seq1 = pF1KSDA1759.tfa, 2916 bp
seq2 = pF1KSDA1759/gi568815587r_6111509.tfa (gi568815587r:6111509_6324516), 213008 bp

>pF1KSDA1759 2916
>gi568815587r:6111509_6324516 (Chr11)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-777  (100269-100907)   100% ->
778-936  (101279-101437)   100% ->
937-1023  (101620-101706)   100% ->
1024-1191  (101908-102075)   100% ->
1192-1271  (105467-105546)   100% ->
1272-1435  (105754-105917)   100% ->
1436-2215  (106367-107146)   99% ->
2216-2394  (109606-109784)   100% ->
2395-2557  (109944-110106)   100% ->
2558-2916  (112650-113008)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGGATGAATTGGCTGAGCAGACTGGCCTCCCGGGGCCCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGGATGAATTGGCTGAGCAGACTGGCCTCCCGGGGCCCTGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTATACCTCAAGGGGCCAATCTCCAAACCCCAGTCATGGCTGATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGTATACCTCAAGGGGCCAATCTCCAAACCCCAGTCATGGCTGATCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGACCTGCCTCATGGTCTTCAAGAATCACTGGTCCCAG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 AGACCTGCCTCATGGTCTTCAAGAATCACTGGTCCCAGGTA...TAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGCGAATCCTGGAGCGGCAAGGCCCTCGGGCAGCTCCTGGGGGTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 GTGCGAATCCTGGAGCGGCAAGGCCCTCGGGCAGCTCCTGGGGGTGCAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGATCTCAGTGCTGTGCGCAACCACACTTACCAGATGTTGACACTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 CGATCTCAGTGCTGTGCGCAACCACACTTACCAGATGTTGACACTGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGAGGACCGTGCAGTTCCCTCGGCCCCCACAGGCCCTGGGCCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 CAGAGGACCGTGCAGTTCCCTCGGCCCCCACAGGCCCTGGGCCCCTGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTTTGCTCTGCACGAGGATCTGCTGACCCGTGTGTTGACATGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100422 GAGTTTGCTCTGCACGAGGATCTGCTGACCCGTGTGTTGACATGGCAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAATGGGATGAGCTTGGGGATGGGGTCGAGGAACGGCGGGCTGAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100472 GCAATGGGATGAGCTTGGGGATGGGGTCGAGGAACGGCGGGCTGAGCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGAAACTATTTGAAATGCTAGTGAGCGAAGCTCGCCAGCCACTGTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 TGAAACTATTTGAAATGCTAGTGAGCGAAGCTCGCCAGCCACTGTTGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATGGTCCAGTTCGTGAGGCTCTGCTCACCCTGCTGGATGCCTGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 CATGGTCCAGTTCGTGAGGCTCTGCTCACCCTGCTGGATGCCTGTGGCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCCTGTGCCCAGTAGCCCAGCACTGGATGAAGGCTTGGTGCTACTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100622 CCCTGTGCCCAGTAGCCCAGCACTGGATGAAGGCTTGGTGCTACTTCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCAGCTGTGTGTTTGTGTGGCCCAGGAGCCTTCATTGCTCGAGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100672 GCCAGCTGTGTGTTTGTGTGGCCCAGGAGCCTTCATTGCTCGAGTTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCAGCCACCTCCTGAGCCTGGAGCCGCTCCCCGTCTTCTTCTCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100722 CTGCAGCCACCTCCTGAGCCTGGAGCCGCTCCCCGTCTTCTTCTCTTTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCGCCTTGTCCCTTTTGTGCATCGAGAGGGCACCCTGGGCCAGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100772 TCGCCTTGTCCCTTTTGTGCATCGAGAGGGCACCCTGGGCCAGCAGGCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGATGCCCTACTTCTTCTCATGGCTTTGTCAGCTGGGAGCCCCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100822 GTGATGCCCTACTTCTTCTCATGGCTTTGTCAGCTGGGAGCCCCACTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGCCGCTACATCGCGGATCACTCTTACTTCTGCCCG         GTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100872 GGCCGCTACATCGCGGATCACTCTTACTTCTGCCCGGTT...TAGGTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGCCACAGGGCTCAGTGCCCTGTACTCATCACTGCCTCGAAAGATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101284 GGCCACAGGGCTCAGTGCCCTGTACTCATCACTGCCTCGAAAGATTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTCCAGGGGATGATTGGCACTGTCTGCGACGGGAAGACTGGCTGGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101334 TTCCAGGGGATGATTGGCACTGTCTGCGACGGGAAGACTGGCTGGGAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCAGCCCTTGCACTCTTCATGAGTTCCCTGGAGTTCTGCAATGCAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101384 