seq1 = pF1KSDA1792.tfa, 2292 bp
seq2 = pF1KSDA1792/gi568815578r_3046779.tfa (gi568815578r:3046779_3249070), 202292 bp

>pF1KSDA1792 2292
>gi568815578r:3046779_3249070 (Chr20)

(complement)

1-2292  (100001-102292)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGCTACTCTCAAGTCATTAAAACTTGTAAGATACCGAGCATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGCTACTCTCAAGTCATTAAAACTTGTAAGATACCGAGCATTTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTCCTTCTGCCTTTGGTGCAGTCCGAAGTGTGTCATACTGGAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTCCTTCTGCCTTTGGTGCAGTCCGAAGTGTGTCATACTGGAATGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAGCACACAGCATGGGGGACAGGACCCTCCAGAACACATTAGCCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAGCACACAGCATGGGGGACAGGACCCTCCAGAACACATTAGCCTCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATTCTGCCAAAAAAGTTAAGAACATATGTAGCACCTTCTCTTCTCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATTCTGCCAAAAAAGTTAAGAACATATGTAGCACCTTCTCTTCTCGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATCCTGACAACCAGCAGTGCCCACCCAGGTTTGGAATTCAGCAAGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATCCTGACAACCAGCAGTGCCCACCCAGGTTTGGAATTCAGCAAGACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTCCTCTAAGGCCAGTACATTGCAGCTGGGCTCACCCAGGGCCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTCCTCTAAGGCCAGTACATTGCAGCTGGGCTCACCCAGGGCCACAGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTGATGAAGAGGACGTAGAAGTGTTTGATTCCTTTGAAAACATGCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTGATGAAGAGGACGTAGAAGTGTTTGATTCCTTTGAAAACATGCGAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTTCCTACAGCTAAGACCAGAATACCGTGTTCACAGCTATAATGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTTCCTACAGCTAAGACCAGAATACCGTGTTCACAGCTATAATGCATCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACTTCTCAGCTCCTGTCTGTTTCAGAAGGTGAACTAATTTTGCACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGACTTCTCAGCTCCTGTCTGTTTCAGAAGGTGAACTAATTTTGCACAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTCAGAGTTAATCAAAATAATCTCCAGGCTCAAGTCATTGTTGATTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTCAGAGTTAATCAAAATAATCTCCAGGCTCAAGTCATTGTTGATTATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTGTAAGCTGAGCTCTTTGCCTGCAGAGCAGCATCCTGTCTTGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GTGTAAGCTGAGCTCTTTGCCTGCAGAGCAGCATCCTGTCTTGCTGGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTACCAGCTTTGCTCTGCTCTGCCAGCTGAGTGTGAAGAAGATACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTACCAGCTTTGCTCTGCTCTGCCAGCTGAGTGTGAAGAAGATACAGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGATACCCAAGATCTGATCAATGTTTTGAAAGCTTTTGTCATTTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TTTGATACCCAAGATCTGATCAATGTTTTGAAAGCTTTTGTCATTTTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATCCCTCACTCCCATTCAATGCTAGATGTGTATGAGACCAAGTGTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATCCCTCACTCCCATTCAATGCTAGATGTGTATGAGACCAAGTGTTGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCAGGTATGGGAGATGAATATGGATCAGCTCCTTTTGGTGGCTGATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCAGGTATGGGAGATGAATATGGATCAGCTCCTTTTGGTGGCTGATCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TGGAGGTACTTAGGCCGCAAAGTACCTAGGTTTTTAAACATTTTTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TGGAGGTACTTAGGCCGCAAAGTACCTAGGTTTTTAAACATTTTTTCTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TTATCTTAATTTGCACTGGAAGGATCTATCCTTGTCTCAGCTAGTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TTATCTTAATTTGCACTGGAAGGATCTATCCTTGTCTCAGCTAGTTCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TAATTTATGTTATAGGTGAAAATCGTCAGGTATCCCAGGACCTAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TAATTTATGTTATAGGTGAAAATCGTCAGGTATCCCAGGACCTAATGCAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAATTGGAATCATTGATCCTTAAATATATAGATTTGATCAATTTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAATTGGAATCATTGATCCTTAAATATATAGATTTGATCAATTTGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGTTGGTACCATCTGTTTGGGGTTCTTTAAATCAAGTACTAATCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGTTGGTACCATCTGTTTGGGGTTCTTTAAATCAAGTACTAATCTCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AATTTGTCATGCGGAAAATTGGAGACTTGGCTTGTGCTAACATTCAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 AATTTGTCATGCGGAAAATTGGAGACTTGGCTTGTGCTAACATTCAGCAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTGAGTAGTCGCTCCTTAGTGAATATTGTTAAAATGTTCCGTTTCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 