seq1 = pF1KSDA1730.tfa, 2232 bp
seq2 = pF1KSDA1730/gi568815597f_52656457.tfa (gi568815597f:52656457_52921626), 265170 bp

>pF1KSDA1730 2232
>gi568815597f:52656457_52921626 (Chr1)

1-30  (70198-70227)   100% ->
31-196  (100002-100167)   100% ->
197-951  (114564-115318)   100% ->
952-1092  (123397-123537)   100% ->
1093-1269  (128421-128597)   100% ->
1270-1334  (133547-133611)   100% ->
1335-1434  (139836-139935)   100% ->
1435-1485  (140278-140328)   100% ->
1486-1647  (145363-145524)   100% ->
1648-1695  (145636-145683)   100% ->
1696-1893  (157080-157277)   100% ->
1894-1946  (157404-157456)   100% ->
1947-2044  (160076-160173)   100% ->
2045-2232  (164983-165170)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCGAGGACCAGGCCGGCGCAGCCATG         GAGGAGGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  70198 ATGCCCGAGGACCAGGCCGGCGCAGCCATGGTG...AAGGAGGAGGCGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCCTATTCCTTACTTGATATCTGCTTGAATTTCTTGACTACTCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 TCCCTATTCCTTACTTGATATCTGCTTGAATTTCTTGACTACTCACCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAAGTTCTGTTCAGCCAGACAAGATGGAACATTGTGTCTGCAGGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 AGAAGTTCTGTTCAGCCAGACAAGATGGAACATTGTGTCTGCAGGAACCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAGTATTCCCACAGGAGGTGGCTGATCGACTGCTTCGGACCATGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 GGAGTATTCCCACAGGAGGTGGCTGATCGACTGCTTCGGACCATGGCTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCATG         GTCTATTGAATGATGGAACTGTGGGTATTTTTAGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 TCATGGTA...CAGGTCTATTGAATGATGGAACTGTGGGTATTTTTAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCAACCAGATGCGCTTAAAGCGAGCCTGCATTCGCAAAGCAAAGATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114600 GCAACCAGATGCGCTTAAAGCGAGCCTGCATTCGCAAAGCAAAGATCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGTTGCTTTCCGGAAAGCTTTCTGCCACCACAAGTTAGTGGAACTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114650 GCTGTTGCTTTCCGGAAAGCTTTCTGCCACCACAAGTTAGTGGAACTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCCACAGGTGTGAATGCTGATATCACGATTACAGACATTATCAGTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114700 TGCCACAGGTGTGAATGCTGATATCACGATTACAGACATTATCAGTGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGCAGTAACAAATGGATCCAGCAGAATCTCCAGTGCCTGGTGCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114750 TTGGCAGTAACAAATGGATCCAGCAGAATCTCCAGTGCCTGGTGCTGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCATTAACTCTCTCCCTCGAGGATCCTTACGAGCGCTGCTTCAGCCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114800 TCATTAACTCTCTCCCTCGAGGATCCTTACGAGCGCTGCTTCAGCCGGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTCTGGCCTTCGAGCTTTAAGCATCACGAATGTTCTCTTTTACAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114850 TTCTGGCCTTCGAGCTTTAAGCATCACGAATGTTCTCTTTTACAATGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCTGGCTGAAGTTGCCTCATTGCCAAGATTAGAGAGCTTGGATATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114900 ACCTGGCTGAAGTTGCCTCATTGCCAAGATTAGAGAGCTTGGATATTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACACCTCAATCACAGACATCACTGCTCTACTGGCCTGCAAAGACCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114950 AACACCTCAATCACAGACATCACTGCTCTACTGGCCTGCAAAGACCGACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAGTCTCTAACCATGCACCACTTGAAATGTTTAAAAATGACAACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115000 CAAGTCTCTAACCATGCACCACTTGAAATGTTTAAAAATGACAACTACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGATACTGGATGTAGTTCGGGAACTCAAACATCTGAATCATCTTGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115050 AGATACTGGATGTAGTTCGGGAACTCAAACATCTGAATCATCTTGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TCAGATGATAAACAGTTTACATCAGACATAGCTCTTCGCTTACTAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115100 TCAGATGATAAACAGTTTACATCAGACATAGCTCTTCGCTTACTAGAACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AAAAGACATCCTACCTAACCTTGTTTCTCTGGATGTTTCTGGGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115150 AAAAGACATCCTACCTAACCTTGTTTCTCTGGATGTTTCTGGGAGAAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACGTGACAGATAAAGCCGTTGAAGCCTTTATACAACAACGTCCAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115200 ACGTGACAGATAAAGCCGTTGAAGCCTTTATACAACAACGTCCAAGCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAATTTGTAGGTTTGCTGGCTACTGATGCTGGTTACTCTGAATTCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115250 CAATTTGTAGGTTTGCTGGCTACTGATGCTGGTTACTCTGAATTCCTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGGCGAAGGACATTTGAAG         GTGTCTGGGGAAGCCAATGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115300 AGGCGAAGGACATTTGAAGGTT...CAGGTGTCTGGGGAAGCCAATGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTCAGATTGCAGAAGCACTGAAGCGTTACAGTGAACGGGCATTCTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123419 CTCAGATTGCAGAAGCACTGAAGCGTTACAGTGAACGGGCATTCTTTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGGGAAGCTCTATTTCATCTTTTTAGTCTGACTCATGTGATGGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123469 CGGGAAGCTCTATTTCATCTTTTTAGTCTGACTCATGTGATGGAAAAAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 AAAGCCAGAAATTTTAAAG         CTTGTGGTTACTGGGATGAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 123519 AAAGCCAGAAATTTTAAAGGTA...CAGCTTGTGGTTACTGGGATGAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACCACCCTATGAATTTGCCAGTGCAACTGGCTGCAAGCGCCTGTGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128443 ACCACCCTATGAATTTGCCAGTGCAACTGGCTGCAAGCGCCTGTGTATTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AACTTAACCAAGCAGGATCTTGCTGCAGGGATGCCTGTCCGACTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128493 AACTTAACCAAGCAGGATCTTGCTGCAGGGATGCCTGTCCGACTCCTGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGATGTGACCCATTTGCTGCTCAAAGCCATGGAACATTTTCCCAATCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128543 TGATGTGACCCATTTGCTGCTCAAAGCCATGGAACATTTTCCCAATCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 AGCAG         TTACAGAAGAATTGCCTCCTTTCACTTTGCAGTGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128593 AGCAGGTA...TAGTTACAGAAGAATTGCCTCCTTTCACTTTGCAGTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 CGGATCCTTCAAGATGTTCCATTTAACAG         GTTTGAAGCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 133583 CGGATCCTTCAAGATGTTCCATTTAACAGGCA...CAGGTTTGAAGCAGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CAAGCTTGTCATGCAGTGGCTTTGCAACCATGAGGATCAAAACATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139848 CAAGCTTGTCATGCAGTGGCTTTGCAACCATGAGGATCAAAACATGCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 GGATGGCAGTTGCTATCATTTCTATCCTGGCTGCCAAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 139898 GGATGGCAGTTGCTATCATTTCTATCCTGGCTGCCAAGGTA...CAGCTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TCTACAGAACAAACTGCACAGCTTGGTACTGAGCTCTTCATTGTCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 140281 TCTACAGAACAAACTGCACAGCTTGGTACTGAGCTCTTCATTGTCAGGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486        CAACTTCTTCAAATAGTGAAGCAGAAAACCAATCAAAATTCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140331 A...CAGCAACTTCTTCAAATAGTGAAGCAGAAAACCAATCAAAATTCAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 TGGACACTACATTGAAATTTACTTTGAGTGCACTTTGGAACCTCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145406 TGGACACTACATTGAAATTTACTTTGAGTGCACTTTGGAACCTCACAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 GAATCTCCAACCACTTGTAGACACTTTATTGAAAACCAAGGGTTAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145456 GAATCTCCAACCACTTGTAGACACTTTATTGAAAACCAAGGGTTAGAACT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CTTCATGAGGGTTCTAGAG         TCTTTCCCAACTGAGTCATCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 145506 CTTCATGAGGGTTCTAGAGGTT...CAGTCTTTCCCAACTGAGTCATCCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TTCAGCAGAAAGTTCTAGGACTTTTG         AACAATATAGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 145658 TTCAGCAGAAAGTTCTAGGACTTTTGGTA...CAGAACAATATAGCTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTACAAGAATTACATTCTGAATTAATGTGGAAAGATTTTATAGACCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157095 GTACAAGAATTACATTCTGAATTAATGTGGAAAGATTTTATAGACCACAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CAGTAGTCTCCTACACAGTGTGGAAGTGGAAGTCAGTTACTTTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157145 CAGTAGTCTCCTACACAGTGTGGAAGTGGAAGTCAGTTACTTTGCAGCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GAATTATTGCCCATTTAATATCCAGAGGTGAACAAGCTTGGACATTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157195 GAATTATTGCCCATTTAATATCCAGAGGTGAACAAGCTTGGACATTGAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CGTAGCCAGAGGAATTCTCTGCTGGATGATTTG         CATTCAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 157245 CGTAGCCAGAGGAATTCTCTGCTGGATGATTTGGTA...CAGCATTCAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TATTTTGAAATGGCCAACTCCAGAGTGTGAGATGGTAGCATACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 157412 TATTTTGAAATGGCCAACTCCAGAGTGTGAGATGGTAGCATACAGGTA..

