seq1 = pF1KSDA1733.tfa, 1452 bp
seq2 = pF1KSDA1733/gi568815592f_12618745.tfa (gi568815592f:12618745_13372920), 754176 bp

>pF1KSDA1733 1452
>gi568815592f:12618745_13372920 (Chr6)

1-103  (100001-100103)   100% ->
104-250  (130900-131046)   100% ==
408-496  (541452-541540)   96% ->
497-664  (563775-563942)   100% ->
665-986  (587071-587392)   100% ->
987-1234  (609072-609319)   100% ->
1235-1394  (611293-611449)   97% ->
1395-1452  (654119-654176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTATCCCAAAATGGATTATTTTCTGGATGTAGAGTCTGCTCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTATCCCAAAATGGATTATTTTCTGGATGTAGAGTCTGCTCACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTCTTGGATGTTGAGTCAGCTCAAAGATTCTTCTACAGTCAAGGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTCTTGGATGTTGAGTCAGCTCAAAGATTCTTCTACAGTCAAGGAGCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAG         CTCGCCGGGCGACCCTGCTCCTGCCTCCCACATTAATG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGGTA...CAGCTCGCCGGGCGACCCTGCTCCTGCCTCCCACATTAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCGGCATCCTCGGAGGATGATATAGACCGGCGGCCCATCCGGAGAGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130938 GCGGCATCCTCGGAGGATGATATAGACCGGCGGCCCATCCGGAGAGTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCAAGAGCGACACGCCGTACCTCGCAGAGGCCAGGATCTCCTTTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130988 CTCCAAGAGCGACACGCCGTACCTCGCAGAGGCCAGGATCTCCTTTAACC

    250     .
    242 TGGGGGCAG
        |||||||||
 131038 TGGGGGCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408 GTCAGCAGCCCTGGAAAGGAAAATATCTATGAGGCAAAGCAGAGAAGAGC
        ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 541452 GTTTGTAGCCCTGGAAAGGAAAATATCTATGAGGCAAAGCAGAGAAGAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    458 TGATAAAGCGAGGAGTCCTGAAGGAAATCTATGATAAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 541502 TGATAAAGCGAGGAGTCCTGAAGGAAATCTATGATAAAGGTA...CAGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 GGGGAACTCTCTATATCCAATGAAGAGGACTCCCTAGAAAATGGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563777 GGGGAACTCTCTATATCCAATGAAGAGGACTCCCTAGAAAATGGGCAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 CCTGAGCTCCAGCCAGCTGTCTCTGCCTGCCCTGTCCGAAATGGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563827 CCTGAGCTCCAGCCAGCTGTCTCTGCCTGCCCTGTCCGAAATGGAGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 TCCCAATGCCCAGGGATCCCTGCTCATATGAGGTGCTCCAACCGTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 563877 TCCCAATGCCCAGGGATCCCTGCTCATATGAGGTGCTCCAACCGTCAGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649 ATCATGGATGGGCCAG         ATCCTGGCGCCCCTGTGAAATTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 563927 ATCATGGATGGGCCAGGTA...CAGATCCTGGCGCCCCTGTGAAATTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    690 TTGTCTGCCAGTGAAACTGTCGCCTCCGCTACCTCCAAAGAAAGTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587096 TTGTCTGCCAGTGAAACTGTCGCCTCCGCTACCTCCAAAGAAAGTCATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    740 TCTGTATGCCCGTGGGGGGGCCAGACCTCTCACTGGTGTCCTACACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587146 TCTGTATGCCCGTGGGGGGGCCAGACCTCTCACTGGTGTCCTACACAGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 CAGAAGAGTGGCCAGCAGGGTGTGGCCCAGCACCACCACACTGTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587196 CAGAAGAGTGGCCAGCAGGGTGTGGCCCAGCACCACCACACTGTCCTGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 CTCCCAGATCCAGCACCAGCTGCAGTACGGCAGCCACGGCCAGCACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587246 CTCCCAGATCCAGCACCAGCTGCAGTACGGCAGCCACGGCCAGCACCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 CCTCCACCACCGGCTCCCTCCCCATGCACCCCTCGGGCTGCAGAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587296 CCTCCACCACCGGCTCCCTCCCCATGCACCCCTCGGGCTGCAGAATGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 GACGAGCTCAACAAAACGCTGGCCATGACCATGCAGAGGCTGGAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 587346 GACGAGCTCAACAAAACGCTGGCCATGACCATGCAGAGGCTGGAAAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    987       CTCTGAGCAGCGGGTCCCCTGTTCCACTTCTTACCACAGCTCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 587396 ...CAGCTCTGAGCAGCGGGTCCCCTGTTCCACTTCTTACCACAGCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031 GGTTGCACTCGGGTGATGGGGTCACCAAAGCAGGACCTATGGGCCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609116 GGTTGCACTCGGGTGATGGGGTCACCAAAGCAGGACCTATGGGCCTTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081 GAAATAAGACAAGTGCCAACTGTTGTGATTGAATGTGATGACAATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609166 GAAATAAGACAAGTGCCAACTGTTGTGATTGAATGTGATGACAATAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 AAATGTGCCTCATGAGTCAGACTACGAAGACTCTTCTTGCCTGTATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609216 AAATGTGCCTCATGAGTCAGACTACGAAGACTCTTCTTGCCTGTATACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 GAGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAAGACGACGACAGCTCATTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609266 GAGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGACGAAGACGACGACAGCTCATTATAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1231 ACCA         GCTCCCTGGCCATGAAGGTCTGCAGGAAGGACTCCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 609316 ACCAGTG...CAGGCTCCCTGGCCATGAAGGTCTGCAGGAAGGACTCCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1272 AGCCATTAAACTCAGCAACAGGCCCTCCAAGCGAGAGCTGGAAGAAAAGA
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 611330 AGCCATCAAACTCAGCAACAGGCCCTCCAAGCGAGAGCTGGAAGAAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1322 ACATCCTTCCCAGGCAGACGGATGAGGAGCGGCTGGAGCTGAGGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 611380 ACATCCTTCCCAGGCAGACGGATGAGGAGCGGCTGGAGCTGAGGCAACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1372 ATTGGCACCAAGCTCACCAGGCG         GCTGAGCCAGAGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||--->>>...>>>||||||||||||||||||
 611430 ATTGGCACCAAGCTCACCAG   GTA...GCGGCTGAGCCAGAGGCCAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1413 TGCAGAGGAACTGGAACAGAGGAACATTTTGAAACGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 654137 TGCAGAGGAACTGGAACAGAGGAACATTTTGAAACGTAAG