CTGAGTAGTCGCTCCTTAGTGAATATTGTTAAAATGTTCCGTTTCACTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CGTGGATCACATCAATTTCATGAAGCAGATTGGAGAGATAGCTCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CGTGGATCACATCAATTTCATGAAGCAGATTGGAGAGATAGCTCCTCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GAATTCCTTCCCTGGGAGTTCAAGGTGTCATGCACCTGACTCTTTACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GAATTCCTTCCCTGGGAGTTCAAGGTGTCATGCACCTGACTCTTTACTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 TCGGCCTTACGCTTCCTGAATGAAGGAGTAATGAATGCAGTGGCTGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TCGGCCTTACGCTTCCTGAATGAAGGAGTAATGAATGCAGTGGCTGCGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TTTGCCTCCTAGAGTGGCACACTGTCGAAGTAAAGATGTTGCCAAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TTTGCCTCCTAGAGTGGCACACTGTCGAAGTAAAGATGTTGCCAAGATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGTGGTCATTTGGGACTCTGAATTATAAGCCACCCAATGCAGAAGAATTT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGTGGTCATTTGGAACTCTGAATTATAAGCCACCCAATGCAGAAGAATTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TACTCCAGCCTGATAAGTGAGATTCACAGAAAGATGCCTGAATTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 TACTCCAGCCTGATAAGTGAGATTCACAGAAAGATGCCTGAATTCAACCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 GTACCCAGAACACCTGCCCACCTGCCTGCTGGGCCTGGCATTTTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 GTACCCAGAACACCTGCCCACCTGCCTGCTGGGCCTGGCATTTTTGGAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ACTTTCCAGTAGAGTTAATTGATTTCGCTCTCAGTCCAGGGTTTGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 ACTTTCCAGTAGAGTTAATTGATTTCGCTCTCAGTCCAGGGTTTGTCAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 TTAGCTCAGGAGAGAACTAAGTTTGACCTCCTTAAGGAACTATATACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 TTAGCTCAGGAGAGAACTAAGTTTGACCTCCTTAAGGAACTATATACCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CGATGGTACAGTTGGCATTGAGTGTCCAGATTACAGAGGCAATCGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CGATGGTACAGTTGGCATTGAGTGTCCAGATTACAGAGGCAATCGTCTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 GTACTCACCTTCAGCAAGAGGGGTCTGAATTGCTGTGGTATTTAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 GTACTCACCTTCAGCAAGAGGGGTCTGAATTGCTGTGGTATTTAGCAGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AAGGATATGAATTCAAAGCCTGAATTCTTAGAAACTGTCTTTTTACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 AAGGATATGAATTCAAAGCCTGAATTCTTAGAAACTGTCTTTTTACTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GACCATGCTGGGGGGGCCCCAGTACGTCAAGCACCATATGATTTTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GACCATGCTGGGGGGGCCCCAGTACGTCAAGCACCATATGATTTTGCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 ATACCCGATCTTCTGACTTAGAGGTCCAGCTTGATGTTAACCTGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 ATACCCGATCTTCTGACTTAGAGGTCCAGCTTGATGTTAACCTGAAGCCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 TTACCATTTAATAGAGAAGCCACGCCGGCTGAAAATGTAGCCAAATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TTACCATTTAATAGAGAAGCCACGCCGGCTGAAAATGTAGCCAAATTAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GCTTGAGCATGTGGGAGTCAGCCTTACAGATGATTTGATGAATAAGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GCTTGAGCATGTGGGAGTCAGCCTTACAGATGATTTGATGAATAAGTTAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TAAAAGGGAAAGCAAGAGGACATTTCCAGGGCAAAACTGAGTCAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 TAAAAGGGAAAGCAAGAGGACATTTCCAGGGCAAAACTGAGTCAGAGCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 GGGCAGCAGCCCATGGAGTTGGAGAATAAGGCAGCTGTACCTCTGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GGGCAGCAGCCCATGGAGTTGGAGAATAAGGCAGCTGTACCTCTGGGGGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CTTCCTTTGCAATGTAGCAGATAAATCAGGGGCCATGGAGATGGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CTTCCTTTGCAATGTAGCAGATAAATCAGGGGCCATGGAGATGGCTGGCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 TGTGCCCCGCAGCCTGCATGCAGACCCCAAGAATGAAGCTGGCTGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 TGTGCCCCGCAGCCTGCATGCAGACCCCAAGAATGAAGCTGGCTGTTCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 TTCACAAACAGGAACCAGTATTGCTATGGCTCCAGGGATCTCCTTGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 TTCACAAACAGGAACCAGTATTGCTATGGCTCCAGGGATCTCCTTGGACT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GCACAATATGAAGAGGCGGCAGCTGGCTCGGCTTGGCTACCGTGTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GCACAATATGAAGAGGCGGCAGCTGGCTCGGCTTGGCTACCGTGTGGTAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 AGTTATCCTACTGGGAATGGCTCCCACTACTGAAACGAACTCGCTTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 AGTTATCCTACTGGGAATGGCTCCCACTACTGAAACGAACTCGCTTAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 AAGTTGGCGTTTCTTCATGAGAAAGTATTCACCTCTGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 AAGTTGGCGTTTCTTCATGAGAAAGTATTCACCTCTGCTCTC