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947     GTCCTTTAATCCATTTTTCCCATTACTTGGCTGTTTCACAACACCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157462 .TAGGTCCTTTAATCCATTTTTCCCATTACTTGGCTGTTTCACAACACCA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GGAGTTCAGCTATGGGCAGTTTGGGCCATGCAACATGTCTGCAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160122 GGAGTTCAGCTATGGGCAGTTTGGGCCATGCAACATGTCTGCAGCAAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TC         CTTCAAGGTATTGCAGCATGCTGATTGAAGAAGGAGGAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160172 TCGTA...CAGCTTCAAGGTATTGCAGCATGCTGATTGAAGAAGGAGGAT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 TGCAGCATTTATACAACATCAAAGATCATGAACATACTGATCCCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165022 TGCAGCATTTATACAACATCAAAGATCATGAACATACTGATCCCCATGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CAACAGATTGCTGTGGCCATTCTGGATAGCTTAGAAAAACACATTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165072 CAACAGATTGCTGTGGCCATTCTGGATAGCTTAGAAAAACACATTGTGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2184 CCATGGGAGGCCACCTCCCTGTAAAAAACAGCCCCAAGCCAGACTAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165122 CCATGGGAGGCCACCTCCCTGTAAAAAACAGCCCCAAGCCAGACTAAAT