CCAGCCCTTGCACTCTTCATGAGTTCCCTGGAGTTCTGCAATGCAGTAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TCAG         GTGGCTCACCCCCTGGTGCAGAAGCAGTTGGTTGATT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101434 TCAGGTA...CAGGTGGCTCACCCCCTGGTGCAGAAGCAGTTGGTTGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATATCCATAATGGGTTCCTGGTGCCTGTCATGGGTCCTGCCTTGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101657 ATATCCATAATGGGTTCCTGGTGCCTGTCATGGGTCCTGCCTTGCACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024          ACCTCTGTGGAGGAGATGATCGCCAGTACCGCCTATCTGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101707 GTG...CAGACCTCTGTGGAGGAGATGATCGCCAGTACCGCCTATCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 ACTTTTCCTACGGAGTATCTCAGAGCCTGCTTTGCTCCGTACCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101949 ACTTTTCCTACGGAGTATCTCAGAGCCTGCTTTGCTCCGTACCTTCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GATTCCTGTTGTTGCACCGGCATGACACCCACACCATCCTCGACACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 GATTCCTGTTGTTGCACCGGCATGACACCCACACCATCCTCGACACCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTTGCTCGTATTGGCAGTAACTCCCGG         CTCTGCATGGTCTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102049 GTTGCTCGTATTGGCAGTAACTCCCGGGTA...CAGCTCTGCATGGTCTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TCTGAGTCTCTTCAGGACCCTCCTGAACCTCAGCTGTGAGGATGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 TCTGAGTCTCTTCAGGACCCTCCTGAACCTCAGCTGTGAGGATGTCCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGCAGCTGGTTCTCAG         GTATCTTGTTCCATGTAACCACGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105531 TGCAGCTGGTTCTCAGGTA...CAGGTATCTTGTTCCATGTAACCACGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 ATGCTGAGCCAGAAGCCGGCTGTTCGTGATGTGGACCTATATGGACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105779 ATGCTGAGCCAGAAGCCGGCTGTTCGTGATGTGGACCTATATGGACGAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AGCTGACAAGTTTCTCTCCCTAATCCCACGCTGTTGTCGGCACCACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105829 AGCTGACAAGTTTCTCTCCCTAATCCCACGCTGTTGTCGGCACCACGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CCAGCCCACCTCGTCCAGAGCATGCCTCATGGGCACGAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105879 CCAGCCCACCTCGTCCAGAGCATGCCTCATGGGCACGAGGTG...CAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCTGGAAGCCCAAGTGTGGACTCCTCTTCTGTGATGACAGTACCCCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 106369 CCTGGAAGCCCAAGTGTGGACTCCTCTTCTGTGACGACAGTACCCCGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CTCCACACCATCTCGTCTGGCTCTCTTCCTGCGGCAGCAGAGCCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106419 CTCCACACCATCTCGTCTGGCTCTCTTCCTGCGGCAGCAGAGCCTGGGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 GCTCTGAGTCTCCAGGCCCAGCCCCTTGCTCACCAGGGCTTTCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106469 GCTCTGAGTCTCCAGGCCCAGCCCCTTGCTCACCAGGGCTTTCTGCATCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CCCGCCTCCAGCCCTGGCCGACGGCCTACCCCTGCAGAGGAGCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106519 CCCGCCTCCAGCCCTGGCCGACGGCCTACCCCTGCAGAGGAGCCTGGAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GCTGGAAGACAATTACCTGGAGTATCTGCGTGAGGCACGTCGTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106569 GCTGGAAGACAATTACCTGGAGTATCTGCGTGAGGCACGTCGTGGTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 ACCGCTGTGTCCGAGCCTGCCGTACCTGGTCTGCCCCCTATGATGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106619 ACCGCTGTGTCCGAGCCTGCCGTACCTGGTCTGCCCCCTATGATGGCGAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 CGGCCCTCTCCTGAGCCCAGTCCTTTTGGCTCCCGGACTAAGAAACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106669 CGGCCCTCTCCTGAGCCCAGTCCTTTTGGCTCCCGGACTAAGAAACGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CCTACTGCCTGAGGAGGACAGGAACAACGTGGGGGAAGGGGAGGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106719 CCTACTGCCTGAGGAGGACAGGAACAACGTGGGGGAAGGGGAGGAGGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AGCTGGGGAGGAGGGGGCGGGCTGGGGGTGCAGGGGAGGGCCCTGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106769 AGCTGGGGAGGAGGGGGCGGGCTGGGGGTGCAGGGGAGGGCCCTGGTCAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CTGCCCCCTCCCCAGCTCAATGGAGTGCCAGGATCATGGCCTGAGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106819 