seq1 = pF1KSDA1716.tfa, 2277 bp
seq2 = pF1KSDA1716/gi568815597r_1193567.tfa (gi568815597r:1193567_1403260), 209694 bp

>pF1KSDA1716 2277
>gi568815597r:1193567_1403260 (Chr1)

(complement)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-153  (100286-100339)   100% ->
154-212  (101215-101273)   100% ->
213-396  (102569-102752)   100% ->
397-441  (103059-103103)   100% ->
442-537  (103193-103288)   100% ->
538-624  (103356-103435)   91% ->
625-737  (104582-104694)   100% ->
738-789  (104840-104891)   100% ->
790-890  (105148-105248)   100% ->
891-1002  (105328-105439)   100% ->
1003-1211  (106628-106836)   100% ->
1212-1281  (106981-107050)   100% ->
1282-1376  (107152-107246)   100% ->
1377-1579  (107323-107525)   100% ->
1580-1687  (107707-107814)   100% ->
1688-1914  (108633-108859)   100% ->
1915-2024  (109062-109171)   100% ->
2025-2135  (109328-109438)   100% ->
2136-2277  (109553-109694)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGAAGCCGGTAAGGCCTACGTCAGCACCAGCAGGCTTTTCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGGAAGCCGGTAAGGCCTACGTCAGCACCAGCAGGCTTTTCGTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGTCCGCGACCTGTCCCAGCAGTGCCAGGGCGACACCGTCATCTCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CGGCGTCCGCGACCTGTCCCAGCAGTGCCAGGGCGACACCGTCATCTCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GAATGTCTGCAGAGGTTCGCTGACAGCCTACAGGAGGTGGTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGGAATGTCTGCAGAGGTTCGCTGACAGCCTACAGGAGGTGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACTACCACATG         ATCCTGTTTGACCAGGCCCAGAGGTCCGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100328 AACTACCACATGGTG...CAGATCCTGTTTGACCAGGCCCAGAGGTCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGGCAGCAGCTCCAGAGCTTTGTCAAAGA         GGATGTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101244 GCGGCAGCAGCTCCAGAGCTTTGTCAAAGAGTG...CAGGGATGTGCGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGTTCAAGGAGACAAAGAAGCAGTTTGACAAGGTGCGGGAGGACCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102580 AGTTCAAGGAGACAAAGAAGCAGTTTGACAAGGTGCGGGAGGACCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGTCCCTGGTGAGGAACGCCCAGGCCCCGAGGCACCGGCCCCACGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 CTGTCCCTGGTGAGGAACGCCCAGGCCCCGAGGCACCGGCCCCACGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGGAAGCCACCGGGGCCCTCACCCTCACCAGGAAGTGCTTCCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 GGAGGAAGCCACCGGGGCCCTCACCCTCACCAGGAAGTGCTTCCGCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGCACTGGACTATGTGCTCCAG         ATCAATGTTCTGCAGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 102730 TGGCACTGGACTATGTGCTCCAGGTC...CAGATCAATGTTCTGCAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGAAGAAGTTTGAGATCCTGGACTCT         ATGCTGTCCTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103077 AAGAAGAAGTTTGAGATCCTGGACTCTGTG...CAGATGCTGTCCTTCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCACGCCCAGTCCAGCTTCTTCCAGCAGGGCTACAGCCTCCTGCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 GCACGCCCAGTCCAGCTTCTTCCAGCAGGGCTACAGCCTCCTGCACCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGACCCCTACATGAAGAAGCTGGCAGCCGAG         CTGGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103257 TGGACCCCTACATGAAGAAGCTGGCAGCCGAGGTG...CAGCTGGACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTGGTGATCGACTCTGCGGTGGAAAAGCGTGAGATGGAGCGAAAGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 CTGGTGATCGACTCTGCGGTGGAAAAGCGTGAGATGGAGCGAAAGCACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGCCATCCAGCAGCGGACGCTGCTGCAG         GACTTCTCCTACG
        ||||||||||||||||--|-||----||>>>...>>>|||||||||||||
