seq1 = pF1KSDA1785.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KSDA1785/gi568815593r_115424311.tfa (gi568815593r:115424311_115643493), 219183 bp

>pF1KSDA1785 1851
>gi568815593r:115424311_115643493 (Chr5)

(complement)

1-544  (100001-100544)   100% ->
545-1851  (117877-119183)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCTAAAGACAGCAGTATTTAACGCAGCTCGGGATGGCAAACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCTAAAGACAGCAGTATTTAACGCAGCTCGGGATGGCAAACTCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTTCTCACCAAATTGTTGGCAAGCAAATCCAAAGAGGAGGTTTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTTCTCACCAAATTGTTGGCAAGCAAATCCAAAGAGGAGGTTTCCTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGATCTCTGAAAAAACAAATGGGGCCACGCCACTCTTGATGGCCGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGATCTCTGAAAAAACAAATGGGGCCACGCCACTCTTGATGGCCGCCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGGGCACCTTGACATGGTGGAATTCCTCCTAGAGCAATGCAGTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATGGGCACCTTGACATGGTGGAATTCCTCCTAGAGCAATGCAGTGCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATAGAAGTTGGGGGCTCCGTCAATTTTGATGGCGAAACCATTGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATAGAAGTTGGGGGCTCCGTCAATTTTGATGGCGAAACCATTGAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCCCCCTTTATGGGCCGCTTCTGCAGCAGGACATCTGAAGGTGGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCCCCCTTTATGGGCCGCTTCTGCAGCAGGACATCTGAAGGTGGTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCCTTGTTAAATCATGGAGCATCTGTCAACAACACGACTTTAACCAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TCCTTGTTAAATCATGGAGCATCTGTCAACAACACGACTTTAACCAATTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AACTCCTCTTCGAGCTGCGTGTTTCGATGGCCATTTGGAAATAGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AACTCCTCTTCGAGCTGCGTGTTTCGATGGCCATTTGGAAATAGTGAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTTGTAGAACACAAAGCTGATTTGGAAGTGTCAAACCGACATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTTGTAGAACACAAAGCTGATTTGGAAGTGTCAAACCGACATGGGCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACGTGCTTGATGATTTCATGTTACAAAGGACATAAAGAGATTGCTCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACGTGCTTGATGATTTCATGTTACAAAGGACATAAAGAGATTGCTCAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTACTTGAAAAGGGGGCAGATGTTAATAGAAAAAGTGTCAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100501 TTTACTTGAAAAGGGGGCAGATGTTAATAGAAAAAGTGTCAAAGGTG...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545    GTAATACTGCATTGCATGATTGTGCAGAATCTGGAAGTTTGGACATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117874 AAGGTAATACTGCATTGCATGATTGTGCAGAATCTGGAAGTTTGGACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATGAAGATGCTTCTTATGTATTGTGCCAAGATGGAAAAGGATGGTTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117924 ATGAAGATGCTTCTTATGTATTGTGCCAAGATGGAAAAGGATGGTTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AATGACTCCCCTTCTCTCAGCAAGTGTGACTGGTCACACAAATATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117974 AATGACTCCCCTTCTCTCAGCAAGTGTGACTGGTCACACAAATATTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATTTTCTGACACACCATGCACAGACCAGCAAGACAGAACGTATTAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118024 ATTTTCTGACACACCATGCACAGACCAGCAAGACAGAACGTATTAATGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTAGAGCTTCTGGGAGCTACATTTGTAGACAAAAAAAGAGATCTGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118074 CTAGAGCTTCTGGGAGCTACATTTGTAGACAAAAAAAGAGATCTGCTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCTTTGAAATACTGGAAAAAGGCAATGAACATGAGGTACAGTGATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118124 GGCTTTGAAATACTGGAAAAAGGCAATGAACATGAGGTACAGTGATAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTAATATTATTAGTAAACCAGTGCCACAGACACTAATAATGGCTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118174 CTAATATTATTAGTAAACCAGTGCCACAGACACTAATAATGGCTTATGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TATGCCAAGGAAGTGAACAGTGCAGAAGAGCTAGAAGGTCTTATTGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118224 