seq1 = pF1KSDA1735.tfa, 1416 bp
seq2 = pF1KSDA1735/gi568815587f_111880736.tfa (gi568815587f:111880736_112119033), 238298 bp

>pF1KSDA1735 1416
>gi568815587f:111880736_112119033 (Chr11)

1-23  (97037-97059)   100% ->
24-136  (100002-100114)   100% ->
137-285  (101604-101752)   100% ->
286-375  (104497-104586)   100% ->
376-429  (106136-106189)   100% ->
430-480  (108270-108320)   100% ->
481-585  (111680-111784)   100% ->
586-639  (112216-112269)   100% ->
640-732  (112761-112853)   100% ->
733-804  (112934-113005)   100% ->
805-894  (114284-114373)   100% ->
895-1056  (114668-114829)   100% ->
1057-1123  (115345-115411)   100% ->
1124-1229  (135956-136061)   100% ->
1230-1338  (137042-137150)   100% ->
1339-1416  (138221-138298)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGGGACGCAAGTCAAATG         CCTGACTTCACCCAGTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  97037 ATGGGAGGGACGCAAGTCAAATGGTG...CAGCCTGACTTCACCCAGTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AATCCACAGTGCAAAGAGCGAGTCCATTATAACCCAGTCAGAAGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 AATCCACAGTGCAAAGAGCGAGTCCATTATAACCCAGTCAGAAGAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGATTTTGTGATTATTCCCGCTGAAGGAATAGAGAACAGAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100070 CAGATTTTGTGATTATTCCCGCTGAAGGAATAGAGAACAGAACAGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    137     AAGGGACAGATTCTCCATTATCTCGAGACTGGCGGCCAGGGAGCCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100120 .TAGAAGGGACAGATTCTCCATTATCTCGAGACTGGCGGCCAGGGAGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGGAACCTATCTGGAGACCTCATGGGAAGAACAGCTGTTGGAACAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101650 TGGAACCTATCTGGAGACCTCATGGGAAGAACAGCTGTTGGAACAACAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATATTTAGAAAAAGAAATGGAGGAAGCAAAGAAAATGATATCAGGACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101700 AATATTTAGAAAAAGAAATGGAGGAAGCAAAGAAAATGATATCAGGACTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAG         GCCTTACTGCTCAATGGATCCTTACCTGAAGATGAACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101750 CAGGTA...CAGGCCTTACTGCTCAATGGATCCTTACCTGAAGATGAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGAGGCCCTTGGCCCTCTGTGAACCAGGTGTCAATCCCGAGGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104535 GGAGAGGCCCTTGGCCCTCTGTGAACCAGGTGTCAATCCCGAGGAACAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TG         ATTATAATCCAAAGTCGTCTGGATCAGAGTATGGAGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104585 TGGTG...CAGATTATAATCCAAAGTCGTCTGGATCAGAGTATGGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATCAGGACTTAAAG         AAGGAACTGCTGAAATGTAAACAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106175 AATCAGGACTTAAAGGTA...CAGAAGGAACTGCTGAAATGTAAACAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCAGAAACTTACAGGGGATAAAG         GATGCCTTGCAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108296 AGCCAGAAACTTACAGGGGATAAAGGTA...TAGGATGCCTTGCAGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 GATTGACTCAGCAGGACACATCTGTTCTTCAGCTCAAACAAGAGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111696 GATTGACTCAGCAGGACACATCTGTTCTTCAGCTCAAACAAGAGCTACTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGGGCAAATATGGACAAAGATGAGCTGCACAACCAGAAT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111746 AGGGCAAATATGGACAAAGATGAGCTGCACAACCAGAATGTG...CAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GGATCTGCAGAGGAAGCTAGATGAGAGGAACCGGCTCTTGGGAGAATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 GGATCTGCAGAGGAAGCTAGATGAGAGGAACCGGCTCTTGGGAGAATATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 AA         AAAGAGCTGGGGCAGAAGGATCGCCTTCTTCAGCAGCAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112268 AAGTA...CAGAAAGAGCTGGGGCAGAAGGATCGCCTTCTTCAGCAGCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CAGGCCAAGTTAGAAGAAGCACTCCGGAAACTCTCTGATGTCAGTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112800 CAGGCCAAGTTAGAAGAAGCACTCCGGAAACTCTCTGATGTCAGTTACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CCAG         GTGGATCTAGAGCGAGAGCTAGAACACAAAGATGTCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112850 CCAGGTC...CAGGTGGATCTAGAGCGAGAGCTAGAACACAAAGATGTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TCTTGGCTCACTGTATGAAAAGAGAGGCAGATGAG         GCGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112971 TCTTGGCTCACTGTATGAAAAGAGAGGCAGATGAGGTA...TAGGCGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 AACTACAACAGTCACAACTCTCAAAGCAATGGTTTTCTCCTTCCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114290 AACTACAACAGTCACAACTCTCAAAGCAATGGTTTTCTCCTTCCAACGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 AGGAAAAGGAGCTACTTCAGTCAGCAACAGAGGG         ACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 114340 AGGAAAAGGAGCTACTTCAGTCAGCAACAGAGGGGTA...CAGACCAGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 ACCTGCAGCTTGTTCGAGATGCTCTCCGCAGCCTGCGCAACAGCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114675 ACCTGCAGCTTGTTCGAGATGCTCTCCGCAGCCTGCGCAACAGCTTCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGCCACGATCCTCAGCACCACACTATTGACAGCTTGGAGCAGGGCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114725 GGCCACGATCCTCAGCACCACACTATTGACAGCTTGGAGCAGGGCATTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 TAGCCTCATGGAGCGCCTGCATGTTATGGAGACGCAGAAGAAACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114775 TAGCCTCATGGAGCGCCTGCATGTTATGGAGACGCAGAAGAAACAAGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 GAAAG         GTTCGGGTCAAGTCACCCAGAACTCAAGTAGGTAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114825 GAAAGGTA...CAGGTTCGGGTCAAGTCACCCAGAACTCAAGTAGGTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GAATACCGGGAGTCCTGGCCCCCTAACTCAA         AGTTGCCTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 115381 GAATACCGGGAGTCCTGGCCCCCTAACTCAAGTA...TAGAGTTGCCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1134 CTCACAGAGCTCTCCAACTGTCAGCAGCACCTGTACTAAAGTGCTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135966 CTCACAGAGCTCTCCAACTGTCAGCAGCACCTGTACTAAAGTGCTCTATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 TCACTGACCGGTCACTTACGCCCTTCATGGTCAATATACCAAAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 136016 TCACTGACCGGTCACTTACGCCCTTCATGGTCAATATACCAAAGAGGTG.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1230      GTTGGAGGAGGTGACGTTAAAGGATTTTAAAGCAGCTATTGATCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136066 ..CAGGTTGGAGGAGGTGACGTTAAAGGATTTTAAAGCAGCTATTGATCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 GGAAGGAAATCACCGGTATCACTTCAAAGCACTGGATCCTGAGTTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137087 GGAAGGAAATCACCGGTATCACTTCAAAGCACTGGATCCTGAGTTTGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 CTGTCAAAGAGGAG         ATTTTCCATGATGATGATGCCATCCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 137137 CTGTCAAAGAGGAGGTA...TAGATTTTCCATGATGATGATGCCATCCCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 GGATGGGAAGGGAAAATTGTAGCTTGGGTGGAAGAAGACCATGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138248 GGATGGGAAGGGAAAATTGTAGCTTGGGTGGAAGAAGACCATGGAGAGAA

   1550 
   1416 T
        |
 138298 T