 103415 CGCCATCCAGCAGCGG  G TG    AGGCC...CAGGACTTCTCCTACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAGTCCAAAGTGGAGTTTGACGTGGACGCGCCCAGTGGGGTGGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104595 ATGAGTCCAAAGTGGAGTTTGACGTGGACGCGCCCAGTGGGGTGGTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGGGCTACCTCTTCAAGAGGGCCAGCAACGCTTTCAAGACATGGAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104645 GAGGGCTACCTCTTCAAGAGGGCCAGCAACGCTTTCAAGACATGGAACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738          GCGCTGGTTCTCCATTCAGAACAGCCAGCTGGTCTACCAGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104695 GTG...TAGGCGCTGGTTCTCCATTCAGAACAGCCAGCTGGTCTACCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGAAGCTCAAG         GATGCCCTCACCGTGGTGGTGGATGACCTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104881 AGAAGCTCAAGGTG...CAGGATGCCCTCACCGTGGTGGTGGATGACCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 CGCCTGTGCTCTGTGAAGCCGTGTGAGGACATCGAGCGGAGGTTCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105178 CGCCTGTGCTCTGTGAAGCCGTGTGAGGACATCGAGCGGAGGTTCTGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGAGGTGCTGTCACCCACCAA         GAGCTGCATGCTGCAGGCTG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105228 CGAGGTGCTGTCACCCACCAAGTG...CAGGAGCTGCATGCTGCAGGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 ACTCCGAGAAGCTGCGGCAAGCCTGGGTCCAGGCTGTGCAGGCCAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105348 ACTCCGAGAAGCTGCGGCAAGCCTGGGTCCAGGCTGTGCAGGCCAGCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GCCTCCGCCTACCGCGAGAGCCCTGACAGTTGCTATAGCGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105398 GCCTCCGCCTACCGCGAGAGCCCTGACAGTTGCTATAGCGAGGTG...CA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003  AGGCTGGACCGCACAGCATCCCCGTCCACGAGCAGCATCGACTCCGCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106627 GAGGCTGGACCGCACAGCATCCCCGTCCACGAGCAGCATCGACTCCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCGACACTCGGGAGCGTGGCGTGAAGGGCGAGAGTGTGCTGCAGCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106677 CCGACACTCGGGAGCGTGGCGTGAAGGGCGAGAGTGTGCTGCAGCGTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CAGAGTGTGGCCGGCAACAGCCAGTGCGGCGACTGCGGCCAGCCGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106727 CAGAGTGTGGCCGGCAACAGCCAGTGCGGCGACTGCGGCCAGCCGGACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 CCGCTGGGCCAGCATCAACCTGGGCGTGCTGCTCTGCATTGAGTGCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106777 CCGCTGGGCCAGCATCAACCTGGGCGTGCTGCTCTGCATTGAGTGCTCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GCATCCACAG         GAGCCTGGGTGTCCACTGCTCCAAGGTGCGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106827 GCATCCACAGGTG...CAGGAGCCTGGGTGTCCACTGCTCCAAGGTGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCCCTGACGCTGGACTCGTGGGAGCCTGAGCTGCTAAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107012 TCCCTGACGCTGGACTCGTGGGAGCCTGAGCTGCTAAAGGTG...TAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 GATGTGTGAGCTTGGAAACAGCGCTGTGAATCAGATCTATGAGGCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107154 GATGTGTGAGCTTGGAAACAGCGCTGTGAATCAGATCTATGAGGCCCAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 GTGAGGGTGCAGGCAGCAGGAAACCCACAGCCAGCAGCTCCCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107204 GTGAGGGTGCAGGCAGCAGGAAACCCACAGCCAGCAGCTCCCGGTG...C