TATGCCAAGGAAGTGAACAGTGCAGAAGAGCTAGAAGGTCTTATTGCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCCTGATGAGATGAGAATGCAGGCACTATTAATCAGAGAACGTATTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118274 TCCTGATGAGATGAGAATGCAGGCACTATTAATCAGAGAACGTATTCTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTCCTTCTCATCCTGATACCTCTTACTATATTAGATATAGAGGCGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118324 GTCCTTCTCATCCTGATACCTCTTACTATATTAGATATAGAGGCGCTGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 TATGCAGACTCTGGAAATTTCAAACGATGCATCAACCTATGGAAGTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118374 TATGCAGACTCTGGAAATTTCAAACGATGCATCAACCTATGGAAGTATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 TTTGGATATGCAGCAGAGCAATTTGGATCCTTTAAGCCCAATGACCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118424 TTTGGATATGCAGCAGAGCAATTTGGATCCTTTAAGCCCAATGACCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GCAGCTTATTATCTTTTGCAGAACTATTCTCCTTTATGCTACAGGATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118474 GCAGCTTATTATCTTTTGCAGAACTATTCTCCTTTATGCTACAGGATAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCTAAAGGCCTGCTGGGTACTACTGTTACATTTGATGATCTTATGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118524 GCTAAAGGCCTGCTGGGTACTACTGTTACATTTGATGATCTTATGGGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 ACTTTGCAAAAGCGTCCTTGAAATAGAGCGAGCTATCAAACAAACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118574 ACTTTGCAAAAGCGTCCTTGAAATAGAGCGAGCTATCAAACAAACTCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GTCCAGCTGACCCATTACAGTTAAATAAGGCCCTTTCTATTATTTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118624 GTCCAGCTGACCCATTACAGTTAAATAAGGCCCTTTCTATTATTTTGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TTAATTTGCTTGTTAGAGAAAGTTCCTTGTACTCTAGAACAAGACCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118674 TTAATTTGCTTGTTAGAGAAAGTTCCTTGTACTCTAGAACAAGACCATTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CAAAAAGCAGACTATATACAGGTTTCTTAAGCTGCATCCAAGGGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118724 CAAAAAGCAGACTATATACAGGTTTCTTAAGCTGCATCCAAGGGGAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ATAACTTCAGCCCTCTTCATCTGGCTGTGGACAAGAATACTACATGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118774 ATAACTTCAGCCCTCTTCATCTGGCTGTGGACAAGAATACTACATGTGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GGGCGGTACCCTGTTTGTAAATTTCCATCTCTACAAGTTACTGCAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118824 GGGCGGTACCCTGTTTGTAAATTTCCATCTCTACAAGTTACTGCAATACT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 GATAGAATGTGGTGCTGATGTGAACGTCAGAGACTCGGATGACAACAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118874 GATAGAATGTGGTGCTGATGTGAACGTCAGAGACTCGGATGACAACAGTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CCCTGCATATCGCTGCTCTTAACAACCATCCAGACATCATGAATCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118924 CCCTGCATATCGCTGCTCTTAACAACCATCCAGACATCATGAATCTCCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 ATTAAATCAGGTGCACATTTTGATGCCACAAACTTGCACAAACAAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118974 ATTAAATCAGGTGCACATTTTGATGCCACAAACTTGCACAAACAAACTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TAGTGACTTGCTGGATGAGAAGGAAATAGCTAAAAATTTAATCCAGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119024 TAGTGACTTGCTGGATGAGAAGGAAATAGCTAAAAATTTAATCCAGCCTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 TAAATCATACCACATTGCAGTGTCTTGCTGCTCGTGTCATAGTGAATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119074 TAAATCATACCACATTGCAGTGTCTTGCTGCTCGTGTCATAGTGAATCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AGAATATATTATAAAGGGCATATCCCAGAAAAGCTAGAGACTTTTGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119124 AGAATATATTATAAAGGGCATATCCCAGAAAAGCTAGAGACTTTTGTTTC

   1850     .    :
   1842 CCTTCATAGA
        ||||||||||
 119174 CCTTCATAGA