CTGCCCCCTCCCCAGCTCAATGGAGTGCCAGGATCATGGCCTGAGGGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 CAAGAAGGTTCGTCTGGTGCCAAAGGAGGGAGCTGGGGAACTGCTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106869 CAAGAAGGTTCGTCTGGTGCCAAAGGAGGGAGCTGGGGAACTGCTAGAGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 GCATCTCCGAGGGCATGGCAGGACTAGAGGGCTTTGGGCAGGAGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106919 GCATCTCCGAGGGCATGGCAGGACTAGAGGGCTTTGGGCAGGAGCTCCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GAGCTAGAGGTGGCATTGAGCAATGGGGGAACTGGCTCAGAGTCCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106969 GAGCTAGAGGTGGCATTGAGCAATGGGGGAACTGGCTCAGAGTCCCCCTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 AGAACCTCCACTGCCCCTTGAGGAGGAGGAGGCCTACGAGAGCTTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107019 AGAACCTCCACTGCCCCTTGAGGAGGAGGAGGCCTACGAGAGCTTCACCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2138 GTCCCCCTGAGCCCCCTGGCCCCTTCCTCAGCAGCCCTTTGCGGACTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107069 GTCCCCCTGAGCCCCCTGGCCCCTTCCTCAGCAGCCCTTTGCGGACTCTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 AACCAGCTGCCAAGCCAGCCCTTCACTG         GCCCCTTCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107119 AACCAGCTGCCAAGCCAGCCCTTCACTGGTA...CAGGCCCCTTCATGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 TGTGCTCTTTGCCAAACTCGAGAACATGCTGCAGAACTCCGTCTATGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109619 TGTGCTCTTTGCCAAACTCGAGAACATGCTGCAGAACTCCGTCTATGTCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 ACTTCCTGCTGACGGGGCTGGTGGCCCAGCTGGCCTGTCACCCCCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109669 ACTTCCTGCTGACGGGGCTGGTGGCCCAGCTGGCCTGTCACCCCCAGCCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 CTGCTCCGCTCTTTCCTGCTCAACACCAACATGGTCTTCCAGCCCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109719 CTGCTCCGCTCTTTCCTGCTCAACACCAACATGGTCTTCCAGCCCAGTGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 CAAGTCCCTGCTGCAG         GTGCTGGGCTCTGTGAAGAATAAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109769 CAAGTCCCTGCTGCAGGTG...TAGGTGCTGGGCTCTGTGAAGAATAAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 TTGAGAACTTTGCGGCTTCCCAGGAGGACTTCCCAGCACTGCTGTCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109969 TTGAGAACTTTGCGGCTTCCCAGGAGGACTTCCCAGCACTGCTGTCCAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2470 GCCAAGAAGTACCTCATTGCCCGTGGCAAGTTGGACTGGGCTGAGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110019 GCCAAGAAGTACCTCATTGCCCGTGGCAAGTTGGACTGGGCTGAGGGCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2520 TGCAGCAGGACCTGCCCCACGCCGTTCTGATCCCCTAG         TGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 110069 TGCAGCAGGACCTGCCCCACGCCGTTCTGATCCCCTAGGTG...CAGTGA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2561 AGAGCCGGAGGCCATCCTTGGGGGAGTTACTCCTGCGGCATGCACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112653 AGAGCCGGAGGCCATCCTTGGGGGAGTTACTCCTGCGGCATGCACACAGT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2611 CCAACCAGGGCCCGGCAGGCGGCACAATTGGTCCTTCAGCCTGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112703 CCAACCAGGGCCCGGCAGGCGGCACAATTGGTCCTTCAGCCTGGGCGAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2661 CGGAGCAGGACTTGGCCTAAGTGGGGGCTCCCCTGGGGCTTCAACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112753 CGGAGCAGGACTTGGCCTAAGTGGGGGCTCCCCTGGGGCTTCAACTCCAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2711 TTCTACTCACCCGGGGCGGGGCCCCTGAACGCCAAGGTGAGGCTCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112803 TTCTACTCACCCGGGGCGGGGCCCCTGAACGCCAAGGTGAGGCTCTTCGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2761 GTCAAGAATGCTGTCTACTGTGCAGTCATTTTCCCTGAATTTCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112853 GTCAAGAATGCTGTCTACTGTGCAGTCATTTTCCCTGAATTTCTCAAGGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2811 GTTGGCTGCCATCTCCCAGGCTCATGCCGTCACCTCGCCTTTCTTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112903 GTTGGCTGCCATCTCCCAGGCTCATGCCGTCACCTCGCCTTTCTTGTTGG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2861 AGACTTCAGAGGAAGGATCTGGCCCTCTCATCTCAGGCTGTGGGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112953 AGACTTCAGAGGAAGGATCTGGCCCTCTCATCTCAGGCTGTGGGCCCCTC

   3000     .
   2911 AATCCT
        ||||||
 113003 AATCCT