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1377   GCAGGACAAGGAGGCCTGGATCAAGGACAAATACGTGGAAAAGAAGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107321 AGGCAGGACAAGGAGGCCTGGATCAAGGACAAATACGTGGAAAAGAAGTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 TCTGCGGAAGGCGCCCATGGCACCAGCCCTGGAGGCCCCAAGACGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107371 TCTGCGGAAGGCGCCCATGGCACCAGCCCTGGAGGCCCCAAGACGCTGGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 GGGTGCAGAAGTGCCTGCGGCCCCACAGCTCTCCCCGCGCTCCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107421 GGGTGCAGAAGTGCCTGCGGCCCCACAGCTCTCCCCGCGCTCCCACTGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CGCCGCAAGGTCCGGCTTGAGCCCGTTCTGCCCTGTGTGGCCGCTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107471 CGCCGCAAGGTCCGGCTTGAGCCCGTTCTGCCCTGTGTGGCCGCTCTGTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CTCAG         TGGGCACCCTGGATCGTAAGTTCCGCCGAGACTCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107521 CTCAGGTG...CAGTGGGCACCCTGGATCGTAAGTTCCGCCGAGACTCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCTTCTGTCCCGACGAGCTGGACTCGCTCTTCTCCTACTTCGACGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107743 TCTTCTGTCCCGACGAGCTGGACTCGCTCTTCTCCTACTTCGACGCAGGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GCCGCAGGGGCTGGCCCTCGCA         AGGGTGCAGAGTCGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107793 GCCGCAGGGGCTGGCCCTCGCAGTA...CAGAGGGTGCAGAGTCGGAGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 GTCCAGCGGTGAGGCAGACGGGGACACTGAGGCCGAGGCCTGGGGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108652 GTCCAGCGGTGAGGCAGACGGGGACACTGAGGCCGAGGCCTGGGGCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CGGACGTGCGCGAGCTGCACCCGGGGCTCTTGGCGCACCGCGCAGCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108702 CGGACGTGCGCGAGCTGCACCCGGGGCTCTTGGCGCACCGCGCAGCGCGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GCCCGCGACCTTCCTGCGCTGGCGGCGGCGCTGGCCCACGGGGCCGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108752 GCCCGCGACCTTCCTGCGCTGGCGGCGGCGCTGGCCCACGGGGCCGAGGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 CAACTGGGCGGACGCGGAGGATGAGGGCAAGACGCCGCTGGTGCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108802 CAACTGGGCGGACGCGGAGGATGAGGGCAAGACGCCGCTGGTGCAGGCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TGCTAGGG         GGCTCCTTGATCGTCTGTGAGTTCCTGCTGCAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108852 TGCTAGGGGTG...CAGGGCTCCTTGATCGTCTGTGAGTTCCTGCTGCAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AACGGAGCGGACGTGAACCAAAGAGACAGCCGGGGCCGGGCGCCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 AACGGAGCGGACGTGAACCAAAGAGACAGCCGGGGCCGGGCGCCCCTGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CCACGCCACGCTGCTGGGCCGCACCGG         CCAGGTTTGCCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109145 CCACGCCACGCTGCTGGGCCGCACCGGGTG...CAGCCAGGTTTGCCTGT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 TCCTGAAGCGGGGCGCGGACCAGCACGCCCTGGACCAAGAGCAGCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109342 TCCTGAAGCGGGGCGCGGACCAGCACGCCCTGGACCAAGAGCAGCGGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 CCGTTGGCCATCGCAGTGCAGGCGGCCAACGCTGACATCGTGACACT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 109392 CCGTTGGCCATCGCAGTGCAGGCGGCCAACGCTGACATCGTGACACTGTG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2136       GCTCCGTCTGGCGCGCATGGCGGAGGAAATGCGCGAGGCCGAGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109442 ...TAGGCTCCGTCTGGCGCGCATGGCGGAGGAAATGCGCGAGGCCGAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2180 CTGCCCCTGGTCCCCCGGGCGCCCTGGCGGGCAGCCCCACGGAGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109597 CTGCCCCTGGTCCCCCGGGCGCCCTGGCGGGCAGCCCCACGGAGCTCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2230 TTCCGCAGGTGTATCCAGGAGTTCATCAGCCTCCACCTGGAAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109647 TTCCGCAGGTGTATCCAGGAGTTCATCAGCCTCCACCTGGAAGAGAGC