGCCTCCGGCTAGTCCGTCATTTCCAAGAAATAAAAGGACAGATGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 AAATGAAAGCTCTTCTTCCCCTGAAATCAG         AGACCAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 161847 AAATGAAAGCTCTTCTTCCCCTGAAATCAGGTA...TAGAGACCAGCATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CTGATGATGTCAAAGAAGACTTTGAAGAGAGAACAGAAAGTGAAATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178191 CTGATGATGTCAAAGAAGACTTTGAAGAGAGAACAGAAAGTGAAATGAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 ACATCACATGAAGCCAGAG         GTGCCCGGGAAGAACCCACCGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 178241 ACATCACATGAAGCCAGAGGTA...CAGGTGCCCGGGAAGAACCCACCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 CCAGCAGGCACAGCGTCGGTCAGCTGTCTTTCTGTCCTTTAAGTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190775 CCAGCAGGCACAGCGTCGGTCAGCTGTCTTTCTGTCCTTTAAGTCCCCAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TTCCATGTCTGCCCTTGCGCTGGGAGCAGCAAAGCAAACTTCTTCCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190825 TTCCATGTCTGCCCTTGCGCTGGGAGCAGCAAAGCAAACTTCTTCCAACT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 GTCGCAGGAATCCCTGCCAGTAAAGTTTCCAAATGGAGCACAGACGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 190875 GTCGCAGGAATCCCTGCCAGTAAAGTTTCCAAATGGAGCACAGACGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2137        GTGTCAGAATTTATACAGAGCTTACCTGGGTGTGAAGAACATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190925 A...CAGGTGTCAGAATTTATACAGAGCTTACCTGGGTGTGAAGAACATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 GAAAGGTATTTAAAGATGAA         CAAATTGATGGAGAAGCATTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 191187 GAAAGGTATTTAAAGATGAAGTA...TAGCAAATTGATGGAGAAGCATTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CTACTTATGACTCAAACAGACATTGTTAAAATTATGAGCATTAAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196932 CTACTTATGACTCAAACAGACATTGTTAAAATTATGAGCATTAAACTGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 CCCTGCTCTCAAAATTTTCAATTCCATCCTGATGTTCAAAGCTGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196982 CCCTGCTCTCAAAATTTTCAATTCCATCCTGATGTTCAAAGCTGCAGAGA

   2500     .    :    .    :
   2321 AGAATTCTCACAATGAACTT
        ||||||||||||||||||||
 197032 AGAATTCTCACAATGAACTT